Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GCGACAATGGGAGTATGTGGTTCTGGGATTGGAAGAGTGGTCACAATTTTCAGCAAGCCCAAACAATTGTACAGCCTGgtatgtatctaatgctcttggttattgctgtttgtagaaaggagaaaatgatcaaatattgatctatacttttgtttcag

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv05s0077g02310.t01
intron # 16
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv05s0077g02310.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 16
lower sequence: LOC_Os03g21990.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 17
GCGACAATGGGAGTATGTGGTTCTGGGATTGGAAGAGTGGTCACAATTTTCAGCAAGCCCAAACAATTGTACAGCCTGgtatgtatctaat-gc------tcttggttattgct--gtttgtagaaaggagaaaat-gatcaaat--attgatctatacttttgtttcag
| || ||||||||| | ||||| ||||||||||||||||| || || ||||| ||||  || || || ||||| ||||||| ||||  | | ||      | | || | ||  |  |||| |  ||   |  |||| |||||  |  ||||||||    |    ||  ||
GGGATAATGGGAGTCTCTGGTTTTGGGATTGGAAGAGTGGCCATAACTTTCAACAAGATCAGACTATAGTACAACCTGgtaagtattgatttgcatcatgtatgggctgttattatgtttctttaagtcactaaatcgatcatcttgattgatcttatttccaattatag

upper sequence: Vv05s0077g02310.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 16
lower sequence: AT3G16650.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 16
GCGACAATGGGAGTATGTGGTTCTGGGATTGGAAGAGTGGTCACAATTTTCAGCAAGCCCAAACAATTGTACAGCCTGgtatgtatctaat---gctcttggttattgctgtttg------tagaaaggagaaaatgatcaaatattga---tctat-acttttgtttcag-------
| || || ||  |  | ||||||||||| |||||||||||||||||||| || |  ||  |||| ||||||||||||||||| |    ||      ||||| |  ||     |||      | ||| ||  |||||  | || | || |   | ||| | | ||| |||         
GTGATAAAGGTGGCTTATGGTTCTGGGACTGGAAGAGTGGTCACAATTTCCAACGGGCAGAAACTATTGTACAGCCTGgtatcttctgaacctatttcttgatcctttacccttgcgttgcttgaatggttaaaatatttaagtcttaaaggtttatgattattggttcgaaggaaca

upper sequence: Vv05s0077g02310.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 16
lower sequence: AT4G15900.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 16
GCGACAATGGGAGTATGTGGTTCTGGGATTGGAAGAGTGGTCACAATTTTCAGCAAGCCCAAACAATTGTACAGCCTGgtatgta----tctaatgctcttggt----tattgctg--tttgtagaaaggagaaaatgatcaaatattgatctatacttttgtttcag----------
| || ||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||| ||| || ||  |  |||| || ||||||||||||| |||    | ||    || ||||    |  | |||   |  | |  | |  || |||   || | | | | | | | |       ||          
GTGATAATGGAAGTATATGGTTCTGGGACTGGAAGAGTGGTCACAGTTTCCAACAGTCAGAAACTATCGTACAGCCTGgtacgtacatttatagctttcatggtcttttgctcctgatctccttgttatggtaagatgtagaagtctcggtatgttcatacaacgtagtcaagtttga

upper sequence: Vv05s0077g02310.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 16
lower sequence: PP1S169_73V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 14
GCGACAATGGGAGTATGTGGTTCTGGGATTGGAAGAGTGGTCACAATTTTCAGCAAGCCCAAACAATTGTACAGCCTGgtatgtatctaatgctcttggttattgctgtttgtagaaaggagaaaatgatcaaatattgatct-----atacttttgtttcag---------------
| || ||||| ||||||||||| ||||| |  |||||||| ||||||||||||||||| || |||||||| ||||||||||||   | | |   ||| | |||   | | | || | |     | ||   ||    ||          | |||||||     |               
GTGATAATGGAAGTATGTGGTTTTGGGACTACAAGAGTGGGCACAATTTTCAGCAAGCGCAGACAATTGTGCAGCCTGgtatgctaccattttcctttgatatatatatatatatatacatatacatatacatgctttccgtgcgaggagacttttggaattgccccacatctgaata

