Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ATCTCTTGTATATGGCTACATGCTGGGGTGTTCCATGTACTTGCCAATATGTTGAGTCTTGTATTTATTGGAATTCGGCTAGAGCAAGAATTTGGGTTTGgtatgtgctaaactttgccaacttcatcttattatgtatcagctctcaaattttcaaaatcctcctatgagcagcataacacacatcatttaatggttat...

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv06s0004g04890.t01
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv06s0004g04890.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 2
lower sequence: GLYMA15G04230.1 (Glycine max), 5'ss of exon 2
ATCTCTTGTATATGGCTACATGCTGGGGTGTTCCATGTACTTGCCAATATGTTGAGTCTTGTATTTATTGGAATTCGGCTAGAGCAAGAATTTGGGTTTGgtatg-tgcta--aactttgccaacttcatcttattatgtatcagctctcaaattttcaaaatcctcctatgagcagcataacacacatcatttaatggttat-----------------------------------------------------------------------------------------------
 |||||||||||||| | || | ||||||  | ||| | |||||||| |||||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| | | ||   || | | |   | |  ||  ||||| |      || |  |||| |       | | || | ||  |     ||||| ||| |  | ||||                                                                                               
TTCTCTTGTATATGGTTGCACGGTGGGGTTGTTCATCTGCTTGCCAACATGTTGAGTCTTGTTTTCATTGGAATTCGCCTAGAGCAAGAATTTGGATTTGgtacggttctggtaattatccttgcattgtca-attatatcatcattcactcatttcc----cttttccatcaccaaaacttttcacattattaagggtttattgcataaatatatgttctggaagaaacttagcagactttagcacaactatctcagtttctgattgtaatttctacgttggcttgtcctttggcag

upper sequence: Vv06s0004g04890.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 2
lower sequence: GLYMA13G41170.1 (Glycine max), 5'ss of exon 2
ATCTCTTGTATATGGCTACATGCTGGGGTGTTCCATGTACTTGCCAATATGTTGAGTCTTGTATTTATTGGAATTCGGCTAGAGCAAGAATTTGGGTTTGgtatg-tgcta--aactttgccaacttcatcttat-tatgtat-cagctctcaaattttcaaaatcctcctatgagcagcata--acacacatcatttaatggttat---------------------------------------------------------------------
 |||||||||||||| | || | ||||||  | || || |||||||| ||||||||||| || |||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||| ||||   || | | |   | |  ||   | || ||||     ||    |||| |    ||    ||| |   |  ||   || | ||  | |    |  |                                                                      
TTCTCTTGTATATGGTTGCACGGTGGGGTTGTTCACGTGCTTGCCAACATGTTGAGTCTCGTTTTTATTGGAATTCGCCTTGAGCAAGAATTTGGATTTGgtatggtgctggtaattatccttgcattgtcaagtatacgtatatcattcattcatttcccttttcacattattaagggtttactgcataaatattctggaagaaactgagcagactttagctgcaactatctcagtttctgattgtaatttctacgttggcttgccctttggcag

upper sequence: Vv06s0004g04890.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 2
lower sequence: AT2G29050.2 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 2
ATCTCTTGTATATGGCTACATGCTGGGGTGTTCCATGTACTTGCCAATATGTTGAGTCTTGTATTTATTGGAATTCGGCTAGAGCAAGAATTTGGGTTTGgtatgtgctaaactttgccaacttcatcttattatgtatcagctctcaaattttcaaaatcctcctatgagcagcataacacacatcatttaatggttat
 || ||||||||||||||||||||||||| || ||||| |||||||| |||||||| ||| | || ||||| ||||| || |||||||||||||| |||||||||    |    |||     |    |  | | |||||     || |   |   | | |     | |    |  |   | ||  |  ||| |  |    
TTCACTTGTATATGGCTACATGCTGGGGTTTTTCATGTTCTTGCCAACATGTTGAGCCTTATCTTCATTGGCATTCGACTTGAGCAAGAATTTGGATTTGgtatgcatcatgagttggtttatgtgccaaaatgtgtatgg---ctgatgctgaaagacttgctttttatttactaattctcattttctttgacag----

