Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GACTTCAAATGCTTTGGTTGTAACTGACCAACGCCCTGCTAATGGAACTCCTTATGTTGGCCAGCTTGGTCTTGTGATGGTGCCTAGCTCTGCTAATGCGgtaagatcttatttcctcaaattttgctacaagccctacaattgatggcatattcaaatccttggcctctcttctccatttatatatgataggcttggtttcaattcaaaattgagacatgatcattattttgatag

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv06s0061g01170.t01
intron # 18
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv06s0061g01170.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 18
lower sequence: GLYMA17G05410.1 (Glycine max), 5'ss of exon 18
GACTTCAAATGCTTTGGTTGTAACTGACCAACGCCCTGCTAATGGAACTCCTTATGTTGGCCAGCTTGGTCTTGTGATGGTGCCTAGCTC---TGCTAATGCGgtaagatcttatttcctcaaattttgctacaagccctacaattgatggcatattcaaatccttggcctctcttctccatttatatatgataggcttggtttcaattcaaaattgagacatgatcattattttgatag
    |||||||||||||||||||| | |||| | | |||||||||||||||   ||||||||| ||| | ||||| | |||||| |||     |   |||||||| ||   ||  | |||| | ||    |  |     | || |  ||     |||    ||       |  | |||  |   ||||||       |   |||   |   |  |||| || |  |   | | |  | ||
---ATCAAATGCTTTGGTTGTAACAGGCCAAAGTCATGCTAATGGAACTCCACCTGTTGGCCAACTTAGCCTTGTAAAGGTGCCCAGCATGAGTAGCAATGCGgttag---ttgatccctccacttcg--tgtatctttttcactacat----cattttggtcaacattatagcatcttgaaccatatattggttcatctttttgcttcttagtttgacacctact---tttctaaacag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|34543150|gb|CF511382.1|CF511382
EST:     CTTATGTTGGCCAGCTTGGTCTTGTGATGGTGCCTAGCTCTGCTAATGCA                         GATCATAACTTAGAAAACCAAGGGCCGGCTCAGGAAAATGGGACATTGAGC
genomic: CTTATGTTGGCCAGCTTGGTCTTGTGATGGTGCCTAGCTCTGCTAATGCGgtaagatctt ... attttgatagGATCATAACTTAGAAAACCAAGGGCCGGCTCAGGAAAATGGGACATTGAGC
EST: gi|110685737|gb|EE062720.1|EE062720
EST:     CTTATGTTGGCCAGCTTGGTCTTGTGATGGTGCCTAGCTCTGCTAATGCA                         GATCATAACTTAGAAAACCAAGGGCCGGCTCAGGAAAATGGGACATTGAGC
genomic: CTTATGTTGGCCAGCTTGGTCTTGTGATGGTGCCTAGCTCTGCTAATGCGgtaagatctt ... attttgatagGATCATAACTTAGAAAACCAAGGGCCGGCTCAGGAAAATGGGACATTGAGC
EST: gi|71860409|gb|DT009464.1|DT009464
EST:     CTTATGTTGGCCAGCTTGGTCTTGTGATGGTGCCTAGCTCTGCTAATGCG                         GATCATAACTTAGAAAACCAAGGGCCGGCTCAGGAAAATGGGACATTGAGC
genomic: CTTATGTTGGCCAGCTTGGTCTTGTGATGGTGCCTAGCTCTGCTAATGCGgtaagatctt ... attttgatagGATCATAACTTAGAAAACCAAGGGCCGGCTCAGGAAAATGGGACATTGAGC
EST: gi|110379780|gb|EC944999.1|EC944999
EST:     CTTATGTTGGCCAGCTTGGTCTTGTGATGGTGCCTAGCTCTGCTAATGCA                         GATCATAACTTAGAAAACCAAGGGCCGGCTCAGGAAAATGGGACATTGAGC
genomic: CTTATGTTGGCCAGCTTGGTCTTGTGATGGTGCCTAGCTCTGCTAATGCGgtaagatctt ... attttgatagGATCATAACTTAGAAAACCAAGGGCCGGCTCAGGAAAATGGGACATTGAGC