Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AATGCATTCGAGCTGGCCTTCTTTATCTGGGTTTCAgtgagtattcgtttgttcatttattcttttaaaactcaatgtattagcaatgatttaatattcttcattaatttggtttaacctctgattatgtccttgatcttcag

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv08s0040g02180.t01
intron # 13
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv08s0040g02180.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 13
lower sequence: GLYMA03G33660.1 (Glycine max), 5'ss of exon 13
AATGCATTCGAGCTGGCCTTCTTTATCTGGGTTTCAgtgagt-attcgtttgttcatttattctttt-------aaaactcaatgt-attagcaatgatttaatat--------tcttcattaatttggtttaacctctg-attatgtccttgatcttcag
|||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||| |||  |   | | ||   ||  | || |       |||| | ||  | |  |  | ||||  |||||         ||| |     ||   || |  |||  |||   |  |||||   |||
AATGCATTCGAGCTTGCCTTCTTTATATGGGTATCAgtaagttgtctttctatttgcttccttttcttaaaaaaaaaaattaacattagaaatattgatccaatatatgtattaccttaacacgcttctctttatttctatattgcttttttgattgccag