Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GGTTGAACCAAAATGGGAAGATCCTGAGTGTGCAAATGGAGGCAAATGGACTGTTGCCAGCAGCCGAAAGGGTAATCTTGATACCATGTGGCTAGAAACGgtaaaatgtgaactttgcatatagttttctggatctgacaatatttttgggagacatgagctgttggttcattttagagttgaacatatcagcaagttgataattgatgtgttttattgggtag

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv05s0049g01770.t01
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv05s0049g01770.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 2
lower sequence: LOC_Os10g32970.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 2
GGTTGAACCAAAATGGGAAGATCCTGAGTGTGCAAATGGAGGCAAATGGACTGTTGCCAGCAGCCGAAAGGGTAATCTTGATACCATGTGGCTAGAAACGgtaaaa----tgtgaactttgcatatagtttt-ctggatctgacaatatttttgggagacatgagctgttggttcattttagagttgaacatatcagcaagttgataattgatgtgttttattgggtag
 || |||||||| |||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||  |  | ||| | |||   |  ||||| | ||||||||| ||||||||| |     | | || |       ||||||    |||       |  |  || ||| | |  | |||||| || |  |      | ||  |   | ||  |         |  | ||  |    | ||
TGTAGAACCAAAGTGGGAAGACCCAGAGTGTGCAAATGGGGGCAAATGGACTGTGCCATGTAGCAGGAAGACCACCCTTGAGAACATGTGGCTTGAAACGgtacatttcctctaaaatcattgcttagtttggtcggaggctctgaagtgctttggatataacatctgttgcttgacctatcttctaaagtttctatcatttctgctgacaaacttttcgaacatgcag

upper sequence: Vv05s0049g01770.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 2
lower sequence: GRMZM2G022019_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 2
GGTTGAACCAAAATGGGAAGATCCTGAGTGTGCAAATGGAGGCAAATGGACTGTTGCCAGCAGCCGAAAGGGTAATCTTGATACCATGTGGCTAGAAACGgtaaaatgtgaactttgcatatagttttctggatctgacaatatttttgggagacatgagctgttggttcattttaga-gttgaacatatcagcaagttgataattgatgtgttttattgggtag
 || || |||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||  |  ||| | ||||||  |   |||| ||||||||||| ||||||||| |   |    | || || |   | | ||  |    ||| ||    | | | |   | |     |||  | | ||| |||  |   ||   |    |  | | | || ||||| |    | ||
AGTAGAGCCAAAATGGGAAGACCCAGAGTGTGCAAATGGTGGCAAATGGACTGTCCCATGCAACAGAAAGGCAACCTTTGAGACCATGTGGCTTGAAACGgtacatccttg-ttgtgtatttgtctatttgatttgttcaaaatc---gagcgtctgcaaccagatgtttttctgagatgttctattgatggactgcctt-tgactaat-tgtttgaacatgcag

upper sequence: Vv05s0049g01770.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 2
lower sequence: GLYMA20G21510.2 (Glycine max), 5'ss of exon 2
