Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GGAGAGCTTTGGTTATCTTGATGCACCAGTGGAAAGGATTGCCGGGGCTGATGTTCCCATGCCTTATGCTGCTAATCTCGAGAGAATGGCTGTCCCACAGgtagattcttttttgattcttctagcttgattttattatcataagctcttgttcttccaccttgcatccaataaatttgggtatccatgtttttagatta...

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv01s0146g00310.t01
intron # 14
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv01s0146g00310.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 14
lower sequence: LOC_Os09g33500.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 13
GGAGAGCTTTGGTTATCTTGATGCACCAGTGGAAAGGATTGCCGGGGCTGATGTTCCCATGCCTTATGCTGCTAATCTCGAGAGAATGGCTGTCCCACAGgtagattcttttttgattcttctagcttgattttattatcataagctcttgttcttccaccttgcatccaataaatttgggtatccatgt-ttttagatta---------
||| |||||||  ||||||||||||||||| || || ||||| || |||||||| |||||||| |||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||     ||||| ||    ||||| |   | |||  | |  |    |||||| |       |||  |   ||   |||    | | |||  ||||     |         
GGAAAGCTTTGAATATCTTGATGCACCAGTTGAGAGAATTGCTGGAGCTGATGTACCCATGCCCTATGCTGCCAATCTTGAGAGGATGGCTGTCCCACAGgt----ccttttctg---tttctatccaaaattttatgttgtg---tcttgtacacatgttttgtttatgattcttttctccaccgatgcattttgtgccaaggacttgc

upper sequence: Vv01s0146g00310.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 14
lower sequence: LOC_Os08g42410.3 (Oryza sativa), 5'ss of exon 12
---------------GGAGAGCTTTGGTTATCTTGATGCACCAGTGGAAAGGATTGCCGGGGCTGATGTTCCCATGCCTTATGCTGCTAATCTCGAGAGAATGGCTGTCCCACAGgtagattcttttttgattcttctagcttgattttattatcataagctcttgttcttccaccttgcatccaataaatttgggtatccatgtttttagatta
               ||| |||||||  ||||||||||| ||||| || |||||||| || |||||||| |||||||| || ||||| || || ||||| |||||||| |||||||||   |      || | |||   | ||||                                                                      
CATGTCTGTTGTAGAGGACAGCTTTGAATATCTTGATGCGCCAgttgagaggattgctggagctgatgtgcccatgccctacgctgccaaccttgagaggatggctgttccacaggta--cttacggctgctgcttt--gtttgaac--------------------------------------------------------------------

upper sequence: Vv01s0146g00310.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 14
lower sequence: LOC_Os08g42410.2 (Oryza sativa), 5'ss of exon 11
GGAGAGCTTTGGTTATCTTGATGCACCAGTGGAAAGGATTGCCGGGGCTGATGTTCCCATGCCTTATGCTGCTAATCTCGAGAGAATGGCTGTCCCACAGgtagattcttttttgattcttctagcttgattttattatcataagctcttgttcttccaccttgcatccaataaatttgggtat-ccatgtttttagatta---
||| |||||||  ||||||||||| ||||| || |||||||| || |||||||| |||||||| || ||||| || || ||||| |||||||| |||||||||  | |   |     |  | |   |  |    |   | |  |  ||    || |  |       | ||  || | | | ||| |||   |       ||   
GGACAGCTTTGAATATCTTGATGCGCCAGTTGAGAGGATTGCTGGAGCTGATGTGCCCATGCCCTACGCTGCCAACCTTGAGAGGATGGCTGTTCCACAGgtacttacggct---gctgctttgtttgaacaagaactttaggaattccatctcgtt-atgccaagttcagcaactgttgctattccaccataacgacctagcc

