Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTGATTGCTAAACTTGAGGGCCCTGCCGTGAGTCAGTATTGTGCTTTACGTTTATTACAGgtaaacacatgctggtaggttacaaatttctgtttcaggttcctacaatttttcccttatgtttttctatctcttaacttcaatctttgatgctatgcag

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv15s0046g01890.t01
intron # 16
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv15s0046g01890.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 16
lower sequence: GRMZM2G475867_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 15
GTGATTGCTAAACTTGAGGGCCCTGCCGTGAGTCAGTATTGTGCTTTACGTTTATTACAGgtaaacacatgctggtaggtt-acaaatttctgtttcaggttcctacaatttttcccttatgtttttctatctc---ttaacttcaatct--ttgatgctatgcag
|| |||||||| || ||||||||||| || ||||||||||||||  | |||||  |||| ||||     | ||  ||  |  || |  |   | ||   | |   ||| |  || ||| |  | ||  | ||||    | ||||| || |  ||| |||| | |||
GTCATTGCTAAGCTGGAGGGCCCTGCAGTCAGTCAGTATTGTGCACTCCGTTTGCTACAAgtaa-----ttctcttacctccactatgtggcggttttagcttggacattagttgcctcagatgttcatctctcagactcacttccatgtggttgttgctttccag

upper sequence: Vv15s0046g01890.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 16
lower sequence: GLYMA18G47050.1 (Glycine max), 5'ss of exon 16
GTGATTGCTAAACTTGAGGGCCCTGCCGTGAGTCAGTATTGTGCTTTACGTTTATTACAGgtaaacacatgctggtaggttacaaatttctgtttcaggttcctacaatttttcccttatgtttttctatctcttaacttcaatctttgatgctatgcag
|||||||| |||||||| || ||||| || |||||||| ||||||||||| |||||||||||     | || | |     | ||    | | ||||   ||  |  |  |||  |  ||  |    | |  ||     |    |  |  |   ||  |||
GTGATTGCCAAACTTGAAGGTCCTGCTGTCAGTCAGTACTGTGCTTTACGATTATTACAGgtttgggcttgattgc----ttcagtcctttttttccatttgattta--tttaactctagttacaccaacttcaatgatgtggttatcaaacttacacag