GGTTGAACCAAAATGGGAAGATCCTGAGTGTGCAAATGGAGGCAAATGGACTGTTGCCAGCA------GCCGAAAGGGTAATCTTGATACCATGTGGCTAGAAACGgtaaaatgtgaactttgcatatagttttctggatctgacaatatttttgggagacatgagctgttggtt-cattttagagttgaacatatcagcaagttgataattgatgtgttttattgggtag
       || ||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||| | ||  ||||||      || | |||| ||| ||||||| ||||||||| ||||| ||||  |||    ||||  |         ||| | |       | ||| |   | ||| |  |     |   |||||   || |   |||     | | |                         
------GCCTAAATGGGAAGATCCTGAGTGTGCCAATGGAGGAAAGTGGTCAGTCACCAGCAACAGCGGCAGGAAGGCTAACCTTGATAACATGTGGCTTGAAACTgtaat-tgttt-ttttgttttactccgattggttttcttttcgtgtttagagaatatggggagagatctgttttttattttttattgtatttctcaatag-------------------------

upper sequence: Vv05s0049g01770.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 2
lower sequence: AT5G35620.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 2
GGTTGAACCAAAATGGGAAGATCCTGAGTGTGCAAATGGAGGCAAATGGACT------GTTGCCAGCAGCCGAAAGGGTAATCTTGATACCATGTGGCTAGAAACGgta--aaatgtgaactttgcatatagttttctggatctgacaatatttttgggagacatgagctgttggttcattttagagttgaacatatcagcaagttgataattgatgtgttttattgggtag
       ||||| ||||||||||| |||||||| |||||||| || ||||||      ||| |    |   | ||||    | | || |     ||||| ||||| |||  | ||   |||  |     ||   || |     |     | || || |  || ||| | | |||||   |  |    ||    ||   |   ||                            
------GCCAAAGTGGGAAGATCCAGAGTGTGCTAATGGAGGAAAGTGGACTTGGGTTGTTACTGCTAATAGGAAGGAAGCTTTAGACAAAGGCTGGCTTGAAACTgtattacattctaaccctaaccctaaccttttactcttctgtgttttgttagatgatatgtggttttggtgactggttctatttcttatgatatgtag----------------------------

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|349815714|gb|FQ400870.1|FQ400870
EST:     CTGTTGCCAGCAGCCGAAAGGGTAACCTTGATACCATGTGGCTAGAAACG                         TTGATGGCCTTAATTGGGGAGCAATTTGATGAGGCTGATGAAATATGTGGT
genomic: CTGTTGCCAGCAGCCGAAAGGGTAATCTTGATACCATGTGGCTAGAAACGgtaaaatgtg ... tattgggtagTTGATGGCCTTAATTGGGGAGCAATTTGATGAGGCTGATGAAATATGTGGT
EST: gi|110381761|gb|EC935318.1|EC935318
EST:     CTGTTGCCAGCAGCCGAAAGGGTAACCTTGATACCATGTGGCTAGAAACG                         TTGATGGCCTTAATTGGGGAGCAATTTGATGAGGCTGATGAAATATGTGGT
genomic: CTGTTGCCAGCAGCCGAAAGGGTAATCTTGATACCATGTGGCTAGAAACGgtaaaatgtg ... tattgggtagTTGATGGCCTTAATTGGGGAGCAATTTGATGAGGCTGATGAAATATGTGGT
EST: gi|110685840|gb|EE062914.1|EE062914
EST:     CTGTTGCCAGCAGCCGAAAGGGTAACCTTGATACCATGTGGCTAGAAACG                         TTGATGGCCTTAATTGGGGAGCAATTTGATGAGGCTGATGAAATATGTGGT
