Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AATATATGCTGTTGACTCATTTGTAGGGTTGTTAGATTTCCAGGGAAGTAAAGCATTCTTTATGCTTTTGGAGTCAATTAAGGAATGCTATGAGGCTCTGgttagtgtgttttactaatgtataatttggctgtcatcgggcttctttcatgttcactcatcagctcacagttaactcatcattatgttacttgcag

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv00s0404g00020.t01
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|71855930|gb|DT004985.1|DT004985
EST:     AAGCATTCTTTATGCTTTTGGAGTCAATTAAGGAATGCTATGAGGCTCTG                         GTGATTGCTAAGTTCCTGGCTTTATTGTATAGCTACTTGAACATATCCATC
genomic: AAGCATTCTTTATGCTTTTGGAGTCAATTAAGGAATGCTATGAGGCTCTGgttagtgtgt ... ttacttgcagGTGATTGCTAAGTTCCTGGCTTTATTGTATAGCTACTTGAACATATCCATC
EST: gi|32269051|gb|CD718210.1|CD718210
EST:     AAGCATTCTTTATGCTTTTGGAGTCAATTAAGGAATGCTATGAGGCTCTG                         GTGATTGCTAAGTTCCTGGCTTTATTGTATAGCTACTTGAACATATCCATC
genomic: AAGCATTCTTTATGCTTTTGGAGTCAATTAAGGAATGCTATGAGGCTCTGgttagtgtgt ... ttacttgcagGTGATTGCTAAGTTCCTGGCTTTATTGTATAGCTACTTGAACATATCCATC
EST: gi|351012256|gb|FQ429941.1|FQ429941
EST:     AAGCATTCTTTATGCTTTTGGAGTCAATTAAGGAATGCTATGAGGCTCTG                         GTGATTGCTAAGTTCCTGGCTTTATTGTATAGCTACTTGAACATATCCATC
genomic: AAGCATTCTTTATGCTTTTGGAGTCAATTAAGGAATGCTATGAGGCTCTGgttagtgtgt ... ttacttgcagGTGATTGCTAAGTTCCTGGCTTTATTGTATAGCTACTTGAACATATCCATC
EST: gi|351025607|gb|FQ426621.1|FQ426621
EST:     AAGCATTCTTTATGCTTTTGGAGTCAATTAAGGAATGCTATGAGGCTCTG                         GTGATTGCTAAGTTCCTGGCTTTATTGTATAGCTACTTGAACATATCCATC
genomic: AAGCATTCTTTATGCTTTTGGAGTCAATTAAGGAATGCTATGAGGCTCTGgttagtgtgt ... ttacttgcagGTGATTGCTAAGTTCCTGGCTTTATTGTATAGCTACTTGAACATATCCATC
EST: gi|351034965|gb|FQ458322.1|FQ458322
EST:     AGGCATTCTTTATGCTTTTGGAGTCAATTAAGGAATGCTATGAGGCTCTG                         GTGATTGCTAAGTTCCTGGCTTTATTGTATAGCTACTTGAACATATCCATC
genomic: AAGCATTCTTTATGCTTTTGGAGTCAATTAAGGAATGCTATGAGGCTCTGgttagtgtgt ... ttacttgcagGTGATTGCTAAGTTCCTGGCTTTATTGTATAGCTACTTGAACATATCCATC
EST: gi|110427829|gb|EC994282.1|EC994282
EST:     AAGCATTCTTTATGCTTTTGGAGTCAATTAAGGAATGCTATGAGGCTCTG                         GTGATTGCTAAGTTCCTGGCTTTATTGTATAGCTACTTGAACATATCCATC
genomic: AAGCATTCTTTATGCTTTTGGAGTCAATTAAGGAATGCTATGAGGCTCTGgttagtgtgt ... ttacttgcagGTGATTGCTAAGTTCCTGGCTTTATTGTATAGCTACTTGAACATATCCATC
EST: gi|349812276|gb|FQ406297.1|FQ406297
