Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTAGATTACTCTGGATTTATGACAATAAATCCTCAAAGGTTTGGGCAAAAGTATGTGGGCAAGgtatatccctcatggataaggaagctaatgttgattctctagaatgtcataattcacaaacaattgatatgtttgattttgtag

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv19s0014g03680.t01
intron # 13
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv19s0014g03680.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 13
lower sequence: GLYMA12G34750.1 (Glycine max), 5'ss of exon 8
GTAGATTACTCTGGATTTATGACAATAAATCCTCAAAGGTTTGGGCAAAAGTATGTGGGCAAGgta---------tatccctc---atggataaggaagctaatgttgattct-ctagaatgtcataattcacaaacaattgat-atgtttg-attttgtag-
||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| || ||||| || ||||||          |||||||   ||| || ||   ||||||||||||| | || ||   |  |  |  ||     |||  | ||  ||  | |  || | 
GTAGATTACTCTGGATTTATGACTATAAATCCTCAAAGATTTGGGCAGAAATATGTTGGGAAGgtaatttctatccatccctcttcatgaattagtgtgctaatgttgatttttcttgaggattgttttctactgttgattagtcatccttatactaggttgc

upper sequence: Vv19s0014g03680.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 13
lower sequence: AT5G54260.1 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 14
GTAGATTACTCTGGATTTATGACAATAAATCCTCAAAGGTTTGGGCAAAAGTATGTGGGCAAGgtatatccctcatggataaggaagc-taatgttga-----ttctctagaatgtcataattcacaaacaattgatatgtttgattttgtag
|||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| ||||| || || |||||||| ||||||  |      | | ||  | | | | ||| | |      |   | ||||||  |   | || ||  |   |           ||  ||
GTAGATTATTCTGGATTTATGACGATAAATCCTCAAAGATTTGGACAGAAATATGTGGGAAAGgtacctagaaattagttactgtaacatgatggtcaccatacttctttgaatgt--tggctaactaatgacaaagtcccaaacacttacag