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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ATATGCCCGATTGTCTGAGCTTCTTGGACTACATGATCATCTGTTATTATTGAATGTGATTGTTAGCAAAATCGCTACAAATCTCAAGTGCTACACTGTGgtgagagttgtgtacctgctacttgctctttaacatgctactcaagtgctcatttatctttatttttttttatttttgttttgcatacattgcag

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv13s0067g01920.t01
intron # 18
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv13s0067g01920.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 18
lower sequence: GLYMA06G00520.1 (Glycine max), 5'ss of exon 10
ATATGCCCGATTGTCTGAGCTTCTTGGACTACATGATCATCTGTTATTATTGAATGTGATTGTTAGCAAAATCGCTACAAATCTCAAGTGCTACACTGTGgtgagagttgtgtacctgctacttgctctttaacatgctactcaagtgctcatttatctttatttttttttatttttgttttgcatacattgcag
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ATACGCCCGGTTATCTGAACTTCTTGGCCTACATGATCATCTATTACTGTTGAATGTGATTATTGGCAAGATTGTGACTAACCTTAAGTGCTACACAGAGgta----ttttttagcttgttttctcatctcaattctttcgtgatttaacacactaattgtgtttgtgctaatttcag-----------------

upper sequence: Vv13s0067g01920.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 18
lower sequence: GLYMA04G00430.1 (Glycine max), 5'ss of exon 16
ATATGCCCGATTGTCTGAGCTTCTTGGACTACATGATCATCTGTTATTATTGAATGTGATTGTTAGCAAAATCGCTACAAATCTCAAGTGCTACACTGTGgtgagagttgtgtacctgctacttgctctttaacatgctactcaagtgctcatttatctttatttttttttatttttgttttgcatacattgcag
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ATACAGCCGGTTATCTGAACTTCTTGGCCTACATGATCATCTATTACTGTTGAATGTGATCATTGGCAAGATTGTGACTAACCTTAAGTGCTACACAGAGgtatttttttctcatctcaaaattctttcctggtttaacacactaattgt-gcttgtgctaatttcag---------------------------