EST:     AAGCATTCTTTATGCTTTTGGAGTCAATTAAGGAATGCTATGAGGCTCTG                         GTGATTGCTAAGTTCCTGGCTTTATTGTATAGCTACTTGAACATATCCATC
genomic: AAGCATTCTTTATGCTTTTGGAGTCAATTAAGGAATGCTATGAGGCTCTGgttagtgtgt ... ttacttgcagGTGATTGCTAAGTTCCTGGCTTTATTGTATAGCTACTTGAACATATCCATC
EST: gi|351028376|gb|FQ427272.1|FQ427272
EST:     AAGCATTCTTTATGCTTTTGGAGTCAATTAAGGAATGCTATGAGGCTCTG                         GTGATTGCTAAGTTCCTGGCTTTATTGTATAGCTACTTGAACATATCCATC
genomic: AAGCATTCTTTATGCTTTTGGAGTCAATTAAGGAATGCTATGAGGCTCTGgttagtgtgt ... ttacttgcagGTGATTGCTAAGTTCCTGGCTTTATTGTATAGCTACTTGAACATATCCATC
EST: gi|294966089|gb|GW837456.1|GW837456
EST:     AAGCATTCTTTATGCTTTTGGAGTCAATTAAGGAATGCTATGAGGCTCTG                         GTGATTGCTAAGTTCCTGGCTTTATTGTATAGCTACTTGAACATATCCATC
genomic: AAGCATTCTTTATGCTTTTGGAGTCAATTAAGGAATGCTATGAGGCTCTGgttagtgtgt ... ttacttgcagGTGATTGCTAAGTTCCTGGCTTTATTGTATAGCTACTTGAACATATCCATC
EST: gi|30323971|gb|CD007233.1|CD007233
EST:     AAGCATTCTTTATGCTTTTGGAGTCAATTAAGGAATGCTATGAGGCTCTG                         GTGATTGCTAAGTTCCTGGCTTTATTGTATAGCTACTTGAACATATCCATC
genomic: AAGCATTCTTTATGCTTTTGGAGTCAATTAAGGAATGCTATGAGGCTCTGgttagtgtgt ... ttacttgcagGTGATTGCTAAGTTCCTGGCTTTATTGTATAGCTACTTGAACATATCCATC
EST: gi|110731025|gb|EE108773.1|EE108773
EST:     AAGCATTCTTTATGCTTTTGGAGTCAATTAAGGAATGCTATGAGGCTCTG                         GTGATTGCTAAGTTCCTGGCTTTATTGTATAGCTACTTGAACATATCCATC
genomic: AAGCATTCTTTATGCTTTTGGAGTCAATTAAGGAATGCTATGAGGCTCTGgttagtgtgt ... ttacttgcagGTGATTGCTAAGTTCCTGGCTTTATTGTATAGCTACTTGAACATATCCATC
EST: gi|46918092|gb|CN547421.1|CN547421
EST:     AAGCATTCTTTATGCTTTTGGAGTCAATTAAGGAATGCTATGAGGCTCTG                         GTGATTGCTAAGTTCCTGGCTTTATTGTATAGCTACTTGAACATATCCATC
genomic: AAGCATTCTTTATGCTTTTGGAGTCAATTAAGGAATGCTATGAGGCTCTGgttagtgtgt ... ttacttgcagGTGATTGCTAAGTTCCTGGCTTTATTGTATAGCTACTTGAACATATCCATC
EST: gi|349808168|gb|FQ403355.1|FQ403355
EST:     AAGCATTCTTTATGCTTTTGGAGTCAATTAAGGAATGCTATGAGGCTCTG                         GTGATTGCTAAGTTCCTGGCTTTATTGTATAGCTACTTGAGCATATCCATC
genomic: AAGCATTCTTTATGCTTTTGGAGTCAATTAAGGAATGCTATGAGGCTCTGgttagtgtgt ... ttacttgcagGTGATTGCTAAGTTCCTGGCTTTATTGTATAGCTACTTGAACATATCCATC
EST: gi|30324440|gb|CD007702.1|CD007702
EST:     AAGCATTCTTTATGCTTTTGGAGTCAATTAAGGAATGCTATGAGGCTCTG                         GTGATTGCTAAGTTCCTGGCTTTATTGTATAGCTACTTGAACATATCCATC
genomic: AAGCATTCTTTATGCTTTTGGAGTCAATTAAGGAATGCTATGAGGCTCTGgttagtgtgt ... ttacttgcagGTGATTGCTAAGTTCCTGGCTTTATTGTATAGCTACTTGAACATATCCATC
