Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TAGTGGTCTTGAGTCAACTGTACCGCTCTTCGGGGCTAATAGCGAGCTTCTTGGTGGGTTTTCAGCTGCTCCTTCATTTGAGCTTCCAAACACTACTGATgtgagttctgatacatttgatttagaatcttcctatcaatgaaaaaaaggctcaatttggaatgtgatgtcacactttcctttagtagaaattagaatcagtagggactgaaaatgttttccctttttcag

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv01s0010g02900.t01
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|351020097|gb|FQ445704.1|FQ445704
EST:     TTGGTGGGTTTTCAGCTGCTCCTTCATTTGAGCTTCCAAACACTACTGAT                         TTTGATGGGTTTCAGAAAGATGCTATTCAAATGGTGAAGCCAGCAAAGGGA
genomic: TTGGTGGGTTTTCAGCTGCTCCTTCATTTGAGCTTCCAAACACTACTGATgtgagttctg ... cctttttcagTTTGATGGGTTTCAGAAAGATGCTATTCAAATGGTGAAGCCAGCAAAGGGA
EST: gi|110697158|gb|EE073899.1|EE073899
EST:     TTGGTGGGTTTTCAGCTGCTCCTTCATTTGAGCTTCCAAACACTACTGAT                         TTTGATGGGTTTCAGAAAGATGCTATTCAAATGGTGAAGCCAGCAAAGGGA
genomic: TTGGTGGGTTTTCAGCTGCTCCTTCATTTGAGCTTCCAAACACTACTGATgtgagttctg ... cctttttcagTTTGATGGGTTTCAGAAAGATGCTATTCAAATGGTGAAGCCAGCAAAGGGA
EST: gi|71856922|gb|DT005977.1|DT005977
EST:     TTGGTGGGTTTTCAGCTGCTCCTTCATTTGAGCTTCCAAACACTACTGAT                         TTTGATGGGTTTCAGAAAGATGCTATTCAAATGGTGAAGCCAGCAAAGGGA
genomic: TTGGTGGGTTTTCAGCTGCTCCTTCATTTGAGCTTCCAAACACTACTGATgtgagttctg ... cctttttcagTTTGATGGGTTTCAGAAAGATGCTATTCAAATGGTGAAGCCAGCAAAGGGA
EST: gi|71862964|gb|DT012019.1|DT012019
EST:     TTGGTGGGTTTTCAGCTGCTCCTTCATTTGAGCTTCCAAACACTACTGAT                         TTTGATGGGTTTCAGAAAGATGCTATTCAAATGGTGAAGCCAGCAAAGGGA
genomic: TTGGTGGGTTTTCAGCTGCTCCTTCATTTGAGCTTCCAAACACTACTGATgtgagttctg ... cctttttcagTTTGATGGGTTTCAGAAAGATGCTATTCAAATGGTGAAGCCAGCAAAGGGA
EST: gi|110687524|gb|EE065028.1|EE065028
EST:     TTGGTGGGTTTTCAGCTGCTCCTTCATTTGAGCTTCCAAACACTACTGAT                         TTTGATGGGTTTCAGAAAGATGCTATTCAAATGGTGAAGCCAGCAAAGGGA
genomic: TTGGTGGGTTTTCAGCTGCTCCTTCATTTGAGCTTCCAAACACTACTGATgtgagttctg ... cctttttcagTTTGATGGGTTTCAGAAAGATGCTATTCAAATGGTGAAGCCAGCAAAGGGA
EST: gi|110400292|gb|EC966850.1|EC966850
EST:     TTGGTGGGTTTTCAGCTGCTCCTTCATTTGAGCTTCCAAACACTACTGAT                         TTTGATGGGTTTCAGAAAGATGCTATTCAAATGGTGAAGCCAGCAAAGGGA
genomic: TTGGTGGGTTTTCAGCTGCTCCTTCATTTGAGCTTCCAAACACTACTGATgtgagttctg ... cctttttcagTTTGATGGGTTTCAGAAAGATGCTATTCAAATGGTGAAGCCAGCAAAGGGA
EST: gi|156735848|gb|EV239969.1|EV239969
EST:     TTGGTGGGTTTTCAGCTGCTCCTTCATTTGAGCTTCCAAACACTACTGAT                         TTTGATGGGTTTCAGAAAGATGCTATTCAAATGGTGAAGCCAGCAAAGGGA