upper sequence: Vv01s0146g00310.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 14
lower sequence: GRMZM2G043198_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 12
GGAGAGCTTTGGTTATCTTGATGCACCAGTGGAAAGGATTGCCGGGGCTGATGTTCCCATGCCTTATGCTGCTAATCTCGAGAGAATGGCTGTCCCACAGgtagattcttttttgattcttctagcttgattt-tattatcataagctcttgttcttccac----cttgcatccaataaatttgggtatccatgtttttagatta
||| |||||||  ||||||||||||||||| || |||||||| || |||||||| |||||||| || ||||| || || ||||| |||||||| ||||||||     |  |  || | |||     || |||| | ||  |||| |   ||||  || |||    ||||   ||     | | |    || |       | |  |
GGACAGCTTTGAGTATCTTGATGCACCAGTCGAGAGGATTGCTGGAGCTGATGTGCCCATGCCGTACGCTGCCAACCTTGAGAGGATGGCTGTTCCACAGgt-----ccgtactggtcctttcgctttcatttatgtttgcatacggatttgtggttacacaactcttgttgccggactagtagcacttcaagaaaagaaaaaaa

upper sequence: Vv01s0146g00310.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 14
lower sequence: GRMZM2G097226_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 13
GGAGAGCTTTGGTTATCTTGATGCACCAGTGGAAAGGATTGCCGGGGCTGATGTTCCCATGCCTTATGCTGCTAATCTCGAGAGAATGGCTGTCCCACAGgtagattcttttttgattcttctagcttgattttattatcataagctcttgttcttccaccttgcatccaataaatttgggtatccatgtttttagatta--------
 || ||||| |  || |||||||||||||| || |||||||| || |||||||| || ||||| |||||||| || || |||||||||||||| || |||||    |||| || |   |||| | | |   |||  ||| |   ||| ||||     |  ||     |   |   | |    || | | || |   |||         
AGAAAGCTTCGCGTACCTTGATGCACCAGTTGAGAGGATTGCTGGAGCTGATGTACCTATGCCCTATGCTGCCAACCTTGAGAGAATGGCTGTTCCGCAGgtc--ctcttcttcg--ccttccatcctaggttttctatta---gctgttgtatacactgctcaagactgctcgctcttc-cattcttcttatgctatttatgataac

upper sequence: Vv01s0146g00310.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 14
lower sequence: GRMZM2G128121_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 7
GGAGAGCTTTGGTTATCTTGATGCACCAGTGGAAAGGATTGCCGGGGCTGATGTTCCCATGCCTTATGCTGCTAATCTCGAGAGAATGGCTGTCCCACAGgtagattcttttttgattcttctagcttgattttattatcataagctcttgttcttccaccttgcatccaataaatttgggtatccatgttt-ttagatta-----------
 || |||||||  || |||||||| ||||| || ||||| || || |||||||| || ||||| |||||||| || || |||||||||||||| ||||||||   || || ||||   |||| | ||    |||  ||| |   ||| ||||     |  |||  | |       | |     ||||||||| |||   ||           
AGAAAGCTTTGAGTACCTTGATGCCCCAGTTGAGAGGATCGCTGGAGCTGATGTACCTATGCCCTATGCTGCCAACCTTGAGAGAATGGCTGTTCCACAGgtc--tttttctttg--ccttccatctgagattttctatta---gctgttgtatacactgcttaaaactgcccgctct-----tccatgtttcttatgctatttatgataac

upper sequence: Vv01s0146g00310.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 14
lower sequence: AT5G50850.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 14
GGAGAGCTTTGGTTATCTTGATGCACCAGTGGAAAGGATTGCCGGGGCTGATGTTCCCATGCCTTATGCTGCTAATCTCGAGAGAATGGCTGTCCCACAGgtagattcttttttgattcttctagcttgattttattatcataagctcttgttcttccaccttgcatccaataaatttgggtatccatgtttttagatta
 |||||||||   ||  | |||||||| || || |||||||| || ||||||||||| ||||| ||||| ||||| || |||||| ||||| | || |||||      | |||||   |||||   |||        |||  || ||    |   |      ||     ||| |||||| |     ||| || |  |   
AGAGAGCTTTTCGTACTTGGATGCACCGGTCGAGAGGATTGCAGGAGCTGATGTTCCAATGCCGTATGCAGCTAACCTAGAGAGATTGGCTCTTCCTCAGgt-----ttgttttgtcccttct---ttg-------catcgaaaacttggttcaattttgtctgttattaatgaatttgagatgaaatgattctgcag--

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|351034261|gb|FQ448058.1|FQ448058
EST:     ATGTTCCCATGCCTTATGCTGCTAATCTCGAGAGAATGGCTGTCCCACAG                         ATTGAAAATAT
genomic: ATGTTCCCATGCCTTATGCTGCTAATCTCGAGAGAATGGCTGTCCCACAGgtagattctt ... gttcatgcagATTGAAGATAT
EST: gi|110403674|gb|EC969358.1|EC969358
EST:     ATGTTCCCATGCCTTATGCTGCTAATCTCGAGAGAATGGCTGTCCCACAG                         ATTGAAGATATCGTCCGAGCTGCAAAGAGAGCATGCTACAGATCCACTGCA
genomic: ATGTTCCCATGCCTTATGCTGCTAATCTCGAGAGAATGGCTGTCCCACAGgtagattctt ... gttcatgcagATTGAAGATATCGTCCGAGCTGCAAAGAGAGCATGCTACAGATCCACTGCA
EST: gi|110422451|gb|EC988776.1|EC988776
EST:     ATGTTCCCATGCCTTATGCTGCTAATCTCGAGAGAATGGCTGTCCCACAG                         ATTGAAGATATCGTCCGAGCTGCAAAGAGAGCATGCTACAGATCCACTGCA
genomic: ATGTTCCCATGCCTTATGCTGCTAATCTCGAGAGAATGGCTGTCCCACAGgtagattctt ... gttcatgcagATTGAAGATATCGTCCGAGCTGCAAAGAGAGCATGCTACAGATCCACTGCA
EST: gi|110378632|gb|EC943772.1|EC943772
EST:     ATGTTCCCATGCCTTATGCTGCTAATCTCGAGAGAATGGCTGTCCCACAG                         ATTGAAGATATCGTCCGAGCTGCAAAGAGAGCATGCTACAGATCCACTGCA
genomic: ATGTTCCCATGCCTTATGCTGCTAATCTCGAGAGAATGGCTGTCCCACAGgtagattctt ... gttcatgcagATTGAAGATATCGTCCGAGCTGCAAAGAGAGCATGCTACAGATCCACTGCA
EST: gi|110391037|gb|EC955989.1|EC955989
EST:     ATGTTCCCATGCCTTATGCTGCTAATCTCGAGAGAATGGCTGTCCCACAG                         ATTGAAGATATCGTCCGAGCTGCAAAGAGAGCATGCTACAGATCCACTGCA
genomic: ATGTTCCCATGCCTTATGCTGCTAATCTCGAGAGAATGGCTGTCCCACAGgtagattctt ... gttcatgcagATTGAAGATATCGTCCGAGCTGCAAAGAGAGCATGCTACAGATCCACTGCA
EST: gi|110371230|gb|EC935083.1|EC935083
EST:     ATGTTCCCATGCCTTATGCTGCTAATCTCGAGAGAATGGCTGTCCCACAG                         ATTGAAGATATCGTCCGAGCTGCAAAGAGAGCATGCTACAGATCCACTGCA
genomic: ATGTTCCCATGCCTTATGCTGCTAATCTCGAGAGAATGGCTGTCCCACAGgtagattctt ... gttcatgcagATTGAAGATATCGTCCGAGCTGCAAAGAGAGCATGCTACAGATCCACTGCA
EST: gi|110370229|gb|EC929160.1|EC929160
EST:     ATGTTCCCATGCCTTATGCTGCTAATCTCGAGAGAATGGCTGTCCCACAG                         ATTGAAGATATCGTCCGAGCTGCAAAGAGAGCATGCTACAGATCCACTGCA
genomic: ATGTTCCCATGCCTTATGCTGCTAATCTCGAGAGAATGGCTGTCCCACAGgtagattctt ... gttcatgcagATTGAAGATATCGTCCGAGCTGCAAAGAGAGCATGCTACAGATCCACTGCA