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|110701018|gb|EE078179.1|EE078179
EST:     GTTGAGTCTTGTATTTATTGGAATTCNGCTAAAGCAAGAATTTGGGTTTG                         TGAGAATTGGGTTGCTATATGTGGTATCTGGTTTTGGTGGGAGTATGTTGT
genomic: GTTGAGTCTTGTATTTATTGGAATTCGGCTAGAGCAAGAATTTGGGTTTGgtatgtgcta ... ggtcccacagTGAGAATTGGGTTGCTATATGTGGTATCTGGTTTTGGTGGGAGTATGTTGT
EST: gi|110412849|gb|EC978612.1|EC978612
EST:     GTTGAGTCTTGTATTTATTGGAATTCGGCTAGAGCAAGAATTTGGGTTTG                         TGAGAATTGGGTTGCTATATGTGGTATCTGGTTTTGGTGGGAGTATGTTGT
genomic: GTTGAGTCTTGTATTTATTGGAATTCGGCTAGAGCAAGAATTTGGGTTTGgtatgtgcta ... ggtcccacagTGAGAATTGGGTTGCTATATGTGGTATCTGGTTTTGGTGGGAGTATGTTGT
EST: gi|349825356|gb|FQ418077.1|FQ418077
EST:     GTTGAGTCTTGTATTTATTGGAATTCGGCTAGAGCAAGAATTTGGGTTTG                         TGAGAATTGGGTTGCTATATGTGGTATCTGGTTTTGGTGGGAGTATGTTGT
genomic: GTTGAGTCTTGTATTTATTGGAATTCGGCTAGAGCAAGAATTTGGGTTTGgtatgtgcta ... ggtcccacagTGAGAATTGGGTTGCTATATGTGGTATCTGGTTTTGGTGGGAGTATGTTGT
EST: gi|351012669|gb|FQ430232.1|FQ430232
EST:     GTTGAGTCTTGTATTTATTGGAATTCGGCTAGAGCAAGAATTTGGGTTTG                         TGAGAATTGGGTTGCTATATGTGGTATCTGGTTTTGGTGGGAGTATGTTGT
genomic: GTTGAGTCTTGTATTTATTGGAATTCGGCTAGAGCAAGAATTTGGGTTTGgtatgtgcta ... ggtcccacagTGAGAATTGGGTTGCTATATGTGGTATCTGGTTTTGGTGGGAGTATGTTGT
EST: gi|110689118|gb|EE065062.1|EE065062
EST:     GTTGAGTCTTGTATTTATTGGAATTCGGCTAGAGCAAGAATTTGGGTTTG                         TGAGAATTGGGTTGCTATATGTGGTATCTGGTTTTGGTGGGAGTAAGTTGT
genomic: GTTGAGTCTTGTATTTATTGGAATTCGGCTAGAGCAAGAATTTGGGTTTGgtatgtgcta ... ggtcccacagTGAGAATTGGGTTGCTATATGTGGTATCTGGTTTTGGTGGGAGTATGTTGT
EST: gi|351016069|gb|FQ432024.1|FQ432024
EST:     GTTGAGTCTTGTATTTATTGGAATTCGGCTAGAGCAAGAATTTGGGTTTG                         TGAGAATTGGGTTGCTATATGTGGTATCTGGTTTTGGTGGGAGTATGTTGT
genomic: GTTGAGTCTTGTATTTATTGGAATTCGGCTAGAGCAAGAATTTGGGTTTGgtatgtgcta ... ggtcccacagTGAGAATTGGGTTGCTATATGTGGTATCTGGTTTTGGTGGGAGTATGTTGT
EST: gi|351031206|gb|FQ445033.1|FQ445033
EST:     GTTGAGTCTTGTATTTATTGGAATTCGGCTAGAGCAAGAATTTGGGTTTG                         TGAGAAATGGGTTGCTATATGTGGTATCTGGTTTTGGTGGGAGTATGTTGT
genomic: GTTGAGTCTTGTATTTATTGGAATTCGGCTAGAGCAAGAATTTGGGTTTGgtatgtgcta ... ggtcccacagTGAGAATTGGGTTGCTATATGTGGTATCTGGTTTTGGTGGGAGTATGTTGT
EST: gi|351025014|gb|FQ433431.1|FQ433431
EST:     GTTGAGTCTTGTATTTATTGAAATTCGGCTAGAGCAAGAATTTGGGTTTG                         TGAGATTTGGGTTGCTATATGTGGTATCTGGTTTTGGTGGGAGTATGTTGT