genomic: TTGGTGGGTTTTCAGCTGCTCCTTCATTTGAGCTTCCAAACACTACTGATgtgagttctg ... cctttttcagTTTGATGGGTTTCAGAAAGATGCTATTCAAATGGTGAAGCCAGCAAAGGGA
EST: gi|294966461|gb|GW839568.1|GW839568
EST:     TTGGTGGGTTTTCAGCTGCTCCGTCATTTGAGCTTCCAAACACTACTGAT                         TTTGATGGGTTTCAGAAAGATGCTATTCAAATGGTGAAGCCAGCAAAGGGA
genomic: TTGGTGGGTTTTCAGCTGCTCCTTCATTTGAGCTTCCAAACACTACTGATgtgagttctg ... cctttttcagTTTGATGGGTTTCAGAAAGATGCTATTCAAATGGTGAAGCCAGCAAAGGGA
EST: gi|110698339|gb|EE075751.1|EE075751
EST:     TTGGTGGGTTTTCAGCTGCTCCTTCATTTGAGCTTCCAAACACTACTGAT                         TTTGATGGGTTTCAGAAAGATGCTATTCAAATGGTGAAGCCAGCAAAGGGA
genomic: TTGGTGGGTTTTCAGCTGCTCCTTCATTTGAGCTTCCAAACACTACTGATgtgagttctg ... cctttttcagTTTGATGGGTTTCAGAAAGATGCTATTCAAATGGTGAAGCCAGCAAAGGGA
EST: gi|71864543|gb|DT013598.1|DT013598
EST:     TTGGTGGGTTTTCAGCTGCTCCTTCATTTGAGCTTCCAAACACTACTGAT                         TTTGATGGGTTTCAGAAAGATGCTATTCAAATGGTGAAGCCAGCAAAGGGA
genomic: TTGGTGGGTTTTCAGCTGCTCCTTCATTTGAGCTTCCAAACACTACTGATgtgagttctg ... cctttttcagTTTGATGGGTTTCAGAAAGATGCTATTCAAATGGTGAAGCCAGCAAAGGGA
EST: gi|71871573|gb|DT020628.1|DT020628
EST:     TTGGTGGGTTTTCAGCTGCTCCTTCATTTGAGCTTCCAAACACTACTGAT                         TTTGATGGGTTTCAGAAAGATGCTATTCAAATGGTGAAGCCAGCAAAGGGA
genomic: TTGGTGGGTTTTCAGCTGCTCCTTCATTTGAGCTTCCAAACACTACTGATgtgagttctg ... cctttttcagTTTGATGGGTTTCAGAAAGATGCTATTCAAATGGTGAAGCCAGCAAAGGGA
EST: gi|110723155|gb|EE100145.1|EE100145
EST:     TTGGTGGGTTTTCAGCTGCTCCTTCATTTGAGCTTCCAAACACTACTGAT                         TTTGATGGGTTTCAGAAAGATGCTATTCAAATGGTGAAGCCAGCAAAGGGA
genomic: TTGGTGGGTTTTCAGCTGCTCCTTCATTTGAGCTTCCAAACACTACTGATgtgagttctg ... cctttttcagTTTGATGGGTTTCAGAAAGATGCTATTCAAATGGTGAAGCCAGCAAAGGGA
EST: gi|71857078|gb|DT006133.1|DT006133
EST:     TTGGTGGGTTTTCAGCTGCTCCTTCATTTGAGCTTCCAAACACTACTGAT                         TTTGATGGGTTTCAGAAAGATGCTATTCAAATGGTGAAGCCAGCAAAGGGA
genomic: TTGGTGGGTTTTCAGCTGCTCCTTCATTTGAGCTTCCAAACACTACTGATgtgagttctg ... cctttttcagTTTGATGGGTTTCAGAAAGATGCTATTCAAATGGTGAAGCCAGCAAAGGGA
EST: gi|110727856|gb|EE105095.1|EE105095
EST:     TTGGTGGGTTTTCAGCTGCTCCTTCATTTGAGCTTCCAAACACTACTGAT                         TTTGATGGGTTTCAGAAAGATGCTATTCAAATGGTGAAGCCAGCAAAGGGA
genomic: TTGGTGGGTTTTCAGCTGCTCCTTCATTTGAGCTTCCAAACACTACTGATgtgagttctg ... cctttttcagTTTGATGGGTTTCAGAAAGATGCTATTCAAATGGTGAAGCCAGCAAAGGGA
EST: gi|110733141|gb|EE109075.1|EE109075
