Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GCTTATGTCTGCTTATTGTGATCGACAGTCAGTGGAGTTAAACTCCATTGCATTCTTATTTGATGGTCGCCGACTCCGTGGAGAGCAGACTCCAGATGAGgtaaggcttttggttttctgaattatttgttggccatccatgttgctcccccacctgtggcttccatgcatatttctataggtggaatgcgggatgatgg...

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv00s0186g00020.t01
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv00s0186g00020.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 2
lower sequence: AT5G55160.2 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 3
GCTTATGTCTGCTTATTGTGATCGACAGTCAGTGGAGTTAAACTCCATTGCATTCTTATTTGATGGTCGCCGACTCCGTGGAGAGCAGACTCCAGATGAGgtaaggcttttggttttctgaattatttgttggccatccatgttgctcccccacctgtggcttccatgcatatttctataggtggaatgcgggatgatgg
 || |||  |||||| ||||| || ||||| ||||| || ||||| ||||| ||||| ||||||||||| || || ||||  ||||||||||||||||||||||          | |||| |       ||  |  |   ||||  | ||     |     ||  |||  |   |  |  |      | |    | |  |
ACTGATGAATGCTTACTGTGACCGTCAGTCTGTGGATTTCAACTCAATTGCTTTCTTGTTTGATGGTCGTCGTCTTCGTGCCGAGCAGACTCCAGATGAGgtaacatc----actctctgtacc--ccattctcttttactgtt--ttccgtttttcaaagttgtatgatttccttaaccgagaatcttcaattttacag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|83274614|gb|DV938711.1|DV938711
EST:     CATTCTTATTTGATGGTCGCCGACTCCGTGGAGAGCAGACTCCAGATGAG                         CTTGAAATGGAGGATGGTGATGAAATTGATGCTATGCTGCACCAAACTGGA
genomic: CATTCTTATTTGATGGTCGCCGACTCCGTGGAGAGCAGACTCCAGATGAGgtaaggcttt ... atgggattagCTTGAAATGGAGGATGGTGATGAAATTGATGCTATGCTGCACCAAACTGGA
EST: gi|30131236|gb|CB916575.1|CB916575
EST:     CATTCTTATTTGATGGTCGCCGACTCCGTGGAGAGCAGACTCCAGATGAG                         CTTGAAATGGAGGATGGTGATGAAATTGATGCTATGCTGCACCAAACTGGA
genomic: CATTCTTATTTGATGGTCGCCGACTCCGTGGAGAGCAGACTCCAGATGAGgtaaggcttt ... atgggattagCTTGAAATGGAGGATGGTGATGAAATTGATGCTATGCTGCACCAAACTGGA
EST: gi|110702454|gb|EE081186.1|EE081186
EST:     CATTCTTATTTGATGGTCGCCGACTCCGTGGAGAGCAGACTCCAGATGAG                         CTTGAAATGGAGGATGGTGATGAAATTGATGCAATGCTGCACCAAACTGGA
genomic: CATTCTTATTTGATGGTCGCCGACTCCGTGGAGAGCAGACTCCAGATGAGgtaaggcttt ... atgggattagCTTGAAATGGAGGATGGTGATGAAATTGATGCTATGCTGCACCAAACTGGA
EST: gi|110362534|gb|EC926077.1|EC926077
EST:     CATTCTTATTTGATGGTCGCCGACTCCGTGGAGAGCAGACTCCAGATGAG                         CTTGAAATGGAGGATGGTGATGAAATTGATGCTATGCTGCACCAAACTGGA
genomic: CATTCTTATTTGATGGTCGCCGACTCCGTGGAGAGCAGACTCCAGATGAGgtaaggcttt ... atgggattagCTTGAAATGGAGGATGGTGATGAAATTGATGCTATGCTGCACCAAACTGGA
EST: gi|110406696|gb|EC972278.1|EC972278
EST:     CATTCTTATTTGATGGTCGCCGACTCCGTGGAGAGCAGACTCCAGATGAG                         CTTGAAATGGAGGATGGTGATGAAATTGATGCAATGCTGCACCAAACTGGA
genomic: CATTCTTATTTGATGGTCGCCGACTCCGTGGAGAGCAGACTCCAGATGAGgtaaggcttt ... atgggattagCTTGAAATGGAGGATGGTGATGAAATTGATGCTATGCTGCACCAAACTGGA
EST: gi|77580965|gb|DV219411.1|DV219411
EST:     CATTCTTATTTGATGGTCGCCGACTCCGTGGAGAGCAGACTCCAGATGAG                         CTTGAAATGGAGGATGGTGATGAAATTGATGCAATGCTGCACCAAACTGGA
genomic: CATTCTTATTTGATGGTCGCCGACTCCGTGGAGAGCAGACTCCAGATGAGgtaaggcttt ... atgggattagCTTGAAATGGAGGATGGTGATGAAATTGATGCTATGCTGCACCAAACTGGA
EST: gi|71887989|gb|DT037044.1|DT037044
EST:     CATTCTTATTTGATGGTCGCCGACTCCGTGGAGAGCAGACTCCAGATGAG                         CTTGAAATGGAGGATGGTGATGAAATTGATGCTATGCTGCACCAAACTGGA
genomic: CATTCTTATTTGATGGTCGCCGACTCCGTGGAGAGCAGACTCCAGATGAGgtaaggcttt ... atgggattagCTTGAAATGGAGGATGGTGATGAAATTGATGCTATGCTGCACCAAACTGGA
EST: gi|110696149|gb|EE074982.1|EE074982
EST:     CATTCTTATTTGATGGTCGCCGACTCCGTGGAGAGCAGACTCCAGATGAG                         CTTGAAATGGAGGATGGTGATGAAATTGATGCTATGCTGCACCAAACTGGA
genomic: CATTCTTATTTGATGGTCGCCGACTCCGTGGAGAGCAGACTCCAGATGAGgtaaggcttt ... atgggattagCTTGAAATGGAGGATGGTGATGAAATTGATGCTATGCTGCACCAAACTGGA
EST: gi|28965138|gb|CB344171.1|CB344171
EST:     CATTCTTATTTGATGGTCGCCGACTCCGTGGAGAGCAGACTCCAGATGAG                         CTTGAAATGGAGGATGGTGATGAAATTGATGCTATGCTGCACCAAACTGGA
genomic: CATTCTTATTTGATGGTCGCCGACTCCGTGGAGAGCAGACTCCAGATGAGgtaaggcttt ... atgggattagCTTGAAATGGAGGATGGTGATGAAATTGATGCTATGCTGCACCAAACTGGA
EST: gi|110427154|gb|EC993585.1|EC993585
EST:     CATTCTTATTTGATGGTCGCCGACTCCGTGGAGAGCAGACTCCAGATGAG                         CTTGAAATGGAGGATGGTGATGAAATTGATGCAATGCTGCACCAAACTGGA
genomic: CATTCTTATTTGATGGTCGCCGACTCCGTGGAGAGCAGACTCCAGATGAGgtaaggcttt ... atgggattagCTTGAAATGGAGGATGGTGATGAAATTGATGCTATGCTGCACCAAACTGGA
EST: gi|28965083|gb|CB344116.1|CB344116
EST:     CATTCTTATTTGATGGTCGCCGACTCCGTGGAGAGCAGACTCCAGATGAG                         CTTGAAATGGAGGATGGTGATGAAATTGATGCTATGCTGCACCAAACTGGA
genomic: CATTCTTATTTGATGGTCGCCGACTCCGTGGAGAGCAGACTCCAGATGAGgtaaggcttt ... atgggattagCTTGAAATGGAGGATGGTGATGAAATTGATGCTATGCTGCACCAAACTGGA
EST: gi|32250199|gb|CD716018.1|CD716018
EST:     CATTCTTATTTGATGGTCGCCGACTCCGTGGAGAGCAGACTCCAGATGAG                         CTTGAAATGGAGGATGGTGATGAAATAGATGCAATGCTGCACCAAACTGGA
genomic: CATTCTTATTTGATGGTCGCCGACTCCGTGGAGAGCAGACTCCAGATGAGgtaaggcttt ... atgggattagCTTGAAATGGAGGATGGTGATGAAATTGATGCTATGCTGCACCAAACTGGA
EST: gi|28958754|gb|CB339370.1|CB339370
EST:     CATTTTTATTTGATGGTCGCCGACTCCGTGGAGAGCAGACTCCAGATGAG                         CTTGAAATGGAGGATGGTGATGAAATTGATGCTATGCTGCCCCAAACTGGA
genomic: CATTCTTATTTGATGGTCGCCGACTCCGTGGAGAGCAGACTCCAGATGAGgtaaggcttt ... atgggattagCTTGAAATGGAGGATGGTGATGAAATTGATGCTATGCTGCACCAAACTGGA
EST: gi|71888318|gb|DT037373.1|DT037373
EST:     CATTCTTATTTGATGGTCGCCGACTCCGTGGAGAGCAGACTCCAGATGAG                         CTTGAAATGGAGGATGGTGATGAAATTGATGCTATGCTGCACCAAACTGGA
genomic: CATTCTTATTTGATGGTCGCCGACTCCGTGGAGAGCAGACTCCAGATGAGgtaaggcttt ... atgggattagCTTGAAATGGAGGATGGTGATGAAATTGATGCTATGCTGCACCAAACTGGA
EST: gi|110689180|gb|EE065180.1|EE065180