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|110416775|gb|EC982779.1|EC982779
EST:     TTGGAAGAGTGGTCACAATTTTCAGCAAGCCCAAACAATTGTACAGCCTG                         GCTCACTGGATAGTGAAGCTGGCATCTATGCTCTATCCTATGACTTAACTG
genomic: TTGGAAGAGTGGTCACAATTTTCAGCAAGCCCAAACAATTGTACAGCCTGgtatgtatct ... tttgtttcagGCTCACTGGATAGTGAAGCTGGCATCTATGCTCTATCCTATGACTTAACTG
EST: gi|83275899|gb|DV939907.1|DV939907
EST:     TTGGAAGAGTGGTCACAATTTTCAGCAAGCCCAAACAATTGTACAGCCTG                         GCTCACTGGATAGTGAAGCTGGCATCTATGCTCTATCCTATGACTTAACTG
genomic: TTGGAAGAGTGGTCACAATTTTCAGCAAGCCCAAACAATTGTACAGCCTGgtatgtatct ... tttgtttcagGCTCACTGGATAGTGAAGCTGGCATCTATGCTCTATCCTATGACTTAACTG
EST: gi|254917683|gb|GR903335.1|GR903335
EST:     TTGGAAGAGTGGTCACAATTTTCAGCAAGCCCAAACAATTGTACAGCCTG                         GCTCACTGGATAGTGAAGCTGGCATCTATGCTCTATCCTATGACTTAACTG
genomic: TTGGAAGAGTGGTCACAATTTTCAGCAAGCCCAAACAATTGTACAGCCTGgtatgtatct ... tttgtttcagGCTCACTGGATAGTGAAGCTGGCATCTATGCTCTATCCTATGACTTAACTG
EST: gi|349818063|gb|FQ408838.1|FQ408838
EST:     TTGGAAGAGTGGTCACAATTCTCAGCAAGCCCAAACAATTGTACAGCCTG                         GCTCACTGGAAAGTGAAGCTGGCATCTATGCTCTATCCCATGA
genomic: TTGGAAGAGTGGTCACAATTTTCAGCAAGCCCAAACAATTGTACAGCCTGgtatgtatct ... tttgtttcagGCTCACTGGATAGTGAAGCTGGCATCTATGCTCTATCCTATGA
EST: gi|351038798|gb|FQ464664.1|FQ464664
EST:     TTGGAAGAGTGGTCACAATTTTCAGCAAGCCCAAACAATTGTACAGCCTG                         GCTCACTGGATAGTGAAGCTGGCATCTATGCTCTATCCTATGACTTAACTG
genomic: TTGGAAGAGTGGTCACAATTTTCAGCAAGCCCAAACAATTGTACAGCCTGgtatgtatct ... tttgtttcagGCTCACTGGATAGTGAAGCTGGCATCTATGCTCTATCCTATGACTTAACTG
EST: gi|352785393|gb|FQ477607.1|FQ477607
EST:     TTGGAAGAGTGGTCCCAATTTTCAGCAAGCCCAAACAATTGTACCGCCTG                         GCTCACTGGATAGTGAAGCTGGCATCTTTGCTCTATCCTATGACTTAACTG
genomic: TTGGAAGAGTGGTCACAATTTTCAGCAAGCCCAAACAATTGTACAGCCTGgtatgtatct ... tttgtttcagGCTCACTGGATAGTGAAGCTGGCATCTATGCTCTATCCTATGACTTAACTG
EST: gi|110384526|gb|EC948969.1|EC948969
EST:     TTGGAAGAGTGGTCACAATTTTCAGCAAGCCCAAACAATTGTACAGCCTG                         GCTCACTGGATAGTGAAGCTGGCATCTATGCTCTATCCTATGACTTAACTG
genomic: TTGGAAGAGTGGTCACAATTTTCAGCAAGCCCAAACAATTGTACAGCCTGgtatgtatct ... tttgtttcagGCTCACTGGATAGTGAAGCTGGCATCTATGCTCTATCCTATGACTTAACTG
EST: gi|110724126|gb|EE099691.1|EE099691
EST:     TTGGAAGAGTGGTCACAATTTTCAGCAAGCCCAAACAATTGTACAGCCTG                         GCTCAATGGATAGTGAAGCTGGCATCTATGCTCTATCCTA-GAACT-AACT
genomic: TTGGAAGAGTGGTCACAATTTTCAGCAAGCCCAAACAATTGTACAGCCTGgtatgtatct ... tttgtttcagGCTCACTGGATAGTGAAGCTGGCATCTATGCTCTATCCTATGA-CTTAACT
EST: gi|110418369|gb|EC984516.1|EC984516
EST:     TTGGAAGAGTGGTCACAATTTTCAGCAAGCCCAAACAATTGTACAGCCTG                         GCTCACTGGATAGTGAAGCTGGCATCTATGCTCTATCCTATGACTTAACTG
genomic: TTGGAAGAGTGGTCACAATTTTCAGCAAGCCCAAACAATTGTACAGCCTGgtatgtatct ... tttgtttcagGCTCACTGGATAGTGAAGCTGGCATCTATGCTCTATCCTATGACTTAACTG
EST: gi|110418288|gb|EC984425.1|EC984425
EST:     TTGGAAGAGTGGTCACAATTTTCAGCAAGCCCAAACAATTGTACAGCCTG                         GCTCACTGGATAGTGAAGCTGGCATCTATGCTCTATCCTATGACTTAACTG
genomic: TTGGAAGAGTGGTCACAATTTTCAGCAAGCCCAAACAATTGTACAGCCTGgtatgtatct ... tttgtttcagGCTCACTGGATAGTGAAGCTGGCATCTATGCTCTATCCTATGACTTAACTG
EST: gi|77581807|gb|DV219858.1|DV219858
EST:     TTGGAAGAGTGGTCACAATTTTCAGCAAGCCCAAACAATTGTACAGCCTG                         GCTCACTGGATAGTGAAGCTGGCATCTATGCTCTATCCTATGACTTAACTG
genomic: TTGGAAGAGTGGTCACAATTTTCAGCAAGCCCAAACAATTGTACAGCCTGgtatgtatct ... tttgtttcagGCTCACTGGATAGTGAAGCTGGCATCTATGCTCTATCCTATGACTTAACTG
EST: gi|83275829|gb|DV939837.1|DV939837
EST:     TTGGAAGAGTGGTCACAATTTTCAGCAAGCCCAAACAATTGTACAGCCTG                         GCTCACTGGATAGTGAAGCTGGCATCTATGCTCTATCCTATGACTTAACTG
genomic: TTGGAAGAGTGGTCACAATTTTCAGCAAGCCCAAACAATTGTACAGCCTGgtatgtatct ... tttgtttcagGCTCACTGGATAGTGAAGCTGGCATCTATGCTCTATCCTATGACTTAACTG
EST: gi|110699826|gb|EE077177.1|EE077177
EST:     TTGGAAGAGTGGTCACAATTTTCAGCAAGCCCAAACAATTGTACAGCCTG                         GCTCACTGGATAGTGAAGCTGGCATCTATGCTCTATCCTATGACTTAACTG
genomic: TTGGAAGAGTGGTCACAATTTTCAGCAAGCCCAAACAATTGTACAGCCTGgtatgtatct ... tttgtttcagGCTCACTGGATAGTGAAGCTGGCATCTATGCTCTATCCTATGACTTAACTG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GCGACAATGGGAGTATGTGGTTCTGGGATTGGAAGAGTGGTCACAATTTTCAGCAAGCCCAAACAATTGTACAGCCTGgtatgtatctaatgctcttggttattgctgtttgtagaaaggagaaaatgatcaaatattgatctatacttttgtttcag

- - - - - - - - - - - - - -  TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGCAAG