Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTGGCTCCATTTGGAGGAGTCAAGGAGTCTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCCAAATATGGGATGGATGAATTTCTGGAAgtaagtaatcccttttactaacagctgaaaaggcatttgattttttattttttcattaaaaaattatgacttatttagtaaaaataaattgaaacatgga...

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv19s0085g00880.t01
intron # 19
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv19s0085g00880.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 19
lower sequence: GLYMA08G17450.1 (Glycine max), 5'ss of exon 19
GTGGCTCCATTTGGAGGAGTCAAGGAGTCTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCCAAATATGGGATGGATGAATTTCTGGAAgtaagtaatcccttttactaacagctgaaaaggcatttgattttttattttttcattaaaaaattatgacttatttagtaaaaataa--attgaa---acatgga--
|||||||||||||| ||  | ||  ||||||| ||||| || ||||| |||||||||||||||||||||| | | || ||||| |      |  | ||     |         | | |||||    ||  | | ||||| | |    | || |   |||  |||   |||||    || ||    
GTGGCTCCATTTGGTGGTTTTAAACAGTCTGGCCTTGGAAGAGAAGGCTCCAAATATGGGATGGATGAATATTTAGAGgtaaggacaaatctaaagtattcatt-------tctgtaattttcctgttacttaataaaagactgcttcatagtccataagcatagccattgattatacttgtgca
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|27586388|gb|CB009083.1|CB009083
EST:     CTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCCAAATATGGGATGGATGAATTTCTGGAA                         ATGAAATATGTGTGCTTCGGAAATATAAGCAGTAACTGATGGGGCCAAG
genomic: CTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCCAAATATGGGATGGATGAATTTCTGGAAgtaagtaatc ... ctgattgcagATGAAATATGTGTGCTTCGGAAATATAAGCAGTAACTGATGGGGCCAAG
EST: gi|351040417|gb|FQ434550.1|FQ434550
EST:     CTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCCAAATATGGGATGGATGAATTTCTGGAA                         ATGAAATATGTGTGCTTCGGAAATATAAGCAGTAACTGATGGGGCCAAG
genomic: CTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCCAAATATGGGATGGATGAATTTCTGGAAgtaagtaatc ... ctgattgcagATGAAATATGTGTGCTTCGGAAATATAAGCAGTAACTGATGGGGCCAAG
EST: gi|110422366|gb|EC988688.1|EC988688
EST:     CTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCCAAATATGGGATGGATGAATTTCTGGAA                         ATGAAATATGTGTGCTTCGGAAATATAAGCAGTAACTGATGGGGCCAAG
genomic: CTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCCAAATATGGGATGGATGAATTTCTGGAAgtaagtaatc ... ctgattgcagATGAAATATGTGTGCTTCGGAAATATAAGCAGTAACTGATGGGGCCAAG
EST: gi|110360909|gb|EC924352.1|EC924352
EST:     CTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCCAAATATGGGATGGATGAATTTCTGGAA                         ATGAAATATGTGTGCTTCGGAAATATAAGCAGTAACTGATGGGGCCAAG
genomic: CTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCCAAATATGGGATGGATGAATTTCTGGAAgtaagtaatc ... ctgattgcagATGAAATATGTGTGCTTCGGAAATATAAGCAGTAACTGATGGGGCCAAG
EST: gi|32245740|gb|CD711559.1|CD711559
EST:     CTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCCAAATATGGGATGGATGAATTTCTGGAA                         ATGAAATATGTGTGCTTCGGAAATATAAGCAGTAACTGATGGGGCCAAG
genomic: CTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCCAAATATGGGATGGATGAATTTCTGGAAgtaagtaatc ... ctgattgcagATGAAATATGTGTGCTTCGGAAATATAAGCAGTAACTGATGGGGCCAAG
EST: gi|352765000|gb|FQ473648.1|FQ473648
EST:     CTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCCAAATATGGGATGGATGAATTTCTGGAA                         ATGAAATATGTGTGCTTCGGAAATATAAGCAGTAACTGATGGGGCCAAG
genomic: CTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCCAAATATGGGATGGATGAATTTCTGGAAgtaagtaatc ... ctgattgcagATGAAATATGTGTGCTTCGGAAATATAAGCAGTAACTGATGGGGCCAAG
EST: gi|110396601|gb|EC962293.1|EC962293
EST:     CTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCCAAATATGGGATGGATGAATTTCTGGAA                         ATGAAATATGTGTGCTTCGGAAATATAAGCAGTAACTGATGGGGCCAAG
genomic: CTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCCAAATATGGGATGGATGAATTTCTGGAAgtaagtaatc ... ctgattgcagATGAAATATGTGTGCTTCGGAAATATAAGCAGTAACTGATGGGGCCAAG
EST: gi|110420926|gb|EC987213.1|EC987213
EST:     CTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCCAAATATGGGATGGATGAATTTCTGGAA                         ATGAAATATGTGTGCTTCGGAAATATAAGCAGTAACTGATGGGGCCAAG
genomic: CTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCCAAATATGGGATGGATGAATTTCTGGAAgtaagtaatc ... ctgattgcagATGAAATATGTGTGCTTCGGAAATATAAGCAGTAACTGATGGGGCCAAG
EST: gi|34364258|gb|CF405843.1|CF405843
EST:     CTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCCAAATATGGGATGGATGAATTTCTGGAA                         ATGAAATATGTGTGCTTCGGAAATATAAGCAGTAACTGATGGGGCCAAG
genomic: CTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCCAAATATGGGATGGATGAATTTCTGGAAgtaagtaatc ... ctgattgcagATGAAATATGTGTGCTTCGGAAATATAAGCAGTAACTGATGGGGCCAAG
EST: gi|349820783|gb|FQ404157.1|FQ404157
EST:     CTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCCAAATATGGGATGGATGAATTTCTGGAA                         ATGAAATATGTGTGCTTCGGAAATA-AAGCATTAACTGATGGGGCCAAG
genomic: CTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCCAAATATGGGATGGATGAATTTCTGGAAgtaagtaatc ... ctgattgcagATGAAATATGTGTGCTTCGGAAATATAAGCAGTAACTGATGGGGCCAAG
EST: gi|34320384|gb|CF373138.1|CF373138
EST:     CTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCCAAATATGGGATGGATGAATTTCTGGAA                         ATGAAATATGTGTGCTTCGGAAATATAAGCAGTAACTGATGGGGCCAAG
genomic: CTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCCAAATATGGGATGGATGAATTTCTGGAAgtaagtaatc ... ctgattgcagATGAAATATGTGTGCTTCGGAAATATAAGCAGTAACTGATGGGGCCAAG
EST: gi|77580016|gb|DV218890.1|DV218890
EST:     CTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCCAAATATGGGATGGATGAATTTCTGGAA                         ATGAAATATGTGTGCTTCGGAAATATAAGCAGTAACTGATGGGGCCAAG
genomic: CTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCCAAATATGGGATGGATGAATTTCTGGAAgtaagtaatc ... ctgattgcagATGAAATATGTGTGCTTCGGAAATATAAGCAGTAACTGATGGGGCCAAG
EST: gi|77586095|gb|DV222145.1|DV222145
EST:     CTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCCAAATATGGGATGGATGAATTTCTGGAA                         ATGAAATATGTGTGCTTCGGAAATATAAGCAGTAACTGATGGGGCCAAG
genomic: CTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCCAAATATGGGATGGATGAATTTCTGGAAgtaagtaatc ... ctgattgcagATGAAATATGTGTGCTTCGGAAATATAAGCAGTAACTGATGGGGCCAAG
EST: gi|33407655|gb|CF213282.1|CF213282
EST:     CTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCCAAATATGGGATGGATGAATTTCTGGAA                         ATGAAATATGTGTGCTTCGGAAATATAAGCAGTAACTGATGGGGCCAAG
genomic: CTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCCAAATATGGGATGGATGAATTTCTGGAAgtaagtaatc ... ctgattgcagATGAAATATGTGTGCTTCGGAAATATAAGCAGTAACTGATGGGGCCAAG
EST: gi|110373835|gb|EC938222.1|EC938222
EST:     CTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCCAAATATGGGATGGATGAATTTCTGGAA                         ATGAAATATGTGTGCTTCGGAAATATAAGCAGTAACTGATGGGGCCAAG
genomic: CTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCCAAATATGGGATGGATGAATTTCTGGAAgtaagtaatc ... ctgattgcagATGAAATATGTGTGCTTCGGAAATATAAGCAGTAACTGATGGGGCCAAG
EST: gi|110395231|gb|EC960880.1|EC960880
EST:     CTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCCAAATATGGGATGGATGAATTTCTGGAA                         ATGAAATATGTGTGCTTCGGAAATATAAGCAGTAACTGATGGGGCCAAG
genomic: CTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCCAAATATGGGATGGATGAATTTCTGGAAgtaagtaatc ... ctgattgcagATGAAATATGTGTGCTTCGGAAATATAAGCAGTAACTGATGGGGCCAAG
EST: gi|110384512|gb|EC948953.1|EC948953
EST:     CTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCCAAATATGGGATGGATGAATTTCTGGAA                         ATGAAATATGTGTGCTTCGGAAATATAAGCAGTAACTGATGGGGCCAAG
genomic: CTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCCAAATATGGGATGGATGAATTTCTGGAAgtaagtaatc ... ctgattgcagATGAAATATGTGTGCTTCGGAAATATAAGCAGTAACTGATGGGGCCAAG
EST: gi|110363491|gb|EC927084.1|EC927084
EST:     CTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCCAAATATGGGATGGATGAATTTCTGGAA                         ATGAAATATGTGTGCTTCGGAAATATAAGCAGTAACTGATGGGGCCAAG
genomic: CTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCCAAATATGGGATGGATGAATTTCTGGAAgtaagtaatc ... ctgattgcagATGAAATATGTGTGCTTCGGAAATATAAGCAGTAACTGATGGGGCCAAG
EST: gi|110378892|gb|EC944048.1|EC944048
EST:     CTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCCAAATATGGGATGGATGAATTTCTGGAA                         ATGAAATATGTGTGCTTCGGAAATATAAGCAGTAACTGATGGGGCCAAG
genomic: CTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCCAAATATGGGATGGATGAATTTCTGGAAgtaagtaatc ... ctgattgcagATGAAATATGTGTGCTTCGGAAATATAAGCAGTAACTGATGGGGCCAAG
EST: gi|110393201|gb|EC958271.1|EC958271
EST:     CTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCCAAATATGGGATGGATGAATTTCTGGAA                         ATGAAATATGTGTGCTTCGGAAATATAAGCAGTAACTGATGGGGCCAAG
genomic: CTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCCAAATATGGGATGGATGAATTTCTGGAAgtaagtaatc ... ctgattgcagATGAAATATGTGTGCTTCGGAAATATAAGCAGTAACTGATGGGGCCAAG
EST: gi|27585780|gb|CB008475.1|CB008475
EST:     CTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCCAAATATGGGATGGATGAATTTCTGGAA                         ATGAAATATGTGTGCTTCGGAAATATAAGCAGTAACTGATGGGGCCAAG
genomic: CTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCCAAATATGGGATGGATGAATTTCTGGAAgtaagtaatc ... ctgattgcagATGAAATATGTGTGCTTCGGAAATATAAGCAGTAACTGATGGGGCCAAG
EST: gi|30135354|gb|CB920692.1|CB920692
EST:     CTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCCAAATATGGGATGGATGAATTTCTGGAA                         ATGAAATATGTGTGCTTCGGAAATATAAGCAGTAACTGATGGGGCCAAG
genomic: CTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCCAAATATGGGATGGATGAATTTCTGGAAgtaagtaatc ... ctgattgcagATGAAATATGTGTGCTTCGGAAATATAAGCAGTAACTGATGGGGCCAAG
EST: gi|110714572|gb|EE091629.1|EE091629
EST:     CTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCCAAATATGGGATGGATGAATTTCTGGAA                         ATGAAATATGTGTGCTTCGGAAATATAAGCAGTAACTGATGGGGCCAAG
