Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GCATTTGAGTATGGGCTCATTCCTGGTTTGGCTTTAAGTGCTTTAGAACAgtgagttttagctttgctagattaatctaaatgtagtttagcagtatgaatactctcactttctttccttttttttttctttaaaggaacaacactttattgaatttctgtgcttggcag

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv05s0102g01110.t01
intron # 13
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|30251567|gb|CB969300.1|CB969300
EST:     GCATTTGAGTATGGGCTCATTCCTGGTTTGGCTTTAAGTGCTTTAGAACA                         CTATGTTCCGAAGGGTAGATCTCTTTTAACATTGAAGCATGGGAAACCTGA
genomic: GCATTTGAGTATGGGCTCATTCCTGGTTTGGCTTTAAGTGCTTTAGAACAgtgagtttta ... tgcttggcagCTATGTTCTGAAGGGTAGATCTCCTTTAACATTGAAGCATGGGAAACCTGA
EST: gi|18459158|gb|BM437436.1|BM437436
EST:     GCATTTGAGTATGGGCTCATTCCTGGTTTGGCTTTAAGTGCTTTAGAACA                         CTATGTTCTGAAGGGTAGATCTCCTTTAACATTGAAGCATGGGAAACCTGA
genomic: GCATTTGAGTATGGGCTCATTCCTGGTTTGGCTTTAAGTGCTTTAGAACAgtgagtttta ... tgcttggcagCTATGTTCTGAAGGGTAGATCTCCTTTAACATTGAAGCATGGGAAACCTGA
EST: gi|30251648|gb|CB969381.1|CB969381
EST:     GCATTTGAGTATGGGCTCATTCCTGGTTTGGCTTTAAGTGCTTTAGAACA                         CTATGTTCCGAAGGGTAGATCTCTTTTAACATTGAAGCATGGGAAACCTGA
genomic: GCATTTGAGTATGGGCTCATTCCTGGTTTGGCTTTAAGTGCTTTAGAACAgtgagtttta ... tgcttggcagCTATGTTCTGAAGGGTAGATCTCCTTTAACATTGAAGCATGGGAAACCTGA
EST: gi|30251671|gb|CB969404.1|CB969404
EST:     GCATTTGAGTATGGGCTCATTCCTGGTTTGGCTTTAAGTGCTTTAGAACA                         CTATGTTCCGAAGGGTAGATCTCTTTTAACATTGAAGCATGGGAAACCTGA
genomic: GCATTTGAGTATGGGCTCATTCCTGGTTTGGCTTTAAGTGCTTTAGAACAgtgagtttta ... tgcttggcagCTATGTTCTGAAGGGTAGATCTCCTTTAACATTGAAGCATGGGAAACCTGA
EST: gi|110364442|gb|EC924185.1|EC924185
EST:     GCATTTGAGTATGGGCTCATTCCTGGTTTGGCTTTAAGTGCTTTAGAACA                         CTATGTTCTGAAGGGTAGATCTCCTTTAACATTGAAGCATGGGAAACCTGA
genomic: GCATTTGAGTATGGGCTCATTCCTGGTTTGGCTTTAAGTGCTTTAGAACAgtgagtttta ... tgcttggcagCTATGTTCTGAAGGGTAGATCTCCTTTAACATTGAAGCATGGGAAACCTGA
EST: gi|30321185|gb|CD004447.1|CD004447
EST:     GCTTTAAGTGCTTTAGAACA                         CTATGTTCTGAAGGGTAGATCTCCTTTAACATTGAAGCATGGGAAACCTGA
genomic: GCTTTAAGTGCTTTAGAACAgtgagtttta ... tgcttggcagCTATGTTCTGAAGGGTAGATCTCCTTTAACATTGAAGCATGGGAAACCTGA
EST: gi|30251591|gb|CB969324.1|CB969324
EST:     GCATTTGAGTATGGGCTCATTCCTGGTTTGGCTTTAAGTGCTTTAGAACA                         CTATGTTCCGAAGGGTAGATCTCTTTTAACATTGAAGCATGGGAAACCTGA
genomic: GCATTTGAGTATGGGCTCATTCCTGGTTTGGCTTTAAGTGCTTTAGAACAgtgagtttta ... tgcttggcagCTATGTTCTGAAGGGTAGATCTCCTTTAACATTGAAGCATGGGAAACCTGA
EST: gi|30251604|gb|CB969337.1|CB969337
EST:     GCATTTGAGTATGGGCTCATTCCTGGTTTGGCTTTAAGTGCTTTAGAACA                         CTATGTTCCGAAGGGTAGATCTCTTTTAACATTGAAGCATGGGAAACCTGA
genomic: GCATTTGAGTATGGGCTCATTCCTGGTTTGGCTTTAAGTGCTTTAGAACAgtgagtttta ... tgcttggcagCTATGTTCTGAAGGGTAGATCTCCTTTAACATTGAAGCATGGGAAACCTGA