Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ATTGAATGAAGCCGTGATGCATTTTGGTGAGAGCATCAAGGAAATTATCAATGAGGAGTTTGGCGATGGCATgtaagtctttttggtctcccaatttctctgtttgcttgccacacatgtacttttgagcctgtttgacaacggtttctgaaaacaggtttcccaaatttca...

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv05s0049g01520.t01
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv05s0049g01520.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 2
lower sequence: LOC_Os10g33270.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 2
ATTGAATGAAGCCGTGATGCATTTTGGTGAGAGCATCAAGGAAATTATCAATGAGGAGTTTGGCGATGGCATgtaagtctttttggtctcccaatttctctgtttgcttgccacacatgtacttttgagcctgtttgacaacggtttctgaaaacaggt--ttcccaaatttca----
|||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||         ||| || ||   ||  | |  |||     ||| |||    |    | ||      | ||| |||  ||| |    |   | || || |    
ATTGAATGAAGCTGTTATGCATTTTGGAGAGAGCATCAAGGAAATTATCAATGAGGAGTTTGGTGATGGAATgtaagat------atctgcctatgcttcattctatttgattttcatttaccccagtatttcttgacttcctgttcctggtaactgcacatggacgaagttaaggat

upper sequence: Vv05s0049g01520.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 2
lower sequence: GRMZM2G134747_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 2
ATTGAATGAAGCCGTGATGCATTTTGGTGAGAGCATCAAGGAAATTATCAATGAGGAGTTTGGCGATGGCATgtaagtctttttggtctcccaatt-tctctgtttgcttgccacacatgtacttttg-agcctgtttgacaacggtttctgaaaacaggtttcccaaatttca
|||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||   |    ||    || || |   |   | | ||   |   |   ||        || ||     |     |  | |||    ||    |   ||  
ATTGAATGAAGCTGTTATGCATTTTGGAGAGAGCATCAAGGAAATCATCAATGAGGAGTTTGGTGATGGAATgtaagagataccagtgcttcatttatgcataaattcctgttcctggtaatctggcatgaactattatgtgatatagttagtaaatccattagttatgatt--

upper sequence: Vv05s0049g01520.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 2
lower sequence: GLYMA10G00790.1 (Glycine max), 5'ss of exon 2
ATTGAATGAAGCCGTGATGCATTTTGGTGAGAGCATCAAGGAAATTATCAATGAGGAGTTTGGCGATGGCATgtaagtctttttggtctcccaatttctctgtt-tgcttgccacacatgtacttttgagcctgtttgacaacggtttctgaaaacaggtttcccaaatttca
 ||||||||||| || ||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||| |   |    |    || | | | |  ||  |||   | ||| | || |  |    |||   |    |  ||  |     || |  ||  |||  
GTTGAATGAAGCTGTTATGCATTTTGGGGAGAGCATCAAAGAAATAATCAATGAGGAGTTTGGTGATGGGATgtaagtttcaattacataatgatatatttctcatgaatgctcaagatgaagttgtttggtgtttttctatatatgacttgagttgagtgtatcatgtttt-

upper sequence: Vv05s0049g01520.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 2
