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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ACGAGGCATGATTGAAGAAGGCAAAGCTACGCTTCGGATGAAGCAAGACATGCAGAGTGATAATTTTAATATGTATGACCTTATTGCATATCGCATCAAGgcaagtctgtactcatagacatcttaactatttcaacatgagtagttactaaattacctatcaaaaaaaaaaaaacatgagtagttactaattgatttcacttcttttgtccag

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv15s0021g01230.t01
intron # 13
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv15s0021g01230.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 13
lower sequence: GLYMA10G41920.2 (Glycine max), 5'ss of exon 13
ACGAGGCATGATTGAAGAAGGCAAAGCTACGCTTCGGATGAAGCAAGACATGCAGAGTGATAATTTTAATATGTATGACCTTATTGCATATCGCATCAAGgcaagtctgtactcatagacatcttaactatttcaaca--tgagtagttactaaattacctatcaaaaaaaaaaaaacatgagtagttactaattgatttcacttcttttgtccag
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AAATGGCAGTATAGAAGAAGGAAAAGCCACACTTAGAATGAAGCAAGACATGCAGAGTGATAACTACAATATGTATGACCTTATTGCATATAGAATTAAGgcaagtactcaactaca--tttttttattgctcaaatttctaggaagataatgattgatttcttatgatgtgaatgctttctgcattt--tag-----------------------

upper sequence: Vv15s0021g01230.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 13
lower sequence: GLYMA20G25120.2 (Glycine max), 5'ss of exon 13
ACGAGGCATGATTGAAGAAGGCAAAGCTACGCTTCGGATGAAGCAAGACATGCAGAGTGATAATTTTAATATGTATGACCTTATTGCATATCGCATCAAGgcaagtctgtactcatagacatcttaactatttcaa---catgagtagttactaaattacctatcaaaaaaaaaaaaacatgagtagttactaattgatttcacttcttttgtccag
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AAATGGCAGTATCGAAGAAGGAAAAGCCACTCTTAGAATGAAGCAGGACATGCAGAGTGATAACTACAATATGTATGACCTTATTGCATATAGAATTAAGgtaagtactcaactgca--tttttttattgctcaaatttctttgggagataataatttatttcttatgacgtgaatgctttctgcatct--tag-----------------------

upper sequence: Vv15s0021g01230.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 13
lower sequence: AT1G25350.2 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 13
ACGAGGCATGATTGAAGAAGGCAAAGCTACGCTTCGGATGAAGCAAGACATGCAGAGTGATAATTTTAATATGTATGACCTTATTGCATATCGCATCAAGgcaagtctgtactcatagacatcttaactatttcaacatgagtagttactaaattacctatcaaaaaaaaaaaaacatgagtagttactaattgatttcacttcttttgtccag
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ACGAGGCATCATTGAGGAAGGGAAGGCAACCCTAAGAATGAAGCAAGATATGCAGAGTGACAATTTTAATATGTATGATCTTATTGCCTATCGAATAAAGgcaagt--gaaactaaaatcctctctagttacatataaaaagtaggctctctctcttcttttcctgtctgacttgttaatatgctttgcag-----------------------

