Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ATCACCAAAGATTTCTCCTTTTCCAAGTCTTCCTGACATGTCTCCGAAGAAAGTATCCGCTGCACACAATGTCTATGTCTCCCCATTGCGGTCATCTAAGgtatagtttgttcatttttttactcacttggagccaattttaatatttgaaatgagcatgtggatacgtgataattgtgctactaattttgccatctgta...

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv04s0008g02780.t01
intron # 16
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|37187431|gb|CF606784.1|CF606784
EST:     AAGTATCCGCTGCACACAACGTCTATGTCTCCCCATTGCGGTCATCTAAG                         ATGGATGCTTTAATCTCACATAGTTCTAAAAGTTACTATGCTTGTGTTGGA
genomic: AAGTATCCGCTGCACACAATGTCTATGTCTCCCCATTGCGGTCATCTAAGgtatagtttg ... atgtctacagATGGATGCTTTAATCTCACATAGTTCTAAAAGTTACTATGCTTGTGTTGGA
EST: gi|51050310|gb|CO818484.1|CO818484
EST:     AAGTATCCGCTGCACACAATGTCTATGTCTCCCCATTGCGGTCATCTAAG                         ATGGATGCTTTAATCTCACATAGTTCTAAAAGTTACTATGCTTGTGTTGGA
genomic: AAGTATCCGCTGCACACAATGTCTATGTCTCCCCATTGCGGTCATCTAAGgtatagtttg ... atgtctacagATGGATGCTTTAATCTCACATAGTTCTAAAAGTTACTATGCTTGTGTTGGA
EST: gi|110394125|gb|EC958654.1|EC958654
EST:     AAGTATCCGCTGCACACAATGTCTATGTCTCCCCATTGCGGTCATCTAAG                         ATGGATGCTTTAATCTCACATAGTTCTAAAAGTTACTATGCTTGTGTTGGA
genomic: AAGTATCCGCTGCACACAATGTCTATGTCTCCCCATTGCGGTCATCTAAGgtatagtttg ... atgtctacagATGGATGCTTTAATCTCACATAGTTCTAAAAGTTACTATGCTTGTGTTGGA
EST: gi|110710388|gb|EE086681.1|EE086681
EST:     AAGTATCCGCCGCACACAATGTCTATGTCTCCCCATTGCGGTCATCTAAG                         ATGGATGCTTTAATCTCACATATTTCTAAAAGTTACTATGCTTGTGTTGGA
genomic: AAGTATCCGCTGCACACAATGTCTATGTCTCCCCATTGCGGTCATCTAAGgtatagtttg ... atgtctacagATGGATGCTTTAATCTCACATAGTTCTAAAAGTTACTATGCTTGTGTTGGA
EST: gi|110413902|gb|EC979718.1|EC979718
EST:     AAGTATCCGCTGCACACAATGTCTATGTCTCCCCATTGCGGTCATCTAAG                         ATGGATGCTTTAATCTCACATAGTTCTAAAAGTTACTATGCTTGTGTTGGA
genomic: AAGTATCCGCTGCACACAATGTCTATGTCTCCCCATTGCGGTCATCTAAGgtatagtttg ... atgtctacagATGGATGCTTTAATCTCACATAGTTCTAAAAGTTACTATGCTTGTGTTGGA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ATCACCAAAGATTTCTCCTTTTCCAAGTCTTCCTGACATGTCTCCGAAGAAAGTATCCGCTGCACACAATGTCTATGTCTCCCCATTGCGGTCATCTAAGgtatagtttgttcatttttttactcacttggagccaattttaatatttgaaatgagcatgtggatacgtgataattgtgctactaattttgccatctgta

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gaaatga