Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GGGTTTCATCAAGTAATTTGGCTACATGTTTAGTTGGGGTTATTCAGgtacaattgaagaataactttcagaatgttttgtttagtgcaaattgtatagtcatgttgcaggagagaagtttagttcatctaacacagatccttgtgctatgtag

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv18s0001g12560.t01
intron # 12
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|349811010|gb|FQ405998.1|FQ405998
EST:     GGGTTTCATCAAGTAATTTGGCTACATGTTTAGTTGGGGTTATTCAG                         GTTATTGCCACAGGAATTACTACATGGTTGCTGGACAAAGCTGGACGTCGG
genomic: GGGTTTCATCAAGTAATTTGGCTACATGTTTAGTTGGGGTTATTCAGgtacaattga ... tgctatgtagGTTATTGCCACAGGAATTACTACATGGTTGCTGGACAAAGCTGGACGTCGG
EST: gi|110384138|gb|EC948555.1|EC948555
EST:     GGGTTTCATCAAGTAATTTGGCTACATGTTTAGTTGGGGTTATTCAG                         GTTATTGCCACAGGAATTACTACATGGTTGCTGGACAAAGCTGGACGTCGG
genomic: GGGTTTCATCAAGTAATTTGGCTACATGTTTAGTTGGGGTTATTCAGgtacaattga ... tgctatgtagGTTATTGCCACAGGAATTACTACATGGTTGCTGGACAAAGCTGGACGTCGG
EST: gi|33404093|gb|CF209720.1|CF209720
EST:     GGGTTTCATCAAGTAATTTGGCTACACGTTTAGTTGGGGTTATTCAG                         GTTATTGCCACAGGAATTACTACATGGTTGCTGGACAAAGCTGGACGTCGG
genomic: GGGTTTCATCAAGTAATTTGGCTACATGTTTAGTTGGGGTTATTCAGgtacaattga ... tgctatgtagGTTATTGCCACAGGAATTACTACATGGTTGCTGGACAAAGCTGGACGTCGG
EST: gi|110382391|gb|EC939356.1|EC939356
EST:     GGGTTTCATCAAGTAATTTGGCTACATGTTTAGTTGGGGTTATTCAG                         GTTATTGCCACAGGAATTACTACATGGTTGCTGGACAAAGCTGGACGTCGG
genomic: GGGTTTCATCAAGTAATTTGGCTACATGTTTAGTTGGGGTTATTCAGgtacaattga ... tgctatgtagGTTATTGCCACAGGAATTACTACATGGTTGCTGGACAAAGCTGGACGTCGG
EST: gi|351014223|gb|FQ434812.1|FQ434812
EST:     GGGTTTCATCAAGTAATTTGGCTACATGTTTAGTTGGGGTTATTCAG                         GTTATTGCCACAGGAATTACTACATGGTTGCTGGACAAAGCTGGACGTCGG
genomic: GGGTTTCATCAAGTAATTTGGCTACATGTTTAGTTGGGGTTATTCAGgtacaattga ... tgctatgtagGTTATTGCCACAGGAATTACTACATGGTTGCTGGACAAAGCTGGACGTCGG