EST: gi|352795533|gb|FQ480121.1|FQ480121
EST:     AAGCATTCTTTATGCTTTTGGAGTCAATTAAGGAATGCTATGAGGCTCTG                         GTGATTGCTAAGTTCCTGGCTTTATTGTATAGCTACTTGAACATATCCATC
genomic: AAGCATTCTTTATGCTTTTGGAGTCAATTAAGGAATGCTATGAGGCTCTGgttagtgtgt ... ttacttgcagGTGATTGCTAAGTTCCTGGCTTTATTGTATAGCTACTTGAACATATCCATC
EST: gi|352798830|gb|FQ478465.1|FQ478465
EST:     AAGCATTCTTTATGCTTTTGGAGTCAATTAAGGAATGTTATGAGGCTCTG                         GTGATTGCTAAGTTCCTGGCTTTATTGTATAGCTACTTGAACATATCCATC
genomic: AAGCATTCTTTATGCTTTTGGAGTCAATTAAGGAATGCTATGAGGCTCTGgttagtgtgt ... ttacttgcagGTGATTGCTAAGTTCCTGGCTTTATTGTATAGCTACTTGAACATATCCATC
EST: gi|351041869|gb|FQ456079.1|FQ456079
EST:     AAGCATTCTTTATGCTTTTGGAGTCAATTAAGGAATGTTATGAGGCTCTG                         GTGATTGCTAAGTTCCTGGCTTTATTGTATAGCTACTTGAACATATCCATC
genomic: AAGCATTCTTTATGCTTTTGGAGTCAATTAAGGAATGCTATGAGGCTCTGgttagtgtgt ... ttacttgcagGTGATTGCTAAGTTCCTGGCTTTATTGTATAGCTACTTGAACATATCCATC
EST: gi|46918093|gb|CN547422.1|CN547422
EST:     AAGCATTCTTTATGCTTTTGGAGTCAATTAAGGAATGCTATGAGGCTCTG                         GTGATTGCTAAGTTCCTGGCTTTATTGTATAGCTACTTGAACATATCCATC
genomic: AAGCATTCTTTATGCTTTTGGAGTCAATTAAGGAATGCTATGAGGCTCTGgttagtgtgt ... ttacttgcagGTGATTGCTAAGTTCCTGGCTTTATTGTATAGCTACTTGAACATATCCATC
EST: gi|349816879|gb|FQ405005.1|FQ405005
EST:     AAGCATTCTTTATGCTTTTGGAGTCAATTAGGGAATGCTATGAGGCTCTG                         GTGATTGCTAAGTTCCTGGCTTTATTGTATAGCTACTTGAGCATATCCGTC
genomic: AAGCATTCTTTATGCTTTTGGAGTCAATTAAGGAATGCTATGAGGCTCTGgttagtgtgt ... ttacttgcagGTGATTGCTAAGTTCCTGGCTTTATTGTATAGCTACTTGAACATATCCATC
EST: gi|161716818|gb|FC069179.1|FC069179
EST:     AAGCATTCTTTATGCTTTTGGAGTCAATTAAGGAATGCTATGAGGCTCTG                         GTGATTGCTAAGTTCCTGGCTTTATTGTATAGCTACTTGAACATATCCATC
genomic: AAGCATTCTTTATGCTTTTGGAGTCAATTAAGGAATGCTATGAGGCTCTGgttagtgtgt ... ttacttgcagGTGATTGCTAAGTTCCTGGCTTTATTGTATAGCTACTTGAACATATCCATC
EST: gi|349809320|gb|FQ401088.1|FQ401088
EST:     AAGCATTCTTTATGCTTTTGGAGTCAATTAAGGAATGTTATGAGGCTCTG                         GTGATTGCTAAGTTCCTGGCTTTATTGTATAGCTACTTGAACATATCCATC
genomic: AAGCATTCTTTATGCTTTTGGAGTCAATTAAGGAATGCTATGAGGCTCTGgttagtgtgt ... ttacttgcagGTGATTGCTAAGTTCCTGGCTTTATTGTATAGCTACTTGAACATATCCATC
EST: gi|110720058|gb|EE097300.1|EE097300
