Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GGTGTTGGGACTGTGAAGCTTCTCAAACACAAGGAAACCGAAAAGGTCAGGCTTGTGATGCGCCAATCCAAGACCCTTAAGATCTGTGCCAACCATCTTGgtatgctcttctttttatgtatgctttcaaattggttttatggtgtgaattttcaatatggattcaaggccatgctgggaatctctgtatgggtatgtatgctttgtctttgaattgacctaatgggtgagttaatatgttgcag

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv04s0008g01410.t01
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv04s0008g01410.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 2
lower sequence: GRMZM2G078933_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 2
GGTGTTGGGACTGTGAAGCTTCTCAAACACAAGGAAACCGAAAAGGTCAGGCTTGTGATGCGCCAATCCAAGACCCTTAAGATCTGTGCCAACCATCTTGgtatgctcttctttttatgtatgctttcaaattggttttatggtgtgaattttcaatatggattcaaggccatgctgggaatctctgtatgggtatgtatgctttgtctttgaattgacctaatgggtgagttaatatgttgcag
||    || ||||||||||| || || |||||||| ||||  |||||| | || || ||||| ||  | ||||| |||||||||||||| |||||||||||||  | ||   |||| ||| || |||    | |   ||  | | ||      |   || | ||       |  ||||      |||||| | |   ||| |  |  ||  |||   ||                          
GGCACAGGCACTGTGAAGCTGCTTAAGCACAAGGAGACCGCCAAGGTCCGCCTCGTCATGCGTCAGGCGAAGACGCTTAAGATCTGTGCTAACCATCTTGgtaatcactgtgtttt-tgtgtgattttcgttggcggtttcgatctg-----cctggataggttttg----acactgga-----ctgtattgct---tatccccttcctccgaacgcacag------------------------

upper sequence: Vv04s0008g01410.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 2
lower sequence: GRMZM2G094388_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 2
GGTGTTGGGACTGTGAAGCTTCTCAAACACAAGGAAACCGAAAAGGTCAGGCTTGTGATGCGCCAATCCAAGACCCTTAAGATCTGTGCCAACCATCTTGgtatgctct-tctttttatgtatgctttcaaattggttttatggtgtgaattttcaatatggattcaaggccatgctgggaatctctgtatgggtatgtatgctttgtctttgaattgacctaatgggtgagttaatatgttgcag
||    || ||||||||||| ||||| ||||| || ||||  |||||| | || || ||||| ||  | ||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||  | || ||||||| |    | | || |  ||| |  || |      |||| |   ||||    |  || | |      |||| ||| |   |                                                  
GGCACAGGCACTGTGAAGCTGCTCAAGCACAAAGACACCGCCAAGGTCCGCCTCGTCATGCGTCAGGCGAAGACGCTTAAGATCTGCGCCAACCATCTCGgtagtcactgtctttttgttggcgatctcgatctggctggatag-----gttttgacattggagagtattccttaccccttttctccgtacgcacag-------------------------------------------------
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|110367022|gb|EC930942.1|EC930942
EST:     GCTTGTGATGCGCCAATCCAAGACCCTTAAGATCTGTGCCAACCATCTTG                         TGCTTGCTTCTACATCGGTACAAGAGCATACCGGGAATGACAAATCTTGTG
genomic: GCTTGTGATGCGCCAATCCAAGACCCTTAAGATCTGTGCCAACCATCTTGgtatgctctt ... tatgttgcagTGCTTGCTTCTACATCGGTACAAGAGCATACCGGGAATGACAAATCTTGTG
EST: gi|110689686|gb|EE066127.1|EE066127
EST:     GCTTGTGATGCGCCAATCCAAGACCCTTAAGATCTGTGCCAACCATCTTG                         TGCTTGCTTCTACATCGGTACAAGAGCATACCGGGAATGACAAATCTTGTG
genomic: GCTTGTGATGCGCCAATCCAAGACCCTTAAGATCTGTGCCAACCATCTTGgtatgctctt ... tatgttgcagTGCTTGCTTCTACATCGGTACAAGAGCATACCGGGAATGACAAATCTTGTG
