Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TTCATACTACTGGTTGATAGATGCACTTGGCCTTTACCAACCTTATGTCTGGGAATACTCACGGTTGAATGTCACTAACACAGTGATGTCAAAGCGTAAGgtgagccaaagtatttaacacttgtgcatgaaaagcttgaaaacatgtattcccttgcatgcaaatgtttttttccattgtttgtgactagcattgttgtttgtag

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv01s0011g03740.t01
intron # 15
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv01s0011g03740.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 15
lower sequence: GLYMA20G25120.1 (Glycine max), 5'ss of exon 15
TTCATACTACTGGTTGATAGATGCACTTGGCCTTTACCAACCTTATGTCTGGGAATACTCACGGTTGAATGTCACTAACACAGTGATGTCAAAGCGTAAGgtgagccaaagtatttaacacttgtgcatgaaaagcttgaaaacatgtattcccttgcatgcaaatgtttttttccattgtttgtgacta-gcattgttgtttgtag---
 |||||||| |||||| |  ||||  | ||| |||||||||||||||| ||||| || ||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||  |||   ||||  |||   || |   | |  |||   |  | ||||    ||| |   |      ||| |||||   |   ||||   ||| || |||||     
ATCATACTATTGGTTGTTGCATGCGTTAGGCATTTACCAACCTTATGTGTGGGAGTATTCAAGGTTGAATGTCTCTAACACAGTTATGTCAAAGCGTAAGgtgaagcaaca-attttgcaca-atgta---ataatttgttgagttctattattatgcttatga------tttgccattcccta--actacatattattctttgttaaag

upper sequence: Vv01s0011g03740.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 15
lower sequence: GLYMA10G41920.2 (Glycine max), 5'ss of exon 15
TTCATACTACTGGTTGATAGATGCACTTGGCCTTTACCAACCTTATGTCTGGGAATACTCACGGTTGAATGTCACTAACACAGTGATGTCAAAGCGTAAGgtgagccaaagtatttaacacttgtgcatgaaaagcttgaaaacatgtattcccttgcatgcaaatgtttttttccattgtttgtgacta-gcattgttgtttgtag---
 |||||||| |||||| |  ||||  |  || |||||||||||||||| ||||| || ||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||  |||   ||||  |||   || |   | |  |||   |  | ||||    ||| | |||      ||| |||||   |   ||||   ||| || |||||     
ATCATACTATTGGTTGTTGCATGCGTTAAGCATTTACCAACCTTATGTATGGGAGTATTCAAGGTTGAATGTCTCTAACACAGTTATGTCAAAGCGTAAGgtgaagcaaca-attttgcaca-atgta---ataatttgttgagttctattattatgcttacaa------tttgccattcccta--actacatattattctttgttaaag

upper sequence: Vv01s0011g03740.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 15
lower sequence: AT1G25350.2 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 15
TTCATACTACTGGTTGATAGATGCACTTGGCCTTTACCAACCTTATGTCTGGGAATACTCACGGTTGAATGTCACTAACACAGTGATGTCAAAGCGTAAGgtgagccaaagtatttaacacttgtgcatgaaaagcttgaaaacatgtattcccttgcatgcaaatgtttttttccattgtt-tgtgactagcattgttgtttgtag
||||||||| ||| || || || | ||  | || |||   || ||||| |||||||| |||||||||||||| || ||||| || ||||| |||||||||||| |  ||| || | |||  |||    |||| |          |||| ||   ||  ||||| |   |  |     ||||    ||  |    |  ||   |  ||
TTCATACTATTGGCTGTTACATTCCCTGAGTCTCTACATGCCATATGTGTGGGAATATTCACGGTTGAATGTGACAAACACTGTAATGTCCAAGCGTAAGgtgggttaaa-tactcaac--ttgcctgtgaaca----------atgtgttgtattttatgcagagaatcatgctggttgtaacatgtttcttttcttttgctacag