Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GCGCTTCTCCTTCTTCTGTAAATGGGCTGCTTTCAGTCAACAGCAAGAAAGCAGTTTCCTGGACATGAGGACCCAGTAATTCTTGCTTCCCAAACAGCTTgtaagttgtttactatttcattggaaggttaatgttgatacagctttttcttagtctctggtctctgctttgtaatgatggatgctgtgtgattgtgaat...

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv02s0236g00140.t01
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|352789785|gb|FQ478600.1|FQ478600
EST:     GCAGTTTCCTGGACATGAGGACCCAGTAATTCTTGCTTCCCAAACAGCTT                         TTAGTGTGAGTGAAGTTGAAGCACTATTTGAGCTATTCAAGAGCATTAGTA
genomic: GCAGTTTCCTGGACATGAGGACCCAGTAATTCTTGCTTCCCAAACAGCTTgtaagttgtt ... gattcttcagTTAGTGTGAGTGAAGTTGAAGCACTATTTGAGCTATTCAAGAGCATTAGCA
EST: gi|349822445|gb|FQ412709.1|FQ412709
EST:     GCAGTTTCCTGGACATGAGGACCCAGTAATTCTTGCTTCCCAAACAGCTT                         TTAGTGTGAGTGAAGTTGAAGCACTATTTGAGCTATTCAAGAGCATTAGTA
genomic: GCAGTTTCCTGGACATGAGGACCCAGTAATTCTTGCTTCCCAAACAGCTTgtaagttgtt ... gattcttcagTTAGTGTGAGTGAAGTTGAAGCACTATTTGAGCTATTCAAGAGCATTAGCA
EST: gi|71873772|gb|DT022827.1|DT022827
EST:     GCAGTTTCCTGGACATGAGGACCCAGTAATTCTTGCTTCCCAAACAGCTT                         TTAGTGTGAGTGAAGTTGAAGCACTATTTGAGCTATTCAAGAGCATTAGCA
genomic: GCAGTTTCCTGGACATGAGGACCCAGTAATTCTTGCTTCCCAAACAGCTTgtaagttgtt ... gattcttcagTTAGTGTGAGTGAAGTTGAAGCACTATTTGAGCTATTCAAGAGCATTAGCA
EST: gi|349820979|gb|FQ408687.1|FQ408687
EST:     GCAGTTTCCTGGACATGAGGACCCAGTAATTCTTGCTTCCCAAACAGCTT                         TTAGTGTGAGTGAAGTTGAAGCACTATTTGAGCTATTCAAGAGCATTAGCA
genomic: GCAGTTTCCTGGACATGAGGACCCAGTAATTCTTGCTTCCCAAACAGCTTgtaagttgtt ... gattcttcagTTAGTGTGAGTGAAGTTGAAGCACTATTTGAGCTATTCAAGAGCATTAGCA
EST: gi|349819279|gb|FQ412173.1|FQ412173
EST:     GCAGTTTCCTGGACATGAGGACCCAGTAATTCTTGCTTCCCAAACAGCTT                         TTAGTGTGAGTGAGGTTGAAGCACTATTTGAGCTATTCAAGAGCATTAGCA
genomic: GCAGTTTCCTGGACATGAGGACCCAGTAATTCTTGCTTCCCAAACAGCTTgtaagttgtt ... gattcttcagTTAGTGTGAGTGAAGTTGAAGCACTATTTGAGCTATTCAAGAGCATTAGCA
EST: gi|71872712|gb|DT021767.1|DT021767
EST:     GCAGTTTCCTGGACATGAGGACCCAGTAATTCTTGCTTCCCAAACAGCTT                         TTAGTGTGAGTGAAGTTGAAGCACTATTTGAGCTATTCAAGAGCATTAGCA