EST: gi|71859118|gb|DT008173.1|DT008173
EST:     GCTTGTGATGCGCCAATCCAAGACCCTTAAGATCTGTGCCAACCATCTTG                         TGCTTGCTTCTACATCGGTACAAGAGCATACCGGGAATGACAAATCTTGTG
genomic: GCTTGTGATGCGCCAATCCAAGACCCTTAAGATCTGTGCCAACCATCTTGgtatgctctt ... tatgttgcagTGCTTGCTTCTACATCGGTACAAGAGCATACCGGGAATGACAAATCTTGTG
EST: gi|161715362|gb|FC064889.1|FC064889
EST:     GCTTGTGATGCGCCAATCCAAGACCCTTAAGATCTGTGCCAACCATCTTG                         TGCTTGCTTCTACATCGGTACAAGAGCATACCGGGAATGACAAATCTTGTG
genomic: GCTTGTGATGCGCCAATCCAAGACCCTTAAGATCTGTGCCAACCATCTTGgtatgctctt ... tatgttgcagTGCTTGCTTCTACATCGGTACAAGAGCATACCGGGAATGACAAATCTTGTG
EST: gi|30132864|gb|CB918203.1|CB918203
EST:     GCTTGTGATGCGCCAATCCAAGACCCTTAAGATCTGTGCCAACCATCTTG                         TGCTTGCTTCTACATCGGTACAAGAGCATACCGGGAATGACAAATCTTGTG
genomic: GCTTGTGATGCGCCAATCCAAGACCCTTAAGATCTGTGCCAACCATCTTGgtatgctctt ... tatgttgcagTGCTTGCTTCTACATCGGTACAAGAGCATACCGGGAATGACAAATCTTGTG
EST: gi|30137279|gb|CB922617.1|CB922617
EST:     GCTTGTGATGCGCCAATCCAAGACCCTTAAGATCTGTGCCAACCATCTTG                         TGCTTGCTTCTACATCGGTACAAGAGCATACCGGGAATGACAAATCTTGTG
genomic: GCTTGTGATGCGCCAATCCAAGACCCTTAAGATCTGTGCCAACCATCTTGgtatgctctt ... tatgttgcagTGCTTGCTTCTACATCGGTACAAGAGCATACCGGGAATGACAAATCTTGTG
EST: gi|110687570|gb|EE065130.1|EE065130
EST:     GCTTGTGATGCGCCAATCCAAGACCCTTAAGATCTGTGCCAACCATCTTG                         TGCTTGCTTCTACATCGGTACAAGAGCATACCGGGAATGACAAATCTTGTG
genomic: GCTTGTGATGCGCCAATCCAAGACCCTTAAGATCTGTGCCAACCATCTTGgtatgctctt ... tatgttgcagTGCTTGCTTCTACATCGGTACAAGAGCATACCGGGAATGACAAATCTTGTG
EST: gi|110702450|gb|EE081174.1|EE081174
EST:     GCTTGTGATGCGCCAATCCAAGACCCTTAAGATCTGTGCCAACCATCTTG                         TGCTTGCTTCTACATCGGTACAAGAGCATACCGGGAATGACAAATCTTGTG
genomic: GCTTGTGATGCGCCAATCCAAGACCCTTAAGATCTGTGCCAACCATCTTGgtatgctctt ... tatgttgcagTGCTTGCTTCTACATCGGTACAAGAGCATACCGGGAATGACAAATCTTGTG
EST: gi|110415331|gb|EC981228.1|EC981228
EST:     GCTTGTGATGCGCCAATCCAAGACCCTTAAGATCTGTGCCAACCATCTTG                         TGCTTGCTTCTACATCGGTACAAGAGCATACCGGGAATGACAAATCTTGTG
genomic: GCTTGTGATGCGCCAATCCAAGACCCTTAAGATCTGTGCCAACCATCTTGgtatgctctt ... tatgttgcagTGCTTGCTTCTACATCGGTACAAGAGCATACCGGGAATGACAAATCTTGTG
EST: gi|110377412|gb|EC942474.1|EC942474
EST:     GCTTGTGATGCGCCAATCCAAGACCCTTAAGATCTGTGCCAACCATCTTG                         TGCTTGCTTCTACATCGGTACAAGAGCATACCGGGAATGACAAATCTTGTG
genomic: GCTTGTGATGCGCCAATCCAAGACCCTTAAGATCTGTGCCAACCATCTTGgtatgctctt ... tatgttgcagTGCTTGCTTCTACATCGGTACAAGAGCATACCGGGAATGACAAATCTTGTG
EST: gi|110700970|gb|EE078089.1|EE078089
EST:     GCTTGTGATGCGCCAATCCAAGACCCTTAAGATCTGTGCCAACCATCTTG                         TGCTTGCTTCTACATCGGTACAAGAGCATACCGGGAATGACAAATCTTGTG
genomic: GCTTGTGATGCGCCAATCCAAGACCCTTAAGATCTGTGCCAACCATCTTGgtatgctctt ... tatgttgcagTGCTTGCTTCTACATCGGTACAAGAGCATACCGGGAATGACAAATCTTGTG
EST: gi|27581941|gb|CB004636.1|CB004636
EST:     GCTTGTGATGCGCCAATCCAAGACCCTTAAGATCTGTGCCAACCATCTTG                         TGCTTGCTTCTACATCGGTACAAGAGCATACCGGGAATGACAAATCTTGTG