lower sequence: AT3G23490.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 2
ATTGAATGAAGCCGTGATGCATTTTGGTGAGAGCATCAAGGAAATTATCAATGAGGAGTTTGGCGATGGCATgtaagtctttttggtctcccaatttctct-gtttgcttgccacacatgtacttttgagcctgtttgacaacggtttctgaaaacaggtttcccaaatttca
 ||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||| || ||||| |||||||||||||| | | || |||   | | | |   |||||  |      | | | ||||  ||  |  |||  |   |  |           |        |   |
GTTGAATGAAGCAGTGATGCATTTTGGTGAGAGTATAAAGGAGATTATCAATGAAGATTTTGGAGATGGCATgtaagtttctatgttctttaagtatgtaaagtttgagttgtgatcgt-tgctttaaagggtcattgttagtagcatacttgtgtgattcattttgttcata

upper sequence: Vv05s0049g01520.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 2
lower sequence: PP1S272_13V6.5 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 4
ATTGAATGAAGCCGTGATGCATTTTGGTGAGAGCATCAAGGAAATTATCAATGAGGAGTTTGGCGATGGCATgtaagtctttttggtct------cccaatttctctgtttgcttgc-cacacatgtacttttgagcctg----tttgacaacggtttctgaaaacaggtttc-ccaaatttca-------------------------------------------------------------------
  || | |||||     | ||||  || || ||||||||||| || |||||||| |||||||| || |||||||||||   | |  |||      |  | ||    |||| | ||      ||||  | |    ||        | | |  ||| | |     |||  || |  |   ||                                                                       
GCTGCACGAAGCGACTGTACATTACGGCGAAAGCATCAAGGATATCATCAATGAAGAGTTTGGTGACGGCATgtaagtaaatctcatcttaagagcatagttcgaatgttggtttctatgtacatacagtcagaagttcacaaatgtaatgacgctgtactgcaacgtgtctggcttgatgctgtcacagcctgtaaaattgctggaaacggataatcccactaatatatgtttcaactggcgatctgcag

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|30125734|gb|CB911073.1|CB911073
EST:     TTTGGTGAGAGCATCAAGGAAATTATCAATGAGGAGTTTGGCGATGGCAT                         TATGTCAGCCATAGACTTCTACTGCTCAGTTGACAAAGTTAAAGGTGTGGA
genomic: TTTGGTGAGAGCATCAAGGAAATTATCAATGAGGAGTTTGGCGATGGCATgtaagtcttt ... tgatgtccagTATGTCAGCCATAGACTTCTACTGCTCAGTTGACAAAGTTAAAGGTGTGGA
EST: gi|351031752|gb|FQ460009.1|FQ460009
EST:     TTTGGTGAGAGCATCAAGGAAATTATCAATGAGGAGTTTGGCGATGGCAT                         TATGTCAGCCATAGACTTCTACTGCTCAGTTGACAAAGTTAAAGGTGTGGA
genomic: TTTGGTGAGAGCATCAAGGAAATTATCAATGAGGAGTTTGGCGATGGCATgtaagtcttt ... tgatgtccagTATGTCAGCCATAGACTTCTACTGCTCAGTTGACAAAGTTAAAGGTGTGGA
EST: gi|30297048|gb|CB973842.1|CB973842
EST:     TTTGGTGAGAGCATCAAGGAAATTATCAATGAGGAGTTTGGCGATGGCAT                         TATGTCAGCCATAGACTTTTACTGCTCAGTCGACAAAGTTAAAGGTGTGGA
genomic: TTTGGTGAGAGCATCAAGGAAATTATCAATGAGGAGTTTGGCGATGGCATgtaagtcttt ... tgatgtccagTATGTCAGCCATAGACTTCTACTGCTCAGTTGACAAAGTTAAAGGTGTGGA
EST: gi|351018751|gb|FQ425653.1|FQ425653
EST:     TTTGGTGAGAGCATCAAGGAAATTATCAATGAGGAGTTTGGCGATGGCAT                         TATGTCAGCCATAGACTTCTACTGCTCAGTTGACAAAGTTAAAGGTGTGGA
genomic: TTTGGTGAGAGCATCAAGGAAATTATCAATGAGGAGTTTGGCGATGGCATgtaagtcttt ... tgatgtccagTATGTCAGCCATAGACTTCTACTGCTCAGTTGACAAAGTTAAAGGTGTGGA
EST: gi|110399295|gb|EC965794.1|EC965794
EST:     TTTGGTGAGAGCATCAAGGAAATTATCAATGAGGAGTTTGGCGATGGCAT                         TATGTCAGCCATAGACTTCTACTGCTCAGTCGACAAAGTTAAAGGTGTGGA
genomic: TTTGGTGAGAGCATCAAGGAAATTATCAATGAGGAGTTTGGCGATGGCATgtaagtcttt ... tgatgtccagTATGTCAGCCATAGACTTCTACTGCTCAGTTGACAAAGTTAAAGGTGTGGA
EST: gi|22014889|gb|BQ799923.1|BQ799923
EST:     TTTGGTGAGAGCATCAAGGAAATTATCAATGAGGAGTTTGGCGATGGCAT                         TATGTCAGCCATTGACTTCTACTGCTCAGTTGACAAAGTTAAAGGTGTGGA
genomic: TTTGGTGAGAGCATCAAGGAAATTATCAATGAGGAGTTTGGCGATGGCATgtaagtcttt ... tgatgtccagTATGTCAGCCATAGACTTCTACTGCTCAGTTGACAAAGTTAAAGGTGTGGA
EST: gi|26263703|gb|CA814766.1|CA814766
EST:     TTTGGTGAGAGCATCAAGGAAATTATCAATGAGGAGTTTGGCGATGGCAT                         TATGTCAGCCATAGACTTCTACTGCTCAGTCGACAAAGTTAAAGGTGTGGA
genomic: TTTGGTGAGAGCATCAAGGAAATTATCAATGAGGAGTTTGGCGATGGCATgtaagtcttt ... tgatgtccagTATGTCAGCCATAGACTTCTACTGCTCAGTTGACAAAGTTAAAGGTGTGGA
EST: gi|30132704|gb|CB918043.1|CB918043
EST:     TTTGGTGAGAGCATCAAGGAAATTATCAATGAGGAGTTTGGCGATGGCAT                         TATGTCAGCCATAGACTTCTACTGCTCAGTTGACAAAGTTAAAGGTGTGGA
genomic: TTTGGTGAGAGCATCAAGGAAATTATCAATGAGGAGTTTGGCGATGGCATgtaagtcttt ... tgatgtccagTATGTCAGCCATAGACTTCTACTGCTCAGTTGACAAAGTTAAAGGTGTGGA
EST: gi|34549238|gb|CF517470.1|CF517470
EST:     TTTGGTGAGAGCATCAAGGAAATTATCAATGAGGAGTTTGGCGATGGCAT                         TATGTCAGCCATAGACTTCTACTGCTCAGTCGACAAAGTTAAAGGTGTGGA
genomic: TTTGGTGAGAGCATCAAGGAAATTATCAATGAGGAGTTTGGCGATGGCATgtaagtcttt ... tgatgtccagTATGTCAGCCATAGACTTCTACTGCTCAGTTGACAAAGTTAAAGGTGTGGA
EST: gi|110382071|gb|EC938407.1|EC938407
EST:     TTTGGTGAGAGCATCAAGGAAATTATCAATGAGGAGTTTGGCGATGGCAT                         TATGTCAGCCATAGACTTCTACTGCTCAGTTGACAAAGTTAAAGGTGTGGA
genomic: TTTGGTGAGAGCATCAAGGAAATTATCAATGAGGAGTTTGGCGATGGCATgtaagtcttt ... tgatgtccagTATGTCAGCCATAGACTTCTACTGCTCAGTTGACAAAGTTAAAGGTGTGGA
EST: gi|30297110|gb|CB973904.1|CB973904
EST:     TTTGGTGAGAGCATCAAGGAAATTATCAATGAGGAGTTTGGCGATGGCAT                         TATGTCAGCCATAGACTTCTACTGCTCAGTCGACAAAGTTAAAGGTGTGGA
genomic: TTTGGTGAGAGCATCAAGGAAATTATCAATGAGGAGTTTGGCGATGGCATgtaagtcttt ... tgatgtccagTATGTCAGCCATAGACTTCTACTGCTCAGTTGACAAAGTTAAAGGTGTGGA
EST: gi|26265678|gb|CA816741.1|CA816741
EST:     TTTGGTGAGAGCATCAAGGAAATTATCAATGAGGAGTTTGGCGATGGCAT                         TATGTCAGCCATAGACTTCTACTGCTCAGTTGACAAAGTTAAAGGTGTGGA
genomic: TTTGGTGAGAGCATCAAGGAAATTATCAATGAGGAGTTTGGCGATGGCATgtaagtcttt ... tgatgtccagTATGTCAGCCATAGACTTCTACTGCTCAGTTGACAAAGTTAAAGGTGTGGA
EST: gi|26265061|gb|CA816124.1|CA816124
EST:     TTTGGTGAGAGCATCAAGGAAATTATCAATGAGGAGTTTGGCGATGGCAT                         TATGTCAGCCATAGACTTCTGCTGCTCAGTTGACAAAGTTAAAGGTGTGGA
genomic: TTTGGTGAGAGCATCAAGGAAATTATCAATGAGGAGTTTGGCGATGGCATgtaagtcttt ... tgatgtccagTATGTCAGCCATAGACTTCTACTGCTCAGTTGACAAAGTTAAAGGTGTGGA
EST: gi|351036307|gb|FQ458682.1|FQ458682
EST:     TTTGGTGAGAGCATCAAGGAAATTATCAATGAGGAGTTTGGCGATGGCAT                         TATGTCAGCCATAGACTTCTACTGCTCAGTTGACAAGGTTAAAGGTGTGGA
genomic: TTTGGTGAGAGCATCAAGGAAATTATCAATGAGGAGTTTGGCGATGGCATgtaagtcttt ... tgatgtccagTATGTCAGCCATAGACTTCTACTGCTCAGTTGACAAAGTTAAAGGTGTGGA
EST: gi|110389318|gb|EC954146.1|EC954146
EST:     TTTGGTGAGAGCATCAAGGAAATTATCAATGAGGAGTTTGGCGATGGCAT                         TATGTCAGCCATAGACTTCTACTGCTCAGTCGACAAAGTTAAAGGTGTGGA
genomic: TTTGGTGAGAGCATCAAGGAAATTATCAATGAGGAGTTTGGCGATGGCATgtaagtcttt ... tgatgtccagTATGTCAGCCATAGACTTCTACTGCTCAGTTGACAAAGTTAAAGGTGTGGA
EST: gi|110421844|gb|EC988147.1|EC988147
EST:     TTTGGTGAGAGCATCAAGGAAATTATCAATGAGGAGTTTGGCGATGGCAT                         TATGTCAGCCATAGACTTCTACTGCTCAGTTGACAAAGTTAAAGGTGTGGA
genomic: TTTGGTGAGAGCATCAAGGAAATTATCAATGAGGAGTTTGGCGATGGCATgtaagtcttt ... tgatgtccagTATGTCAGCCATAGACTTCTACTGCTCAGTTGACAAAGTTAAAGGTGTGGA
EST: gi|26263686|gb|CA814749.1|CA814749
EST:     TTTGGTGAGAGCATCAAGGAAATTATCAATGAGGAGTTTGGCGATGGCAT                         TATGTCAGCCATAGACTTCTACTGCTCAGTTGACAAAGTTAAAGGTGTGGA
genomic: TTTGGTGAGAGCATCAAGGAAATTATCAATGAGGAGTTTGGCGATGGCATgtaagtcttt ... tgatgtccagTATGTCAGCCATAGACTTCTACTGCTCAGTTGACAAAGTTAAAGGTGTGGA
EST: gi|18458542|gb|BM436820.1|BM436820
EST:     TTTGGTGAGAGCATCAAGGAAATTATCAATGAGGAGTTTGGCGATGGCAT                         TATGTCAGCCATAGACTTCTACTGCTCAGTTGACAAAGTTAAAGGTGTGGA
genomic: TTTGGTGAGAGCATCAAGGAAATTATCAATGAGGAGTTTGGCGATGGCATgtaagtcttt ... tgatgtccagTATGTCAGCCATAGACTTCTACTGCTCAGTTGACAAAGTTAAAGGTGTGGA
EST: gi|26265694|gb|CA816757.1|CA816757
EST:     TTTGGTGAGAGCATCAAGGAAATTATCAATGAGGAGTTTGGCGATGGCAT                         TATGTCAGCCATAGACTTCTACTGCTCAGTCGACAAAGTTAAAGGTGTGGA
genomic: TTTGGTGAGAGCATCAAGGAAATTATCAATGAGGAGTTTGGCGATGGCATgtaagtcttt ... tgatgtccagTATGTCAGCCATAGACTTCTACTGCTCAGTTGACAAAGTTAAAGGTGTGGA
EST: gi|32244959|gb|CD710778.1|CD710778
EST:     TTTGGTGAGAGCATCAAGGAAATTATCAATGAGGAGTTTGGCGATGGCAT                         TATGTCAGCCATAGACTTCTACTGCTCAGTTGACAAAGTTAAAGGTGTGGA
genomic: TTTGGTGAGAGCATCAAGGAAATTATCAATGAGGAGTTTGGCGATGGCATgtaagtcttt ... tgatgtccagTATGTCAGCCATAGACTTCTACTGCTCAGTTGACAAAGTTAAAGGTGTGGA
EST: gi|351023724|gb|FQ448275.1|FQ448275
EST:     TTTGGTGAGAGCATCAAGGAAATTATCAATGAGGAGTTTGGCGATGGCAT                         TATGTCAGCCATAGACTTCTACTGCTCAGTTGACAAAGTTAAAGGTGTGGA
genomic: TTTGGTGAGAGCATCAAGGAAATTATCAATGAGGAGTTTGGCGATGGCATgtaagtcttt ... tgatgtccagTATGTCAGCCATAGACTTCTACTGCTCAGTTGACAAAGTTAAAGGTGTGGA
EST: gi|26265153|gb|CA816216.1|CA816216
EST:     TTTGGTGAGAGCATCAAGGAAATTATCAATGAGGAGTTTGGCGATGGCAT                         TATGTCAGCCATAGACTTCTACTGCTCAGTCGACAAAGTTAAAGGTGTGGA
genomic: TTTGGTGAGAGCATCAAGGAAATTATCAATGAGGAGTTTGGCGATGGCATgtaagtcttt ... tgatgtccagTATGTCAGCCATAGACTTCTACTGCTCAGTTGACAAAGTTAAAGGTGTGGA
EST: gi|34363041|gb|CF404626.1|CF404626
EST:     GGAAATTATCAATGAGGAGTTTGGCGATGGCAT                         TATGTCACCCATAGACTTCTTCTGCTCAGTTGACAAAGTTAAAGGTGTGGA
genomic: GGAAATTATCAATGAGGAGTTTGGCGATGGCATgtaagtcttt ... tgatgtccagTATGTCAGCCATAGACTTCTACTGCTCAGTTGACAAAGTTAAAGGTGTGGA
EST: gi|77581866|gb|DV219897.1|DV219897
EST:     TTTGGTGAGAGCATCAAGGAAATTATCAATGAGGAGTTTGGCGATGGCAT                         TATGTCAGCCATAGACTTCTACTGCTCAGTTGACAAAGTTAAAGGTGTGGA
genomic: TTTGGTGAGAGCATCAAGGAAATTATCAATGAGGAGTTTGGCGATGGCATgtaagtcttt ... tgatgtccagTATGTCAGCCATAGACTTCTACTGCTCAGTTGACAAAGTTAAAGGTGTGGA
EST: gi|349829185|gb|FQ419679.1|FQ419679
EST:     TTTGGTGAGAGCATCAAGGAAATTATCAATGAGGAGTTTGGCGATGGCAT                         TATGTCAGCCATAGACTTCTACTGCTCAGTTGACAAAGTTAAAGGTGTGGA
genomic: TTTGGTGAGAGCATCAAGGAAATTATCAATGAGGAGTTTGGCGATGGCATgtaagtcttt ... tgatgtccagTATGTCAGCCATAGACTTCTACTGCTCAGTTGACAAAGTTAAAGGTGTGGA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ATTGAATGAAGCCGTGATGCATTTTGGTGAGAGCATCAAGGAAATTATCAATGAGGAGTTTGGCGATGGCATgtaagtctttttggtctcccaatttctctgtttgcttgccacacatgtacttttgagcctgtttgacaacggtttctgaaaacaggtttcccaaatttca

- - - - - - - - - - - - - -  AGAGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gaaaaca