Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   		30  
 5'  3'   		31  
 5'  3'   		32  
 5'  3'   		33  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

TTCATTTACGACAAACTTCCATTTCATTGACTCAGTAAAAGCATATCTTTCTTATGCTTTACTACGGGCATCGGTTTCTCAATCCCCTGTCATATTTCAGgtatgcttagatgcttaaattgtactgttctccacttgatgttataagaatctaatgtggaaatattgtctatggttctgttttttaattctggcag

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv11s0016g00170.t01
intron # 13
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv11s0016g00170.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 13
lower sequence: GLYMA17G04890.1 (Glycine max), 5'ss of exon 13
TTCATTTACGACAAACTTCCATTTCATTGACTCAGTAAAAGCATATCTTTCTTATGCTTTACTACGGGCATCGGTTTCTCAATCCCCTGTCATATTTCAGgtatgcttagatgcttaaattgtactgttctccacttgatgttataagaatcta-atgtggaaatattgtctatggttctgttttttaattctggcag
 |||||||| |  ||||||||||| ||||| ||||| || ||||||||||| ||||| ||  |||| || || ||||| ||||||||||| ||||||||||| | |||  ||   |  |||  ||  ||||  || | | ||       ||||| ||||| ||||  ||   ||  |  |||| |||     ||||||
CTCATTTACAAAGAACTTCCATTTTATTGATTCAGTGAAGGCATATCTTTCATATGCATTGTTACGAGCTTCAGTTTCACAATCCCCTGTTATATTTCAGgttttcttgaat---tgcatt--acctttctttacgtaaagt-------atctatatgtgtaaattgtg---atattcatgttcttt---cttggcag

upper sequence: Vv11s0016g00170.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 13
lower sequence: GLYMA13G17610.1 (Glycine max), 5'ss of exon 12
TTCATTTACGACAAACTTCCATTTCATTGACTCAGTAAAAGCATATCTTTCTTATGCTTTACTACGGGCATCGGTTTCTCAATCCCCTGTCATATTTCAGgtatgcttagatgcttaaattgtactgttctccacttgatgttataagaatctaatgtggaaatattgtctatggttctgttttttaattctggcag
                                           |||||||| ||||| ||  |||| || || ||||| |||||||||||||||||||||||    |||     || || || | |    | |  |   |     ||| ||| | |||| ||||      | || |  || | ||   |  ||||||
-------------------------------------------TATCTTTCATATGCATTGTTACGAGCTTCAGTTTCACAATCCCCTGTCATATTTCAGGT---TTTA-----TTGAACTGCATTACCTTTCTTTGCGTA----AAGTATCCA-Tgtgtaaat------tgtgatattgatattctttcttggcag