Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GATTCGGAAGCATGACGCCGGAGAGAGTCCGAAACTTCTTCGAATTGCTAATGTTAGTGATAAGTATACTATGTGTACTTATCCTGCTGATCCCGAGCAGgtatgttgatgaattttctttaattatgcttgtctgtgacttttttttgttgtttgttttatgctaattgggactcttttaacgagtagagcacattatg...

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv05s0077g00690.t01
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv05s0077g00690.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 2
lower sequence: AT3G06580.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 2
GATTCGGAAGCATGACGCCGGAGAGAGTCCGAAACTTCTTCGAATTGCTAATGTTAGTGATAAGTATACTATGTGTACTTATCCTGCTGATCCCGAGCAGgtatgttgatgaattttctttaattatgcttgtctgtgactttttt-ttgttgttt----gttttatgctaattgggactcttttaacgagtagagcacattatg-------
 |||     |  |       | |||  ||  || |  ||||| ||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||| || ||||||  |  ||   | ||   |  |  || |||||   |||  | |  |||   |      ||  ||   || |   | ||   || ||   | |  |   |||         
AATTATAGCGATTCGGAAATGTGAGGATCAAAAGCAGCTTCGGATTGCAAATGTTAATGATAAGTACACTATGTGTACATATCCTGCCGATCCTGACCAGgta-atgtatctgtgttgcattctcctgtttgtcacagacaatatagttgagatcctggagtcctagaatactactggcttactttacttatcgtacgtgttaattttgcag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|71883958|gb|DT033013.1|DT033013
EST:     ATGTTAGTGATAAGTATACTATGTGTACTTATCCTGCTGATCCCGAGCAG                         GAAATTGATTTAAAGAATCACAAATGGGGTCATTATTTCATTTGCGG
genomic: ATGTTAGTGATAAGTATACTATGTGTACTTATCCTGCTGATCCCGAGCAGgtatgttgat ... tgctatgcagGAAATTGATTTAAAGAATCACAAATGGGGTCATTATTTCATTTGCGG
EST: gi|71857629|gb|DT006684.1|DT006684
EST:     ATGTTAGTGATAAGTATACTATGTGTACTTATCCTGCTGATCCCGAGCAG                         GAAATTGATTTAAAGAATCACAAATGGGGTCATTATTTCATTTGCGG
genomic: ATGTTAGTGATAAGTATACTATGTGTACTTATCCTGCTGATCCCGAGCAGgtatgttgat ... tgctatgcagGAAATTGATTTAAAGAATCACAAATGGGGTCATTATTTCATTTGCGG
EST: gi|110723631|gb|EE101165.1|EE101165
EST:     ATGTTAGTGATAAGTATACTATGTGTACTTATCCTGCTGATCCCGAGCAG                         GAGATTGATTTAAAGAATCACAAATGGGGTCATTATTTCATTTGCGG
genomic: ATGTTAGTGATAAGTATACTATGTGTACTTATCCTGCTGATCCCGAGCAGgtatgttgat ... tgctatgcagGAAATTGATTTAAAGAATCACAAATGGGGTCATTATTTCATTTGCGG
EST: gi|71863613|gb|DT012668.1|DT012668
EST:     ATGTTAGTGATAAGTATACTATGTGTACTTATCCTGCTGATCCCGAGCAG                         GAAATTGATTTAAAGAATCACAAATGGGGTCATTATTCCATTTGCGG
genomic: ATGTTAGTGATAAGTATACTATGTGTACTTATCCTGCTGATCCCGAGCAGgtatgttgat ... tgctatgcagGAAATTGATTTAAAGAATCACAAATGGGGTCATTATTTCATTTGCGG
EST: gi|71858254|gb|DT007309.1|DT007309
EST:     ATGTTAGTGATAAGTATACTATGTGTACTTATCCTGCTGATCCCGAGCAG                         GAAATTGATTTAAAGAATCACAAATGGGGTCATTATTTCATTTGCGG
genomic: ATGTTAGTGATAAGTATACTATGTGTACTTATCCTGCTGATCCCGAGCAGgtatgttgat ... tgctatgcagGAAATTGATTTAAAGAATCACAAATGGGGTCATTATTTCATTTGCGG
EST: gi|33405936|gb|CF211563.1|CF211563
EST:     ATGTTAGTGATAAGTATACTATGTGTACTTATCCTGCTGATCCCGAGCAG                         GAAATTGATTTAAAGAATCACAAATGGGGTCATTATTTCATTTGTGG
genomic: ATGTTAGTGATAAGTATACTATGTGTACTTATCCTGCTGATCCCGAGCAGgtatgttgat ... tgctatgcagGAAATTGATTTAAAGAATCACAAATGGGGTCATTATTTCATTTGCGG
EST: gi|77581517|gb|DV219710.1|DV219710
EST:     ATGTTAGTGATAAGTATACTATGTGTACTTATCCTGCTGATCCCGAGCAG                         GAAATTGATTTAAAGAATCACAAATGGGGTCATTATTTCATTTGCGG
genomic: ATGTTAGTGATAAGTATACTATGTGTACTTATCCTGCTGATCCCGAGCAGgtatgttgat ... tgctatgcagGAAATTGATTTAAAGAATCACAAATGGGGTCATTATTTCATTTGCGG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GATTCGGAAGCATGACGCCGGAGAGAGTCCGAAACTTCTTCGAATTGCTAATGTTAGTGATAAGTATACTATGTGTACTTATCCTGCTGATCCCGAGCAGgtatgttgatgaattttctttaattatgcttgtctgtgacttttttttgttgtttgttttatgctaattgggactcttttaacgagtagagcacattatg

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCTGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCAG