Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ACTGGAGAGGCTTATTTTAAGCAGTGGGAAGCTTGTTTTACTTGATAAGCTACTTGAGAAATTGCATGAGACGAATCATCGTGTTCTAATATTTTCTCAGgtttgtgttgccaactattgtgcattttgactaatgtattagcaattgttgggccaggtattacatggtttttggtaatagctgatatcatcctttctct...

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv06s0009g03750.t01
intron # 18
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv06s0009g03750.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 18
lower sequence: GLYMA02G45000.1 (Glycine max), 5'ss of exon 18
ACTGGAGAGGCTTATTTTAAGCAGTGGGAAGCTTGTTTTACTTGATAAGCTACTTGAGAAATTGCATGAGACGAATCATCGTGTTCTAATATTTTCTCAGgtttgt-gttgccaactattgtgcattttgactaatgtattagcaattgttgggccaggtattacatggtttttggtaatagctgatatcatcctttctct-------
||| |||||  || |||| |||||||| ||||||||  ||||||||||||| ||||  ||||||||||| || || ||||||||||| || || |||||||||||| ||||  || ||        |||     ||||  |     ||| |      || |     | | |      |||   |   ||||| |||| |||       
ACTAGAGAGAATTGTTTTTAGCAGTGGCAAGCTTGTCATACTTGATAAGCTGCTTGTTAAATTGCATGAAACCAAGCATCGTGTTCTGATTTTCTCTCAGgtttgttgttgaaaattaaaac-tgctttactggatgtgcttc---ttgatataattggaagcttttagctc--aacaatgttt--catcatactttttcttgagtag

upper sequence: Vv06s0009g03750.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 18
lower sequence: GLYMA14G03780.1 (Glycine max), 5'ss of exon 18
ACTGGAGAGGCTTATTTTAAGCAGTGGGAAGCTTGTTTTACTTGATAAGCTACTTGAGAAATTGCATGAGACGAATCATCGTGTTCTAATATTTTCTCAGgtttgt-gttgccaactattgtgcattttgactaatgtattagcaattgttgggccaggtattacatggtttttggtaatagctgatatcatcctttctct-----
||| |||||  || |||| |||||||| ||||||||  ||||||| ||||| ||||  ||||||||||| || || ||||||||| | || || |||||||||||| ||||  || ||        |||     ||||  |     ||| |      || |     | | |      |||   | ||   |   ||||| |     
ACTAGAGAGAATTGTTTTTAGCAGTGGCAAGCTTGTCATACTTGACAAGCTCCTTGTTAAATTGCATGAAACCAAGCATCGTGTTTTGATTTTCTCTCAGgtttgttgttgaaaattaaaac-tggtttagtggatgtgcttc---ttgatataattggaagcttttagctc--aacaatgtttcatcatactttttctttagttt