Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ATGGCAGAGAGGAATGCATATGAAGAGCTTGTTAAAGATATTACCCCAAAGAAGACTACCGATGAACCTTTTGCTTCTTACAAGGATCAGCTAGGGTTTGgtaatatttttatttcaatgttgaaagcaaatttatttatttagaatggaattcatagcttgaatcatcatgatgttgcccacactcaagggtagttgga...

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv02s0012g01580.t01
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|110423125|gb|EC989463.1|EC989463
EST:     GAAGACTACCGATGAACCTTTTGCTTCTTACAAGGATCAGCTAGGGTTTG                         GTTTACATGTTGTGGTTACAATGTTTTCTGGCTATTTGGTTGGATATGCTG
genomic: GAAGACTACCGATGAACCTTTTGCTTCTTACAAGGATCAGCTAGGGTTTGgtaatatttt ... ctcactgcagGTTTACATGTTGTGGTTACAATGTTTTCTGGCTATTTGGTTGGATATGCTG
EST: gi|30305815|gb|CB982609.1|CB982609
EST:     GAAGACTACCGATGAACCTTTTGCTTCTTACAAGGATCAGCTAGGGTTTG                         GTTTACATGTTGTGGTTACAATGTTTTCTGGCTATTTGGTTGGATATGCTG
genomic: GAAGACTACCGATGAACCTTTTGCTTCTTACAAGGATCAGCTAGGGTTTGgtaatatttt ... ctcactgcagGTTTACATGTTGTGGTTACAATGTTTTCTGGCTATTTGGTTGGATATGCTG
EST: gi|110366835|gb|EC930753.1|EC930753
EST:     GAAGACTGCCGATGAACCTTTTGCTTCTTACAAGGATCAGCTAGGGTTTG                         GTTTACATGTTGTGGTTACAATGTTTTCTGGCTATTTGGTTGGATATGCTG
genomic: GAAGACTACCGATGAACCTTTTGCTTCTTACAAGGATCAGCTAGGGTTTGgtaatatttt ... ctcactgcagGTTTACATGTTGTGGTTACAATGTTTTCTGGCTATTTGGTTGGATATGCTG
EST: gi|110401057|gb|EC967650.1|EC967650
EST:     GAAGACTGCCGATGAACCTTTTGCTTCTTACAAGGATCAGCTAGGGTTTG                         GTTTACATGTTGTGGTTACAATGTTTTCTGGCTATTTGGTTGGATATGCTG
genomic: GAAGACTACCGATGAACCTTTTGCTTCTTACAAGGATCAGCTAGGGTTTGgtaatatttt ... ctcactgcagGTTTACATGTTGTGGTTACAATGTTTTCTGGCTATTTGGTTGGATATGCTG
EST: gi|32457411|gb|CD798585.1|CD798585
EST:     GAAGACTACCGATGAACCTTTTGCTTCTTACAAGGATCAGCTAGGGTTTG                         GTTTACATGCTGTGGTTACAGTGTTTTCTGGCTATTTGGTTGGATATGCTG
genomic: GAAGACTACCGATGAACCTTTTGCTTCTTACAAGGATCAGCTAGGGTTTGgtaatatttt ... ctcactgcagGTTTACATGTTGTGGTTACAATGTTTTCTGGCTATTTGGTTGGATATGCTG
EST: gi|110414360|gb|EC980187.1|EC980187
EST:     GAAGACTACCGATGAACCTTTTGCTTCTTACAAGGATCAGCTAGGGTTTG                         GTTTACATGTTGTGGTTACAATGTTTTCTGGCTATTTGGTTGGATATGCTG
genomic: GAAGACTACCGATGAACCTTTTGCTTCTTACAAGGATCAGCTAGGGTTTGgtaatatttt ... ctcactgcagGTTTACATGTTGTGGTTACAATGTTTTCTGGCTATTTGGTTGGATATGCTG
EST: gi|30305753|gb|CB982547.1|CB982547
EST:     GAAGACTACCGATGAACCTTTTGCTTCTTACAAGGATCAGCTAGGGTTTG                         GTTTACATGTTGTGGGTACAATGTTTTCTGGCTATTTGATCNGATATNATG
genomic: GAAGACTACCGATGAACCTTTTGCTTCTTACAAGGATCAGCTAGGGTTTGgtaatatttt ... ctcactgcagGTTTACATGTTGTGGTTACAATGTTTTCTGGCTATTTGGTTGGATATGCTG
EST: gi|110393117|gb|EC958067.1|EC958067
EST:     GAAGACTGCCGATGAACCTTTTGCTTCTTACAAGGATCAGCTAGGGTTTG                         GTTTACATGTTGTGGTTACAATGTTTTCTGGCTATTTGGTTGGATATGCTG
genomic: GAAGACTACCGATGAACCTTTTGCTTCTTACAAGGATCAGCTAGGGTTTGgtaatatttt ... ctcactgcagGTTTACATGTTGTGGTTACAATGTTTTCTGGCTATTTGGTTGGATATGCTG
EST: gi|110382854|gb|EC947178.1|EC947178
EST:     GAAGACTACCGATGAACCTTTTGCTTCTTACAAGGATCAGCTAGGGTTTG                         GTTTACATGTTGTGGTTACAATGTTTTCTGGCTATTTGGTTGGATATGCTG
genomic: GAAGACTACCGATGAACCTTTTGCTTCTTACAAGGATCAGCTAGGGTTTGgtaatatttt ... ctcactgcagGTTTACATGTTGTGGTTACAATGTTTTCTGGCTATTTGGTTGGATATGCTG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ATGGCAGAGAGGAATGCATATGAAGAGCTTGTTAAAGATATTACCCCAAAGAAGACTACCGATGAACCTTTTGCTTCTTACAAGGATCAGCTAGGGTTTGgtaatatttttatttcaatgttgaaagcaaatttatttatttagaatggaattcatagcttgaatcatcatgatgttgcccacactcaagggtagttgga

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aagcaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gaatggaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - cccacac