Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AGTGCCATTGGTGAGGGGATGACCCGTAGGGATCATGCCGATGTATCCAATCAGgtagtatttgatgttcgggctgcgttcaccttctctttgagcacgtcccaactaatgcgattcttcttctttcag

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv03s0038g02760.t01
intron # 13
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv03s0038g02760.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 13
lower sequence: GLYMA09G38110.1 (Glycine max), 5'ss of exon 13
AGTGCCATTGGTGAGGGGATGACCCGTAGGGATCATGCCGATGTATCCAATCAGgtagtatttgatgttcgggctgcgttcaccttctctttgagcacgtcccaactaat--gcgattcttcttctttcag
||||||||||||||||| ||||| || | ||||||| ||||||| ||||| |||||    |||    |     || | ||    || | | ||   |    ||| || ||  | | ||  | |  ||||||
AGTGCCATTGGTGAGGGAATGACACGAAAGGATCATTCCGATGTGTCCAACCAGgtctggttttgcttgtttactacattgctattttttctgtttataagccatcttattggtgttttgtttcttttcag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|110375541|gb|EC940537.1|EC940537
EST:     CCATTGGTGAGGGGATGACCCGTAGGGATCATGCCGATGTATCCAATCAG                         CTCTATGCAAATTATGCAATTGGGAAGGATGTTCAAGCAATGAAAGCTGTG
genomic: CCATTGGTGAGGGGATGACCCGTAGGGATCATGCCGATGTATCCAATCAGgtagtatttg ... cttctttcagCTCTATGCAAATTATGCAATTGGGAAGGATGTTCAAGCAATGAAAGCTGTG
EST: gi|110362645|gb|EC926192.1|EC926192
EST:     CCATTGGTGAGGGGATGACCCGTAGGGATCATGCCGATGTATCCAATCAG                         CTCTATGCAAATTATGCAATTGGGAAGGATGTTCAAGCAATGAAAGCTGTG
genomic: CCATTGGTGAGGGGATGACCCGTAGGGATCATGCCGATGTATCCAATCAGgtagtatttg ... cttctttcagCTCTATGCAAATTATGCAATTGGGAAGGATGTTCAAGCAATGAAAGCTGTG
EST: gi|110357509|gb|EC921103.1|EC921103
EST:     CCATTGGTGAGGGGATGACCCGTAGGGATCATGCCGATGTATCCAATCAG                         CTCTATGCAAATTATGCAATTGGGAAGGATGTTCAAGCAATGAAAGCTGTG
genomic: CCATTGGTGAGGGGATGACCCGTAGGGATCATGCCGATGTATCCAATCAGgtagtatttg ... cttctttcagCTCTATGCAAATTATGCAATTGGGAAGGATGTTCAAGCAATGAAAGCTGTG
EST: gi|110720101|gb|EE095728.1|EE095728
EST:     CCATTGGTGAGGGGATGACCCGTANGGATCATGCCGATGTATCCAATCAG                         CTCTATGCAAATTATGCAATTGGGAAGGATGTTCAAGCAATGAAAGCTGTG
genomic: CCATTGGTGAGGGGATGACCCGTAGGGATCATGCCGATGTATCCAATCAGgtagtatttg ... cttctttcagCTCTATGCAAATTATGCAATTGGGAAGGATGTTCAAGCAATGAAAGCTGTG
EST: gi|110719306|gb|EE097131.1|EE097131
EST:     CATTGGTGAGGGGATGACCCGNTAGG-ATCATGCCAATGTATCCAATCAG                         CTCTATGCAAATTATGCAATTGGGAAGGATGTTCAAGCAATGAAAGCTGTG
genomic: CATTGGTGAGGGGATGACCCG-TAGGGATCATGCCGATGTATCCAATCAGgtagtatttg ... cttctttcagCTCTATGCAAATTATGCAATTGGGAAGGATGTTCAAGCAATGAAAGCTGTG
EST: gi|30325437|gb|CD008699.1|CD008699
EST:     CCATTGGTGAGGGGATGACCCGTAGGGATCATGCCGATGTATCCAATCAG                         CTCTATGCAAATTATGCAATTGGGAAGGATGTTCAAGCAATGAAAGCTGTG
