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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GGCAGAGGAAATGCAAGCGATTAGCAAAGGATTGGAGAAAGTTATGCAGGAATTGTCCAGCTCCGAAAATGATGGTCCTATATCTGAAAATTTCTGTAAGgtatactgtgaaaactagctagacaaaatttatgtatgtttgtctcatatggtttcattgtagacaaagtttacaatttcttcaagttcaaatgaatgac...

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv11s0016g00160.t01
intron # 14
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv11s0016g00160.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 14
lower sequence: GLYMA17G08230.1 (Glycine max), 5'ss of exon 17
GGCAGAGGAAATGCAAGCGATTAGCAAAGGATTGGAGAAAGTTATGCAGGAATTGTCCAGCTCCGAAAATGATGGTCCTATATCTGAAAATTTCTGTAAGgtatac-tgtgaaaactagctagacaaaatttatgtatgtttgtctcatatggt--ttcattgtagacaaagtttacaatttctt-caagttcaaatgaatgac
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GGCTGAGGAGATGCAAGCTATAAACAAAGGATTAGAAAAAGTGGTACAGGAACTATCAACCTCTGAAAATGATGGGCCTATATCAGAAACTTTCTGCAAGgtataagcgtcatgcct---taaacactatt-gtcttttcttttcttaaattgcccttgtttattttcattgcttcaagtttcatatatatatatatatatata
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
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GGCAGAGGAAATGCAAGCGATTAGCAAAGGATTGGAGAAAGTTATGCAGGAATTGTCCAGCTCCGAAAATGATGGTCCTATATCTGAAAATTTCTGTAAGgtatactgtgaaaactagctagacaaaatttatgtatgtttgtctcatatggtttcattgtagacaaagtttacaatttcttcaagttcaaatgaatgac

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CAGCTC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gtgaaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gacaaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gacaaag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aaatgaa