upper sequence: Vv15s0021g01230.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 13
lower sequence: PP1S43_166V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 14
ACGAGGCATGATTGAAGAAGGCAAAGCTACGCTTCGGATGAAGCAAGACATGCAGAGTGATAATTTTAATATGTATGACCTTATTGCATATCGCATCAAGgcaagtctgtactcatagacatcttaactattt--caacatgagtagttactaaattacctatcaaaaaaaaaaaaacatgagtagttactaattgatttcacttcttttgtccag
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GCGTGGTCTGATTGATGAGGGCAAGGCAACTCTTAGGATGAAGCAGGATATGAAGAATGAAAATCCTAACATGTATGACCTCATTGCATATCGCATTAAGgtacgacaccatatcagggttagggaaatatcggacagtttttccagtttcataaatattcattatttaatgtggatattgcgaggctccggttt--tttga--------------

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|351035456|gb|FQ463301.1|FQ463301
EST:     TGCAGAGTGATAATTTTAATATGTATGACCTTATTGCATATCGCATCAAG                         TTTACTCCTCACCCACATGCTGGAGACAAGTGGTGTGTTTATCCAAGTTAC
genomic: TGCAGAGTGATAATTTTAATATGTATGACCTTATTGCATATCGCATCAAGgcaagtctgt ... ttttgtccagTTTACTCCTCACCCACATGCTGGAGACAAGTGGTGTGTTTATCCAAGTTAC
EST: gi|351016500|gb|FQ423927.1|FQ423927
EST:     TGCAGAGTGATAATTTTAATATGTATGACCTTATTGCATATCGCATCAAG                         TTTACTCCTCACCCACATGCTGGAGACAAGTGGTGTGTTTATCCAAGTTAC
genomic: TGCAGAGTGATAATTTTAATATGTATGACCTTATTGCATATCGCATCAAGgcaagtctgt ... ttttgtccagTTTACTCCTCACCCACATGCTGGAGACAAGTGGTGTGTTTATCCAAGTTAC
EST: gi|351016499|gb|FQ423926.1|FQ423926
EST:     TGCAGAGTGATAATTTTAATATGTATGACCCTATTGCATATCGCATCAAG                         TTTACTCCTCACCCACATGCTGGAGACAAGTGGTGTGTTTATCCAAGTTAC
genomic: TGCAGAGTGATAATTTTAATATGTATGACCTTATTGCATATCGCATCAAGgcaagtctgt ... ttttgtccagTTTACTCCTCACCCACATGCTGGAGACAAGTGGTGTGTTTATCCAAGTTAC
EST: gi|351025032|gb|FQ433449.1|FQ433449
EST:     TGCAGAGTGATAATTTTAATATGTATGACCTTATTGCATATCGCATCAAG                         TTTACTCCTCACCCACATGCTGGAGACAAGTGGTGTGTTTATCCAAGTTAC
genomic: TGCAGAGTGATAATTTTAATATGTATGACCTTATTGCATATCGCATCAAGgcaagtctgt ... ttttgtccagTTTACTCCTCACCCACATGCTGGAGACAAGTGGTGTGTTTATCCAAGTTAC
EST: gi|351034412|gb|FQ463225.1|FQ463225
EST:     TGCAGAGTGATAATTTTAATATGTATGACCTTATTGCATATCGCATCAAG                         TTTACTCCTCACCCACATGCTGGAGACAAGTGGTGTGTTTATCCAAGTTAC
genomic: TGCAGAGTGATAATTTTAATATGTATGACCTTATTGCATATCGCATCAAGgcaagtctgt ... ttttgtccagTTTACTCCTCACCCACATGCTGGAGACAAGTGGTGTGTTTATCCAAGTTAC
EST: gi|351033348|gb|FQ446580.1|FQ446580
EST:     TGCAGAGTGATAATTTTAATATGTATGACCTTATTGCATATCGCATCAAG                         TTTACTCCTCACCCACATGCTGGAGACAAGTGGTGTGTTTATCCAAGTTAC
