Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CCCTGGACACACCCACGATCAATGCCTCAGTCAGGAAAACTAACAGACTTGTAACCGTTGAAGAAGGGTTCCCTCAGCATGGTGTTGGGGCTGAGATCTGgtttattctctctccactgatgttcgtttgatgcaggttgtttgataaggcattatatgtacttacactatctgcttcttttaaacag

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv01s0146g00310.t01
intron # 13
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|351034261|gb|FQ448058.1|FQ448058
EST:     GTAACCGTTGAAGAAGGGTTCCCTCAGCATGGTGTTGGGGCTGATATCTG                         CATGGCTGTTGTTGAGGAGAGCTTTGGTTATCTTGATGCACCAGTGGAAAG
genomic: GTAACCGTTGAAGAAGGGTTCCCTCAGCATGGTGTTGGGGCTGAGATCTGgtttattctc ... ttttaaacagCATGGCTGTTGTTGAGGAGAGCTTTGGTTATCTTGATGCACCAGTGGAAAG
EST: gi|351014802|gb|FQ438002.1|FQ438002
EST:     GTAACCGTTGAAGAAGGGTTCCCTCAGCATGGTGTTGGGGCTGATATCTG                         CATGGCTGTTGTTGAGGAGAGCTTTGGTTATCTTGATGCACCAGTGGAAAG
genomic: GTAACCGTTGAAGAAGGGTTCCCTCAGCATGGTGTTGGGGCTGAGATCTGgtttattctc ... ttttaaacagCATGGCTGTTGTTGAGGAGAGCTTTGGTTATCTTGATGCACCAGTGGAAAG
EST: gi|110403674|gb|EC969358.1|EC969358
EST:     GTAACCGTTGAAGAAGGGTTCCCTCAGCATGGTGTTGGGGCTGAGATCTG                         CATGGCTGTTGTTGAGGAGAGCTTTGGTTATCTTGATGCACCAGTGGAAAG
genomic: GTAACCGTTGAAGAAGGGTTCCCTCAGCATGGTGTTGGGGCTGAGATCTGgtttattctc ... ttttaaacagCATGGCTGTTGTTGAGGAGAGCTTTGGTTATCTTGATGCACCAGTGGAAAG
EST: gi|110378632|gb|EC943772.1|EC943772
EST:     GTAACCGTTGAAGAAGGGTTCCCTCAGCATGGTGTTGGGGCTGAGATCTG                         CATGGCTGTTGTTGAGGAGAGCTTTGGTTATCTTGATGCACCAGTGGAAAG
genomic: GTAACCGTTGAAGAAGGGTTCCCTCAGCATGGTGTTGGGGCTGAGATCTGgtttattctc ... ttttaaacagCATGGCTGTTGTTGAGGAGAGCTTTGGTTATCTTGATGCACCAGTGGAAAG
EST: gi|110391037|gb|EC955989.1|EC955989
EST:     GTAACCGTTGAAGAAGGGTTCCCTCAGCATGGTGTTGGGGCTGAGATCTG                         CATGGCTGTTGTTGAGGAGAGCTTTGGTTATCTTGATGCACCAGTGGAAAG
genomic: GTAACCGTTGAAGAAGGGTTCCCTCAGCATGGTGTTGGGGCTGAGATCTGgtttattctc ... ttttaaacagCATGGCTGTTGTTGAGGAGAGCTTTGGTTATCTTGATGCACCAGTGGAAAG
EST: gi|110371230|gb|EC935083.1|EC935083
EST:     GTAACCGTTGAAGAAGGGTTCCCTCAGCATGGTGTTGGGGCTGAGATCTG                         CATGGCTGTTGTTGAGGAGAGCTTTGGTTATCTTGATGCACCAGTGGAAAG
genomic: GTAACCGTTGAAGAAGGGTTCCCTCAGCATGGTGTTGGGGCTGAGATCTGgtttattctc ... ttttaaacagCATGGCTGTTGTTGAGGAGAGCTTTGGTTATCTTGATGCACCAGTGGAAAG
EST: gi|110370229|gb|EC929160.1|EC929160
EST:     GTAACCGTTGAAGAAGGGTTCCCTCAGCATGGTGTTGGGGCTGAGATCTG                         CATGGCTGTTGTTGAGGAGAGCTTTGGTTATCTTGATGCACCAGTGGAAAG
genomic: GTAACCGTTGAAGAAGGGTTCCCTCAGCATGGTGTTGGGGCTGAGATCTGgtttattctc ... ttttaaacagCATGGCTGTTGTTGAGGAGAGCTTTGGTTATCTTGATGCACCAGTGGAAAG
EST: gi|110396233|gb|EC961914.1|EC961914
