Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AATTGAATTCCTGGAGCCCTCTCCTGAAAGGAAATTGGTCATTGGTTTTGATTGTGAAGGTGTTGACCTATGTCGCCATGGAACACTTTGTATCATGCAGgtaattgactttcttggaccatgttagctcagagtctcagatgatagaattctgtctgcatgaagaattttccccattgaattatggagtttattcattc...

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv04s0008g00650.t01
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv04s0008g00650.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 2
lower sequence: LOC_Os01g38620.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 2
AATTGAATTCCTGGAGCCCTCTCCTGAAAGGAAATTGGTCATTGGTTTTGATTGTGAAGGTGTTGACCTATGTCGCCATGGAACACTTTGTATCATGCAGgtaattgactttcttggaccatgtta-gctcagagtctcagatgatagaattctgtctgcatgaagaattttccccattgaattatggagtttattcattc-----
| |||| || || || |||||| |||    |||| |||| ||||| |||||||||||||| || ||||| || ||||||||  | || |||||||||||||| | |   |    || | | | | | ||    ||| |  | | ||   ||  | | |     || | |  |||   |  || |||   || | | |  ||     
AGTTGAGTTTCTTGAACCCTCTGCTGCCCAGAAACTGGTGATTGGATTTGATTGTGAAGGCGTAGACCTTTGCCGCCATGGTGCTCTCTGTATCATGCAGgtgagt---tcaaatgaagcttatgaagcatgaagtat--gttcatgcgatcttctgtttcataatagtggtcctt-tcaaactattttgtatctaccatctccta

upper sequence: Vv04s0008g00650.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 2
lower sequence: AT2G25910.2 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 2
AATTGAATTCCTGGAGCCCTCTCCTGAAAGGAAATTGGTCATTGGTTTTGATTGTGAAGGTGTTGACCTATGTCGCCATGGAACACTTTGTATCATGCAGgtaattgactttcttggaccatgttagctcagagtctcagatgatagaattctgtctgcatgaagaattttccccattgaattatggagtttattcattc
   ||| |||||  | || |||||||||| ||||||||| || |||||||| ||||| ||||||||||| || || ||||| | ||||||||||||||||||   |||| || ||        ||   |      |||   || | |  |    |    |      || ||  |  |||  ||  | ||           
TGCTGATTTCCTAAACCCTTCTCCTGAAAAGAAATTGGTTATCGGTTTTGACTGTGAGGGTGTTGACCTCTGCCGACATGGGAAACTTTGTATCATGCAGgtg--tgacctttttttgtatgatttattgtttacctctattggtcgtttataattcttactggagatcttgtc--ttggcttg-gcag-----------
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|156737847|gb|EV241968.1|EV241968
EST:     TTG-GAAAGG-GTTGACCTAAGTCGCCATGAAACACTTTGTATCATGCAG                         ATGGCTTTTCCAGATGCTATTTATCTGGTTGATGCTATTCAGGGGGGAGAG
genomic: TTGTG-AAGGTGTTGACCTATGTCGCCATGGAACACTTTGTATCATGCAGgtaattgact ... tctttggcagATTGCTTTTCCAGATGCTATTTATCTGGTTGATGCTATTCAGGGGGGAGAG