genomic: GCAGTTTCCTGGACATGAGGACCCAGTAATTCTTGCTTCCCAAACAGCTTgtaagttgtt ... gattcttcagTTAGTGTGAGTGAAGTTGAAGCACTATTTGAGCTATTCAAGAGCATTAGCA
EST: gi|349826413|gb|FQ417910.1|FQ417910
EST:     GCAGTTTCCTGGACATGAGGACCCAGTAATTCTTGCTTCCCAAACAGCTT                         TTAGTGTGAGTGAAGTTGAAGCACTATTTGAGCTATTCAAGAGCATTAGTA
genomic: GCAGTTTCCTGGACATGAGGACCCAGTAATTCTTGCTTCCCAAACAGCTTgtaagttgtt ... gattcttcagTTAGTGTGAGTGAAGTTGAAGCACTATTTGAGCTATTCAAGAGCATTAGCA
EST: gi|349832733|gb|FQ422257.1|FQ422257
EST:     GCAGTTTCCTGGACATGAGGACCCAGTAATTCTTGCTTCCCAAACAGCTT                         TTAGTGTGAGTGAAGTTGAAGCACTATTTGAGCTATTCAAGAGCATTAGTA
genomic: GCAGTTTCCTGGACATGAGGACCCAGTAATTCTTGCTTCCCAAACAGCTTgtaagttgtt ... gattcttcagTTAGTGTGAGTGAAGTTGAAGCACTATTTGAGCTATTCAAGAGCATTAGCA
EST: gi|161708395|gb|FC056127.1|FC056127
EST:     GCAGTTTCCTGGACATGAGGACCCAGTAATTCTTGCTTCCCAAACAGCTT                         TTAGTGTGAGTGAAGTTGAAGCACTATTTGAGCTATTCAAGAGCATTAGCA
genomic: GCAGTTTCCTGGACATGAGGACCCAGTAATTCTTGCTTCCCAAACAGCTTgtaagttgtt ... gattcttcagTTAGTGTGAGTGAAGTTGAAGCACTATTTGAGCTATTCAAGAGCATTAGCA
EST: gi|351019013|gb|FQ426512.1|FQ426512
EST:     GCAGTTTCCTGGACATGAGGACCCAGTAATTCTTGCTTCCCAAACAGCTT                         TTAGTGTGAGTGAAGTTGAAGCACTATTTGAGCTATTCAAGAGCATTAGTA
genomic: GCAGTTTCCTGGACATGAGGACCCAGTAATTCTTGCTTCCCAAACAGCTTgtaagttgtt ... gattcttcagTTAGTGTGAGTGAAGTTGAAGCACTATTTGAGCTATTCAAGAGCATTAGCA
EST: gi|71863154|gb|DT012209.1|DT012209
EST:     GCAGTTTCCTGGACATGAGGACCCAGTAATTCTTGCTTCCCAAACAGCTT                         TTAGTGTGAGTGAAGTTGAAGCACTATTTGAGCTATTCAAGAGCATTAGCA
genomic: GCAGTTTCCTGGACATGAGGACCCAGTAATTCTTGCTTCCCAAACAGCTTgtaagttgtt ... gattcttcagTTAGTGTGAGTGAAGTTGAAGCACTATTTGAGCTATTCAAGAGCATTAGCA
EST: gi|351055152|gb|FQ440491.1|FQ440491
EST:     GCAGTTTCCTGGACATGAGGACCCAGTAATTCTTGCTTCCCAAACAGCTT                         TTAGTGTGAGTGAAGTTGAAGCACTGTTTGAGCTATTCAAGAGCATTAGTA
genomic: GCAGTTTCCTGGACATGAGGACCCAGTAATTCTTGCTTCCCAAACAGCTTgtaagttgtt ... gattcttcagTTAGTGTGAGTGAAGTTGAAGCACTATTTGAGCTATTCAAGAGCATTAGCA
EST: gi|71864022|gb|DT013077.1|DT013077