genomic: CTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCCAAATATGGGATGGATGAATTTCTGGAAgtaagtaatc ... ctgattgcagATGAAATATGTGTGCTTCGGAAATATAAGCAGTAACTGATGGGGCCAAG
EST: gi|110420827|gb|EC987109.1|EC987109
EST:     CTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCCAAATATGGGATGGATGAATTTCTGGAA                         ATGAAATATGTGTGCTTCGGAAATATAAGCAGTAACTGATGGGGCCAAG
genomic: CTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCCAAATATGGGATGGATGAATTTCTGGAAgtaagtaatc ... ctgattgcagATGAAATATGTGTGCTTCGGAAATATAAGCAGTAACTGATGGGGCCAAG
EST: gi|110418290|gb|EC984428.1|EC984428
EST:     CTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCCAAATATGGGATGGATGAATTTCTGGAA                         ATGAAATATGTGTGCTTCGGAAATATAAGCAGTAACTGATGGGGCCAAG
genomic: CTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCCAAATATGGGATGGATGAATTTCTGGAAgtaagtaatc ... ctgattgcagATGAAATATGTGTGCTTCGGAAATATAAGCAGTAACTGATGGGGCCAAG
EST: gi|110413996|gb|EC979816.1|EC979816
EST:     CTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCCAAATATGGGATGGATGAATTTCTGGAA                         ATGAAATATGTGTGCTTCGGAAATATAAGCAGTAACTGATGGGGCCAAG
genomic: CTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCCAAATATGGGATGGATGAATTTCTGGAAgtaagtaatc ... ctgattgcagATGAAATATGTGTGCTTCGGAAATATAAGCAGTAACTGATGGGGCCAAG
EST: gi|110728458|gb|EE104042.1|EE104042
EST:     CTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCCAAATATGGGATGGATGAATTTCTGGAA                         ATGAAATATGTGTGCTTCGGAAATATAAGCAGTAACTGATGGGGCCAAG
genomic: CTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCCAAATATGGGATGGATGAATTTCTGGAAgtaagtaatc ... ctgattgcagATGAAATATGTGTGCTTCGGAAATATAAGCAGTAACTGATGGGGCCAAG
EST: gi|110372127|gb|EC936274.1|EC936274
EST:     CTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCCAAATATGGGATGGATGAATTTCTGGAA                         ATGAAATATGTGTGCTTCGGAAATATAAGCAGTAACTGATGGGGCCAAG
genomic: CTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCCAAATATGGGATGGATGAATTTCTGGAAgtaagtaatc ... ctgattgcagATGAAATATGTGTGCTTCGGAAATATAAGCAGTAACTGATGGGGCCAAG
EST: gi|34543207|gb|CF511439.1|CF511439
EST:     CTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCCAAATATGGGATGGATGAATTTCTGGAA                         ATGAAATATGTGTGCTTCGGAAATATAAGCAGTAACTGATGGGGCCAAG
genomic: CTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCCAAATATGGGATGGATGAATTTCTGGAAgtaagtaatc ... ctgattgcagATGAAATATGTGTGCTTCGGAAATATAAGCAGTAACTGATGGGGCCAAG
EST: gi|30128422|gb|CB913761.1|CB913761
EST:     CTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCCAAATATGGGATGGATGAATTTCTGGAA                         ATGAAATATGTGTGCTTCGGAAATATAAGCAGTAACTGATGGGGCCAAG
genomic: CTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCCAAATATGGGATGGATGAATTTCTGGAAgtaagtaatc ... ctgattgcagATGAAATATGTGTGCTTCGGAAATATAAGCAGTAACTGATGGGGCCAAG
EST: gi|33407050|gb|CF212677.1|CF212677
EST:     CTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCCAAATATGGGATGGATGAATTTCTGGAA                         ATGAAATATGTGTGCTTCGGAAATATAAGCAGTAACTGATGGGGCCAAG
genomic: CTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCCAAATATGGGATGGATGAATTTCTGGAAgtaagtaatc ... ctgattgcagATGAAATATGTGTGCTTCGGAAATATAAGCAGTAACTGATGGGGCCAAG
EST: gi|352763958|gb|FQ465408.1|FQ465408
EST:     CTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCCAAATATGGGATGGATGAATTTCTGGAA                         ATGAAATATGTGTGCTTCGGAAATATAAGCAGTAACTGATGGGGCCAAG
genomic: CTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCCAAATATGGGATGGATGAATTTCTGGAAgtaagtaatc ... ctgattgcagATGAAATATGTGTGCTTCGGAAATATAAGCAGTAACTGATGGGGCCAAG
EST: gi|30134739|gb|CB920077.1|CB920077
EST:     CTGGTCTTGGTAGGGAATGTTCCAAATATGGGATGGATGAATTTCTGGAA                         ATGAA-TATGTGTGCTTC
genomic: CTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCCAAATATGGGATGGATGAATTTCTGGAAgtaagtaatc ... ctgattgcagATGAAATATGTGTGCTTC
EST: gi|351029837|gb|FQ427677.1|FQ427677
EST:     CTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCCAAATATGGGATGGATGAATTTCTGGAA                         ATGAAATATGTGTGCTTCGGAAATATAAACAGTAACTGATGGGGCCAAG
genomic: CTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCCAAATATGGGATGGATGAATTTCTGGAAgtaagtaatc ... ctgattgcagATGAAATATGTGTGCTTCGGAAATATAAGCAGTAACTGATGGGGCCAAG
EST: gi|110430209|gb|EC996749.1|EC996749
EST:     CTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCCAAATATGGGATGGATGAATTTCTGGAA                         ATGAAATATGTGTGCTTCGGAAATATAAGCAGTAACTGATGGGGCCAAG
genomic: CTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCCAAATATGGGATGGATGAATTTCTGGAAgtaagtaatc ... ctgattgcagATGAAATATGTGTGCTTCGGAAATATAAGCAGTAACTGATGGGGCCAAG
EST: gi|110686641|gb|EE064513.1|EE064513
EST:     CTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCCAAATATGGGATGGATGAATTTCTGGAA                         ATGAAATATGTGTGCTTCGGAAATATAAGCAGTAACTGATGGGGCCAAG
genomic: CTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCCAAATATGGGATGGATGAATTTCTGGAAgtaagtaatc ... ctgattgcagATGAAATATGTGTGCTTCGGAAATATAAGCAGTAACTGATGGGGCCAAG
EST: gi|352769124|gb|FQ471072.1|FQ471072
EST:     CTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCCAAATATGGGATGGATGAATTTCTGGAA                         ATGAAATATGTGTGCTTCGGAAATATAAGCAGTAACTGATGGGGCCAAG
genomic: CTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCCAAATATGGGATGGATGAATTTCTGGAAgtaagtaatc ... ctgattgcagATGAAATATGTGTGCTTCGGAAATATAAGCAGTAACTGATGGGGCCAAG
EST: gi|110693458|gb|EE069709.1|EE069709
EST:     CTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCCAAATATGGGATGGATGAATTTCTGGAA                         ATGAAATATGTGTGCTTCGGAAATATAAGCAGTAACTGATGGGGCCAAG
genomic: CTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCCAAATATGGGATGGATGAATTTCTGGAAgtaagtaatc ... ctgattgcagATGAAATATGTGTGCTTCGGAAATATAAGCAGTAACTGATGGGGCCAAG
EST: gi|110371647|gb|EC935762.1|EC935762
EST:     CTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCCAAATATGGGATGGATGAATTTCTGGAA                         ATGAAATATGTGTGCTTCGGAAATATAAGCAGTAACTGATGGGGCCAAG
genomic: CTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCCAAATATGGGATGGATGAATTTCTGGAAgtaagtaatc ... ctgattgcagATGAAATATGTGTGCTTCGGAAATATAAGCAGTAACTGATGGGGCCAAG
EST: gi|110375935|gb|EC940965.1|EC940965
EST:     CTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCCAAATATGGGATGGATGAATTTCTGGAA                         ATGAAATATGTGTGCTTCGGAAATATAAGCAGTAACTGATGGGGCCAAG
