Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTATTTATGAGAAATTTGCAATTGCTTTTTCACAAGCTGTCCAAAGTATGCAAGTTGGTGAAGGTTTTACTGAAGGTGTGGTCCAGgtagtcatccaatctgatttccagtgttgttgattgatgacaaaatctattgaactcctttatcttctttattacatgagatggctttgtccatgtacct...

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv19s0085g00880.t01
intron # 13
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|349825250|gb|FQ417971.1|FQ417971
EST:     CTGTCCAAAGTATGCAAGTTGGTGAAGGTTTTACTGAAGGTGTGGTCCAG                         GGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAGAAG
genomic: CTGTCCAAAGTATGCAAGTTGGTGAAGGTTTTACTGAAGGTGTGGTCCAGgtagtcatcc ... tatttcacagGGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAGAAG
EST: gi|351040417|gb|FQ434550.1|FQ434550
EST:     CTGTCCAAAGTATGCAAGTTGGTGAAGGTTTTACTGAAGGTGTGGTCCAG                         GGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAGAAG
genomic: CTGTCCAAAGTATGCAAGTTGGTGAAGGTTTTACTGAAGGTGTGGTCCAGgtagtcatcc ... tatttcacagGGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAGAAG
EST: gi|110688026|gb|EE066106.1|EE066106
EST:     CTGTCCAGAGTATGCAAGTTGGTGAAGGTTTTACTGAAGGTGTGGTCCAG                         GGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAGAAA
genomic: CTGTCCAAAGTATGCAAGTTGGTGAAGGTTTTACTGAAGGTGTGGTCCAGgtagtcatcc ... tatttcacagGGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAGAAG
EST: gi|351042224|gb|FQ442691.1|FQ442691
EST:     CTGTCCAAAGTATGCAAGTTGGTGAAGGTTTTACTGAAGGTGTGGTCCAG                         GGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAGAAG
genomic: CTGTCCAAAGTATGCAAGTTGGTGAAGGTTTTACTGAAGGTGTGGTCCAGgtagtcatcc ... tatttcacagGGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAGAAG
EST: gi|30302041|gb|CB978835.1|CB978835
EST:     CTGTCCAGAGTATGCAAGTTGGTGAAGGTTTTACTGAAGGTGTGGTCCAG                         GGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAGAAG
genomic: CTGTCCAAAGTATGCAAGTTGGTGAAGGTTTTACTGAAGGTGTGGTCCAGgtagtcatcc ... tatttcacagGGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAGAAG
EST: gi|351028680|gb|FQ446353.1|FQ446353
EST:     CTGTCCAAAGTATGCAAGTTGGTGAAGGTTTTACTGAAGGTGTGGTCCAG                         GGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAGAAG
genomic: CTGTCCAAAGTATGCAAGTTGGTGAAGGTTTTACTGAAGGTGTGGTCCAGgtagtcatcc ... tatttcacagGGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAGAAG
EST: gi|30128391|gb|CB913730.1|CB913730
EST:     CTGTCCAAAGTATGCAAGTTGGTGAAGGTTTTACTGAAGGTGTGGTCCAG                         GGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAGAAG
genomic: CTGTCCAAAGTATGCAAGTTGGTGAAGGTTTTACTGAAGGTGTGGTCCAGgtagtcatcc ... tatttcacagGGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAGAAG
EST: gi|29785203|gb|CB341997.2|CB341997
EST:     CTGTCCAGAGTATGCAAGTTGGTGAAGGTTTTACTGAAGGTGTGGTCCAG                         GGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAGAAG
genomic: CTGTCCAAAGTATGCAAGTTGGTGAAGGTTTTACTGAAGGTGTGGTCCAGgtagtcatcc ... tatttcacagGGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAGAAG
EST: gi|349827719|gb|FQ422587.1|FQ422587
EST:     CTGTCCAAAGTATGCAAGTTGGTGAAGGTTTTACTGAAGGTGTGGTCCAG                         GGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAGAAG
genomic: CTGTCCAAAGTATGCAAGTTGGTGAAGGTTTTACTGAAGGTGTGGTCCAGgtagtcatcc ... tatttcacagGGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAGAAG
EST: gi|110712816|gb|EE088195.1|EE088195
EST:     GTCCAGAGTATGCAAGTTTGGTGAAGGTTTTACTGAAAGTGTGGTCCCAG                         G-TCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAAAAG
genomic: GTCCAAAGTATGCAAGTT-GGTGAAGGTTTTACTGAAGGTGTGGTCC-AGgtagtcatcc ... tatttcacagGGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAGAAG
EST: gi|77586300|gb|DV222253.1|DV222253
EST:     GCAAGTTGGTGAAGGTTTTACTGAAGGTGTGGTCCAG                         GGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAGAAG
genomic: GCAAGTTGGTGAAGGTTTTACTGAAGGTGTGGTCCAGgtagtcatcc ... tatttcacagGGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAGAAG
EST: gi|351018416|gb|FQ439228.1|FQ439228
EST:     CTGTCCAAAGTATGCAAGTTGGTGAAGGTTTTACTGAAGGTGTGGTCCAG                         GGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAGAAG
genomic: CTGTCCAAAGTATGCAAGTTGGTGAAGGTTTTACTGAAGGTGTGGTCCAGgtagtcatcc ... tatttcacagGGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAGAAG
EST: gi|349820783|gb|FQ404157.1|FQ404157
EST:     CTGTCCAAAGTATGCAAGTTGGTGAAGGTTTTACTGAAGGTGTGGTCCAG                         GGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAGAAG
genomic: CTGTCCAAAGTATGCAAGTTGGTGAAGGTTTTACTGAAGGTGTGGTCCAGgtagtcatcc ... tatttcacagGGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAGAAG
EST: gi|349832930|gb|FQ423052.1|FQ423052
EST:     GTCCAAAGTATTGCA-GTTGGGTGAAGGTTTTACTGAAGGTGTGGTCCAG                         GGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCA
genomic: GTCCAAAGTAT-GCAAGTTGG-TGAAGGTTTTACTGAAGGTGTGGTCCAGgtagtcatcc ... tatttcacagGGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCA
EST: gi|34543124|gb|CF511356.1|CF511356
EST:     CTGTCCAGAGTATGCAAGTTGGTGAAGGTTTTACTGAAGGTGTGGTCCAG                         GGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAGAAG
genomic: CTGTCCAAAGTATGCAAGTTGGTGAAGGTTTTACTGAAGGTGTGGTCCAGgtagtcatcc ... tatttcacagGGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAGAAG
EST: gi|110363491|gb|EC927084.1|EC927084
EST:     CTGTCCAGAGTATGCAAGTTGGTGAA-GTTTTACTGAAGGTGTGGTCCAG                         GGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAGAAG
genomic: CTGTCCAAAGTATGCAAGTTGGTGAAGGTTTTACTGAAGGTGTGGTCCAGgtagtcatcc ... tatttcacagGGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAGAAG
EST: gi|110393201|gb|EC958271.1|EC958271
EST:     CTGTCCAGAGTATGCAAGTTGGTGAAGGTTTTACTGAAGGTGTGGTCCAG                         GGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAGAAG
genomic: CTGTCCAAAGTATGCAAGTTGGTGAAGGTTTTACTGAAGGTGTGGTCCAGgtagtcatcc ... tatttcacagGGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAGAAG
EST: gi|110728458|gb|EE104042.1|EE104042
EST:     CTGTCCAGAGTATGCAAGTTGGTGAAGGTTTTACTGAAGGTGTGGTCCAG                         GGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAGAAG
genomic: CTGTCCAAAGTATGCAAGTTGGTGAAGGTTTTACTGAAGGTGTGGTCCAGgtagtcatcc ... tatttcacagGGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAGAAG
EST: gi|29785173|gb|CB341929.2|CB341929
EST:     CTGTCCAGAGTATGCAAGTTGGTGAAGGTTTTACTGAAGGTGTGGTCCAG                         GGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAGAAG
genomic: CTGTCCAAAGTATGCAAGTTGGTGAAGGTTTTACTGAAGGTGTGGTCCAGgtagtcatcc ... tatttcacagGGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAGAAG
EST: gi|161716149|gb|FC069492.1|FC069492
EST:     CTGTCCAGAGTATGCAAGTTGGTGAAGGTTTTACTGAAGGTGTGGTCCAG                         GGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAGAAG
genomic: CTGTCCAAAGTATGCAAGTTGGTGAAGGTTTTACTGAAGGTGTGGTCCAGgtagtcatcc ... tatttcacagGGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAGAAG
EST: gi|33407050|gb|CF212677.1|CF212677
EST:     CTGTCCAGAGTATGCAAGTTGGTGAAGGTTTTACTGAAGGTGTGGTCCAG                         GGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAGAAG
genomic: CTGTCCAAAGTATGCAAGTTGGTGAAGGTTTTACTGAAGGTGTGGTCCAGgtagtcatcc ... tatttcacagGGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAGAAG
EST: gi|30134739|gb|CB920077.1|CB920077
EST:     CTGTCCAAAGTATGCAAGTTGGTGAAGGTTTTACTGAAGGTGTGGTCCAG                         GGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAGAAG
genomic: CTGTCCAAAGTATGCAAGTTGGTGAAGGTTTTACTGAAGGTGTGGTCCAGgtagtcatcc ... tatttcacagGGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAGAAG
EST: gi|351029837|gb|FQ427677.1|FQ427677
EST:     CTGTCCAAAGTATGCAAGTTGGTGAAGGTTTTACTGAAGGTGTGGTCCAG                         GGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAGAAG
genomic: CTGTCCAAAGTATGCAAGTTGGTGAAGGTTTTACTGAAGGTGTGGTCCAGgtagtcatcc ... tatttcacagGGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAGAAG
EST: gi|110693458|gb|EE069709.1|EE069709
EST:     CTGTCCAAAGTATGCAAGTTGGTGAAGGTTTTACTGAAGGTGTGGTCCAG                         GGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAGAAG
genomic: CTGTCCAAAGTATGCAAGTTGGTGAAGGTTTTACTGAAGGTGTGGTCCAGgtagtcatcc ... tatttcacagGGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAGAAG
EST: gi|29781739|gb|CB346445.2|CB346445
EST:     CTGTCCAGAGTATGTAAGTTGGTGAAGGTTTTACTGAAGGTGTGGTCCAG                         GGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAGAAG
genomic: CTGTCCAAAGTATGCAAGTTGGTGAAGGTTTTACTGAAGGTGTGGTCCAGgtagtcatcc ... tatttcacagGGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAGAAG
EST: gi|30251721|gb|CB969454.1|CB969454
EST:     CTGTCCAGAGTATGCAAGTTGGTGAAGGTTTTACTGAAGGTGTGGTCCAG                         GGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAGAAG
genomic: CTGTCCAAAGTATGCAAGTTGGTGAAGGTTTTACTGAAGGTGTGGTCCAGgtagtcatcc ... tatttcacagGGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAGAAG
EST: gi|351028364|gb|FQ427260.1|FQ427260
EST:     CTGTCCAAAGTATGCAAGTTGGTGAAGGTTTTACTGAAGGTGTGGTCCAG                         GGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAGAAG
genomic: CTGTCCAAAGTATGCAAGTTGGTGAAGGTTTTACTGAAGGTGTGGTCCAGgtagtcatcc ... tatttcacagGGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAGAAG
EST: gi|351040173|gb|FQ425259.1|FQ425259
EST:     CTGTCCAAAGTATGCAAGTTGGTGAAGGTTTTACTGAAGGTGTGGTCCAG                         GGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAGAAG
genomic: CTGTCCAAAGTATGCAAGTTGGTGAAGGTTTTACTGAAGGTGTGGTCCAGgtagtcatcc ... tatttcacagGGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAGAAG
EST: gi|110688619|gb|EE067379.1|EE067379
EST:     TGGTGAAGGTTTTACTGAAGGTGTGGTCCAG                         GGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAGAAG
genomic: TGGTGAAGGTTTTACTGAAGGTGTGGTCCAGgtagtcatcc ... tatttcacagGGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAGAAG
EST: gi|351033667|gb|FQ462197.1|FQ462197
EST:     CTGTCCAAAGTATGCAAGTTGGTGAAGGTTTTACTGAAGGTGTGGTCCAG                         GGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAGAAG
genomic: CTGTCCAAAGTATGCAAGTTGGTGAAGGTTTTACTGAAGGTGTGGTCCAGgtagtcatcc ... tatttcacagGGTCCACTGATTAATGAGGCTGCAGTGCAGAAG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GTATTTATGAGAAATTTGCAATTGCTTTTTCACAAGCTGTCCAAAGTATGCAAGTTGGTGAAGGTTTTACTGAAGGTGTGGTCCAGgtagtcatccaatctgatttccagtgttgttgattgatgacaaaatctattgaactcctttatcttctttattacatgagatggctttgtccatgtacct

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gacaaaa