genomic: TGCAGAGTGATAATTTTAATATGTATGACCTTATTGCATATCGCATCAAGgcaagtctgt ... ttttgtccagTTTACTCCTCACCCACATGCTGGAGACAAGTGGTGTGTTTATCCAAGTTAC
EST: gi|351027650|gb|FQ446817.1|FQ446817
EST:     TGCAGAGTGATAATTTTAATATGTATGACCTTATTGCATATCGCATCAAG                         TTTACTCCTCACCCACATGCTGGAGACAAGTGGTGTGTTTATCCAAGTTAC
genomic: TGCAGAGTGATAATTTTAATATGTATGACCTTATTGCATATCGCATCAAGgcaagtctgt ... ttttgtccagTTTACTCCTCACCCACATGCTGGAGACAAGTGGTGTGTTTATCCAAGTTAC
EST: gi|351024489|gb|FQ426298.1|FQ426298
EST:     TGCAGAGTGATAATTTTAATATGTATGACCTTATTGCATATCGCATCAAG                         TTTACTCCTCACCCACATGCTGGAGACAAGTGGTGTGTTTATCCAAGTTAC
genomic: TGCAGAGTGATAATTTTAATATGTATGACCTTATTGCATATCGCATCAAGgcaagtctgt ... ttttgtccagTTTACTCCTCACCCACATGCTGGAGACAAGTGGTGTGTTTATCCAAGTTAC
EST: gi|352790073|gb|FQ479683.1|FQ479683
EST:     TGCAGAGTGATAATTTTAATATGTATGACCTTATTGCATATCGCATCAAG                         TTTACTCCTCACCCACATGCTGGAGACAAGTGGTGTGTTTATCCAAGTTAC
genomic: TGCAGAGTGATAATTTTAATATGTATGACCTTATTGCATATCGCATCAAGgcaagtctgt ... ttttgtccagTTTACTCCTCACCCACATGCTGGAGACAAGTGGTGTGTTTATCCAAGTTAC
EST: gi|351046338|gb|FQ448643.1|FQ448643
EST:     TGCAGAGTGATAATTTTAATATGTATGACCTTATTGCATATCGCATCAAG                         TTTACTCCTCACCCACATGCTGGAGACAAGTGGTGTGTTTATCCAAGTTAC
genomic: TGCAGAGTGATAATTTTAATATGTATGACCTTATTGCATATCGCATCAAGgcaagtctgt ... ttttgtccagTTTACTCCTCACCCACATGCTGGAGACAAGTGGTGTGTTTATCCAAGTTAC
EST: gi|351054204|gb|FQ450286.1|FQ450286
EST:     TGCAGAGTGATAATTTTAATATGTATGACCTTATTGCATATCGCATCAAG                         TTTACTCCTCACCCACATGCTGGAGACAAGTGGTGTGTTTATCCAAGTTAC
genomic: TGCAGAGTGATAATTTTAATATGTATGACCTTATTGCATATCGCATCAAGgcaagtctgt ... ttttgtccagTTTACTCCTCACCCACATGCTGGAGACAAGTGGTGTGTTTATCCAAGTTAC
EST: gi|351019825|gb|FQ439642.1|FQ439642
EST:     TGCAGAGTGATAATTTTAATATGTATGACCTTATTGCATATCGCATCAAG                         TTTACTCCTCACCCACATGCTGGAGACAAGTGGTGTGTTTATCCAAGTTAC
genomic: TGCAGAGTGATAATTTTAATATGTATGACCTTATTGCATATCGCATCAAGgcaagtctgt ... ttttgtccagTTTACTCCTCACCCACATGCTGGAGACAAGTGGTGTGTTTATCCAAGTTAC
EST: gi|351039502|gb|FQ461369.1|FQ461369
EST:     TGCAGAGTGATAATTTTAATATGTATGACCTTATTGCATATCGCATCAAG                         TTTACTCCTCACCCACATGCTGGAGACAAGTGGTGTGTTTATCCAAGTTAC
genomic: TGCAGAGTGATAATTTTAATATGTATGACCTTATTGCATATCGCATCAAGgcaagtctgt ... ttttgtccagTTTACTCCTCACCCACATGCTGGAGACAAGTGGTGTGTTTATCCAAGTTAC
EST: gi|351026622|gb|FQ436275.1|FQ436275
EST:     TGCAGAGTGATAATTTTAATATGTATGACCTTATTGCATATCGCATCAAG                         TTTACTCCTCACCCACATGCTGGAGACAAGTGGTGTGTTTATCCAAGTTAC
genomic: TGCAGAGTGATAATTTTAATATGTATGACCTTATTGCATATCGCATCAAGgcaagtctgt ... ttttgtccagTTTACTCCTCACCCACATGCTGGAGACAAGTGGTGTGTTTATCCAAGTTAC
EST: gi|349833020|gb|FQ416398.1|FQ416398
EST:     TGCAGAGTGATAATTTTAATATGTATGACCTTATTGCATATCGCATCAAG                         TTTACTCCTCACCCACATGCTGGAGACAAGTGGTGTGTTTATCCAAGTTAC
genomic: TGCAGAGTGATAATTTTAATATGTATGACCTTATTGCATATCGCATCAAGgcaagtctgt ... ttttgtccagTTTACTCCTCACCCACATGCTGGAGACAAGTGGTGTGTTTATCCAAGTTAC
EST: gi|352789985|gb|FQ479595.1|FQ479595
EST:     TGCAGAGTGATAATTTTAATATGTATGACCTTATTGCATATCGCATCAAG                         TTTACTCCTCACCCACATGCTGGAGACAAGTGGTGTGTTTATCCAAGTTAC
genomic: TGCAGAGTGATAATTTTAATATGTATGACCTTATTGCATATCGCATCAAGgcaagtctgt ... ttttgtccagTTTACTCCTCACCCACATGCTGGAGACAAGTGGTGTGTTTATCCAAGTTAC
EST: gi|351033263|gb|FQ462035.1|FQ462035
EST:     TGCAGAGTGATAATTTTAATATGTATGACCTTATTGCATATCGCATCAAG                         TTTACTCCTCACCCACATGCTGGAGACAAGTGGTGTGTTTATCCAAGTTAC
genomic: TGCAGAGTGATAATTTTAATATGTATGACCTTATTGCATATCGCATCAAGgcaagtctgt ... ttttgtccagTTTACTCCTCACCCACATGCTGGAGACAAGTGGTGTGTTTATCCAAGTTAC
EST: gi|351054398|gb|FQ450481.1|FQ450481
EST:     TGCAGAGTGATAATTTTAATATGTATGACCTTATTGCATATCGCATCAAG                         TTTACTCCTCACCCACATGCTGGAGACAAGTGGTGTGTTTATCCAAGTTAC
genomic: TGCAGAGTGATAATTTTAATATGTATGACCTTATTGCATATCGCATCAAGgcaagtctgt ... ttttgtccagTTTACTCCTCACCCACATGCTGGAGACAAGTGGTGTGTTTATCCAAGTTAC
EST: gi|349832664|gb|FQ422022.1|FQ422022
EST:     TGCAGAGTGATAATTTTAATATGTATGACCTTATTGCATATCGCATCAAG                         TTTACTCCTCACCCACATGCTGGAGACAAGTGGTGTGTTTATCCAAGTTAC
genomic: TGCAGAGTGATAATTTTAATATGTATGACCTTATTGCATATCGCATCAAGgcaagtctgt ... ttttgtccagTTTACTCCTCACCCACATGCTGGAGACAAGTGGTGTGTTTATCCAAGTTAC
EST: gi|351056659|gb|FQ443286.1|FQ443286
EST:     TGCAGAGTGATAATTTTAATATGTATGACCTTATTGCATATCGCATCAAG                         TTTACTCCTCACCCACATGCTGGAGACAAGTGGTGTGTTTATCCAAGTTAC
genomic: TGCAGAGTGATAATTTTAATATGTATGACCTTATTGCATATCGCATCAAGgcaagtctgt ... ttttgtccagTTTACTCCTCACCCACATGCTGGAGACAAGTGGTGTGTTTATCCAAGTTAC
EST: gi|351028040|gb|FQ425941.1|FQ425941
EST:     TGCAGAGTGATAATTTTAATATGTATGACCTTATTGCATATCGCATCAAG                         TTTACTCCTCACCCACATGCTGGAGACAAGTGGTGTGTTTATCCAAGTTAC