EST:     CATTCTTATTTGATGGTCGCCGACTCCGTGGAGAGCAGACTCCAGATGAG                         CTTGAAATGGAGGATGGTGATGAAATTGATGCAATGCTGCACCAAACTGGA
genomic: CATTCTTATTTGATGGTCGCCGACTCCGTGGAGAGCAGACTCCAGATGAGgtaaggcttt ... atgggattagCTTGAAATGGAGGATGGTGATGAAATTGATGCTATGCTGCACCAAACTGGA
EST: gi|37186608|gb|CF605961.1|CF605961
EST:     CATTCTTATTTGATGGTCGCCGACTCCGTGGAGAGCAGACTCCAGATGAG                         CTTGAAATGGAGGATGGTGATGAAATTGATGCTATGCTGCACCAAACTGGA
genomic: CATTCTTATTTGATGGTCGCCGACTCCGTGGAGAGCAGACTCCAGATGAGgtaaggcttt ... atgggattagCTTGAAATGGAGGATGGTGATGAAATTGATGCTATGCTGCACCAAACTGGA
EST: gi|110407135|gb|EC972730.1|EC972730
EST:     CATTCTTATTTGATGGTCGCCGACTCCGTGGAGAGCAGACTCCAGATGAG                         CTTGAAATGGAGGATGGTGATGAAATTGATGCAATGCTGCACCAAACTGGA
genomic: CATTCTTATTTGATGGTCGCCGACTCCGTGGAGAGCAGACTCCAGATGAGgtaaggcttt ... atgggattagCTTGAAATGGAGGATGGTGATGAAATTGATGCTATGCTGCACCAAACTGGA
EST: gi|110373930|gb|EC938937.1|EC938937
EST:     CATTCTTATTTGATGGTCGCCGACTCCGTGGAGAGCAGACTCCAGATGAG                         CTTGAAATGGAGGATGGTGATGAAATTGATGCTATGCTGCACCAAACTGGA
genomic: CATTCTTATTTGATGGTCGCCGACTCCGTGGAGAGCAGACTCCAGATGAGgtaaggcttt ... atgggattagCTTGAAATGGAGGATGGTGATGAAATTGATGCTATGCTGCACCAAACTGGA
EST: gi|110383948|gb|EC948354.1|EC948354
EST:     CATTCTTATTTGATGGTCGCCGACTCCGTGGAGAGCAGACTCCAGATGAG                         CTTGAAATGGAGGATGGTGATGAAATTGATGCAATGCTGCACCAAACTGGA
genomic: CATTCTTATTTGATGGTCGCCGACTCCGTGGAGAGCAGACTCCAGATGAGgtaaggcttt ... atgggattagCTTGAAATGGAGGATGGTGATGAAATTGATGCTATGCTGCACCAAACTGGA
EST: gi|34545171|gb|CF513403.1|CF513403
EST:     CATTCTTATTTGATGGTCGCCGACTCCGTGGAGAGCAGACTCCAGATGAG                         CTTGAAATGGAGGATGGTGATGAAATTGATGCTATGCTGCACCAAACTGGA
genomic: CATTCTTATTTGATGGTCGCCGACTCCGTGGAGAGCAGACTCCAGATGAGgtaaggcttt ... atgggattagCTTGAAATGGAGGATGGTGATGAAATTGATGCTATGCTGCACCAAACTGGA
EST: gi|110728228|gb|EE103615.1|EE103615
EST:     CATTCTTATTTGATGGTCGCCGACTCCGTGGAGAGCAGACTCCAGATGAG                         CTTGAAATGGAGGATGGTGATGAAATTGATGCAATGCTGCACCAAACTGGA
genomic: CATTCTTATTTGATGGTCGCCGACTCCGTGGAGAGCAGACTCCAGATGAGgtaaggcttt ... atgggattagCTTGAAATGGAGGATGGTGATGAAATTGATGCTATGCTGCACCAAACTGGA
EST: gi|34546166|gb|CF514398.1|CF514398
EST:     CATTCTTATTTGATGGTCGCCGACTCCGTGGAGAGCAGACTCCAGATGAG                         CTTGAAATGGAGGATGGTGATGAAATTGATGCTATGCTGCACCAAACTGGA
genomic: CATTCTTATTTGATGGTCGCCGACTCCGTGGAGAGCAGACTCCAGATGAGgtaaggcttt ... atgggattagCTTGAAATGGAGGATGGTGATGAAATTGATGCTATGCTGCACCAAACTGGA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GCTTATGTCTGCTTATTGTGATCGACAGTCAGTGGAGTTAAACTCCATTGCATTCTTATTTGATGGTCGCCGACTCCGTGGAGAGCAGACTCCAGATGAGgtaaggcttttggttttctgaattatttgttggccatccatgttgctcccccacctgtggcttccatgcatatttctataggtggaatgcgggatgatgg

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGAGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ctccccc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ggtggaa