EST:     GAGTCAATTAAGGAATGCTATGAGGCTCTG                         GTGATTGCTAAGTTCCTGGCTTTATTGTATAGCTACTTGAACATATCCATC
genomic: GAGTCAATTAAGGAATGCTATGAGGCTCTGgttagtgtgt ... ttacttgcagGTGATTGCTAAGTTCCTGGCTTTATTGTATAGCTACTTGAACATATCCATC
EST: gi|161721740|gb|FC070480.1|FC070480
EST:     AAGCATTCTTTATGCTTTTGGAGTCAATTAAGGAATGCTATGAGGCTCTG                         GTGATTGCTAAGTTCCTGGCTTTATTGTATAGCTACTTGAACATATCCATC
genomic: AAGCATTCTTTATGCTTTTGGAGTCAATTAAGGAATGCTATGAGGCTCTGgttagtgtgt ... ttacttgcagGTGATTGCTAAGTTCCTGGCTTTATTGTATAGCTACTTGAACATATCCATC
EST: gi|30325099|gb|CD008361.1|CD008361
EST:     AAGCATTCTTTATGCTTTTGGAGTCAATTAAGGAATGCTATGAGGCTCTG                         GTGATTGCTAAGTTCCTGGCTTTATTGTATAGCTACTTGAACATATCCATC
genomic: AAGCATTCTTTATGCTTTTGGAGTCAATTAAGGAATGCTATGAGGCTCTGgttagtgtgt ... ttacttgcagGTGATTGCTAAGTTCCTGGCTTTATTGTATAGCTACTTGAACATATCCATC
EST: gi|110377794|gb|EC942882.1|EC942882
EST:     AAGCATTCTTTATGCTTTTGGAGTCAATTAAGGAATGCTATGAGGCTCTG                         GTGATTGCTAAGTTCCTGGCTTTATTGTATAGCTACTTGAACATATCCATC
genomic: AAGCATTCTTTATGCTTTTGGAGTCAATTAAGGAATGCTATGAGGCTCTGgttagtgtgt ... ttacttgcagGTGATTGCTAAGTTCCTGGCTTTATTGTATAGCTACTTGAACATATCCATC
EST: gi|71856361|gb|DT005416.1|DT005416
EST:     AAGCATTCTTTATGCTTTTGGAGTCAATTAAGGAATGCTATGAGGCTCTG                         GTGATTGCTAAGTTCCTGGCTTTATTGTATAGCTACTTGAACATATCCATC
genomic: AAGCATTCTTTATGCTTTTGGAGTCAATTAAGGAATGCTATGAGGCTCTGgttagtgtgt ... ttacttgcagGTGATTGCTAAGTTCCTGGCTTTATTGTATAGCTACTTGAACATATCCATC
EST: gi|349824711|gb|FQ414569.1|FQ414569
EST:     AAGCATTCTTTATGCTTTTGGAGTCAATTAAGGAATGCTATGAGGCTCTG                         GTGATTGCTAAGTTCCTGGCTTTATTGTATAGCTACTTGAACATATCCATC
genomic: AAGCATTCTTTATGCTTTTGGAGTCAATTAAGGAATGCTATGAGGCTCTGgttagtgtgt ... ttacttgcagGTGATTGCTAAGTTCCTGGCTTTATTGTATAGCTACTTGAACATATCCATC
EST: gi|351030194|gb|FQ432132.1|FQ432132
EST:     AAGCATTCTTTATGCTTTTGGAGTCAATTAAGGAATGCTATGAGGCTCTG                         GTGATTGCTAAGTTCCTGGCTTTATTGTATAGCTACTTGAACATATCCATC
genomic: AAGCATTCTTTATGCTTTTGGAGTCAATTAAGGAATGCTATGAGGCTCTGgttagtgtgt ... ttacttgcagGTGATTGCTAAGTTCCTGGCTTTATTGTATAGCTACTTGAACATATCCATC
EST: gi|351048889|gb|FQ449732.1|FQ449732
EST:     AAGCATTCTTTATGCTTTTGGAGTCAATTAAGGAATGCTATGAGGCTCTG                         GTGATTGCTAAGTTCCTGGCTTTATTGTATAGCTACTTGAACATATCCATC
genomic: AAGCATTCTTTATGCTTTTGGAGTCAATTAAGGAATGCTATGAGGCTCTGgttagtgtgt ... ttacttgcagGTGATTGCTAAGTTCCTGGCTTTATTGTATAGCTACTTGAACATATCCATC
