1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
AGAGGTTGCAACAAAATATCCTGGAATCAAGTACAGTGAAATTATTGTGGACAATTGCTGCATGCAGCTTGTTTCAAAGCCTGAGCAGTTTGATGTCATGgtatgtgaatatactattgtatagcactttaattgagatgcaaattgcttggtcaatgtttgtcatgttctgtaattattcttaagatttcctgatagca...
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv04s0210g00180.t01 |
intron # | 2 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: ACAATTGCTGCATGCAGCTTGTTTCAAAGCCTGAGCAGTTTGATGTCATG GTGACACCTAATCTTTATGGCAATTTAGTGGCAAATACAGCAGCTGGTATTEST: gi|110415520|gb|EC981433.1|EC981433
genomic: ACAATTGCTGCATGCAGCTTGTTTCAAAGCCTGAGCAGTTTGATGTCATGgtatgtgaat ... cattttacagGTGACACCTAATCTTTATGGCAATTTAGTGGCAAATACAGCAGCTGGTATT
EST: ACAATTGCTGCATGCAGCTTGTTTCAAAGCCTGAGCAGTTTGATGTCATG GTGACACCTAATCTTTATGGCAATTTAGTGGCAAATACAGCAGCTGGTATTEST: gi|71888801|gb|DT037856.1|DT037856
genomic: ACAATTGCTGCATGCAGCTTGTTTCAAAGCCTGAGCAGTTTGATGTCATGgtatgtgaat ... cattttacagGTGACACCTAATCTTTATGGCAATTTAGTGGCAAATACAGCAGCTGGTATT
EST: ACAATTGCTGCATGCAGCTTGTTTCAAAGCCTGAGCAGTTTGATGTCATG GTGACACCTAATCTTTATGGCAATTTAGTGGCAAATACAGCAGCTGGTATT
genomic: ACAATTGCTGCATGCAGCTTGTTTCAAAGCCTGAGCAGTTTGATGTCATGgtatgtgaat ... cattttacagGTGACACCTAATCTTTATGGCAATTTAGTGGCAAATACAGCAGCTGGTATT
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| AGAGGTTGCAACAAAATATCCTGGAATCAAGTACAGTGAAATTATTGTGGACAATTGCTGCATGCAGCTTGTTTCAAAGCCTGAGCAGTTTGATGTCATGgtatgtgaatatactattgtatagcactttaattgagatgcaaattgcttggtcaatgtttgtcatgttctgtaattattcttaagatttcctgatagca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCAG