Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TGTGGGTTGAGCAAGGTGATGAGATAAGCCTCGAATATTCTGGGACGCATGCCCTAAAACGGGATCTGGTCAAgtaaatctcatctgaaattatgattccaagggataatgtctacatacatgtgtacctcattataatgcaatttggattgataatactgcag

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv08s0105g00480.t01
intron # 16
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|28965557|gb|CB344590.1|CB344590
EST:     ATAAGCCTCGAATATTCTGGGACGCATGCCCTAAAACGGGATCTGGTCAA                         ATATGGCAAACAGACCATGTCAGGACTCATTAAAGATGGAATGAGTGCTAT
genomic: ATAAGCCTCGAATATTCTGGGACGCATGCCCTAAAACGGGATCTGGTCAAgtaaatctca ... aatactgcagATATGGCAAACAGACTATGTCAGGACTCATTAAAGATGGGATGAGTGCTAT
EST: gi|110360406|gb|EC923481.1|EC923481
EST:     ATAAGCCTCGAATATTCTGGGACGCATGCCCTAAAACGGGATCTGGTCAA                         ATATGGCAAACAGACCATGTCAGGACTCATTAAAGATGGAATGAGTGCTAT
genomic: ATAAGCCTCGAATATTCTGGGACGCATGCCCTAAAACGGGATCTGGTCAAgtaaatctca ... aatactgcagATATGGCAAACAGACTATGTCAGGACTCATTAAAGATGGGATGAGTGCTAT