genomic: CTGTTGCCAGCAGCCGAAAGGGTAATCTTGATACCATGTGGCTAGAAACGgtaaaatgtg ... tattgggtagTTGATGGCCTTAATTGGGGAGCAATTTGATGAGGCTGATGAAATATGTGGT
EST: gi|71866301|gb|DT015356.1|DT015356
EST:     CTGTTGCCAGCAGCCGAAAGGGTAACCTTGATACCATGTGGCTAGAAACG                         TTGATGGCCTTAATTGGGGAGCAATTTGATGAGGCTGATGAAATATGTGGT
genomic: CTGTTGCCAGCAGCCGAAAGGGTAATCTTGATACCATGTGGCTAGAAACGgtaaaatgtg ... tattgggtagTTGATGGCCTTAATTGGGGAGCAATTTGATGAGGCTGATGAAATATGTGGT
EST: gi|30133607|gb|CB918946.1|CB918946
EST:     CTGTTGCCAGCAGCCGAAAGGGTAACCTTGATACCATGTGGCTAGAAACG                         TTGATGGCCTTAATTGGGGAGCAATTTGATGAGGCTGATGAAATATGTGGT
genomic: CTGTTGCCAGCAGCCGAAAGGGTAATCTTGATACCATGTGGCTAGAAACGgtaaaatgtg ... tattgggtagTTGATGGCCTTAATTGGGGAGCAATTTGATGAGGCTGATGAAATATGTGGT
EST: gi|77584480|gb|DV221309.1|DV221309
EST:     CTGTTGCCAGCAGCCGAAAGGGTAACCTTGATACCATGTGGCTAGAAACG                         TTGATGGCCTTAATTGGGGAGCAATTTGATGAGGCTGATGAAATATGTGGT
genomic: CTGTTGCCAGCAGCCGAAAGGGTAATCTTGATACCATGTGGCTAGAAACGgtaaaatgtg ... tattgggtagTTGATGGCCTTAATTGGGGAGCAATTTGATGAGGCTGATGAAATATGTGGT
EST: gi|77584572|gb|DV221367.1|DV221367
EST:     CTGTTGCCAGCAGCCGAAAGGGTAACCTTGATACCATGTGGCTAGAAACG                         TTGATGGCCTTAATTGGGGAGCAATTTGATGAGGCTGATGAAATATGTGGT
genomic: CTGTTGCCAGCAGCCGAAAGGGTAATCTTGATACCATGTGGCTAGAAACGgtaaaatgtg ... tattgggtagTTGATGGCCTTAATTGGGGAGCAATTTGATGAGGCTGATGAAATATGTGGT
EST: gi|110686380|gb|EE063948.1|EE063948
EST:     CTGTTGCCAGCAGCCGAAAGGGTAACCTTGATACCATGTGGCTAGAAACG                         TTGATGGCCTTAATTGGGGAGCAATTTGATGAGGCTGATGAAATATGTGGT
genomic: CTGTTGCCAGCAGCCGAAAGGGTAATCTTGATACCATGTGGCTAGAAACGgtaaaatgtg ... tattgggtagTTGATGGCCTTAATTGGGGAGCAATTTGATGAGGCTGATGAAATATGTGGT
EST: gi|30129212|gb|CB914551.1|CB914551
EST:     CTGTTGCCAGCAGCCGAAAGGGTAACCTTGATACCATGTGGCTAGAAACG                         TTGATGGCCTTAATTGGGGAGCAATTTGATGAGGCTGATGAAATATGTGGT
genomic: CTGTTGCCAGCAGCCGAAAGGGTAATCTTGATACCATGTGGCTAGAAACGgtaaaatgtg ... tattgggtagTTGATGGCCTTAATTGGGGAGCAATTTGATGAGGCTGATGAAATATGTGGT
EST: gi|77580010|gb|DV218885.1|DV218885
EST:     CTGTTGCCAGCAGCCGAAAGGGTAACCTTGATACCATGTGGCTAGAAACG                         TTGATGGCCTTAATTGGGGAGCAATTTGATGAGGCTGATGAAATATGTGGT
genomic: CTGTTGCCAGCAGCCGAAAGGGTAATCTTGATACCATGTGGCTAGAAACGgtaaaatgtg ... tattgggtagTTGATGGCCTTAATTGGGGAGCAATTTGATGAGGCTGATGAAATATGTGGT
EST: gi|29782677|gb|CB348195.2|CB348195