EST:     GTAACCGTTGAAGAAGGGTTCCCTCAGCATGGTGTTGGGGCTGAGATCTG                         CATGGCTGTTGTTGAGGAGAGCTTTGGTTATCTTGATGCACCAGTGGAAAG
genomic: GTAACCGTTGAAGAAGGGTTCCCTCAGCATGGTGTTGGGGCTGAGATCTGgtttattctc ... ttttaaacagCATGGCTGTTGTTGAGGAGAGCTTTGGTTATCTTGATGCACCAGTGGAAAG
EST: gi|110713083|gb|EE088693.1|EE088693
EST:     GTAACCGTTGAAGAAAGGTTTCCTCACCATGGTGTTGGGGCTGAAATCTG                         CATGGCTGTTGTTGAGGA
genomic: GTAACCGTTGAAGAAGGGTTCCCTCAGCATGGTGTTGGGGCTGAGATCTGgtttattctc ... ttttaaacagCATGGCTGTTGTTGAGGA
EST: gi|110687324|gb|EE064645.1|EE064645
EST:     GTAACCGTTGAAGAAGGGTTCCCTCAGCATGGTGTTGGGGCTGAGATCTG                         CATGGCTGTTGTTGAGGAGAGCTTTGGTTATCTTGATGCACCAGTGGAAAG
genomic: GTAACCGTTGAAGAAGGGTTCCCTCAGCATGGTGTTGGGGCTGAGATCTGgtttattctc ... ttttaaacagCATGGCTGTTGTTGAGGAGAGCTTTGGTTATCTTGATGCACCAGTGGAAAG
EST: gi|110387837|gb|EC952535.1|EC952535
EST:     GTAACCGTTGAAGAAGGGTTCCCTCAGCATGGTGTTGGGGCTGAGATCTG                         CATGGCTGTTGTTGAGGAGAGCTTTGGTTATCTTGATGCACCAGTGGAAAG
genomic: GTAACCGTTGAAGAAGGGTTCCCTCAGCATGGTGTTGGGGCTGAGATCTGgtttattctc ... ttttaaacagCATGGCTGTTGTTGAGGAGAGCTTTGGTTATCTTGATGCACCAGTGGAAAG
EST: gi|110727373|gb|EE104060.1|EE104060
EST:     GTAACCGTTGAAGAAGGGTTCCCTCAGCATGGTGTTGGGGCTGAGATCTG                         CATGGCTGTTGTTGAGGAGAGCTTTGGTTATCTTGATGCACCAGTGGAAAG
genomic: GTAACCGTTGAAGAAGGGTTCCCTCAGCATGGTGTTGGGGCTGAGATCTGgtttattctc ... ttttaaacagCATGGCTGTTGTTGAGGAGAGCTTTGGTTATCTTGATGCACCAGTGGAAAG
EST: gi|110428620|gb|EC995097.1|EC995097
EST:     GTAACCGTTGAAGAAGGGTTCCCTCAGCATGGTGTTGGGGCTGAGATCTG                         CATGGCTGTTGTTGAGGAGAGCTTTGGTTATCTTGATGCACCAGTGGAAAG
genomic: GTAACCGTTGAAGAAGGGTTCCCTCAGCATGGTGTTGGGGCTGAGATCTGgtttattctc ... ttttaaacagCATGGCTGTTGTTGAGGAGAGCTTTGGTTATCTTGATGCACCAGTGGAAAG
EST: gi|110718877|gb|EE096214.1|EE096214
EST:     GTAACCGTTGAAGAAGGGTTCCCTCAACATGGTGTTGGGGCTGANATCTG                         CATGGCTGTTGTTGAGGAGAGCTTTGGTTATCTTGATGCACCAATGGAAAG
genomic: GTAACCGTTGAAGAAGGGTTCCCTCAGCATGGTGTTGGGGCTGAGATCTGgtttattctc ... ttttaaacagCATGGCTGTTGTTGAGGAGAGCTTTGGTTATCTTGATGCACCAGTGGAAAG
EST: gi|110385791|gb|EC950347.1|EC950347
EST:     GTAACCGTTGAAGAAGGGTTCCCTCAGCATGGTGTTGGGGCTGAGATCTG                         CATGGCTGTTGTTGAGGAGAGCTTTGGTTATCTTGATGCACCAGTGGAAAG
genomic: GTAACCGTTGAAGAAGGGTTCCCTCAGCATGGTGTTGGGGCTGAGATCTGgtttattctc ... ttttaaacagCATGGCTGTTGTTGAGGAGAGCTTTGGTTATCTTGATGCACCAGTGGAAAG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
CCCTGGACACACCCACGATCAATGCCTCAGTCAGGAAAACTAACAGACTTGTAACCGTTGAAGAAGGGTTCCCTCAGCATGGTGTTGGGGCTGAGATCTGgtttattctctctccactgatgttcgtttgatgcaggttgtttgataaggcattatatgtacttacactatctgcttcttttaaacag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATC