Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TTAATAAATTTTATCCGGGGCATCGGAGAGAAGAAATAGAACATTGTATTAAAAAAGCTACAATGTTCATTGAAAAGATACAAGCATCAGATGGCTCATGgtttgtttttttcccttacgtattgtaggaccaattaaatattagtctatgtctatatacttggacactcttcaacttcactaagcatatccacgtgaaa...

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv11s0065g00640.t01
intron # 15
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv11s0065g00640.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 15
lower sequence: GLYMA01G00430.1 (Glycine max), 5'ss of exon 15
TTAATAAATTTTATCCGGGGCATCGGAGAGAAGAAATAGAACATTGTATTAAAAAAGCTACAATGTTCATTGAAAAGATACAAGCATCAGATGGCTCATGgtttgtttttttcccttacg-----tattgtaggaccaattaaatattagtctatgtctatatacttggaca--ctcttcaacttcactaagcatatccacgtgaaa
|||  ||||| ||||| ||||||||  ||||||||||| ||||||||||  | ||||| || |  ||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||| || |  |  |  ||  |     | ||  |  |||  ||   ||||  | | ||| ||||   ||| |     | ||       | | |  |    || ||    
TTAGGAAATTATATCCTGGGCATCGCCGAGAAGAAATACAACATTGTATCGATAAAGCCACTACCTTCATTGAAAAAATACAAGCTTCAGATGGATCATGgtatgctcctcccatttgggagtcttttttcataaccttttc--tattgatat-tgtttataacgttgaagtgtttttttgggggtattcatgaatctcaagt----
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|18458985|gb|BM437263.1|BM437263
EST:     AAAAAAGCTACAATGTTCATTGAAAAGATACAAGCATCAGATGGCTCATG                         GTATGGCTCTTGGGGAGTATGCTTCACCTATGCCATATGGTTTGGGATAAA
genomic: AAAAAAGCTACAATGTTCATTGAAAAGATACAAGCATCAGATGGCTCATGgtttgttttt ... tttttactagGTATGGCTCTTGGGGAGTATGCTTCACCTATGCCATATGGTTTGGGATAAA
EST: gi|71865816|gb|DT014871.1|DT014871
EST:     AAAAAAGCTACAATGTTCATTGAAAAGATACAAGCATCAGATGGCTCATG                         GTATGGCTCTTGGGGAGTATGCTTCACCTATGCCATATGGT
genomic: AAAAAAGCTACAATGTTCATTGAAAAGATACAAGCATCAGATGGCTCATGgtttgttttt ... tttttactagGTATGGCTCTTGGGGAGTATGCTTCACCTATGCCATATGGT
EST: gi|32248816|gb|CD714635.1|CD714635
EST:     AAAAAAGCTACAATGTTCATTGAAAAGATACAAGCATCAGATGGCTCATG                         GTATGGCTCTTGGGGAGTATGCTTCACCTATGCCATATGGTTTGGGATAAA
genomic: AAAAAAGCTACAATGTTCATTGAAAAGATACAAGCATCAGATGGCTCATGgtttgttttt ... tttttactagGTATGGCTCTTGGGGAGTATGCTTCACCTATGCCATATGGTTTGGGATAAA
EST: gi|161713441|gb|FC063719.1|FC063719
EST:     AAAAAAGCTACAATGTTCATTGAAAAGAT-CAAGCATCAGATGGCTCATG                         GTATGGCTCTAGGG-AGTATGCTTCAC-TATGC-ATATGGTT-GGGATAAA
genomic: AAAAAAGCTACAATGTTCATTGAAAAGATACAAGCATCAGATGGCTCATGgtttgttttt ... tttttactagGTATGGCTCTTGGGGAGTATGCTTCACCTATGCCATATGGTTTGGGATAAA
EST: gi|30327265|gb|CD010527.1|CD010527
EST:     AAAAAAGCTACAATGTTCATTGAAAAGATACAAGCATCAGATGGCTCATG                         GTATGGCTCTTGGGGAGTATGCTTCACCTATGCCATATGGTTTGGGATAAA
genomic: AAAAAAGCTACAATGTTCATTGAAAAGATACAAGCATCAGATGGCTCATGgtttgttttt ... tttttactagGTATGGCTCTTGGGGAGTATGCTTCACCTATGCCATATGGTTTGGGATAAA
EST: gi|161717232|gb|FC067238.1|FC067238
EST:     AAAAAAGCTACAATGTTCATTGAAAAGATACAAGCATCAGATGGCTCATG                         GTATGGCTCTTGGGGAGTATGCTTCACCTATGCCATATGGTTTGGGATAAA
genomic: AAAAAAGCTACAATGTTCATTGAAAAGATACAAGCATCAGATGGCTCATGgtttgttttt ... tttttactagGTATGGCTCTTGGGGAGTATGCTTCACCTATGCCATATGGTTTGGGATAAA
EST: gi|30299701|gb|CB976495.1|CB976495
EST:     AAAAAAGCTACAATGTTCATTGAAAAGATACAAGCATCAGATGGCTCATG                         GTATGGCTCTTGGGGAGTATGCTTCACCTATGCCATATGGTTTGGGATAAA
genomic: AAAAAAGCTACAATGTTCATTGAAAAGATACAAGCATCAGATGGCTCATGgtttgttttt ... tttttactagGTATGGCTCTTGGGGAGTATGCTTCACCTATGCCATATGGTTTGGGATAAA
EST: gi|110391126|gb|EC956083.1|EC956083
EST:     AAAAAAGCTACAATGTTCATTGAAAAGATACAAGCATCAGATGGCTCATG                         GTATGGCTCTTGGGGAGTATGCTTCACCTATGCCATATGGTTTGGGATAAA
genomic: AAAAAAGCTACAATGTTCATTGAAAAGATACAAGCATCAGATGGCTCATGgtttgttttt ... tttttactagGTATGGCTCTTGGGGAGTATGCTTCACCTATGCCATATGGTTTGGGATAAA
EST: gi|32249043|gb|CD714862.1|CD714862
EST:     AAAAAAGCTACAATGTTCATTGAAAAGATACAAGCATCAGATGGCTCATG                         GTATGGCTCTTGGGGAGTATGCTTCACCTATGCCATATGGTTTGGGATAAA
genomic: AAAAAAGCTACAATGTTCATTGAAAAGATACAAGCATCAGATGGCTCATGgtttgttttt ... tttttactagGTATGGCTCTTGGGGAGTATGCTTCACCTATGCCATATGGTTTGGGATAAA
EST: gi|34543141|gb|CF511373.1|CF511373
EST:     AAAAAAGCTACAATGTTCATTGAAAAGATACAAGCATCAGATGGCTCATG                         GTATGGCTCTTGGGGAGTATGCTTCACCTACGCCATATGGTTTGGGATAAA
genomic: AAAAAAGCTACAATGTTCATTGAAAAGATACAAGCATCAGATGGCTCATGgtttgttttt ... tttttactagGTATGGCTCTTGGGGAGTATGCTTCACCTATGCCATATGGTTTGGGATAAA
EST: gi|32269610|gb|CD718769.1|CD718769
EST:     AAAAAAGCTACAATGTTCATTGAAAAGATACAAGCATCAGATGGCTCATG                         GTATGGCTCTTGGGGAGTATGCTTCACCTATGCCATATGGTTTGGGATAAA
genomic: AAAAAAGCTACAATGTTCATTGAAAAGATACAAGCATCAGATGGCTCATGgtttgttttt ... tttttactagGTATGGCTCTTGGGGAGTATGCTTCACCTATGCCATATGGTTTGGGATAAA
EST: gi|30320591|gb|CD003853.1|CD003853
EST:     AAAAAAGCTACAATGTTCATTGAAAAGATACAAGCATCAGATGGCTCATG                         GTATGGCTCTTGGGGAGTATGCTTCACCTATGCCATATGGTNTGGGATAAA
genomic: AAAAAAGCTACAATGTTCATTGAAAAGATACAAGCATCAGATGGCTCATGgtttgttttt ... tttttactagGTATGGCTCTTGGGGAGTATGCTTCACCTATGCCATATGGTTTGGGATAAA
EST: gi|30327518|gb|CD010780.1|CD010780
EST:     AAAAAAGCTACAATGTTCATTGAAAAGATACAAGCATCAGATGGCTCATG                         GTATGGCTCTTGGGGAGTATGCTTCACCTATGCCATATGGTTTGGGATAAA
genomic: AAAAAAGCTACAATGTTCATTGAAAAGATACAAGCATCAGATGGCTCATGgtttgttttt ... tttttactagGTATGGCTCTTGGGGAGTATGCTTCACCTATGCCATATGGTTTGGGATAAA
EST: gi|34543224|gb|CF511456.1|CF511456
EST:     AAAAAAGCTACAATGTTCATTGAAAAGATACAAGCATCAGATGGCTCATG                         GTATGGCTCTTGGGGAGTATGCTTCACCTACGCCATATGGTTTGGGATAAA
genomic: AAAAAAGCTACAATGTTCATTGAAAAGATACAAGCATCAGATGGCTCATGgtttgttttt ... tttttactagGTATGGCTCTTGGGGAGTATGCTTCACCTATGCCATATGGTTTGGGATAAA
EST: gi|161713540|gb|FC063135.1|FC063135
EST:     AAAAAAGCTACAATGTTCATTGAAAAGATACAAGCATCAGATGGCTCATG                         GTATGGCTCTTGGGGAGTATGCTTCACCTATGCCATATGGTTTGGGATAAA
genomic: AAAAAAGCTACAATGTTCATTGAAAAGATACAAGCATCAGATGGCTCATGgtttgttttt ... tttttactagGTATGGCTCTTGGGGAGTATGCTTCACCTATGCCATATGGTTTGGGATAAA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
TTAATAAATTTTATCCGGGGCATCGGAGAGAAGAAATAGAACATTGTATTAAAAAAGCTACAATGTTCATTGAAAAGATACAAGCATCAGATGGCTCATGgtttgtttttttcccttacgtattgtaggaccaattaaatattagtctatgtctatatacttggacactcttcaacttcactaagcatatccacgtgaaa

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aattaaa