1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' |
CAGTGGAAATTTCATGATGGATAGTGCTGAACCATTTGGTGGTTTTGGTGGTCCTATGCGCACCTATGGAAGGATGTACGGAAGCCTGGATTTTGATGATgtgagtatataaagttaattccctaaatatgactgtcattagtagagatgaataaagtaagctttttcttgcgagaggcttttggatatttttgaaagtt...
species | Vitis vinifera |
transcript | Vv07s0031g00600.t01 |
intron # | 13 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: GTCCTATGCGCACCTATGGAAGGATGTATGGAAGCCTGGATTTTGATGAT TGGGGTTATGGCATCGGTGGAGGGAGACCTTCAAGGGCAGATTGGAGGTATEST: gi|110385813|gb|EC950369.1|EC950369
genomic: GTCCTATGCGCACCTATGGAAGGATGTACGGAAGCCTGGATTTTGATGATgtgagtatat ... ggttttgcagTGGGGTTATGGCATCGGTGGAGGGAGACCTTCAAGGGCAGATTGGAGGTAT
EST: GTCCTATGCGCACCTATGGAAGGATGTATGGAAGCCTGGATTTTGATGAT TGGGGTTATGGCATCGGTGGAGGGAGACCTTCAAGGGCAGATTGGAGGTATEST: gi|30129481|gb|CB914820.1|CB914820
genomic: GTCCTATGCGCACCTATGGAAGGATGTACGGAAGCCTGGATTTTGATGATgtgagtatat ... ggttttgcagTGGGGTTATGGCATCGGTGGAGGGAGACCTTCAAGGGCAGATTGGAGGTAT
EST: GTCCTATGCGCACCTATGGAAGGATGTACGGAAGCCTGGATTTTGATGAT TGGGGTTATGGCATCGGTGGAGGGAGACCTTCAAGGGCAGATTGGAGGTATEST: gi|110417619|gb|EC983689.1|EC983689
genomic: GTCCTATGCGCACCTATGGAAGGATGTACGGAAGCCTGGATTTTGATGATgtgagtatat ... ggttttgcagTGGGGTTATGGCATCGGTGGAGGGAGACCTTCAAGGGCAGATTGGAGGTAT
EST: GTCCTATGCGCACCTATGGAAGGATGTACGGAAGCCTGGATTTTGATGAT TGGGGTTATGGCATCGGTGGAGGGAGACCTTCAAGGGCAGATTGGAGGTATEST: gi|110426449|gb|EC992860.1|EC992860
genomic: GTCCTATGCGCACCTATGGAAGGATGTACGGAAGCCTGGATTTTGATGATgtgagtatat ... ggttttgcagTGGGGTTATGGCATCGGTGGAGGGAGACCTTCAAGGGCAGATTGGAGGTAT
EST: CTGGATTTTGATGAT TGGGGTTATGGCATCGGTGGAGGGAGACCTTCAAGGGCAGATTGGAGGTATEST: gi|351020076|gb|FQ445683.1|FQ445683
genomic: CTGGATTTTGATGATgtgagtatat ... ggttttgcagTGGGGTTATGGCATCGGTGGAGGGAGACCTTCAAGGGCAGATTGGAGGTAT
EST: GTCCTATGCGCACCTATGGAAGGATGTATGGAAGCCTGGATTTTGATGAT TGGGGTTATGGCATCGGTGGAGGGAGACCTTCAAGGGCAGATTGGAGGTATEST: gi|349818104|gb|FQ408879.1|FQ408879
genomic: GTCCTATGCGCACCTATGGAAGGATGTACGGAAGCCTGGATTTTGATGATgtgagtatat ... ggttttgcagTGGGGTTATGGCATCGGTGGAGGGAGACCTTCAAGGGCAGATTGGAGGTAT
EST: GTCCTATGCGCACCTATGGAAGGATGTATGGAAGCCTGGATTTTGATGAT TGGGGTTATGGCATCGGTGGAGGGAGACCTTCAAGGGCAGATTGGAAGTAT
genomic: GTCCTATGCGCACCTATGGAAGGATGTACGGAAGCCTGGATTTTGATGATgtgagtatat ... ggttttgcagTGGGGTTATGGCATCGGTGGAGGGAGACCTTCAAGGGCAGATTGGAGGTAT
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| CAGTGGAAATTTCATGATGGATAGTGCTGAACCATTTGGTGGTTTTGGTGGTCCTATGCGCACCTATGGAAGGATGTACGGAAGCCTGGATTTTGATGATgtgagtatataaagttaattccctaaatatgactgtcattagtagagatgaataaagtaagctttttcttgcgagaggcttttggatatttttgaaagtt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - agtagaga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gaataaa