Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TCGGCCACGGTCACATGCTGCTTCTACTTATAGTCCATTGGTTGAGAAGGGTCGGCCTGTCTTACAAGGACTTTTGGCTATAGATTTCTTGGCAAAAGAGgtaaagtgaaatttttgtcttccctattttgaaggggggtaattttcctaatatgatcaatttaatgaaaatgtggattgacatgtttatacagtgaagtttcacttcttttgctctgctctgtaaataaatagtttctcttatcagttatttttacagtaagcctacataaatttactgaatgtattttactctag

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv13s0019g04770.t01
intron # 15
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv13s0019g04770.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 15
lower sequence: GLYMA20G32370.1 (Glycine max), 5'ss of exon 17
TCGGCCACGGTCACATGCTGCTTCTACTTATAGTCCATTGGTTGAGAAGGGTCGGCCTGTCTTACAAGGACTTTTGGCTATAGATTTCTTGGCAAAAGAGgtaaagtgaaatttttgtctt--ccctattttgaaggggggt--aattttcctaatatgatcaatttaatgaaa--atg--tggattgacatgtttatacagtgaagtttcacttcttttgctctgctctgtaaataaatagtttctcttatcagttatttttacagtaagcctacataaatttactgaatgtattttactctag
||| ||| || ||||||  ||| ||||||| | | | |   ||||||||||||| ||||| ||||||||| | || |||||||||  |||| |||| |||||||| |  || ||   |  |   | || |  ||   |  ||  || | | ||| ||| |   | |  |||| |  |||  |||| | | | |||| |    |   |    | ||  ||  || | ||   |   |  || |||         ||  |   |    ||   ||    | | |||  || || ||||||| |||||
TCGTCCAAGGGCACATGTGGCTACTACTTACACTTCGTCAATTGAGAAGGGTCGACCTGTGTTACAAGGATTATTAGCTATAGATCACTTGACAAAGGAGgtaaattttaaattggataataatcttactaagatatgatgtttaactcttcta-tattaagcactagatgatatgatgcctggactaata-gtttctgtgtttgggcaatattttattgactatacttgatggtttgatggtt---------agagaacatggatgtgttccc---tgacttt--tgtatctattttattctag