EST: gi|110380126|gb|EC945370.1|EC945370
EST:     AAGCATTCTTTATGCTTTTGGAGTCAATTAAGGAATGCTATGAGGCTCTG                         GTGATTGCTAAGTTCCTGGCTTTATTGTATAGCTACTTGAACATATCCATC
genomic: AAGCATTCTTTATGCTTTTGGAGTCAATTAAGGAATGCTATGAGGCTCTGgttagtgtgt ... ttacttgcagGTGATTGCTAAGTTCCTGGCTTTATTGTATAGCTACTTGAACATATCCATC
EST: gi|161718894|gb|FC067003.1|FC067003
EST:     AAGCATTCTTTATGCTTTTGGAGTCAATTAAGGAATGCTATGAGGCTCTG                         GTGATTGCTAAGTTCCTGGCTTTATTGTATAGCTACTTGAACATATCCATC
genomic: AAGCATTCTTTATGCTTTTGGAGTCAATTAAGGAATGCTATGAGGCTCTGgttagtgtgt ... ttacttgcagGTGATTGCTAAGTTCCTGGCTTTATTGTATAGCTACTTGAACATATCCATC
EST: gi|110391488|gb|EC956466.1|EC956466
EST:     AAGCATTCTTTATGCTTTTGGAGTCAATTAAGGAATGCTATGAGGCTCTG                         GTGATTGCTAAGTTCCTGGCTTTATTGTATAGCTACTTGAACATATCCATC
genomic: AAGCATTCTTTATGCTTTTGGAGTCAATTAAGGAATGCTATGAGGCTCTGgttagtgtgt ... ttacttgcagGTGATTGCTAAGTTCCTGGCTTTATTGTATAGCTACTTGAACATATCCATC
EST: gi|351039382|gb|FQ461249.1|FQ461249
EST:     AAGCATTCTTTATGCTTTTGGAGTCAATTAAGGAATGCTATGAGGCTCTG                         GTGATTGCTAAGTTCCTGGCTTTATTGTATAGCTACTTGAACATATCCATC
genomic: AAGCATTCTTTATGCTTTTGGAGTCAATTAAGGAATGCTATGAGGCTCTGgttagtgtgt ... ttacttgcagGTGATTGCTAAGTTCCTGGCTTTATTGTATAGCTACTTGAACATATCCATC
EST: gi|33404104|gb|CF209731.1|CF209731
EST:     AAGCATTCTTTATGCTTTTGGAGTCAATTAAGGAATGCTATGAGGCTCTG                         GTGATTGCTAAGTTCCTGGCTTTATTGTATAGCTACTTGAACATATCCATC
genomic: AAGCATTCTTTATGCTTTTGGAGTCAATTAAGGAATGCTATGAGGCTCTGgttagtgtgt ... ttacttgcagGTGATTGCTAAGTTCCTGGCTTTATTGTATAGCTACTTGAACATATCCATC
EST: gi|351056238|gb|FQ453700.1|FQ453700
EST:     AGGCATTCTTTATGCTTTTGGAGTCAATTAAGGAATGCTATGAGGCTCTG                         GTGATTGCTAAGTTCCTGGCTTTATTGTATAGCTACTTGAACATATCCATC
genomic: AAGCATTCTTTATGCTTTTGGAGTCAATTAAGGAATGCTATGAGGCTCTGgttagtgtgt ... ttacttgcagGTGATTGCTAAGTTCCTGGCTTTATTGTATAGCTACTTGAACATATCCATC
EST: gi|30125760|gb|CB911099.1|CB911099
EST:     AAGCATTCTTTATGCTTTTGGAGTCAATTAAGGAATGCTATGAGGCTCTG                         GTGATTGCTAAGTTCCTGGCTTTATTGTATAGCTACTTGAACATATCCATC
genomic: AAGCATTCTTTATGCTTTTGGAGTCAATTAAGGAATGCTATGAGGCTCTGgttagtgtgt ... ttacttgcagGTGATTGCTAAGTTCCTGGCTTTATTGTATAGCTACTTGAACATATCCATC
EST: gi|351036835|gb|FQ459357.1|FQ459357
EST:     AAGCATTCTTTATGCTTTTGGAGTCAATTAAGGAATGTTATGAGGCTCTG                         GTGATTGCTAAGTTCCTGGCTTTATTGTATAGCTACTTGAACATATCCATC