genomic: TGCAGAGTGATAATTTTAATATGTATGACCTTATTGCATATCGCATCAAGgcaagtctgt ... ttttgtccagTTTACTCCTCACCCACATGCTGGAGACAAGTGGTGTGTTTATCCAAGTTAC
EST: gi|351043435|gb|FQ451487.1|FQ451487
EST:     TGCAGAGTGATAATTTTAATATGTATGACCTTATTGCATATCGCATCAAG                         TTTACTCCTCACCCACATGCTGGAGACAAGTGGTGTGTTTATCCAAGTTAC
genomic: TGCAGAGTGATAATTTTAATATGTATGACCTTATTGCATATCGCATCAAGgcaagtctgt ... ttttgtccagTTTACTCCTCACCCACATGCTGGAGACAAGTGGTGTGTTTATCCAAGTTAC
EST: gi|351042076|gb|FQ456286.1|FQ456286
EST:     TGCAGAGTGATAATTTTAATATGTATGACCTTATTGCATATCGCATCAAG                         TTTACTCCTCACCCACATGCTGGAGACAAGTGGTGTGTTTATCCAAGTTAC
genomic: TGCAGAGTGATAATTTTAATATGTATGACCTTATTGCATATCGCATCAAGgcaagtctgt ... ttttgtccagTTTACTCCTCACCCACATGCTGGAGACAAGTGGTGTGTTTATCCAAGTTAC
EST: gi|351034920|gb|FQ458277.1|FQ458277
EST:     TGCAGAGTGATAATTTTAATATGTATGACCTTATTGCATATCGCATCAAG                         TTTACTCCTCACCCACATGCTGGAGACAAGTGGTGTGTTTATCCCAGTTAC
genomic: TGCAGAGTGATAATTTTAATATGTATGACCTTATTGCATATCGCATCAAGgcaagtctgt ... ttttgtccagTTTACTCCTCACCCACATGCTGGAGACAAGTGGTGTGTTTATCCAAGTTAC
EST: gi|351046877|gb|FQ454487.1|FQ454487
EST:     TGCAGAGTGATAATTTTAATATGTATGACCTTATTGCATATCGCATCAAG                         TTTACTCCTCACCCACATGCTGGAGACAAGTGGTGTGTTTATCCAAGTTAC
genomic: TGCAGAGTGATAATTTTAATATGTATGACCTTATTGCATATCGCATCAAGgcaagtctgt ... ttttgtccagTTTACTCCTCACCCACATGCTGGAGACAAGTGGTGTGTTTATCCAAGTTAC
EST: gi|351035498|gb|FQ463343.1|FQ463343
EST:     TGCAGAGTGATAATTTTAATATGTATGACCTTATTGCATATCGCATCAAG                         TTTACTCCTCACCCACATGCTGGAGACAAGTGGTGTGTTTATCCAAGTTAC
genomic: TGCAGAGTGATAATTTTAATATGTATGACCTTATTGCATATCGCATCAAGgcaagtctgt ... ttttgtccagTTTACTCCTCACCCACATGCTGGAGACAAGTGGTGTGTTTATCCAAGTTAC
EST: gi|351031204|gb|FQ445031.1|FQ445031
EST:     TGCAGAGTGATAATTTTAATATGTATGACCTTATTGCATATCGCATCAAG                         TTTACTCCTCACCCACATGCTGGAGACAAGTGGTGTGTTTATCCAAGTTAC
genomic: TGCAGAGTGATAATTTTAATATGTATGACCTTATTGCATATCGCATCAAGgcaagtctgt ... ttttgtccagTTTACTCCTCACCCACATGCTGGAGACAAGTGGTGTGTTTATCCAAGTTAC
EST: gi|351051825|gb|FQ455239.1|FQ455239
EST:     TGCAGAGTGATAATTTTAATATGTATGACCTTATTGCATATCGCATCAAG                         TTTACTCCCTCACC-ACATGCTGGA
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EST: gi|349815577|gb|FQ400733.1|FQ400733
EST:     TGCAGAGTGACAATTTTAATATGTATGACCTTATTGCATATCGCATCAAG                         TTTACTCCTCACCCACATGCTGGAGACAAGTGGTGTGTTTATCCCAGTTAC