genomic: CTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCCAAATATGGGATGGATGAATTTCTGGAAgtaagtaatc ... ctgattgcagATGAAATATGTGTGCTTCGGAAATATAAGCAGTAACTGATGGGGCCAAG
EST: gi|32459450|gb|CD800624.1|CD800624
EST:     CTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCCAAATATGGGATGGATGAATTTCTGGAA                         ATGAAATATGTGTGCTTCGGAAATATAAGCAGTAACTGATGGGGCCAAG
genomic: CTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCCAAATATGGGATGGATGAATTTCTGGAAgtaagtaatc ... ctgattgcagATGAAATATGTGTGCTTCGGAAATATAAGCAGTAACTGATGGGGCCAAG
EST: gi|29781739|gb|CB346445.2|CB346445
EST:     CTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCCAAATATGGGATGGATGAATTTCTGGAA                         ATGAAATATGTGTGCTTCGGAAATATAAGCAGTAACTGATGGGGCCAAG
genomic: CTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCCAAATATGGGATGGATGAATTTCTGGAAgtaagtaatc ... ctgattgcagATGAAATATGTGTGCTTCGGAAATATAAGCAGTAACTGATGGGGCCAAG
EST: gi|34318898|gb|CF371652.1|CF371652
EST:     CTGGTCTTGGTAGGAAAGGTTCCAAATATGGGATGGATGAATTTCTGGAA                         ATGAAATATGTGTGCTTCGGAAATATAAGCAGTAACTGATGGGGCCAAG
genomic: CTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCCAAATATGGGATGGATGAATTTCTGGAAgtaagtaatc ... ctgattgcagATGAAATATGTGTGCTTCGGAAATATAAGCAGTAACTGATGGGGCCAAG
EST: gi|27586231|gb|CB008926.1|CB008926
EST:     CTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCCAAATATGGGATGGATGAATTTCTGGAA                         ATGAAATATGTGTGCTTCGGAAATATAAGCAGTAACTGATGGGGCCAAG
genomic: CTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCCAAATATGGGATGGATGAATTTCTGGAAgtaagtaatc ... ctgattgcagATGAAATATGTGTGCTTCGGAAATATAAGCAGTAACTGATGGGGCCAAG
EST: gi|37190549|gb|CF609898.1|CF609898
EST:     CTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCCAAATATGGGATGGATGAATTTCTGGAA                         ATGAAATATGTGTGCTTCGGAAATATAAGCAGTAACTGATGGGGCCAAGGT
genomic: CTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCCAAATATGGGATGGATGAATTTCTGGAAgtaagtaatc ... ctgattgcagATGAAATATGTGTGCTTCGGAAATATAAGCAGTAACTGATGGGGCCAAGGT
EST: gi|351040173|gb|FQ425259.1|FQ425259
EST:     CTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCCAAATATGGGATGGATGAATTTCTGGAA                         ATGAAATATGTGTGCTTCGGAAATATAAGCAGTAACTGATGGGGCCAAG
genomic: CTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCCAAATATGGGATGGATGAATTTCTGGAAgtaagtaatc ... ctgattgcagATGAAATATGTGTGCTTCGGAAATATAAGCAGTAACTGATGGGGCCAAG
EST: gi|110688619|gb|EE067379.1|EE067379
EST:     CTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCCAAATATGGGATGGATGAATTTCTGGAA                         ATGAAATATGTGTGCTTCGGAAATATAAGCAGTAACTGATGGGGCCAAG
genomic: CTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCCAAATATGGGATGGATGAATTTCTGGAAgtaagtaatc ... ctgattgcagATGAAATATGTGTGCTTCGGAAATATAAGCAGTAACTGATGGGGCCAAG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GTGGCTCCATTTGGAGGAGTCAAGGAGTCTGGTCTTGGTAGGGAAGGTTCCAAATATGGGATGGATGAATTTCTGGAAgtaagtaatcccttttactaacagctgaaaaggcatttgattttttattttttcattaaaaaattatgacttatttagtaaaaataaattgaaacatgga

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gaaaagg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aaaaaat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aaaataa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -attgaaa