Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   		30  
 5'  3'   		31  
 5'  3'   		32  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GGTGACAAAAACTTGAGTGGAATTACTCATGTTATAGTTGATGAAGTCCACGAACGGTCTCTCTTGgtgagttcataaacttggcagtttctcaaggatttcatatgggagtataatacattattattagtgtagcttccaattaagtgtttctggggacttttcg...

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv12s0035g00800.t01
intron # 15
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv12s0035g00800.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 15
lower sequence: AT1G58060.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 15
GGTGACAAAAACTTGAGTGGAATTACTCATGTTATAGTTGATGAAGTCCACGAACGGTCTCTCTTGgtgagttcataaacttggcagtttctcaaggatttcatatgggagtataatacattattattagtgtagcttccaattaagtgtttctggggacttttcg-----
|| || | || |||||  |   |||| ||| |||||||||||||||| || || |||||||| |||||||||    |   || | |     | ||     ||||     || | |||| ||    | ||  |  | ||    |||||  | |        |  ||      
GGGGATAGAACCTTGAACGATGTTACACATATTATAGTTGATGAAGTGCATGAGCGGTCTCTTTTGgtgagtcttca---ttagtaagccataaatttcatcattgctaagaaaaatagatacacagtaaag--ggttttgcttaagaatctacacaacatcatctaatga