genomic: AAGCATTCTTTATGCTTTTGGAGTCAATTAAGGAATGCTATGAGGCTCTGgttagtgtgt ... ttacttgcagGTGATTGCTAAGTTCCTGGCTTTATTGTATAGCTACTTGAACATATCCATC
EST: gi|352786896|gb|FQ481271.1|FQ481271
EST:     AAGCATTCTTTATGCTTTTGGAGTCAATTAAGGAATGCTATGAGGCTCTG                         GTGATTGCTAAGTTCCTGGCTTTATTGTATAGCTACTTGAACATATCCATC
genomic: AAGCATTCTTTATGCTTTTGGAGTCAATTAAGGAATGCTATGAGGCTCTGgttagtgtgt ... ttacttgcagGTGATTGCTAAGTTCCTGGCTTTATTGTATAGCTACTTGAACATATCCATC
EST: gi|349822353|gb|FQ412617.1|FQ412617
EST:     AAGCATTCTTTATGCTTTTGGAGTCAATTAAGGAATGCTATGAGGCTCTG                         GTGATTGCTAAGTTCCTGGCTTTATTGTATAGCTACTTGAGCATATCCATC
genomic: AAGCATTCTTTATGCTTTTGGAGTCAATTAAGGAATGCTATGAGGCTCTGgttagtgtgt ... ttacttgcagGTGATTGCTAAGTTCCTGGCTTTATTGTATAGCTACTTGAACATATCCATC
EST: gi|71856971|gb|DT006026.1|DT006026
EST:     AAGCATTCTTTATGCTTTTGGAGTCAATTAAGGAATGCTATGAGGCTCTG                         GTGATTGCTAAGTTCCTGGCTTTATTGTATAGCTACTTGAACATATCCATC
genomic: AAGCATTCTTTATGCTTTTGGAGTCAATTAAGGAATGCTATGAGGCTCTGgttagtgtgt ... ttacttgcagGTGATTGCTAAGTTCCTGGCTTTATTGTATAGCTACTTGAACATATCCATC
EST: gi|349810765|gb|FQ403008.1|FQ403008
EST:     AAGCATTCTTTATGCTTTTGGAGTCAATTAAGGAATGCTATGAGGCTCTG                         GTGATTGCTAAGTTCCTGGCTTTATTGTATAGCTACTTGAGCATATCCATC
genomic: AAGCATTCTTTATGCTTTTGGAGTCAATTAAGGAATGCTATGAGGCTCTGgttagtgtgt ... ttacttgcagGTGATTGCTAAGTTCCTGGCTTTATTGTATAGCTACTTGAACATATCCATC
EST: gi|161716406|gb|FC068410.1|FC068410
EST:     AAGCATTCTTTATGCTTTTGGAGTCAATTAAGGAATGCTATGAGGCTCTG                         GTGATTGCTAAGTTCCTGGCTTTATTGTATAGCTACTTGAACATATCCATC
genomic: AAGCATTCTTTATGCTTTTGGAGTCAATTAAGGAATGCTATGAGGCTCTGgttagtgtgt ... ttacttgcagGTGATTGCTAAGTTCCTGGCTTTATTGTATAGCTACTTGAACATATCCATC
EST: gi|110381469|gb|EC934548.1|EC934548
EST:     TTTGGAGTCAATTAAGGAATGCTATGAGGCTCTG                         GTGATTGCTAAGTTCCTGGCTTTATTGTATAGCTACTTGAACATATCCATC
genomic: TTTGGAGTCAATTAAGGAATGCTATGAGGCTCTGgttagtgtgt ... ttacttgcagGTGATTGCTAAGTTCCTGGCTTTATTGTATAGCTACTTGAACATATCCATC

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
AATATATGCTGTTGACTCATTTGTAGGGTTGTTAGATTTCCAGGGAAGTAAAGCATTCTTTATGCTTTTGGAGTCAATTAAGGAATGCTATGAGGCTCTGgttagtgtgttttactaatgtataatttggctgtcatcgggcttctttcatgttcactcatcagctcacagttaactcatcattatgttacttgcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGGAA