Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TGCACACACCGATTGCATCATTGCAGAAGACCTTGAAGTTGCTGAAGTGTTTTTGCGCCAAGTTGATAGgtaagaatgtgctcagtgttaattatcttatcctagaaaaccagtgtcattttgttccattacctccaaagtttggtagttttggtcattcatgttataa...

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv13s0019g02360.t01
intron # 17
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv13s0019g02360.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 17
lower sequence: GLYMA14G07120.1 (Glycine max), 5'ss of exon 14
TGCACACACCGATTGCATCATTGCAGAAGACCTTGAAGTTGCTGAAGTGTTTTTGCGCCAAGTTGATAGgtaagaatgtgctcagtgttaattatcttatcctagaaaaccagtgtcattttgttccattacctccaaagtttggtagttttggtcattcatgttataa----
||||||||| |||| |||||||||||||||    ||||||||| | |||||| | |||||||| || |||||| | |      |   |   |  | ||||   |  |||  |   |||         | ||     |||   || |    |   |  |  |  || ||     
TGCACACACTGATTCCATCATTGCAGAAGATAAAGAAGTTGCTAATGTGTTTCTACGCCAAGTAGACAGgtaatatttgaaatatcatgcttctttttatttaatgaaaaaaaaatcaaggga----aataaaataaaaagatgtttcactcaattctctactttgtagcgtc
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|110364352|gb|EC923948.1|EC923948
EST:     ATTGCAGAAGACCTTGAAGTTGCTGAAGTGTTTTTGCGCCAAGTTGATAG                         TGCTGCTGTCTTTCACAATGCTAGCACAAGATTTTGTGATGGGGCTCGTTT
genomic: ATTGCAGAAGACCTTGAAGTTGCTGAAGTGTTTTTGCGCCAAGTTGATAGgtaagaatgt ... atattggcagTGCTGCTGTCTTTCACAATGCTAGCACAAGATTTTGTGATGGGGCTCGTTT
EST: gi|29783366|gb|CB349487.2|CB349487
EST:     ATTGCAGAAGACCTTGAAGTTGCTGAAGTGTTTTTGCGCCAAGTTGATAG                         TGCTGCTGTCTTTCACAATGCTAGCACAAGATTTTGTGATGGGGCTCGTTT
genomic: ATTGCAGAAGACCTTGAAGTTGCTGAAGTGTTTTTGCGCCAAGTTGATAGgtaagaatgt ... atattggcagTGCTGCTGTCTTTCACAATGCTAGCACAAGATTTTGTGATGGGGCTCGTTT
EST: gi|30297817|gb|CB974611.1|CB974611
EST:     ATTGCAGAAGACCTTGAAGTTGCTGAAGTGTTTTTGCGCCAAGTTGATAG                         TGCTGCTGTCTTTCCCAATGCTAGCACAAGATTTTGTGATGGGGCTCGTTT
genomic: ATTGCAGAAGACCTTGAAGTTGCTGAAGTGTTTTTGCGCCAAGTTGATAGgtaagaatgt ... atattggcagTGCTGCTGTCTTTCACAATGCTAGCACAAGATTTTGTGATGGGGCTCGTTT
EST: gi|110427351|gb|EC993787.1|EC993787
EST:     ATTGCAGAAGACCTTGAAGTTGCTGAAGTGTTTTTGCGCCAAGTTGATAG                         TGCTGCTGTCTTTCACAATGCTAGCACAAGATTTTGTGATGGGGCTCGTTT
genomic: ATTGCAGAAGACCTTGAAGTTGCTGAAGTGTTTTTGCGCCAAGTTGATAGgtaagaatgt ... atattggcagTGCTGCTGTCTTTCACAATGCTAGCACAAGATTTTGTGATGGGGCTCGTTT
EST: gi|33402185|gb|CF207812.1|CF207812
EST:     ATTGCAGAAGACCTTGAAGTTGCTGAAGTGTTTTTGCGCCAAGTTGATAG                         TGCTGCTGTCTTTCACAATGCTAGCACAAGATTTTGTGATGGGGCTCGTTT