EST:     TTGGTGGGTTTTCAGCTGCTCCTTCATTTGAGCTTCCAAACACTACTGAT                         TTTGATGGGTTTCAGAAAGATGCTATTCAAATGGTGAAGCCAGCAAAGGGA
genomic: TTGGTGGGTTTTCAGCTGCTCCTTCATTTGAGCTTCCAAACACTACTGATgtgagttctg ... cctttttcagTTTGATGGGTTTCAGAAAGATGCTATTCAAATGGTGAAGCCAGCAAAGGGA
EST: gi|71856981|gb|DT006036.1|DT006036
EST:     TTGGTGGGTTTTCAGCTGCTCCTTCATTTGAGCTTCCAAACACTACTGAT                         TTTGATGGGTTTCAGAAAGATGCTATTCAAATGGTGAAGCCAGCAAAGGGA
genomic: TTGGTGGGTTTTCAGCTGCTCCTTCATTTGAGCTTCCAAACACTACTGATgtgagttctg ... cctttttcagTTTGATGGGTTTCAGAAAGATGCTATTCAAATGGTGAAGCCAGCAAAGGGA
EST: gi|110690175|gb|EE067043.1|EE067043
EST:     TTGGTGGGTTTTCAGCTGCTCCTTCATTTGAGCTTCCAAACACTACTGAT                         TTTGATGGGTTTCAGAAAGATGCTATTCAAATGGTGAAGCCAGCAAAGGGA
genomic: TTGGTGGGTTTTCAGCTGCTCCTTCATTTGAGCTTCCAAACACTACTGATgtgagttctg ... cctttttcagTTTGATGGGTTTCAGAAAGATGCTATTCAAATGGTGAAGCCAGCAAAGGGA
EST: gi|37184921|gb|CF604274.1|CF604274
EST:     TTGGTGGGTTTTCAGCTGCTCCGTCATTTGAGCTTCCAAACACTACTGAT                         TTTGATGGGTTTCAGAAAGATGCTATTCAAATGGTGAAGCCAGCAAAGGGA
genomic: TTGGTGGGTTTTCAGCTGCTCCTTCATTTGAGCTTCCAAACACTACTGATgtgagttctg ... cctttttcagTTTGATGGGTTTCAGAAAGATGCTATTCAAATGGTGAAGCCAGCAAAGGGA
EST: gi|110365001|gb|EC928674.1|EC928674
EST:     TCATTTGAGCTTCC-AACACTACTGAT                         TTTGATGGGTTTCAGAAAGATGCTATTCAAATGGTGAAGCCAGCAAAGGGA
genomic: TCATTTGAGCTTCCAAACACTACTGATgtgagttctg ... cctttttcagTTTGATGGGTTTCAGAAAGATGCTATTCAAATGGTGAAGCCAGCAAAGGGA
EST: gi|71862057|gb|DT011112.1|DT011112
EST:     TTGGTGGGTTTTCAGCTGCTCCTTCATTTGAGCTTCCAAACACTACTGAT                         TTTGATGGGTTTCAGAAAGATGCTATTCAAATGGTGAAGCCAGCAAAGGGA
genomic: TTGGTGGGTTTTCAGCTGCTCCTTCATTTGAGCTTCCAAACACTACTGATgtgagttctg ... cctttttcagTTTGATGGGTTTCAGAAAGATGCTATTCAAATGGTGAAGCCAGCAAAGGGA
EST: gi|110367168|gb|EC931094.1|EC931094
EST:     TTGGTGGGTTTTCAGCTGCTCCTTCATTTGAGCTTCCAAACACTACTGAT                         TTTGATGGGTTTCAGAAAGATGCTATTCAAATGGTGAAGCCAGCAAAGGGA
genomic: TTGGTGGGTTTTCAGCTGCTCCTTCATTTGAGCTTCCAAACACTACTGATgtgagttctg ... cctttttcagTTTGATGGGTTTCAGAAAGATGCTATTCAAATGGTGAAGCCAGCAAAGGGA
EST: gi|351033347|gb|FQ446579.1|FQ446579
EST:     TTGGTGGGTTTTCAGCTGCTCCGTCATTTGAGCTTCCAAACACTACTGAT                         TTTGATGGGTTTCAGAAAGATGCTATTCAAATGGTGAAGCCAGCAAAGGGA
genomic: TTGGTGGGTTTTCAGCTGCTCCTTCATTTGAGCTTCCAAACACTACTGATgtgagttctg ... cctttttcagTTTGATGGGTTTCAGAAAGATGCTATTCAAATGGTGAAGCCAGCAAAGGGA
EST: gi|110397717|gb|EC963560.1|EC963560
EST:     TTGGTGGGTTTTCAGCTGCTCCTTCATTTGAGCTTCCAAACACTACTGAT                         TTTGATGGGTTTCAGAAAGATGCTATTCAAATGGTGAAGCCAGCAAAGGGA
genomic: TTGGTGGGTTTTCAGCTGCTCCTTCATTTGAGCTTCCAAACACTACTGATgtgagttctg ... cctttttcagTTTGATGGGTTTCAGAAAGATGCTATTCAAATGGTGAAGCCAGCAAAGGGA
EST: gi|110372494|gb|EC936666.1|EC936666
EST:     TTGGTGGGTTTTCAGCTGCTCCTTCATTTGAGCTTCCAAACACTACTGAT                         TTTGATGGGTTTCAGAAAGATGCTATTCAAATGGTGAAGCCAGCAAAGGGA
genomic: TTGGTGGGTTTTCAGCTGCTCCTTCATTTGAGCTTCCAAACACTACTGATgtgagttctg ... cctttttcagTTTGATGGGTTTCAGAAAGATGCTATTCAAATGGTGAAGCCAGCAAAGGGA
EST: gi|161720849|gb|FC069601.1|FC069601
EST:     TTGGTGGGTTTTCAGCTGCTCCTTCATTTGAGCTTCCAAACACTACTGAT                         TTTGATGGGTTTCAGAAAGATGCTATTCAAATGGTGAAGCCAGCAAAGGGA
genomic: TTGGTGGGTTTTCAGCTGCTCCTTCATTTGAGCTTCCAAACACTACTGATgtgagttctg ... cctttttcagTTTGATGGGTTTCAGAAAGATGCTATTCAAATGGTGAAGCCAGCAAAGGGA
EST: gi|110691315|gb|EE069273.1|EE069273
EST:     TTGGTGGGTTTTCAGCTGCTCCTTCATTTGAGCTTCCAAACACTACTGAT                         TTTGATGGGTTTCAGAAAGATGCTATTCAAATGGTGAAGCCAGCAAAGGGA
genomic: TTGGTGGGTTTTCAGCTGCTCCTTCATTTGAGCTTCCAAACACTACTGATgtgagttctg ... cctttttcagTTTGATGGGTTTCAGAAAGATGCTATTCAAATGGTGAAGCCAGCAAAGGGA
EST: gi|110732056|gb|EE107008.1|EE107008
EST:     TTGGTGGGTTTTCAGCTGCTCCTTCATTTGAGCTTCCAAACACTACTGAT                         TTTGATGGGTTTCAGAAAGATGCTATTCAAATGGTGAAGCCAGCAAAGGGA
genomic: TTGGTGGGTTTTCAGCTGCTCCTTCATTTGAGCTTCCAAACACTACTGATgtgagttctg ... cctttttcagTTTGATGGGTTTCAGAAAGATGCTATTCAAATGGTGAAGCCAGCAAAGGGA
EST: gi|110726596|gb|EE102526.1|EE102526
EST:     TTGGTGGGTTTTCAGCTGCTCCTTCATTTGAGCTTCCAAACACTACTGAT                         TTTGATGGGTTTCAGAAAGATGCTATTCAAATGGTGAAGCCAGCAAAGGGA
genomic: TTGGTGGGTTTTCAGCTGCTCCTTCATTTGAGCTTCCAAACACTACTGATgtgagttctg ... cctttttcagTTTGATGGGTTTCAGAAAGATGCTATTCAAATGGTGAAGCCAGCAAAGGGA
EST: gi|37183791|gb|CF603145.1|CF603145
EST:     TTGGTGGGTTTTCAGCTGCTCCGTCATTTGAGCTTCCAAACACTACTGAT                         TTTGATGGGTTTCAGAAAGATGCTATTCAAATGGTGAAGCCAGCAAAGGGA
genomic: TTGGTGGGTTTTCAGCTGCTCCTTCATTTGAGCTTCCAAACACTACTGATgtgagttctg ... cctttttcagTTTGATGGGTTTCAGAAAGATGCTATTCAAATGGTGAAGCCAGCAAAGGGA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TAGTGGTCTTGAGTCAACTGTACCGCTCTTCGGGGCTAATAGCGAGCTTCTTGGTGGGTTTTCAGCTGCTCCTTCATTTGAGCTTCCAAACACTACTGATgtgagttctgatacatttgatttagaatcttcctatcaatgaaaaaaaggctcaatttggaatgtgatgtcacactttcctttagtagaaattagaatcagtagggactgaaaatgttttccctttttcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GAGCTT