EST:     CTGTTGCCAGCAGCCGAAAGGGTAACCTTGATACCATGTGGCTAGAAACG                         TTGATGGCCTTAATTGGGGAGCAATTTGATGAGGCTGATGAAATATGTGGT
genomic: CTGTTGCCAGCAGCCGAAAGGGTAATCTTGATACCATGTGGCTAGAAACGgtaaaatgtg ... tattgggtagTTGATGGCCTTAATTGGGGAGCAATTTGATGAGGCTGATGAAATATGTGGT
EST: gi|110427971|gb|EC994428.1|EC994428
EST:     CTGTTGCCAGCAGCCGAAAGGGTAACCTTGATACCATGTGGCTAGAAACG                         TTGATGGCCTTAATTGGGGAGCAATTTGATGAGGCTGATGAAATATGTGGT
genomic: CTGTTGCCAGCAGCCGAAAGGGTAATCTTGATACCATGTGGCTAGAAACGgtaaaatgtg ... tattgggtagTTGATGGCCTTAATTGGGGAGCAATTTGATGAGGCTGATGAAATATGTGGT
EST: gi|30135899|gb|CB921237.1|CB921237
EST:     CTGTTGCCAGCAGCCGAAAGGGTAACCTTGATACCATGTGGCTAGAAACG                         TTGATGGCCTTAATTGGGGAGCAATTTGATGAGGCTGATGAAATATGTGGT
genomic: CTGTTGCCAGCAGCCGAAAGGGTAATCTTGATACCATGTGGCTAGAAACGgtaaaatgtg ... tattgggtagTTGATGGCCTTAATTGGGGAGCAATTTGATGAGGCTGATGAAATATGTGGT
EST: gi|110724989|gb|EE101297.1|EE101297
EST:     CTGTTGCCAGCAGCCGAAAGGGTAACCTTGATACCATGTGGCTAGAAACG                         TTGATGGCCTTAATTGGGGAGCAATTTGATGAGGCTGATGAAATATGTGGT
genomic: CTGTTGCCAGCAGCCGAAAGGGTAATCTTGATACCATGTGGCTAGAAACGgtaaaatgtg ... tattgggtagTTGATGGCCTTAATTGGGGAGCAATTTGATGAGGCTGATGAAATATGTGGT
EST: gi|161712027|gb|FC059592.1|FC059592
EST:     CTGTTGCCAGCAGCCGAAAGGGTAACCTTGATACCATGTGGCTAGAAACG                         TTGATGGCCTTAATTGGGGAGCAATTTGATGAGGCTGATGAAATATGTGGT
genomic: CTGTTGCCAGCAGCCGAAAGGGTAATCTTGATACCATGTGGCTAGAAACGgtaaaatgtg ... tattgggtagTTGATGGCCTTAATTGGGGAGCAATTTGATGAGGCTGATGAAATATGTGGT
EST: gi|110732987|gb|EE108752.1|EE108752
EST:     CTGTTGCCAGCAGCCGAAAGGGTAACCTTGATACCATGTGGCTAGAAACG                         TTGATGGCCTTAATTGGGGAGCAATTTGATGAGGCTGATGAAATATGTGGT
genomic: CTGTTGCCAGCAGCCGAAAGGGTAATCTTGATACCATGTGGCTAGAAACGgtaaaatgtg ... tattgggtagTTGATGGCCTTAATTGGGGAGCAATTTGATGAGGCTGATGAAATATGTGGT
EST: gi|351040235|gb|FQ425321.1|FQ425321
EST:     CTGTTGCCAGCAGCCGAAAGGGTAACCTTGATACCATGTGGCTAGAAACG                         TTGATGGCCTTAATTGGGGAGCAATTTGATGAGGCTGATGAAATATGTGGT
genomic: CTGTTGCCAGCAGCCGAAAGGGTAATCTTGATACCATGTGGCTAGAAACGgtaaaatgtg ... tattgggtagTTGATGGCCTTAATTGGGGAGCAATTTGATGAGGCTGATGAAATATGTGGT
EST: gi|30130346|gb|CB915685.1|CB915685
EST:     CTGTTGCCAGCAGCCGAAAGGGTAACCTTGATACCATGTGGCTAGAAACG                         TTGATGGCCTTAATTGGGGAGCAATTTGATGAGGCTGATGAAATATGTGGT
genomic: CTGTTGCCAGCAGCCGAAAGGGTAATCTTGATACCATGTGGCTAGAAACGgtaaaatgtg ... tattgggtagTTGATGGCCTTAATTGGGGAGCAATTTGATGAGGCTGATGAAATATGTGGT
