Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GCATCTAACCAAGATGACAGCATGGAAAACATGGGCATTTATGGTTTATTGGCTCCTTTAAAAACTTTTGGgtatgtaatgatttcattcttgatgcagcacttttttttccttttttgggacatctgcacttgtatgcatgataaattctaattcttctgttcctatgcag

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv16s0098g00290.t01
intron # 12
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv16s0098g00290.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 12
lower sequence: GLYMA04G41540.1 (Glycine max), 5'ss of exon 12
GCATCTAACCAAGATGACAGCATGGAAAACATGGGCATTTATGGTTTATTGGCTCCTTTAAAAACTTTTGGgtatgtaatgatttcattcttgatgcagcacttttttttccttttttgggacatctgcacttgtatgcatgataaattctaattcttctgttcctatgcag
||||||    | ||||     |||||||| ||||| ||| |||||||| ||||||| || ||| ||||||||||||||||   | ||| ||  ||        |||| ||  || | |     ||   ||   | |||| |      ||   ||||| || |    |  |||
GCATCTGGTGATGATGTGGATATGGAAAATATGGGAATTCATGGTTTACTGGCTCCATTGAAAGCTTTTGGgtatgtaata--tccatcctgaata-------ttttctttattatctattgtatgcacaaagg-atgcgtt-----tttatattctgctttattcaaacag

upper sequence: Vv16s0098g00290.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 12
lower sequence: GLYMA14G32500.1 (Glycine max), 5'ss of exon 12
GCATCTAACCAAGATGACAGCATGGAAAACATGGGCATTTATGGTTTATTGGCTCCTTTAAAAACTTTTGGgtatgtaatgatttcattcttgatgcagcacttttttttccttttttgggacatctgcacttgtatgcatgataaattcta-attcttctgttcctatgcag
  ||| ||  | ||||     |||||||| ||||| ||| |||||||||||||||| || ||| |||||||||||| ||  |   |||  || ||     | ||  |   | || | ||       || | || |       |||  || || ||| | || |    ||||||
CTATCCAATGATGATGCGGATATGGAAAATATGGGAATTCATGGTTTATTGGCTCCATTGAAAGCTTTTGGgtatgcaacaac--catcattaat-----atttcctcaactttatctga------tgtatttatgaaggaaatattttttatattatgctttattcatgcag

upper sequence: Vv16s0098g00290.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 12
lower sequence: GLYMA06G13280.1 (Glycine max), 5'ss of exon 12
GCATCTAACCAAGATGACAGCATGGAAAACATGGGCATTTATGGTTTATTGGCTCCTTTAAAAACTTTTGGgtatgtaatgatttcattcttgatgcagcacttttttttccttttttgggacatctgcacttgtatgcatgataaattctaattcttctgttcctatgcag
||||||    | || |     |||||||| ||||| ||| |||||||||||| ||| || ||| |||||||||||| ||||  | ||| |   ||     | ||| |||   || | |     || | |      | | ||| |   ||   ||||| || |       |||
GCATCTGGTGATGACGTGGATATGGAAAATATGGGAATTAATGGTTTATTGGTTCCATTGAAAGCTTTTGGgtatggaatg--tccatcccgaat-----attttctttattttatctattgtatttacg-----aaggatg-tgtttttatattctgctttattctaacag