genomic: CCATTGGTGAGGGGATGACCCGTAGGGATCATGCCGATGTATCCAATCAGgtagtatttg ... cttctttcagCTCTATGCAAATTATGCAATTGGGAAGGATGTTCAAGCAATGAAAGCTGTG
EST: gi|22013013|gb|BQ798047.1|BQ798047
EST:     CCATTGGTGAGGGGATGACCCGTAGGGATCATGCCGATGTATCCAATCAG                         CTCTATGCAAATTATGCAATTGGGAAGGATGTTCAAGCAATGAAAGCTGTG
genomic: CCATTGGTGAGGGGATGACCCGTAGGGATCATGCCGATGTATCCAATCAGgtagtatttg ... cttctttcagCTCTATGCAAATTATGCAATTGGGAAGGATGTTCAAGCAATGAAAGCTGTG
EST: gi|110712807|gb|EE088186.1|EE088186
EST:     CCATTGGTGAGGGGATGACCCGTAGGGATCATGCCGATGTATCCAATCAG                         CTCTATGCAAATTATGCAATTGGGAAGGATGTTCAAGCAATGAAAGCTGTG
genomic: CCATTGGTGAGGGGATGACCCGTAGGGATCATGCCGATGTATCCAATCAGgtagtatttg ... cttctttcagCTCTATGCAAATTATGCAATTGGGAAGGATGTTCAAGCAATGAAAGCTGTG
EST: gi|30251466|gb|CB969199.1|CB969199
EST:     CCATTGGTGAGGGGATGACCCGTAGGGATCATGCCGATGTATCCAATCAG                         CTCTATGCAAATTATGCAATTGGGAAGGATGTTCAAGCAATGAAAGCTGTG
genomic: CCATTGGTGAGGGGATGACCCGTAGGGATCATGCCGATGTATCCAATCAGgtagtatttg ... cttctttcagCTCTATGCAAATTATGCAATTGGGAAGGATGTTCAAGCAATGAAAGCTGTG
EST: gi|30305860|gb|CB982654.1|CB982654
EST:     CCATTGGTGAGGGGATGACCCGTAGGGATCATGCCGATGTATCCAATCAG                         CTCTATGCAAATTATGCAATTGGGAAGGATGTTCAAGCAATGAAAGCTGTG
genomic: CCATTGGTGAGGGGATGACCCGTAGGGATCATGCCGATGTATCCAATCAGgtagtatttg ... cttctttcagCTCTATGCAAATTATGCAATTGGGAAGGATGTTCAAGCAATGAAAGCTGTG
EST: gi|110690712|gb|EE068109.1|EE068109
EST:     CCATTGGTGAGGGGATGACCCGTAGGGATCATGCCGATGTATCCAATCAG                         CTCTATGCAAATTATGCAATTGGGAAGGATGTTCAAGCAATGAAAGCTGTG
genomic: CCATTGGTGAGGGGATGACCCGTAGGGATCATGCCGATGTATCCAATCAGgtagtatttg ... cttctttcagCTCTATGCAAATTATGCAATTGGGAAGGATGTTCAAGCAATGAAAGCTGTG
EST: gi|33402634|gb|CF208261.1|CF208261
EST:     CCATTGGTGAGGGGATGACCCGTAGGGATCATGCCGATGTATCCAATCAG                         CTCTATGCAAATTATGCAATTGGGAAGGATGTTCAAGCAATGAAAGCTGTG
genomic: CCATTGGTGAGGGGATGACCCGTAGGGATCATGCCGATGTATCCAATCAGgtagtatttg ... cttctttcagCTCTATGCAAATTATGCAATTGGGAAGGATGTTCAAGCAATGAAAGCTGTG
EST: gi|110723346|gb|EE100552.1|EE100552
EST:     CCATTGGTGAGGGGATGACCCGTAGGGATCATGCCGATGTATCCAATCAG                         CTCTATGCAAATTATGCAATTGGGAAGGATGTTCAAGCAATGAAAGCTGTG
genomic: CCATTGGTGAGGGGATGACCCGTAGGGATCATGCCGATGTATCCAATCAGgtagtatttg ... cttctttcagCTCTATGCAAATTATGCAATTGGGAAGGATGTTCAAGCAATGAAAGCTGTG
EST: gi|34542515|gb|CF510747.1|CF510747
EST:     CCATTGGTGAGGGGATGACCCGTAGGGATCATGCCAATGTATCCAATCAG                         CTCTATGCAAATTATGCAATTGGGAAGGATGTTCAAGCAATGAAAGCTGTG
genomic: CCATTGGTGAGGGGATGACCCGTAGGGATCATGCCGATGTATCCAATCAGgtagtatttg ... cttctttcagCTCTATGCAAATTATGCAATTGGGAAGGATGTTCAAGCAATGAAAGCTGTG