EST: gi|71863241|gb|DT012296.1|DT012296
EST:     ATTGTGAAGGTGTTGACCTATGTCGCCATGGAACACTTTGTATCATGCAG                         ATTGCTTTTCCAGATGCTATTTATCTGGTTGATGCTATTCAGGGGGGAGAG
genomic: ATTGTGAAGGTGTTGACCTATGTCGCCATGGAACACTTTGTATCATGCAGgtaattgact ... tctttggcagATTGCTTTTCCAGATGCTATTTATCTGGTTGATGCTATTCAGGGGGGAGAG
EST: gi|37183469|gb|CF602823.1|CF602823
EST:     ATTGTGAAGGTGTTGACCTATGTCGCCATGGAACACTTTGTATCATGCAG                         ATTGCTTTTCCAGATGCTATTTATCTGGTTGATGCTATTCAGGGGGGAGAG
genomic: ATTGTGAAGGTGTTGACCTATGTCGCCATGGAACACTTTGTATCATGCAGgtaattgact ... tctttggcagATTGCTTTTCCAGATGCTATTTATCTGGTTGATGCTATTCAGGGGGGAGAG
EST: gi|71865061|gb|DT014116.1|DT014116
EST:     ATTGTGAAGGTGTTGACCTATGTCGCCATGGAACACTTTGTATCATGCAG                         ATTGCTTTTCCAGATGCTATTTATCTGGTTGATGCTATTCAGGGGGGAGAG
genomic: ATTGTGAAGGTGTTGACCTATGTCGCCATGGAACACTTTGTATCATGCAGgtaattgact ... tctttggcagATTGCTTTTCCAGATGCTATTTATCTGGTTGATGCTATTCAGGGGGGAGAG
EST: gi|161720394|gb|FC070186.1|FC070186
EST:     ATTGTGAAGGTGTTGACCTATGTCGCCATGGAACACTTTGTATCATGCAG                         ATTGCTTTTCCAGATGCTATTTATCTGGTTGATGCTATTCAGGGGGGAGAG
genomic: ATTGTGAAGGTGTTGACCTATGTCGCCATGGAACACTTTGTATCATGCAGgtaattgact ... tctttggcagATTGCTTTTCCAGATGCTATTTATCTGGTTGATGCTATTCAGGGGGGAGAG
EST: gi|71861590|gb|DT010645.1|DT010645
EST:     ATTGTGAAGGTGTTGACCTATGTCGCCATGGAACACTTTGTATCATGCAG                         ATTGCTTTTCCAGATGCTATTTATCTGGTTGATGCTATTCAGGGGGGAGAG
genomic: ATTGTGAAGGTGTTGACCTATGTCGCCATGGAACACTTTGTATCATGCAGgtaattgact ... tctttggcagATTGCTTTTCCAGATGCTATTTATCTGGTTGATGCTATTCAGGGGGGAGAG
EST: gi|161721247|gb|FC070753.1|FC070753
EST:     ATTGTGAAGGTGTTGACCTATGTCGCCATGGAACACTTTGTATCATGCAG                         ATTGCTTTTCCAGATGCTATTTATCTGGTTGATGCTATTCAGGGGGGAGAG
genomic: ATTGTGAAGGTGTTGACCTATGTCGCCATGGAACACTTTGTATCATGCAGgtaattgact ... tctttggcagATTGCTTTTCCAGATGCTATTTATCTGGTTGATGCTATTCAGGGGGGAGAG
EST: gi|71857680|gb|DT006735.1|DT006735
EST:     ATTGTGAAGGTGTTGACCTATGTCGCCATGGAACACTTTGTATCATGCAG                         ATTGCTTTTCCAGATGCTATTTATCTGGTTGATGCTATTCAGGGGGGAGAG
genomic: ATTGTGAAGGTGTTGACCTATGTCGCCATGGAACACTTTGTATCATGCAGgtaattgact ... tctttggcagATTGCTTTTCCAGATGCTATTTATCTGGTTGATGCTATTCAGGGGGGAGAG
EST: gi|71858100|gb|DT007155.1|DT007155