EST:     GCAGTTTCCTGGACATGAGGACCCAGTAATTCTTGCTTCCCAAACAGCTT                         TTAGTGTGAGTGAAGTTGAAGCACTATTTGAGCTATTCAAGAGCATTAGCA
genomic: GCAGTTTCCTGGACATGAGGACCCAGTAATTCTTGCTTCCCAAACAGCTTgtaagttgtt ... gattcttcagTTAGTGTGAGTGAAGTTGAAGCACTATTTGAGCTATTCAAGAGCATTAGCA
EST: gi|71877098|gb|DT026153.1|DT026153
EST:     GCAGTTTCCTGGACATGAGGACCCAGTAATTCTTGCTTCCCAAACAGCTT                         TTAGTGTGAGTGAAGTTGAAGCACTATTTGAGCTATTCAAGAGCATTAGCA
genomic: GCAGTTTCCTGGACATGAGGACCCAGTAATTCTTGCTTCCCAAACAGCTTgtaagttgtt ... gattcttcagTTAGTGTGAGTGAAGTTGAAGCACTATTTGAGCTATTCAAGAGCATTAGCA
EST: gi|351014198|gb|FQ434787.1|FQ434787
EST:     GCAGTTTCCTGGACATGAGGACCCAGTAATTCTTGCTTCCCAAACAGCTT                         TTAGTGTGAGTGAAGTTGAAGCACTATTTGAGCTATTCAAGAGCATTAGTA
genomic: GCAGTTTCCTGGACATGAGGACCCAGTAATTCTTGCTTCCCAAACAGCTTgtaagttgtt ... gattcttcagTTAGTGTGAGTGAAGTTGAAGCACTATTTGAGCTATTCAAGAGCATTAGCA
EST: gi|349815321|gb|FQ400476.1|FQ400476
EST:     GCAGTTTCCTGGACATGAGGACCCAGTAATTCTTGCTTCCCAAACAGCTT                         TTAGTGTGAGTGAAGTTGAAGCACTATTTGAGCTATTCAAGAGCATTAGTA
genomic: GCAGTTTCCTGGACATGAGGACCCAGTAATTCTTGCTTCCCAAACAGCTTgtaagttgtt ... gattcttcagTTAGTGTGAGTGAAGTTGAAGCACTATTTGAGCTATTCAAGAGCATTAGCA
EST: gi|351038650|gb|FQ464516.1|FQ464516
EST:     GCAGTTTCCTGGACATGAGGACCCAGTAATTCTTGCTTCCCAAACAGCCT                         TTAGTGTGAGTGAAGTTGAAGCACTATTTGAGCTATTCAAGAGCATTAGTA
genomic: GCAGTTTCCTGGACATGAGGACCCAGTAATTCTTGCTTCCCAAACAGCTTgtaagttgtt ... gattcttcagTTAGTGTGAGTGAAGTTGAAGCACTATTTGAGCTATTCAAGAGCATTAGCA
EST: gi|34549400|gb|CF517632.1|CF517632
EST:     GCAGTTTCCTGGACATGAGGACCCAGTAATTCTTGCTTCCCAAACAGCTT                         TTAGTGTGAGTGAAGTTGAAGCACTATTTGAGCTATTCAAGAGCATTAGCA
genomic: GCAGTTTCCTGGACATGAGGACCCAGTAATTCTTGCTTCCCAAACAGCTTgtaagttgtt ... gattcttcagTTAGTGTGAGTGAAGTTGAAGCACTATTTGAGCTATTCAAGAGCATTAGCA
EST: gi|110699550|gb|EE076647.1|EE076647
EST:     GCAGTTTCCTGGACATGAGGACCCAGTAATTCTTGCTTCCCAAACAGCTT                         TTAGTGTGAGTGAAGTTGAAGCACTATTTGAGCTATTCAAGAGCATTAGCA
genomic: GCAGTTTCCTGGACATGAGGACCCAGTAATTCTTGCTTCCCAAACAGCTTgtaagttgtt ... gattcttcagTTAGTGTGAGTGAAGTTGAAGCACTATTTGAGCTATTCAAGAGCATTAGCA