EST: gi|349813104|gb|FQ411344.1|FQ411344
EST:     CCATTGGTGAGGGGATGACCCGTAGGGATCATGCCGATGTATCCAATCAG                         CTCTATGCAAATTATGCAATTGGGAAGGATGTTCAAGCAATGAAAGCTGTG
genomic: CCATTGGTGAGGGGATGACCCGTAGGGATCATGCCGATGTATCCAATCAGgtagtatttg ... cttctttcagCTCTATGCAAATTATGCAATTGGGAAGGATGTTCAAGCAATGAAAGCTGTG
EST: gi|32268554|gb|CD717713.1|CD717713
EST:     CCATTGGTGAGGGGATGACCCGTAGGGATCATGCCGATGTATCCAATCAG                         CTCTATGCAAATTATGCAATTGGGAAGGATGTTCAAGCAATGAAAGCTGTG
genomic: CCATTGGTGAGGGGATGACCCGTAGGGATCATGCCGATGTATCCAATCAGgtagtatttg ... cttctttcagCTCTATGCAAATTATGCAATTGGGAAGGATGTTCAAGCAATGAAAGCTGTG
EST: gi|110414446|gb|EC980278.1|EC980278
EST:     CCATTGGTGAGGGGATGACCCGTAGGGATCATGCCGATGTATCCAATCAG                         CTCTATGCAAATTATGCAATTGGGAAGGATGTTCAAGCAATGAAAGCTGTG
genomic: CCATTGGTGAGGGGATGACCCGTAGGGATCATGCCGATGTATCCAATCAGgtagtatttg ... cttctttcagCTCTATGCAAATTATGCAATTGGGAAGGATGTTCAAGCAATGAAAGCTGTG
EST: gi|156737783|gb|EV241904.1|EV241904
EST:     CCATTGGTGAGGGGATGACCCGTAGGGATCATGCCGATGTATCCCATCAG                         CTCTATGCAA-TTATGCAATTGGGGAGGATGTTCAAGCAATGAAAGCTGTG
genomic: CCATTGGTGAGGGGATGACCCGTAGGGATCATGCCGATGTATCCAATCAGgtagtatttg ... cttctttcagCTCTATGCAAATTATGCAATTGGGAAGGATGTTCAAGCAATGAAAGCTGTG
EST: gi|110376681|gb|EC941748.1|EC941748
EST:     CCATTGGTGAGGGGATGACCCGTAGGGATCATGCCGATGTATCCAATCAG                         CTCTATGCAAATTATGCAATTGGGAAGGATGTTCAAGCAATGAAAGCTGTG
genomic: CCATTGGTGAGGGGATGACCCGTAGGGATCATGCCGATGTATCCAATCAGgtagtatttg ... cttctttcagCTCTATGCAAATTATGCAATTGGGAAGGATGTTCAAGCAATGAAAGCTGTG
EST: gi|110705729|gb|EE082911.1|EE082911
EST:     CCATTGGTGAGGGGATGACCCGTAGGGATCATGCCGATGTATCCAATCAG                         CTCTATGCAAATTATGCAATTGGGAAGGATGTTCAAGCAATGAAAGCTGTG
genomic: CCATTGGTGAGGGGATGACCCGTAGGGATCATGCCGATGTATCCAATCAGgtagtatttg ... cttctttcagCTCTATGCAAATTATGCAATTGGGAAGGATGTTCAAGCAATGAAAGCTGTG
EST: gi|110364580|gb|EC927938.1|EC927938
EST:     CCATTGGTGAGGGGATGACCCGTAGGGATCATGCCGATGTATCCAATCAG                         CTCTATGCAAATTATGCAATTGGGAAGGATGTTCAAGCAATGAAAGCTGTG
genomic: CCATTGGTGAGGGGATGACCCGTAGGGATCATGCCGATGTATCCAATCAGgtagtatttg ... cttctttcagCTCTATGCAAATTATGCAATTGGGAAGGATGTTCAAGCAATGAAAGCTGTG
EST: gi|30323729|gb|CD006991.1|CD006991
EST:     CCATTGGTGAGGGGATGACCCGTAGGGATCATGCCGATGTATCCAATCAG                         CTCTATGCAAATTATGCAATTGGGAAGGATGTTCAAGCAATGAAAGCTGTG
genomic: CCATTGGTGAGGGGATGACCCGTAGGGATCATGCCGATGTATCCAATCAGgtagtatttg ... cttctttcagCTCTATGCAAATTATGCAATTGGGAAGGATGTTCAAGCAATGAAAGCTGTG
EST: gi|30320892|gb|CD004154.1|CD004154