EST:     ATTGTGAAGGTGTTGACCTATGTCGCCATGGAACACTTTGTATCATGCAG                         ATTGCTTTTCCAGATGCTATTTATCTGGTTGATGCTATTCAGGGGGGAGAG
genomic: ATTGTGAAGGTGTTGACCTATGTCGCCATGGAACACTTTGTATCATGCAGgtaattgact ... tctttggcagATTGCTTTTCCAGATGCTATTTATCTGGTTGATGCTATTCAGGGGGGAGAG
EST: gi|161717589|gb|FC066263.1|FC066263
EST:     ATTGTGAAGGTGTTGACCTATGTCGCCATGGAACACTTTGTATCATGCAG                         ATTGCTTTTCCAGATGCTATTTATCTGGTTGATGCTATTCAGGGGGGAGAG
genomic: ATTGTGAAGGTGTTGACCTATGTCGCCATGGAACACTTTGTATCATGCAGgtaattgact ... tctttggcagATTGCTTTTCCAGATGCTATTTATCTGGTTGATGCTATTCAGGGGGGAGAG
EST: gi|161714427|gb|FC063853.1|FC063853
EST:     ATTGTGAAGGTGTTGACCTATGTCGCCATGGAACACTTTGTATCATGCAG                         ATTGCTTTTCCAGATGCTATTTATCTGGTTGATGCTATTCAGGGGGGAGAG
genomic: ATTGTGAAGGTGTTGACCTATGTCGCCATGGAACACTTTGTATCATGCAGgtaattgact ... tctttggcagATTGCTTTTCCAGATGCTATTTATCTGGTTGATGCTATTCAGGGGGGAGAG
EST: gi|161708772|gb|FC060064.1|FC060064
EST:     ATTGTGAAGGTGTTGACCTATGTCGCCATGGAACACTTTGTATCATGCAG                         ATTGCTTTTCCAGATGCTATTTATCTGGTTGATGCTATTCAGGGGGGAGAG
genomic: ATTGTGAAGGTGTTGACCTATGTCGCCATGGAACACTTTGTATCATGCAGgtaattgact ... tctttggcagATTGCTTTTCCAGATGCTATTTATCTGGTTGATGCTATTCAGGGGGGAGAG
EST: gi|71864703|gb|DT013758.1|DT013758
EST:     ATTGTGAAGGTGTTGACCTATGTCGCCATGGAACACTTTGTATCATGCAG                         ATTGCTTTTCCAGATGCTATTTATCTGGTTGATGCTATTCAGGGGGGAGAG
genomic: ATTGTGAAGGTGTTGACCTATGTCGCCATGGAACACTTTGTATCATGCAGgtaattgact ... tctttggcagATTGCTTTTCCAGATGCTATTTATCTGGTTGATGCTATTCAGGGGGGAGAG
EST: gi|71859768|gb|DT008823.1|DT008823
EST:     ATTGTGAAGGTGTTGACCTATGTCGCCATGGAACACTTTGTATCATGCAG                         ATTGCTTTTCCAGATGCTATTTATCTGGTTGATGCTATTCAGGGGGGAGAG
genomic: ATTGTGAAGGTGTTGACCTATGTCGCCATGGAACACTTTGTATCATGCAGgtaattgact ... tctttggcagATTGCTTTTCCAGATGCTATTTATCTGGTTGATGCTATTCAGGGGGGAGAG
EST: gi|161717170|gb|FC066568.1|FC066568
EST:     ATTGTGAAGGTGTTGACCTATGTCGCCATGGAACACTTTGTATCATGCAG                         ATTGCTTTTCCAGATGCTATTTATCTGGTTGATGCTATTCAGGGGGGAGAG
genomic: ATTGTGAAGGTGTTGACCTATGTCGCCATGGAACACTTTGTATCATGCAGgtaattgact ... tctttggcagATTGCTTTTCCAGATGCTATTTATCTGGTTGATGCTATTCAGGGGGGAGAG
EST: gi|110722784|gb|EE099350.1|EE099350
EST:     ATTGTGAAGGTGTTGACCTATGTCGCCATGGAACACTTTGTATCATGCAG                         ATTGCTTTTCCAGATGCTATTTATCTGGTTGATGCTATTCAGGGGGGAGAG
