Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTTTGAGAAAATTGTTGATGGTCACACACGCAATCCAGAGAGTAGGTTGCTTGTCCTCATGATTTCTTCACCAAATCGCCATGACCTTGTGTTTCCTAAGgtatctgttttcttgctgtctatagtactttactctaatttcggcaagagatgggaattctggacttaactctaatttcctcatttgattgtcag

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv01s0150g00320.t01
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|110379149|gb|EC944326.1|EC944326
EST:     TTGTCCTCATGATTTCTTCACCAAATCGCCATGACCTTGTGTTTCCTAAG                         GGTGGATGGGAGAATGATGAGACTGTTGAACAAGCTGCATGTCGTGAAGCA
genomic: TTGTCCTCATGATTTCTTCACCAAATCGCCATGACCTTGTGTTTCCTAAGgtatctgttt ... tgattgtcagGGTGGATGGGAGAATGATGAGACTGTTGAACAAGCTGCATGTCGTGAAGCA
EST: gi|110428236|gb|EC994702.1|EC994702
EST:     TTGTCCTCATGATTTCTTCACCAAATCGTCATGACCTTGTGTTTCCTAAG                         GGTGGATGGGAGAATGATGAGACTGTTGAACAAGCTGCATGTCGTGAAGCA
genomic: TTGTCCTCATGATTTCTTCACCAAATCGCCATGACCTTGTGTTTCCTAAGgtatctgttt ... tgattgtcagGGTGGATGGGAGAATGATGAGACTGTTGAACAAGCTGCATGTCGTGAAGCA
EST: gi|110385476|gb|EC950008.1|EC950008
EST:     TTGTCCTCATGATTTCTTCACCAAATCGCCATGACCTTGTGTTTCCTAAG                         GGTGGATGGGAGAATGATGAGACTGTTGAACAAGCTGCATGTCGTGAAGCA
genomic: TTGTCCTCATGATTTCTTCACCAAATCGCCATGACCTTGTGTTTCCTAAGgtatctgttt ... tgattgtcagGGTGGATGGGAGAATGATGAGACTGTTGAACAAGCTGCATGTCGTGAAGCA
EST: gi|110362042|gb|EC925549.1|EC925549
EST:     TTGTCCTCATGATTTCTTCACCAAATCGCCATGACCTTGTGTTTCCTAAG                         GGTGGATGGGAGAATGATGAGACTGTTGAACAAGCTGCATGTCGTGAAGCA
genomic: TTGTCCTCATGATTTCTTCACCAAATCGCCATGACCTTGTGTTTCCTAAGgtatctgttt ... tgattgtcagGGTGGATGGGAGAATGATGAGACTGTTGAACAAGCTGCATGTCGTGAAGCA
EST: gi|351014144|gb|FQ434733.1|FQ434733
EST:     TTGTCCTCATGATTTCTTCACCAAATCGCCATGACCTTGTGTTTCCTAAG                         GGTGGATGGGAGAATTATGAGACTGTTGAACAAGCTGCATGTCGTGAAGCA
genomic: TTGTCCTCATGATTTCTTCACCAAATCGCCATGACCTTGTGTTTCCTAAGgtatctgttt ... tgattgtcagGGTGGATGGGAGAATGATGAGACTGTTGAACAAGCTGCATGTCGTGAAGCA