Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTCCCTCTAAACAATATGTTTGGGTACTCAACATCACTTCGTTCAATGACTCAGgtaaaactaagtatcattttataagggctatgccatagctggagttgctctgcagaatatgttaaaatatatgttatttgatcctctatgtgcag

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv15s0021g02450.t01
intron # 19
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv15s0021g02450.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 19
lower sequence: LOC_Os03g36780.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 19
GTCCCTCTAAACAATATGTTTGGGTACTCAACATCACTTCGTTCAATGACTCAGgtaaaactaagtatcattttataagggctatgccatagc---tggagttgc---tctgcagaatatgttaaa-atatatgttatttgatcctctatgtgcag
|| || ||||||||||||||||| || |||||| | ||||| |||||||| ||||| |||     |     | ||    | ||||    ||     | || ||     |   ||||| ||| |     | |  || | |  | |  || ||||   
GTTCCACTAAACAATATGTTTGGATATTCAACAGCTCTTCGGTCAATGACACAGgtcaaatgttattcttctatactttgtctatcttttattttattgacttatatatacccagaaaatgctctttgttttagtcagtcaaactactctgtga--

upper sequence: Vv15s0021g02450.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 19
lower sequence: GLYMA01G14800.1 (Glycine max), 5'ss of exon 14
GTCCCTCTAAACAATATGTTTGGGTACTCAACATCACTTCGTTCAATGACTCAGgtaaaactaagtatcattttataagggctatgccatagct-ggagttgctctgcagaatatgttaaaatatatgttatttgatcctctatg--tgcag
|||||||| |||||||||||||| ||||| ||| | ||||| |||||||| ||||| |      || ||||    |   |  |||  | |   | |  |||  | || |     | || || |   |  |  ||| || |  ||   |||||
GTCCCTCTTAACAATATGTTTGGATACTCTACAGCTCTTCGCTCAATGACACAGgtga------gtgtcatgcactcgagaatatttcgtgttttgctgttaatttgtatttggtttttaatt---tcctggttgttctttaataactgcag