genomic: GTTGAGTCTTGTATTTATTGGAATTCGGCTAGAGCAAGAATTTGGGTTTGgtatgtgcta ... ggtcccacagTGAGAATTGGGTTGCTATATGTGGTATCTGGTTTTGGTGGGAGTATGTTGT
EST: gi|110702261|gb|EE080769.1|EE080769
EST:     GTTGAGTCTTGTATTTATTGGAATTCGGCTAGAGCAAGAATTTGGGTTTG                         TGAGAATTGGGTTGCTATATGTGGTATCTGGTTTTGGTGGGAGTATGTTGT
genomic: GTTGAGTCTTGTATTTATTGGAATTCGGCTAGAGCAAGAATTTGGGTTTGgtatgtgcta ... ggtcccacagTGAGAATTGGGTTGCTATATGTGGTATCTGGTTTTGGTGGGAGTATGTTGT
EST: gi|351023516|gb|FQ432899.1|FQ432899
EST:     GTTGAGTCTTGTATTTATTGGAATTCGGCTAGAGCAAGAATTTGGGTTTG                         TGAAAATTGGGTTGCTATATGTGGTATCTGGTTTTGGTGGGAGTATGTTGT
genomic: GTTGAGTCTTGTATTTATTGGAATTCGGCTAGAGCAAGAATTTGGGTTTGgtatgtgcta ... ggtcccacagTGAGAATTGGGTTGCTATATGTGGTATCTGGTTTTGGTGGGAGTATGTTGT
EST: gi|71869620|gb|DT018675.1|DT018675
EST:     GTTGAGTCTTGTATTTATTGGAATTCGGCTAGAGCAAGAATTTGGGTTTG                         TGAGAATTGGGTTGCTATATGTGGTATCTGGTTTTGGTGGGAGTATGTTGT
genomic: GTTGAGTCTTGTATTTATTGGAATTCGGCTAGAGCAAGAATTTGGGTTTGgtatgtgcta ... ggtcccacagTGAGAATTGGGTTGCTATATGTGGTATCTGGTTTTGGTGGGAGTATGTTGT
EST: gi|110382751|gb|EC947072.1|EC947072
EST:     GTTGAGTCTTGTATTTATTGGAATTCGGCTAGAGCAAGAATTTGGGTTTG                         TGAGAATTGGGTTGCTATATGTGGTATCTGGTTTTGGTGGGAGTATGTTGT
genomic: GTTGAGTCTTGTATTTATTGGAATTCGGCTAGAGCAAGAATTTGGGTTTGgtatgtgcta ... ggtcccacagTGAGAATTGGGTTGCTATATGTGGTATCTGGTTTTGGTGGGAGTATGTTGT
EST: gi|349826702|gb|FQ418793.1|FQ418793
EST:     GTTGAGTCTTGTATTTATTGGAATTCGGCTAGAGCAAGAATTTGGGTTTG                         TGAGAATTGGGTTGCTATATGTGGTATCTGGTTTTGGTGGGAGTATGTTGT
genomic: GTTGAGTCTTGTATTTATTGGAATTCGGCTAGAGCAAGAATTTGGGTTTGgtatgtgcta ... ggtcccacagTGAGAATTGGGTTGCTATATGTGGTATCTGGTTTTGGTGGGAGTATGTTGT
EST: gi|349828349|gb|FQ416302.1|FQ416302
EST:     GTTGAGTCTTGTATTTATTGGAATTCGGCTAGAGCAAGAATTTGGGTTTG                         TGAGAATTGGGTTGCTATATGTGGTATCTGGTTTTGGTGGGAGTATGTTGT
genomic: GTTGAGTCTTGTATTTATTGGAATTCGGCTAGAGCAAGAATTTGGGTTTGgtatgtgcta ... ggtcccacagTGAGAATTGGGTTGCTATATGTGGTATCTGGTTTTGGTGGGAGTATGTTGT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ATCTCTTGTATATGGCTACATGCTGGGGTGTTCCATGTACTTGCCAATATGTTGAGTCTTGTATTTATTGGAATTCGGCTAGAGCAAGAATTTGGGTTTGgtatgtgctaaactttgccaacttcatcttattatgtatcagctctcaaattttcaaaatcctcctatgagcagcataacacacatcatttaatggttat

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tcctcct
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aacacaca