EST: gi|110687324|gb|EE064645.1|EE064645
EST:     ATGTTCCCATGCCTTATGCTGCTAATCTCGAGAGAATGGCTGTCCCACAG                         ATTGAAGATATCATCCGAGCTGCAAAGAGAGCATGCTACAGATCCACTGCA
genomic: ATGTTCCCATGCCTTATGCTGCTAATCTCGAGAGAATGGCTGTCCCACAGgtagattctt ... gttcatgcagATTGAAGATATCGTCCGAGCTGCAAAGAGAGCATGCTACAGATCCACTGCA
EST: gi|110387837|gb|EC952535.1|EC952535
EST:     ATGTTCCCATGCCTTATGCTGCTAATCTCGAGAGAATGGCTGTCCCACAG                         ATTGAAGATATCGTCCGAGCTGCAAAGAGAGCATGCTACAGATCCACTGCA
genomic: ATGTTCCCATGCCTTATGCTGCTAATCTCGAGAGAATGGCTGTCCCACAGgtagattctt ... gttcatgcagATTGAAGATATCGTCCGAGCTGCAAAGAGAGCATGCTACAGATCCACTGCA
EST: gi|110727373|gb|EE104060.1|EE104060
EST:     ATGTTCCCATGCCTTATGCTGCTAATCTCGAGAGAATGGCTGTCCCACAG                         ATTGAAGATATCGTCCGAGCTGCAAAGAGAGCATGCTACAGATCCACTGCA
genomic: ATGTTCCCATGCCTTATGCTGCTAATCTCGAGAGAATGGCTGTCCCACAGgtagattctt ... gttcatgcagATTGAAGATATCGTCCGAGCTGCAAAGAGAGCATGCTACAGATCCACTGCA
EST: gi|110428620|gb|EC995097.1|EC995097
EST:     ATGTTCCCATGCCTTATGCTGCTAATCTCGAGAGAATGGCTGTCCCACAG                         ATTGAAGATATCATCCGAGCTGCAAAGAGAGCATGCTACAGATCCACTGCA
genomic: ATGTTCCCATGCCTTATGCTGCTAATCTCGAGAGAATGGCTGTCCCACAGgtagattctt ... gttcatgcagATTGAAGATATCGTCCGAGCTGCAAAGAGAGCATGCTACAGATCCACTGCA
EST: gi|110718877|gb|EE096214.1|EE096214
EST:     ATGTTTCCATGCCTTATGCTGCTAAACTCAAGAGAATGGCTGTCCCACAG                         AATGAAGATATCATCCGAGCTGCCAAGAAA-CATGCT
genomic: ATGTTCCCATGCCTTATGCTGCTAATCTCGAGAGAATGGCTGTCCCACAGgtagattctt ... gttcatgcagATTGAAGATATCGTCCGAGCTGCAAAGAGAGCATGCT
EST: gi|110385791|gb|EC950347.1|EC950347
EST:     ATGTTCCCATGCCTTATGCTGCTAATCTCGAGAGAATGGCTGTCCCACAG                         ATTGAAGATATCGTCCGAGCTGCAAAGAGAGCATGCTACAGATCCACTGCA
genomic: ATGTTCCCATGCCTTATGCTGCTAATCTCGAGAGAATGGCTGTCCCACAGgtagattctt ... gttcatgcagATTGAAGATATCGTCCGAGCTGCAAAGAGAGCATGCTACAGATCCACTGCA

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GGAGAGCTTTGGTTATCTTGATGCACCAGTGGAAAGGATTGCCGGGGCTGATGTTCCCATGCCTTATGCTGCTAATCTCGAGAGAATGGCTGTCCCACAGgtagattcttttttgattcttctagcttgattttattatcataagctcttgttcttccaccttgcatccaataaatttgggtatccatgtttttagatta

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - caataaa