Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTTTTTCAGCTAAAGCTTGATGGGGTTGCATTTAGGTTGATGCCGGACTCAACCCAAGTCAAGAATGCACTTAGAgtgagtaatttgccaaaataatttttttgttgcttcccagttcattggatgtggagtggattaagcacccaatatttaatcctatgcaaatcaaataaaa...

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv05s0062g00220.t01
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|71876669|gb|DT025724.1|DT025724
EST:     TTGCATTTAGGTTGATGCCGGACTCAACCCAAGTCAAGAATGCACTTAGA                         GTGATGGAAAAGGCTGGTTTTTCTGATGATGGCTTCTCCGGGGTTCCAGTT
genomic: TTGCATTTAGGTTGATGCCGGACTCAACCCAAGTCAAGAATGCACTTAGAgtgagtaatt ... cttattttagGTGATGGAAAAGGCTGGTTTTTCTGATGATGGCTTCTCCGGGGTTCCAGTT
EST: gi|37186286|gb|CF605639.1|CF605639
EST:     TTGCATTTAGGTTGATGCCGGACTCAACCCAAGTCAAGAATGCACTTAGA                         GTGATGGAAAAGGCTGGTTTTTCTGATGATGGCTTCTCCGGGGTTCCAGTT
genomic: TTGCATTTAGGTTGATGCCGGACTCAACCCAAGTCAAGAATGCACTTAGAgtgagtaatt ... cttattttagGTGATGGAAAAGGCTGGTTTTTCTGATGATGGCTTCTCCGGGGTTCCAGTT
EST: gi|349822773|gb|FQ398160.1|FQ398160
EST:     TTGCATTTAGGTTGATGCCGGACTCAACCCAAGTCAAGAATGCACTTAGA                         GTGATGGAAAAGGCTGGTTTTTCTGATTATGGCTTCTCCGGGGTTCCAGTT
genomic: TTGCATTTAGGTTGATGCCGGACTCAACCCAAGTCAAGAATGCACTTAGAgtgagtaatt ... cttattttagGTGATGGAAAAGGCTGGTTTTTCTGATGATGGCTTCTCCGGGGTTCCAGTT
EST: gi|349816841|gb|FQ399709.1|FQ399709
EST:     TTGCATTTAGGTTGATGCCGGACTCAACCCAAGTCAAGAATGCACTTAGA                         GTGATGGAAAAGGCTGGTTTTTCTGATTATGGCTTCTCCGGGGTTCCAGTT
genomic: TTGCATTTAGGTTGATGCCGGACTCAACCCAAGTCAAGAATGCACTTAGAgtgagtaatt ... cttattttagGTGATGGAAAAGGCTGGTTTTTCTGATGATGGCTTCTCCGGGGTTCCAGTT
EST: gi|110412506|gb|EC978256.1|EC978256
EST:     TTGCATTTAGGTTGATGCCGGACTCAACCCAAGTCAAGAATGCACTTAGA                         GTGATGGAAAAGGCTGGTTTTTCTGATGATGGCTTCTCCGGGGTTCCAGTT
genomic: TTGCATTTAGGTTGATGCCGGACTCAACCCAAGTCAAGAATGCACTTAGAgtgagtaatt ... cttattttagGTGATGGAAAAGGCTGGTTTTTCTGATGATGGCTTCTCCGGGGTTCCAGTT
EST: gi|349819759|gb|FQ402696.1|FQ402696
EST:     TTGCATTTAGGTTGATGCCGGACTCAACCCAAGTCAAGAATGCACTTAGA                         GTGATGGAAAAGGCTGGTTTTTCTGATTATGGCTTCTCCGGGGTTCCAGTT
genomic: TTGCATTTAGGTTGATGCCGGACTCAACCCAAGTCAAGAATGCACTTAGAgtgagtaatt ... cttattttagGTGATGGAAAAGGCTGGTTTTTCTGATGATGGCTTCTCCGGGGTTCCAGTT
EST: gi|110708560|gb|EE086241.1|EE086241
EST:     TTGCATTTAGGTTGATGCCGGACTCAACCCAAGTCAAGAATGCACTTANA                         GTGATGGAAAAGGCTGGTTTTTCTGATGATGGCTTCTCCGGGGTTCCAGTT
genomic: TTGCATTTAGGTTGATGCCGGACTCAACCCAAGTCAAGAATGCACTTAGAgtgagtaatt ... cttattttagGTGATGGAAAAGGCTGGTTTTTCTGATGATGGCTTCTCCGGGGTTCCAGTT
EST: gi|110417406|gb|EC983458.1|EC983458
EST:     TTGCATTTAGGTTGATGCCGGACTCAACCCAAGTCAAGAATGCACTTAGA                         GTGATGGAAAAGGCTGGTTTTTCTGATGATGGCTTCTCCGGGGTTCCAGTT
genomic: TTGCATTTAGGTTGATGCCGGACTCAACCCAAGTCAAGAATGCACTTAGAgtgagtaatt ... cttattttagGTGATGGAAAAGGCTGGTTTTTCTGATGATGGCTTCTCCGGGGTTCCAGTT
EST: gi|77581122|gb|DV219487.1|DV219487
EST:     TTGCATTTAGGTTGATGCCGGACTCAACCCAAGTCAAGAATGCACTTAGA                         GTGATGGAAAAGGCTGGTTTTTCTGATGATGGCTTCTCCGGGGTTCCAGTT
genomic: TTGCATTTAGGTTGATGCCGGACTCAACCCAAGTCAAGAATGCACTTAGAgtgagtaatt ... cttattttagGTGATGGAAAAGGCTGGTTTTTCTGATGATGGCTTCTCCGGGGTTCCAGTT
EST: gi|349830095|gb|FQ420355.1|FQ420355
EST:     TTGCATTTAGGTTGATGCCGGACTCAACCCAAGTCAAGAATGCACTTAGA                         GTGATGGAAAAGGCTGGTTTTTCTGATTATGGCTTCTCCGGGGTTCCAGTT
genomic: TTGCATTTAGGTTGATGCCGGACTCAACCCAAGTCAAGAATGCACTTAGAgtgagtaatt ... cttattttagGTGATGGAAAAGGCTGGTTTTTCTGATGATGGCTTCTCCGGGGTTCCAGTT
EST: gi|110687203|gb|EE064406.1|EE064406
EST:     TTGCATTTAGGTTGATGCCGGACTCAACCCAAGTCAAGAATGCACTTAGA                         GTGATGGAAAAGGCTGGTTTTTCTGATGATGGCTTCTCCGGGGTTCCAGTT
genomic: TTGCATTTAGGTTGATGCCGGACTCAACCCAAGTCAAGAATGCACTTAGAgtgagtaatt ... cttattttagGTGATGGAAAAGGCTGGTTTTTCTGATGATGGCTTCTCCGGGGTTCCAGTT
EST: gi|352764381|gb|FQ471348.1|FQ471348
EST:     TTGCATTTAGGTTGATGCCGGACTCAACCCAAGTCAAGAATGCACTTAGA                         GTGATGGAAAAGGCTGGTTTTTCTGATGATGGCTTCTCCGGGGTTCCAGTT
genomic: TTGCATTTAGGTTGATGCCGGACTCAACCCAAGTCAAGAATGCACTTAGAgtgagtaatt ... cttattttagGTGATGGAAAAGGCTGGTTTTTCTGATGATGGCTTCTCCGGGGTTCCAGTT
EST: gi|352787186|gb|FQ477806.1|FQ477806
EST:     TTGCGTTTAGGTTGATGCCGGACTCAACCCAAGTCAAGAATGCACTTAGA                         GCGATGGAAAAGGCTGGTTTTTCTGATGATGGCTTCTCCGGGGTTCCAGTT
genomic: TTGCATTTAGGTTGATGCCGGACTCAACCCAAGTCAAGAATGCACTTAGAgtgagtaatt ... cttattttagGTGATGGAAAAGGCTGGTTTTTCTGATGATGGCTTCTCCGGGGTTCCAGTT
EST: gi|161718396|gb|FC064783.1|FC064783
EST:     TTGCATTTAGGTTGATGCCGGACTCAACCCAAGTCAAGAATGCACTTAGA                         GTGATGGAAAAGGCTGGTTTTTCTGATGATGGCTTCTCCGGGGTTCCAGTT
genomic: TTGCATTTAGGTTGATGCCGGACTCAACCCAAGTCAAGAATGCACTTAGAgtgagtaatt ... cttattttagGTGATGGAAAAGGCTGGTTTTTCTGATGATGGCTTCTCCGGGGTTCCAGTT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GTTTTTCAGCTAAAGCTTGATGGGGTTGCATTTAGGTTGATGCCGGACTCAACCCAAGTCAAGAATGCACTTAGAgtgagtaatttgccaaaataatttttttgttgcttcccagttcattggatgtggagtggattaagcacccaatatttaatcctatgcaaatcaaataaaa

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aaaataa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aaataaa