genomic: GCTTGTGATGCGCCAATCCAAGACCCTTAAGATCTGTGCCAACCATCTTGgtatgctctt ... tatgttgcagTGCTTGCTTCTACATCGGTACAAGAGCATACCGGGAATGACAAATCTTGTG
EST: gi|110687053|gb|EE064129.1|EE064129
EST:     GCTTGTGATGCGCCAATCCAAGACCCTTAAGATCTGTGCCAACCATCTTG                         TGCTTGCTTCTACATCGGTACAAGAGCATACCGGGAATGACAAATCTTGTG
genomic: GCTTGTGATGCGCCAATCCAAGACCCTTAAGATCTGTGCCAACCATCTTGgtatgctctt ... tatgttgcagTGCTTGCTTCTACATCGGTACAAGAGCATACCGGGAATGACAAATCTTGTG
EST: gi|110374146|gb|EC938714.1|EC938714
EST:     GCTTGTGATGCGCCAATCCAAGACCCTTAAGATCTGTGCCAACCATCTTG                         TGCTTGCTTCTACATCGGTACAAGAGCATACCGGGAATGACAAATCTTGTG
genomic: GCTTGTGATGCGCCAATCCAAGACCCTTAAGATCTGTGCCAACCATCTTGgtatgctctt ... tatgttgcagTGCTTGCTTCTACATCGGTACAAGAGCATACCGGGAATGACAAATCTTGTG
EST: gi|30255522|gb|CB971654.1|CB971654
EST:     GCTTGTGATGCGCCAATCCAAGACCCTTAAGATCTGTGCCAACCATCTTG                         TGCTTGCTTCTACATCGGTACAAGAGCATACCGGGAATGACAAATCTTGTG
genomic: GCTTGTGATGCGCCAATCCAAGACCCTTAAGATCTGTGCCAACCATCTTGgtatgctctt ... tatgttgcagTGCTTGCTTCTACATCGGTACAAGAGCATACCGGGAATGACAAATCTTGTG
EST: gi|30132192|gb|CB917531.1|CB917531
EST:     GCTTGTGATGCGCCAATCCAAGACCCTTAAGATCTGTGCCAACCATCTTG                         TGCTTGCTTCTACATCGGTACAAGAGCATACCGGGAATGACAAATCTTGTG
genomic: GCTTGTGATGCGCCAATCCAAGACCCTTAAGATCTGTGCCAACCATCTTGgtatgctctt ... tatgttgcagTGCTTGCTTCTACATCGGTACAAGAGCATACCGGGAATGACAAATCTTGTG
EST: gi|110407002|gb|EC972593.1|EC972593
EST:     GCTTGTGATGCGCCAATCCAAGACCCTTAAGATCTGTGCCAACCATCTTG                         TGCTTGCTTCTACATCGGTACAAGAGCATACCGGGAATGACAAATCTTGTG
genomic: GCTTGTGATGCGCCAATCCAAGACCCTTAAGATCTGTGCCAACCATCTTGgtatgctctt ... tatgttgcagTGCTTGCTTCTACATCGGTACAAGAGCATACCGGGAATGACAAATCTTGTG
EST: gi|71871623|gb|DT020678.1|DT020678
EST:     GCTTGTGATGCGCCAATCCAAGACCCTTAAGATCTGTGCCAACCATCTTG                         TGCTTGCTTCTACATCGGTACAAGAGCATAC
genomic: GCTTGTGATGCGCCAATCCAAGACCCTTAAGATCTGTGCCAACCATCTTGgtatgctctt ... tatgttgcagTGCTTGCTTCTACATCGGTACAAGAGCATAC
EST: gi|30252754|gb|CB970305.1|CB970305
EST:     GCTTGTGATGCGCCAATCCAAGACCCTTAAGATCTGTGCCAACCATCTTG                         TGCTTGCTTCTACATCGGTACAAGGGCATACCGGGAATGACAAATCTTGTG
genomic: GCTTGTGATGCGCCAATCCAAGACCCTTAAGATCTGTGCCAACCATCTTGgtatgctctt ... tatgttgcagTGCTTGCTTCTACATCGGTACAAGAGCATACCGGGAATGACAAATCTTGTG
EST: gi|22013032|gb|BQ798066.1|BQ798066
EST:     GCTTGTGATGCGCCAATCCAAGACCCTTAAGATCTGTGCCAACCATCTTG                         TGCTTGCTTCTACATCGGTACAAGAGCATACCGGGAATGACAAATCTTGTG
genomic: GCTTGTGATGCGCCAATCCAAGACCCTTAAGATCTGTGCCAACCATCTTGgtatgctctt ... tatgttgcagTGCTTGCTTCTACATCGGTACAAGAGCATACCGGGAATGACAAATCTTGTG
EST: gi|110370746|gb|EC932831.1|EC932831
EST:     GCTTGTGATGCGCCAATCCAAGACCCTTAAGATCTGTGCCAACCATCTTG                         TGCTTGCTTCTACATCGGTACAAGAGCATACCGGGAATGACAAATCTTGTG
genomic: GCTTGTGATGCGCCAATCCAAGACCCTTAAGATCTGTGCCAACCATCTTGgtatgctctt ... tatgttgcagTGCTTGCTTCTACATCGGTACAAGAGCATACCGGGAATGACAAATCTTGTG