genomic: TGCAGAGTGATAATTTTAATATGTATGACCTTATTGCATATCGCATCAAGgcaagtctgt ... ttttgtccagTTTACTCCTCACCCACATGCTGGAGACAAGTGGTGTGTTTATCCAAGTTAC
EST: gi|351036533|gb|FQ457246.1|FQ457246
EST:     TGCAGAGTGATAATTTTAATATGTATGACCTTATTGCATATCGCATCAAG                         TTTACTCCTCACCCACATGCTGGAGACAAGTGGTGTGTTTATCCAAGTTAC
genomic: TGCAGAGTGATAATTTTAATATGTATGACCTTATTGCATATCGCATCAAGgcaagtctgt ... ttttgtccagTTTACTCCTCACCCACATGCTGGAGACAAGTGGTGTGTTTATCCAAGTTAC
EST: gi|351052468|gb|FQ452501.1|FQ452501
EST:     TGCAGAGTGATAATTTTAATATGTATGACCTTATTGCATATCGCATCAAG                         TTTACTCCTCACCCACATGCTGGAGACCAGTGGTGTGTTTA
genomic: TGCAGAGTGATAATTTTAATATGTATGACCTTATTGCATATCGCATCAAGgcaagtctgt ... ttttgtccagTTTACTCCTCACCCACATGCTGGAGACAAGTGGTGTGTTTA
EST: gi|349827622|gb|FQ422490.1|FQ422490
EST:     TGCAGAGTGATAATTTTAATATGTATGACCTTATTGCATATCGCATCAAG                         TTTACTCCTCACCCACATGCTGGAGACAAGTGGTGTGTTTATCCAAGTTAC
genomic: TGCAGAGTGATAATTTTAATATGTATGACCTTATTGCATATCGCATCAAGgcaagtctgt ... ttttgtccagTTTACTCCTCACCCACATGCTGGAGACAAGTGGTGTGTTTATCCAAGTTAC
EST: gi|351025469|gb|FQ435161.1|FQ435161
EST:     TGCAGAGTGATAATTTTAATATGTATGACCTTATTGCATATCGCATCAAG                         TTTACTCCTCACCCACATGCTGGAGACAAGTGGTGTGTTTATCCAAGTTAC
genomic: TGCAGAGTGATAATTTTAATATGTATGACCTTATTGCATATCGCATCAAGgcaagtctgt ... ttttgtccagTTTACTCCTCACCCACATGCTGGAGACAAGTGGTGTGTTTATCCAAGTTAC
EST: gi|351025913|gb|FQ427925.1|FQ427925
EST:     TGCAGAGTGATAATTTTAATATGTATGACCTTATTGCATATCGCATCAAG                         TTTACTCCTCACCCACATGCTGGAGACAAGTGGTGTGTTTATCCAAGTTAC
genomic: TGCAGAGTGATAATTTTAATATGTATGACCTTATTGCATATCGCATCAAGgcaagtctgt ... ttttgtccagTTTACTCCTCACCCACATGCTGGAGACAAGTGGTGTGTTTATCCAAGTTAC
EST: gi|351044016|gb|FQ431447.1|FQ431447
EST:     TGCAGAGTGATAATTTTAATATGTATGACCTTATTGCATATCGCATCAAG                         TTTACTCCTCACCCACATGCTGGAGACAAGTGGTGTGTTTATCCAAGTTAC
genomic: TGCAGAGTGATAATTTTAATATGTATGACCTTATTGCATATCGCATCAAGgcaagtctgt ... ttttgtccagTTTACTCCTCACCCACATGCTGGAGACAAGTGGTGTGTTTATCCAAGTTAC
EST: gi|349828962|gb|FQ419295.1|FQ419295
EST:     TGCAGAGTGATAATTTTAATATGTATGACCTTATTGCATATCGCATCAAG                         TTTACTCCTCACCCACATGCTGGAGACAAGTGGTGTGTTTATCCAAGTTAC
genomic: TGCAGAGTGATAATTTTAATATGTATGACCTTATTGCATATCGCATCAAGgcaagtctgt ... ttttgtccagTTTACTCCTCACCCACATGCTGGAGACAAGTGGTGTGTTTATCCAAGTTAC
EST: gi|352798342|gb|FQ480367.1|FQ480367
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