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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ATATCTCCTGAGAAGAAGCGCACTAGAATTATTTATGATTGACCGGTCAAACTTCTTCTTTGATTTTGGGgtatctgtttgaactgtgcacttgtcatttcctttgctttgtgcttatttaaatgcaaacatgctgatggtttctatcctccctccag

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv15s0048g01650.t01
intron # 18
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv15s0048g01650.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 18
lower sequence: AT2G45540.2 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 19
ATATCTCCTGAGAAGAAGCGCACTAGAATTATTTATGATTGACCGGTCAAACTTCTTCTTTGATTTTGGGgtatctg--tttgaa---ctgtgcacttgtcatttcctttgctttgtgcttatttaaatgcaaacatgctgatggtttctatcctccctccag--------------------
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ATATCTCCTGAGAAGGAGTGCCCTGGAACTTTTTATGGTTGACCGTTCAAACTTCTTCTTTGATTTTGGGgtatctgcatctaaaactctttctacgtatgatatatttatctctctgaccttgtaaatctccgcatgctg-taatcaattacttttcccaatttgcttgttttacatcatag

upper sequence: Vv15s0048g01650.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 18
lower sequence: AT3G60920.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 18
ATATCTCCTGAGAAGAAGCGCACTAGAATTATTTATGATTGACCGGTCAAACTTCTTCTTTGATTTTGGGgtatctgtttgaactgtgcacttgtcatttcctttgctttgtgcttatttaaatgcaaacatgctgatggtttctatcctccctccag---------------------
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ATATCTACTGAAGAAGAGTGCTCTTGAACTATTTATGGTGGATCGCTCAAACTTCTTCTTTGATTTTGGGgtatcta---aaaaactctctctgttacattacattatttgatctc-tttcgttggaaatttcaagtttctagctcctctcactatatgatgtttgatgaaaactatag