EST: gi|110731346|gb|EE105675.1|EE105675
EST:     CTGTTGCCAGCAGCCGAAAGGGTAACCTTGATACCATGTGGCTAGAAACG                         TTGATGGCCTTAATTGGGGAGCAATTTGATGAGGCTGATGAAATATGTGGT
genomic: CTGTTGCCAGCAGCCGAAAGGGTAATCTTGATACCATGTGGCTAGAAACGgtaaaatgtg ... tattgggtagTTGATGGCCTTAATTGGGGAGCAATTTGATGAGGCTGATGAAATATGTGGT
EST: gi|30130329|gb|CB915668.1|CB915668
EST:     CTGTTGCCAGCAGCCGAAAGGGTAACCTTGATACCATGTGGCTAGAAACG                         TTGATGGCCTTAATTGGGGAGCAATTTGATGAGGCTGATGAAATATGTGGT
genomic: CTGTTGCCAGCAGCCGAAAGGGTAATCTTGATACCATGTGGCTAGAAACGgtaaaatgtg ... tattgggtagTTGATGGCCTTAATTGGGGAGCAATTTGATGAGGCTGATGAAATATGTGGT
EST: gi|351046061|gb|FQ441444.1|FQ441444
EST:     CTGTTGCCAGCAGCCGAAAGGGTAACCTTGATACCATGTGGCTAGAAACG                         TTGATGGCCTTAATTGGGGAGCAATTTGATGAGGCTGATGAAATATGTGGT
genomic: CTGTTGCCAGCAGCCGAAAGGGTAATCTTGATACCATGTGGCTAGAAACGgtaaaatgtg ... tattgggtagTTGATGGCCTTAATTGGGGAGCAATTTGATGAGGCTGATGAAATATGTGGT
EST: gi|351015262|gb|FQ445546.1|FQ445546
EST:     CTGTTGCCAGCAGCCGAAAGGGTAACCTTGATACCATGTGGCTAGAAACG                         TTGATGGCCTTAATTGGGGAGCAATTTGATGAGGCTGATGAAATATGTGGT
genomic: CTGTTGCCAGCAGCCGAAAGGGTAATCTTGATACCATGTGGCTAGAAACGgtaaaatgtg ... tattgggtagTTGATGGCCTTAATTGGGGAGCAATTTGATGAGGCTGATGAAATATGTGGT
EST: gi|30131970|gb|CB917309.1|CB917309
EST:     CTGTTGCCAGCAGCCGAAAGGGTAACCTTGATACCATGTGGCTAGAAACG                         TTGATGGCCTTAATTGGGGAGCAATTTGATGAGGCTGATGAAATATGTGGT
genomic: CTGTTGCCAGCAGCCGAAAGGGTAATCTTGATACCATGTGGCTAGAAACGgtaaaatgtg ... tattgggtagTTGATGGCCTTAATTGGGGAGCAATTTGATGAGGCTGATGAAATATGTGGT
EST: gi|71886452|gb|DT035507.1|DT035507
EST:     CTGTTGCCAGCAGCCGAAAGGGTAACCTTGATACCATGTGGCTAGAAACG                         TTGATGGCCTTAATTGGGGAGCAATTTGATGAGGCTGATGAAATATGTGGT
genomic: CTGTTGCCAGCAGCCGAAAGGGTAATCTTGATACCATGTGGCTAGAAACGgtaaaatgtg ... tattgggtagTTGATGGCCTTAATTGGGGAGCAATTTGATGAGGCTGATGAAATATGTGGT
EST: gi|110697840|gb|EE075280.1|EE075280
EST:     CTGTTGCCAGCAGCCGAAAGGGTAACCTTGATACCATGTGGCTAGAAACG                         TTGATGGCCTTAATTGGGGAGCAATTTGATGAGGCTGATGAAATATGTGGT
genomic: CTGTTGCCAGCAGCCGAAAGGGTAATCTTGATACCATGTGGCTAGAAACGgtaaaatgtg ... tattgggtagTTGATGGCCTTAATTGGGGAGCAATTTGATGAGGCTGATGAAATATGTGGT
EST: gi|110721728|gb|EE097336.1|EE097336
EST:     CTGTTGCCAGCAGCCGAAAGGGTAACCTTGATACCATGTGGCTAGAAACG                         TTGATGGCCTTAATTGGGGAGCAATTTGATGAGGCTGATGAAATATGTGGT
genomic: CTGTTGCCAGCAGCCGAAAGGGTAATCTTGATACCATGTGGCTAGAAACGgtaaaatgtg ... tattgggtagTTGATGGCCTTAATTGGGGAGCAATTTGATGAGGCTGATGAAATATGTGGT
EST: gi|110731029|gb|EE108785.1|EE108785
EST:     CTGTTGCCAGCAGCCGAAAGGGTAACCTTGATACCATGTGGCTAGAAACG                         TTGATGGCCTTAATTGGGGAGCAATTTGATGAGGCTGATGAAATATGTGGT
genomic: CTGTTGCCAGCAGCCGAAAGGGTAATCTTGATACCATGTGGCTAGAAACGgtaaaatgtg ... tattgggtagTTGATGGCCTTAATTGGGGAGCAATTTGATGAGGCTGATGAAATATGTGGT
EST: gi|30132754|gb|CB918093.1|CB918093
EST:     CTGTTGCCAGCAGCCGAAAGGGTAACCTTGATACCATGTGGCTAGAAACG                         TTGATGGCCTTAATTGGGGAGCAATTTGATGAGGCTGATGAAATATGTGGT
genomic: CTGTTGCCAGCAGCCGAAAGGGTAATCTTGATACCATGTGGCTAGAAACGgtaaaatgtg ... tattgggtagTTGATGGCCTTAATTGGGGAGCAATTTGATGAGGCTGATGAAATATGTGGT
EST: gi|22013368|gb|BQ798402.1|BQ798402
EST:     CTGTTGCCAGCAGCCGAAAGGGTAACCTTGATACCATGTGGCTAGAAACG                         TTGATGGCCTTAATTGGGGAGCAATTTGATGAGGCTGATGAAATATGTGGT
genomic: CTGTTGCCAGCAGCCGAAAGGGTAATCTTGATACCATGTGGCTAGAAACGgtaaaatgtg ... tattgggtagTTGATGGCCTTAATTGGGGAGCAATTTGATGAGGCTGATGAAATATGTGGT
EST: gi|351027640|gb|FQ446807.1|FQ446807
EST:     CTGTTGCCAGCAGCCGAAAGGGTAACCTTGATACCATGTGGCTAGAAACG                         TTGATGGCCTTAATTGGGGAGCAATTTGATGAGGCTGATGAAATATGTGGT
genomic: CTGTTGCCAGCAGCCGAAAGGGTAATCTTGATACCATGTGGCTAGAAACGgtaaaatgtg ... tattgggtagTTGATGGCCTTAATTGGGGAGCAATTTGATGAGGCTGATGAAATATGTGGT
EST: gi|110375910|gb|EC940937.1|EC940937
EST:     CTGTTGCCAGCAGCCGAAAGGGTAACCTTGATACCATGTGGCTAGAAACG                         TTGATGGCCTTAATTGGGGAGCAATTTGATGAGGCTGATGAAATATGTGGT
genomic: CTGTTGCCAGCAGCCGAAAGGGTAATCTTGATACCATGTGGCTAGAAACGgtaaaatgtg ... tattgggtagTTGATGGCCTTAATTGGGGAGCAATTTGATGAGGCTGATGAAATATGTGGT
EST: gi|71886070|gb|DT035125.1|DT035125
EST:     CTGTTGCCAGCAGCCGAAAGGGTAACCTTGATACCATGTGGCTAGAAACG                         TTGATGGCCTTAATTGGGGAGCAATTTGATGAGGCTGATGAAATATGTGGT
genomic: CTGTTGCCAGCAGCCGAAAGGGTAATCTTGATACCATGTGGCTAGAAACGgtaaaatgtg ... tattgggtagTTGATGGCCTTAATTGGGGAGCAATTTGATGAGGCTGATGAAATATGTGGT
EST: gi|110703148|gb|EE079739.1|EE079739
EST:     CTGTTGCCAGCAGCCGAAAGGGTAACCTTGATACCATGTGGCTAGAAACG                         TTGATGGCCTTAATTGGGGAGCAATTTGATGAGGCTGATGAAATATGTGGT
genomic: CTGTTGCCAGCAGCCGAAAGGGTAATCTTGATACCATGTGGCTAGAAACGgtaaaatgtg ... tattgggtagTTGATGGCCTTAATTGGGGAGCAATTTGATGAGGCTGATGAAATATGTGGT