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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GTTGTGGCTCTTGCAAATCAGAAACTGCTTGGACTTAGTCCCgtgagttcttaaatctgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtcacatgcatgtactcctcaccttattgtttaatttctatcggtaccttgttttacaagtacctaccccatttgcttgcag

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv12s0057g01200.t01
intron # 12
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv12s0057g01200.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 12
lower sequence: GLYMA02G47860.2 (Glycine max), 5'ss of exon 10
----------------------------------------------------------GTTGTGGCTCTTGCAAATCAGAAACTGCTTGGACTTAGTCCCgtgagttcttaaatctgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtcacatgcatgtactcctcaccttattgtttaatttctatcggtaccttgttttacaagtacctaccccatttgcttgcag
                                                          |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||   | ||||||| ||     |||   ||||||   || |||    | |   ||||         | ||    || || | || |    ||   || |  ||| | | |     |         
TAGTCATTTTTCAACTCATGATGCCGTGAATTTTAATTCTTCTTATTGCTGTCTGTAGGTTGTGGCTCTTGCAAATCAGAAACTTCTTGGACTTAACTCGgtgagtttttccccttgtcactgtgtgaaagt-tgtaatcctttagtgtat-----gtataataaactatttccaattg---tctgtcttgaagagtgcatgctgttgt---------

upper sequence: Vv12s0057g01200.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 12
lower sequence: GLYMA02G47860.1 (Glycine max), 5'ss of exon 11
GTTGTGGCTCTTGCAAATCAGAAACTGCTTGGACTTAGTCCCgtgagttcttaaatctgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtcacatgcatgtactcctcaccttattgtttaatttctatcggtaccttgttttacaagtacctaccccatttgcttgcag
|||||||||||||||||||||||||| ||||||||||   | ||||||| ||     |||   ||||||   || |||    | |   ||||         | ||    || || | || |    ||   || |  ||| | | |     |         
GTTGTGGCTCTTGCAAATCAGAAACTTCTTGGACTTAACTCGgtgagtttttccccttgtcactgtgtgaaagt-tgtaatcctttagtgtat-----gtataataaactatttccaattg---tctgtcttgaagagtgcatgctgttgt---------

upper sequence: Vv12s0057g01200.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 12
lower sequence: GLYMA14G00760.2 (Glycine max), 5'ss of exon 9
GTTGTGGCTCTTGCAAATCAGAAACTGCTTGGACTTAGTCCCgtgagttcttaaatctgtgtgtgtgtgtgt-gtgtgtgtcacatgcatgtactcctcac--cttattgtttaatttctatcggtaccttgttttacaagtacctaccccatttgcttgcag
||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||   | || |||| ||     |||   ||     || ||     |    ||||||||      ||   ||    || | | |||    || | |  | ||  ||||                     
GTTGTGGCTCTCGCAAATCAGAAACTTCTTGGACTTAACTCGgttagtttttcctcttgtcactgcaaaagttgtaatccttcagtgcatgtataataaactatttccaattgactgtcttgaagtgcatgctgttgtaagt---------------------

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|352790687|gb|FQ475445.1|FQ475445