genomic: ATTGTGAAGGTGTTGACCTATGTCGCCATGGAACACTTTGTATCATGCAGgtaattgact ... tctttggcagATTGCTTTTCCAGATGCTATTTATCTGGTTGATGCTATTCAGGGGGGAGAG
EST: gi|71861002|gb|DT010057.1|DT010057
EST:     ATTGTGAAGGTGTTGACCTATGTCGCCATGGAACACTTTGTATCATGCAG                         ATTGCTTTTCCAGATGCTATTTATCTGGTTGATGCTATTCAGGGGGGAGAG
genomic: ATTGTGAAGGTGTTGACCTATGTCGCCATGGAACACTTTGTATCATGCAGgtaattgact ... tctttggcagATTGCTTTTCCAGATGCTATTTATCTGGTTGATGCTATTCAGGGGGGAGAG
EST: gi|110724849|gb|EE101037.1|EE101037
EST:     ATTGTGAAGGTGTTGACCTATGTCGCCATGGAACACTTTGTATCATGCAG                         ATTGCTTTTCCAGATGCTATTTATCTGGTTGATGCTATTCAGGGGGGAGAG
genomic: ATTGTGAAGGTGTTGACCTATGTCGCCATGGAACACTTTGTATCATGCAGgtaattgact ... tctttggcagATTGCTTTTCCAGATGCTATTTATCTGGTTGATGCTATTCAGGGGGGAGAG
EST: gi|161715652|gb|FC066797.1|FC066797
EST:     ATTGTGAAGGTGTTGACCTATGTCGCCATGGAACACTTTGTATCATGCAG                         ATTGCTTTTCCAGATGCTATTTATCTGGTTGATGCTATTCAGGGGGGAGAG
genomic: ATTGTGAAGGTGTTGACCTATGTCGCCATGGAACACTTTGTATCATGCAGgtaattgact ... tctttggcagATTGCTTTTCCAGATGCTATTTATCTGGTTGATGCTATTCAGGGGGGAGAG
EST: gi|71885642|gb|DT034697.1|DT034697
EST:     ATTGTGAAGGTGTTGACCTATGTCGCCATGGAACACTTTGTATCATGCAG                         ATTGCTTTTCCAGATGCTATTTATCTGGTTGATGCTATTCAGGGGGGAGAG
genomic: ATTGTGAAGGTGTTGACCTATGTCGCCATGGAACACTTTGTATCATGCAGgtaattgact ... tctttggcagATTGCTTTTCCAGATGCTATTTATCTGGTTGATGCTATTCAGGGGGGAGAG
EST: gi|71881323|gb|DT030378.1|DT030378
EST:     ATTGTGAAGGTGTTGACCTATGTCGCCATGGAACACTTTGTATCATGCAG                         ATTGCTTTTCCAGATGCTATTTATCTGGTTGATGCTATTCAGGGGGGAGAG
genomic: ATTGTGAAGGTGTTGACCTATGTCGCCATGGAACACTTTGTATCATGCAGgtaattgact ... tctttggcagATTGCTTTTCCAGATGCTATTTATCTGGTTGATGCTATTCAGGGGGGAGAG
EST: gi|110720108|gb|EE095742.1|EE095742
EST:     ATTGTGAAGGTGTTGACCTATGTCGCCATGGAACACTTTGTATCATGCAG                         ATTGCTTTTCCAGATACTATTTATCTGGTTGATGCTATTCAGGGGGGAGAG
genomic: ATTGTGAAGGTGTTGACCTATGTCGCCATGGAACACTTTGTATCATGCAGgtaattgact ... tctttggcagATTGCTTTTCCAGATGCTATTTATCTGGTTGATGCTATTCAGGGGGGAGAG
EST: gi|161706212|gb|FC054970.1|FC054970
EST:     ATTGTGAAGGTGTTGACCTATGTCGCCATGGAACACTTTGTATCATGCAG                         ATTGCTTTTCCAGATGCTATTTATCTGGTTGATGCTATTCAGGGGGGAGAG
genomic: ATTGTGAAGGTGTTGACCTATGTCGCCATGGAACACTTTGTATCATGCAGgtaattgact ... tctttggcagATTGCTTTTCCAGATGCTATTTATCTGGTTGATGCTATTCAGGGGGGAGAG
EST: gi|34542987|gb|CF511219.1|CF511219
EST:     ATTGTGAAGGTGTTGACCTATGTCGCCATGGAACACTTTGTATCATGCAG                         ACTGCTTTTCCAGATGCTATTTATCTGGTTGATGCTATTCAGGGGGGAGAG
genomic: ATTGTGAAGGTGTTGACCTATGTCGCCATGGAACACTTTGTATCATGCAGgtaattgact ... tctttggcagATTGCTTTTCCAGATGCTATTTATCTGGTTGATGCTATTCAGGGGGGAGAG
EST: gi|71855890|gb|DT004945.1|DT004945
EST:     ATTGTGAAGGTGTTGACCTATGTCGCCATGGAACACTTTGTATCATGCAG                         ATTGCTTTTCCAGATGCTATTTATCTGGTTGATGCTATTCAGGGGGGAGAG
genomic: ATTGTGAAGGTGTTGACCTATGTCGCCATGGAACACTTTGTATCATGCAGgtaattgact ... tctttggcagATTGCTTTTCCAGATGCTATTTATCTGGTTGATGCTATTCAGGGGGGAGAG
EST: gi|161719650|gb|FC067994.1|FC067994
EST:     ATTGTGAAGGTGTTGACCTATGTCGCCATGGAACACTTTGTATCATGCAG                         ATTGCTTTTCCAGATGCTATTTATCTGGTTGATGCTATTCAGGGGGGAGAG
genomic: ATTGTGAAGGTGTTGACCTATGTCGCCATGGAACACTTTGTATCATGCAGgtaattgact ... tctttggcagATTGCTTTTCCAGATGCTATTTATCTGGTTGATGCTATTCAGGGGGGAGAG
EST: gi|161721651|gb|FC069781.1|FC069781
EST:     ATTGTGAAGGTGTTGACCTATGTCGCCATGGAACACTTTGTATCATGCAG                         ATTGCTTTTCCAGATGCTATTTATCTGGTTGATGCTATTCAGGGGGGAGAG
genomic: ATTGTGAAGGTGTTGACCTATGTCGCCATGGAACACTTTGTATCATGCAGgtaattgact ... tctttggcagATTGCTTTTCCAGATGCTATTTATCTGGTTGATGCTATTCAGGGGGGAGAG
EST: gi|33409202|gb|CF214829.1|CF214829
EST:     ATTGTGAAGGTGTTGACCTATGTCGCCATGGAACACTTTGTATCATGCAG                         ATTGCTTTTCCAGATGCTATTTATCTGGTTGATGCTATTCAGGGGGGAGAG
genomic: ATTGTGAAGGTGTTGACCTATGTCGCCATGGAACACTTTGTATCATGCAGgtaattgact ... tctttggcagATTGCTTTTCCAGATGCTATTTATCTGGTTGATGCTATTCAGGGGGGAGAG
EST: gi|110367167|gb|EC931093.1|EC931093
EST:     ATGTCGCCATGGAACACTTTGTATCATGCAG                         ATTGCTTTTCCAGATGCTATTTATCTGGTTGATGCTATTCAGGGGGGAGAG
genomic: ATGTCGCCATGGAACACTTTGTATCATGCAGgtaattgact ... tctttggcagATTGCTTTTCCAGATGCTATTTATCTGGTTGATGCTATTCAGGGGGGAGAG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
AATTGAATTCCTGGAGCCCTCTCCTGAAAGGAAATTGGTCATTGGTTTTGATTGTGAAGGTGTTGACCTATGTCGCCATGGAACACTTTGTATCATGCAGgtaattgactttcttggaccatgttagctcagagtctcagatgatagaattctgtctgcatgaagaattttccccattgaattatggagtttattcattc

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gatagaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gaagaat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tttcccc