genomic: ATTGCAGAAGACCTTGAAGTTGCTGAAGTGTTTTTGCGCCAAGTTGATAGgtaagaatgt ... atattggcagTGCTGCTGTCTTTCACAATGCTAGCACAAGATTTTGTGATGGGGCTCGTTT
EST: gi|33402196|gb|CF207823.1|CF207823
EST:     ATTGCAGAAGACCTTGAAGTTGCTGAAGTGTTTTTGCGCCAAGTTGATAG                         TGCTGCTGTCTTTCACAATGCTAGCACAAGATTTTGTGATGGGGCTCGTTT
genomic: ATTGCAGAAGACCTTGAAGTTGCTGAAGTGTTTTTGCGCCAAGTTGATAGgtaagaatgt ... atattggcagTGCTGCTGTCTTTCACAATGCTAGCACAAGATTTTGTGATGGGGCTCGTTT
EST: gi|110377214|gb|EC942273.1|EC942273
EST:     ATTGCAGAAGACCTTGAAGTTGCTGAAGTGTTTTTGCGCCAAGTTGATAG                         TGCTGCTGTCTTTCACAATGCTAGCACAAGATTTTGTGATGGGGCTCGTTT
genomic: ATTGCAGAAGACCTTGAAGTTGCTGAAGTGTTTTTGCGCCAAGTTGATAGgtaagaatgt ... atattggcagTGCTGCTGTCTTTCACAATGCTAGCACAAGATTTTGTGATGGGGCTCGTTT
EST: gi|110365796|gb|EC929255.1|EC929255
EST:     ATTGCAGAAGACCTTGAAGTTGCTGAAGTGTTTTTGCGCCAAGTTGATAG                         TGCTGCTGTCTTTCACAATGCTAGCACAAGATTTTGTGATGGGGCTCGTTT
genomic: ATTGCAGAAGACCTTGAAGTTGCTGAAGTGTTTTTGCGCCAAGTTGATAGgtaagaatgt ... atattggcagTGCTGCTGTCTTTCACAATGCTAGCACAAGATTTTGTGATGGGGCTCGTTT
EST: gi|33402539|gb|CF208166.1|CF208166
EST:     ATTGCAGAAGACCTTGAAGTTGCTGAAGTGTTTTTGCGCCAAGTTGATAG                         TGCTGCTGTCTTTCACAATGCTAGCACAAGATTTTGTGATGGGGCTCGTTT
genomic: ATTGCAGAAGACCTTGAAGTTGCTGAAGTGTTTTTGCGCCAAGTTGATAGgtaagaatgt ... atattggcagTGCTGCTGTCTTTCACAATGCTAGCACAAGATTTTGTGATGGGGCTCGTTT
EST: gi|32461077|gb|CD802251.1|CD802251
EST:     ATTGCAGAAGACCTTGAAGTTGCTGAAGTGTTTTTGCGCCAAGTTGATAG                         TGCTGCTGTCTTTCACAATGCTAGCACAAGATTTTGTGATGGGGCTCGTTT
genomic: ATTGCAGAAGACCTTGAAGTTGCTGAAGTGTTTTTGCGCCAAGTTGATAGgtaagaatgt ... atattggcagTGCTGCTGTCTTTCACAATGCTAGCACAAGATTTTGTGATGGGGCTCGTTT
EST: gi|110362804|gb|EC926359.1|EC926359
EST:     ATTGCAGAAGACCTTGAAGTTGCTGAAGTGTTTTTGCGCCAAGTTGATAG                         TGCTGCTGTCTTTCACAATGCTAGCACAAGATTTTGTGATGGGGCTCGTTT
genomic: ATTGCAGAAGACCTTGAAGTTGCTGAAGTGTTTTTGCGCCAAGTTGATAGgtaagaatgt ... atattggcagTGCTGCTGTCTTTCACAATGCTAGCACAAGATTTTGTGATGGGGCTCGTTT
EST: gi|110382148|gb|EC938618.1|EC938618
EST:     ATTGCAGAAGACCTTGAAGTTGCTGAAGTGTTTTTGCGCCAAGTTGATAG                         TGCTGCTGTCTTTCACAATGCTAGCACAAGATTTTGTGATGGGGCTCGTTT
genomic: ATTGCAGAAGACCTTGAAGTTGCTGAAGTGTTTTTGCGCCAAGTTGATAGgtaagaatgt ... atattggcagTGCTGCTGTCTTTCACAATGCTAGCACAAGATTTTGTGATGGGGCTCGTTT
EST: gi|27585130|gb|CB007825.1|CB007825
EST:     AAGTTGCTGAAGTGTTTTTGCGCCAAGTTGATAG                         TGCTGCTGTCTTTCACAATGCTAGCACAAGATTTTGTGATGGGGCTCGTTT
genomic: AAGTTGCTGAAGTGTTTTTGCGCCAAGTTGATAGgtaagaatgt ... atattggcagTGCTGCTGTCTTTCACAATGCTAGCACAAGATTTTGTGATGGGGCTCGTTT