EST:     GTTGTGGCTCTTGCAAATCAGAAACTGCTTGGACTTAGTCCC                         GAAAAAGTTAATGTGCATGGTGGTGCTGTATCCTTGGGACATCCTCTAGGT
genomic: GTTGTGGCTCTTGCAAATCAGAAACTGCTTGGACTTAGTCCCgtgagttctt ... ttgcttgcagGAAAAAGTTAATGTGCATGGTGGTGCTGTATCCTTGGGACATCCTCTAGGT
EST: gi|30130059|gb|CB915398.1|CB915398
EST:     GTTGTGGCTCTTGCAAATCAGAAACTGCTTGGACTTAGTCCC                         GAAAAAGTTAATGTGCATGGTGGTGCTGTATCCTTGGGACATCCTCTAGGT
genomic: GTTGTGGCTCTTGCAAATCAGAAACTGCTTGGACTTAGTCCCgtgagttctt ... ttgcttgcagGAAAAAGTTAATGTGCATGGTGGTGCTGTATCCTTGGGACATCCTCTAGGT
EST: gi|71876405|gb|DT025460.1|DT025460
EST:     GTTGTGGCTCTTGCAAATCAGAAACTGCTTGGACTTAGTCCC                         GAAAAAGTTAATGTGCATGGTGGTGCTGTATCCTTGGGACATCCTCTAGGT
genomic: GTTGTGGCTCTTGCAAATCAGAAACTGCTTGGACTTAGTCCCgtgagttctt ... ttgcttgcagGAAAAAGTTAATGTGCATGGTGGTGCTGTATCCTTGGGACATCCTCTAGGT
EST: gi|30129594|gb|CB914933.1|CB914933
EST:     GTTGTGGCTCTTGCAAATCAGAAACTGCTTGGACTTAGTCCC                         GAAAAAGTTAATGTGCATGGTGGTGCTGTATCCTTGGGACATCCTCTAGGT
genomic: GTTGTGGCTCTTGCAAATCAGAAACTGCTTGGACTTAGTCCCgtgagttctt ... ttgcttgcagGAAAAAGTTAATGTGCATGGTGGTGCTGTATCCTTGGGACATCCTCTAGGT
EST: gi|110700654|gb|EE077500.1|EE077500
EST:     GTTGTGGCTCTTGCAAATCAGAAACTGCTTGGACTTAGTCCC                         GAAAAA-TTAATGTGCATGGTGGTGCTGTATCCTTGGGACATCCTCTAGGT
genomic: GTTGTGGCTCTTGCAAATCAGAAACTGCTTGGACTTAGTCCCgtgagttctt ... ttgcttgcagGAAAAAGTTAATGTGCATGGTGGTGCTGTATCCTTGGGACATCCTCTAGGT
EST: gi|349833317|gb|FQ416695.1|FQ416695
EST:     GTTGTGGCTCTTGCAAATCAGAAACTGCTTGGACTTAGTCCC                         GAAAAAGTTAATGTGCATGGTGGTGCTGTATCCTTNGGACATCCTCTAGGT
genomic: GTTGTGGCTCTTGCAAATCAGAAACTGCTTGGACTTAGTCCCgtgagttctt ... ttgcttgcagGAAAAAGTTAATGTGCATGGTGGTGCTGTATCCTTGGGACATCCTCTAGGT
EST: gi|110368276|gb|EC932247.1|EC932247
EST:     GTTGTGGCTCTTGCAAATCAGAAACTGCTTGGACTTAGTCCC                         GAAAAAGTTAATGTGCATGGTGGTGCTGTATCCTTGGGACATCCTCTAGGT
genomic: GTTGTGGCTCTTGCAAATCAGAAACTGCTTGGACTTAGTCCCgtgagttctt ... ttgcttgcagGAAAAAGTTAATGTGCATGGTGGTGCTGTATCCTTGGGACATCCTCTAGGT
EST: gi|110371396|gb|EC935385.1|EC935385
EST:     GTTGTGGCTCTTGCAAATCAGAAACTGCTTGGACTTAGTCCC                         GAAAAAGTTAATGTGCATGGTGGTGCTGTATCCTTGGGACATCCTCTAGGT
genomic: GTTGTGGCTCTTGCAAATCAGAAACTGCTTGGACTTAGTCCCgtgagttctt ... ttgcttgcagGAAAAAGTTAATGTGCATGGTGGTGCTGTATCCTTGGGACATCCTCTAGGT
EST: gi|27584750|gb|CB007445.1|CB007445
EST:     GTTGTGGCTCTTGCAAATCAGAAACTGCTTGGACTTAGTCCC                         GAAAAAGTTAATGTGCATGGTGGTGCTGTATCCTTGGGACATCCTCTAGGT
genomic: GTTGTGGCTCTTGCAAATCAGAAACTGCTTGGACTTAGTCCCgtgagttctt ... ttgcttgcagGAAAAAGTTAATGTGCATGGTGGTGCTGTATCCTTGGGACATCCTCTAGGT
EST: gi|33402805|gb|CF208432.1|CF208432
EST:     GTTGTGGCTCTTGCAAATCAGAAACTGCTTGGACTTAGTCCC                         GAAAAAGTTAATGTGCATGGTGGTGCTGTATCCTTGGGACATCCTCTAGGT
genomic: GTTGTGGCTCTTGCAAATCAGAAACTGCTTGGACTTAGTCCCgtgagttctt ... ttgcttgcagGAAAAAGTTAATGTGCATGGTGGTGCTGTATCCTTGGGACATCCTCTAGGT
EST: gi|110361968|gb|EC925474.1|EC925474
EST:     GTTGTGGCTCTTGCAAATCAGAAACTGCTTGGACTTAGTCCC                         GAAAAAGTTAATGTGCATGGTGGTGCTGTATCCTTGGGACATCCTCTAGGT
genomic: GTTGTGGCTCTTGCAAATCAGAAACTGCTTGGACTTAGTCCCgtgagttctt ... ttgcttgcagGAAAAAGTTAATGTGCATGGTGGTGCTGTATCCTTGGGACATCCTCTAGGT
EST: gi|30133750|gb|CB919089.1|CB919089
EST:     GTTGTGGCTCTTGCAAATCAGAAACTGCTTGGACTTAGTCCC                         GAAAAAGTTAATGTGCATGGTGGTGCTGTATCCTTGGGACATCCTCTAGGT
genomic: GTTGTGGCTCTTGCAAATCAGAAACTGCTTGGACTTAGTCCCgtgagttctt ... ttgcttgcagGAAAAAGTTAATGTGCATGGTGGTGCTGTATCCTTGGGACATCCTCTAGGT
EST: gi|26259676|gb|CA810739.1|CA810739
EST:     GTTGTGGCTCTTGCAAATCAGAAACTGCTTGGACTTAGTCCC                         GAAAAAGTTAATGTGCATGGTGGTGCTGTATCCTTGGGACATCCTCTAGGT
genomic: GTTGTGGCTCTTGCAAATCAGAAACTGCTTGGACTTAGTCCCgtgagttctt ... ttgcttgcagGAAAAAGTTAATGTGCATGGTGGTGCTGTATCCTTGGGACATCCTCTAGGT
EST: gi|110361336|gb|EC924802.1|EC924802
EST:     GTTGTGGCTCTTGCAAATCAGAAACTGCTTGGACTTAGTCCC                         GAAAAAGTTAATGTGCATGGTGGTGCTGTATCCTTGGGACATCCTCTAGGT
genomic: GTTGTGGCTCTTGCAAATCAGAAACTGCTTGGACTTAGTCCCgtgagttctt ... ttgcttgcagGAAAAAGTTAATGTGCATGGTGGTGCTGTATCCTTGGGACATCCTCTAGGT
EST: gi|110362059|gb|EC925566.1|EC925566
EST:     GTTGTGGCTCTTGCAAATCAGAAACTGCTTGGACTTAGTCCC                         GAAAAAGTTAATGTGCATGGTGGTGCTGTATCCTTGGGACATCCTCTAGGT
genomic: GTTGTGGCTCTTGCAAATCAGAAACTGCTTGGACTTAGTCCCgtgagttctt ... ttgcttgcagGAAAAAGTTAATGTGCATGGTGGTGCTGTATCCTTGGGACATCCTCTAGGT
EST: gi|110357331|gb|EC920800.1|EC920800
EST:     GTTGTGGCTCTTGCAAATCAGAAACTGCTTGGACTTAGTCCC                         GAAAAAGTTAATGTGCATGGTGGTGCTGTATCCTTGGGACATCCTCTAGGT
genomic: GTTGTGGCTCTTGCAAATCAGAAACTGCTTGGACTTAGTCCCgtgagttctt ... ttgcttgcagGAAAAAGTTAATGTGCATGGTGGTGCTGTATCCTTGGGACATCCTCTAGGT
EST: gi|32246227|gb|CD712046.1|CD712046
EST:     GTTGTGGCTCTTGCAAATCAGAAACTGCTTGGACTTAGTCCC                         GAAAAAGTTAATGTGCATGGTGGTGCTGTATCCTTGGGACATCCTTTAGGT
genomic: GTTGTGGCTCTTGCAAATCAGAAACTGCTTGGACTTAGTCCCgtgagttctt ... ttgcttgcagGAAAAAGTTAATGTGCATGGTGGTGCTGTATCCTTGGGACATCCTCTAGGT
EST: gi|33403297|gb|CF208924.1|CF208924
EST:     GTTGTGGCTCTTGCAAATCAGAAACTGCTTGGACTTAGTCCC                         GAAAAAGTTAATGTGCATGGTGGTGCTGTATCCTTGGGACATCCTCTAGGT
genomic: GTTGTGGCTCTTGCAAATCAGAAACTGCTTGGACTTAGTCCCgtgagttctt ... ttgcttgcagGAAAAAGTTAATGTGCATGGTGGTGCTGTATCCTTGGGACATCCTCTAGGT
EST: gi|110723122|gb|EE100072.1|EE100072
EST:     GTTGTGGCTCTTGCAAATCAGAAACTGCTTGGACTTAGTCCC                         GAAAAAGTTAATGTGCATGGTGGTGCTGTATCCTTGGGACATCCTCTAGGT
genomic: GTTGTGGCTCTTGCAAATCAGAAACTGCTTGGACTTAGTCCCgtgagttctt ... ttgcttgcagGAAAAAGTTAATGTGCATGGTGGTGCTGTATCCTTGGGACATCCTCTAGGT