Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ATGATCCTGATGATGCAGATTTTGAACCTGATTATGGTGTCACTAGCAGCAGAACTGCCAACAAGgttcagattttctgtattattttaattaattatatttgaagtattagttggatatcgttctttttaattgttgcacatagtactagatttaggtaacact...

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv06s0009g03750.t01
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv06s0009g03750.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 2
lower sequence: GLYMA14G03780.1 (Glycine max), 5'ss of exon 2
---ATGATCCTGATGATGCAGATTTTGAACCTGAT---TATGGTGTCACTAGCAGCAGAACTGCCAA--CAAGgttcagat--tttctgtattat-tttaattaattatatttgaagtattag----ttggatatcgttcttt----ttaattgttgcacatagtactagatttaggtaacact---------------------------------------------------------------------
   ||||||||||||||||||||||||| || |       ||||    || | | ||    ||   |     ||||    |  || ||| ||| | ||| ||||||  | ||| |  || ||     ||| |||| |||| ||      |||| ||   | || | |||| |||   |                                                                           
AAGATGATCCTGATGATGCAGATTTTGAGCCCGCCACAAGTGGTCATGCTGGAAACAAGgttgattatttgtggttattgttgttgctgaattctatttcattaatggtcttttatctagtaagggcttgcatat-gttcattagaggaaattttttgccttacttctagttttgacttttgaagttaatatgtctcggttttttggtggatgtttctgaatatcaaatggtttaactgttgttatgttacag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|28960841|gb|CB340428.1|CB340428
EST:     CAGATTTTGAACCTGATTATGGTGTCACTTGCAGCAGAACTGCCAACAAG                         TACCAGGATAAGGACTGGAATGGTGAAGATTCTGATGAAGATGATAATAGT
genomic: CAGATTTTGAACCTGATTATGGTGTCACTAGCAGCAGAACTGCCAACAAGgttcagattt ... ggggcaacagTACCAGGATAAGGACTGGAATGGTGAAGATTCTGATGAAGATGATAATAGC