EST: gi|110375487|gb|EC940476.1|EC940476
EST:     ATTGCAGAAGACCTTGAAGTTGCTGAAGTGTTTTTGCGCCAAGTTGATAG                         TGCTGCTGTCTTTCACAATGCTAGCACAAGATTTTGTGATGGGGCTCGTTT
genomic: ATTGCAGAAGACCTTGAAGTTGCTGAAGTGTTTTTGCGCCAAGTTGATAGgtaagaatgt ... atattggcagTGCTGCTGTCTTTCACAATGCTAGCACAAGATTTTGTGATGGGGCTCGTTT
EST: gi|110420384|gb|EC986656.1|EC986656
EST:     ATTGCAGAAGACCTTGAAGTTGCTGAAGTGTTTTTGCGCCAAGTTGATAG                         TGCTGCTGTCTTTCACAATGCTAGCACAAGATTTTGTGATGGGGCTCGTTT
genomic: ATTGCAGAAGACCTTGAAGTTGCTGAAGTGTTTTTGCGCCAAGTTGATAGgtaagaatgt ... atattggcagTGCTGCTGTCTTTCACAATGCTAGCACAAGATTTTGTGATGGGGCTCGTTT
EST: gi|110388887|gb|EC953685.1|EC953685
EST:     ATTGCAGAAGACCTTGAAGTTGCTGAAGTGTTTTTGCGCCAAGTTGATAG                         TGCTGCTGTCTTTCACAATGCTAGCACAAGATTTTGTGATGGGGCTCGTTT
genomic: ATTGCAGAAGACCTTGAAGTTGCTGAAGTGTTTTTGCGCCAAGTTGATAGgtaagaatgt ... atattggcagTGCTGCTGTCTTTCACAATGCTAGCACAAGATTTTGTGATGGGGCTCGTTT
EST: gi|33402105|gb|CF207732.1|CF207732
EST:     ATTGCAGAAGACCTTGAAGTTGCTGAAGTGTTTTTGCGCCAAGTTGATAG                         TGCTGCTGTCTTTCACAATGCTAGCACAAGATTTTGTGATGGGGCTCGTTT
genomic: ATTGCAGAAGACCTTGAAGTTGCTGAAGTGTTTTTGCGCCAAGTTGATAGgtaagaatgt ... atattggcagTGCTGCTGTCTTTCACAATGCTAGCACAAGATTTTGTGATGGGGCTCGTTT
EST: gi|29783302|gb|CB349405.2|CB349405
EST:     ATTGCAGAAGACCTTGAAGTTGCTGAAGTGTTTTTGCGCCAAGTTGATAG                         TGCTGCTGTCTTTCACAATGCTAGCACAAGATTTTGTGATGGGGCTCGTTT
genomic: ATTGCAGAAGACCTTGAAGTTGCTGAAGTGTTTTTGCGCCAAGTTGATAGgtaagaatgt ... atattggcagTGCTGCTGTCTTTCACAATGCTAGCACAAGATTTTGTGATGGGGCTCGTTT
EST: gi|110414936|gb|EC980800.1|EC980800
EST:     ATTGCAGAAGACCTTGAAGTTGCTGAAGTGTTTTTGCGCCAAGTTGATAG                         TGCTGCTGTCTTTCACAATGCTAGCACAAGATTTTGTGATGGGGCTCGTTT
genomic: ATTGCAGAAGACCTTGAAGTTGCTGAAGTGTTTTTGCGCCAAGTTGATAGgtaagaatgt ... atattggcagTGCTGCTGTCTTTCACAATGCTAGCACAAGATTTTGTGATGGGGCTCGTTT
EST: gi|110421820|gb|EC988122.1|EC988122
EST:     ATTGCAGAAGACCTTGAAGTTGCTGAAGTGTTTTTGCGCCAAGTTGATAG                         TGCTGCTGTCTTTCACAATGCTAGCACAAGATTTTGTGATGGGGCTCGTTT
genomic: ATTGCAGAAGACCTTGAAGTTGCTGAAGTGTTTTTGCGCCAAGTTGATAGgtaagaatgt ... atattggcagTGCTGCTGTCTTTCACAATGCTAGCACAAGATTTTGTGATGGGGCTCGTTT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TGCACACACCGATTGCATCATTGCAGAAGACCTTGAAGTTGCTGAAGTGTTTTTGCGCCAAGTTGATAGgtaagaatgtgctcagtgttaattatcttatcctagaaaaccagtgtcattttgttccattacctccaaagtttggtagttttggtcattcatgttataa

- - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tagaaaa