EST:     CCATTGGTGAGGGGATGACCCGTAGGGATCATGCCGATGTATCCAATCAG                         CTCTATGCAAATTATGCAATTGGGAAGGATGTTCAAGCAATGAAAGCTGTG
genomic: CCATTGGTGAGGGGATGACCCGTAGGGATCATGCCGATGTATCCAATCAGgtagtatttg ... cttctttcagCTCTATGCAAATTATGCAATTGGGAAGGATGTTCAAGCAATGAAAGCTGTG
EST: gi|34542425|gb|CF510657.1|CF510657
EST:     CCATTGGTGAGGGGATGACCCGTAGGGATCATGCCAATGTATCGATTCAG                         CTCTATGCAAATTATGCAATTGGGGAAGGATGTTCAAGCAATGAAAGCTGT
genomic: CCATTGGTGAGGGGATGACCCGTAGGGATCATGCCGATGTATCCAATCAGgtagtatttg ... cttctttcagCTCTATGCAAATTATGCAATTGGG-AAGGATGTTCAAGCAATGAAAGCTGT
EST: gi|27583834|gb|CB006529.1|CB006529
EST:     GAGGGGATGACCCGTAGGGATCATGCCGATGTATCCAATCAG                         CTCTATGCAAATTATGCAATTGGGAAGGATGTTCAAGCAATGAAAGCTGTG
genomic: GAGGGGATGACCCGTAGGGATCATGCCGATGTATCCAATCAGgtagtatttg ... cttctttcagCTCTATGCAAATTATGCAATTGGGAAGGATGTTCAAGCAATGAAAGCTGTG
EST: gi|30251540|gb|CB969273.1|CB969273
EST:     CCATTGGTGAGGGGATGACCCGTAGGGATCATGCCGATGTATCCAATCAG                         CTCTATGCAAATTATGCAATTGGGAAGGATGTTCAAGCAATGAAAGCTGTG
genomic: CCATTGGTGAGGGGATGACCCGTAGGGATCATGCCGATGTATCCAATCAGgtagtatttg ... cttctttcagCTCTATGCAAATTATGCAATTGGGAAGGATGTTCAAGCAATGAAAGCTGTG
EST: gi|110687127|gb|EE064266.1|EE064266
EST:     CCATTGGTGAGGGGATGACCCGTAGGGATCATGCCGATGTATCCAATCAG                         CTCTATGCAAATTATGCAATTGGGAAGGATGTTCAAGCAATGAAAGCTGTG
genomic: CCATTGGTGAGGGGATGACCCGTAGGGATCATGCCGATGTATCCAATCAGgtagtatttg ... cttctttcagCTCTATGCAAATTATGCAATTGGGAAGGATGTTCAAGCAATGAAAGCTGTG
EST: gi|30305803|gb|CB982597.1|CB982597
EST:     ATGCCGATGTATCCAATCAG                         CTCTATGCAAATTATGCAATTGGGAAGGATGTTCAAGCAATGAACGCTGTG
genomic: ATGCCGATGTATCCAATCAGgtagtatttg ... cttctttcagCTCTATGCAAATTATGCAATTGGGAAGGATGTTCAAGCAATGAAAGCTGTG
EST: gi|30324538|gb|CD007800.1|CD007800
EST:     CCATTGGTGAGGGGATGACCCGTAGGGATCATGCCGATGTATCCAATCAG                         CTCTATGCAAATTATGCAATTGGGAAGGATGTTCAAGCAATGAAAGCTGTG
genomic: CCATTGGTGAGGGGATGACCCGTAGGGATCATGCCGATGTATCCAATCAGgtagtatttg ... cttctttcagCTCTATGCAAATTATGCAATTGGGAAGGATGTTCAAGCAATGAAAGCTGTG
EST: gi|30324380|gb|CD007642.1|CD007642
EST:     CCATTGGTGAGGGGATGACCCGTAGGGATCATGCCGATGTATCCAATCAG                         CTCTATGCAAATTATGCAATTGGGAAGGATGTTCAAGCAATGAAAGCTGTG
genomic: CCATTGGTGAGGGGATGACCCGTAGGGATCATGCCGATGTATCCAATCAGgtagtatttg ... cttctttcagCTCTATGCAAATTATGCAATTGGGAAGGATGTTCAAGCAATGAAAGCTGTG
EST: gi|110424996|gb|EC991371.1|EC991371
EST:     CCATTGGTGAGGGGATGACCCGTAGGGATCATGCGGATGTATCCCATCAG                         CTCTATGCAAATTATGCAAT
genomic: CCATTGGTGAGGGGATGACCCGTAGGGATCATGCCGATGTATCCAATCAGgtagtatttg ... cttctttcagCTCTATGCAAATTATGCAAT