Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   		30  
 5'  3'   		31  
 5'  3'   		32  
 5'  3'   		33  
 5'  3'   		34  
 5'  3'   		35  
 5'  3'   		36  
 5'  3'   		37  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ATCTTGATGCCAGTTTTCCCTGGCCAATTACGTTACATCCGCAAGAATTTGTTCCATGCAGTTTATGTTCTTGATCCTGCCTCAGTTTGTGGACTTGAGgtaagttcaatttgcttgctaattatttgatatccttgaaaatgtctttttatttgtattatttttgtttatgttgcagaatctaatcatgtaattttgttttgtgtgacatttccag

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv12s0034g02230.t01
intron # 12
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv12s0034g02230.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 12
lower sequence: GLYMA08G20020.1 (Glycine max), 5'ss of exon 11
ATCTTGATGCCAGTTTTCCCTGGCCAATTACGTTACATCCGCAAGAATTTGTTCCATGCAGTTTATGTTCTTGATCCTGCCTCAGTTTGTGGACTTGAGgtaagttcaatttgcttgctaattatttgatatccttgaaaatgtctttttatttgtattatttttgtttatgttgcagaatctaatcatgtaattttgttttgtgtgacatttccag
||||||||||| || |||||||| ||  ||||| ||||||| || ||| | |||||||| |||| ||||||||| || ||  |  ||||||| ||||||| ||||| | ||| ||          || | |   |   |    ||||| ||  | | | | | ||    |                                               
ATCTTGATGCCGGTCTTCCCTGGTCAGCTACGTCACATCCGTAAAAATCTTTTCCATGCTGTTTTTGTTCTTGACCCAGCAACCATTTGTGgtcttgaggcaagttta-tttcctcaa-----gcttaacaatttcacattgttctttgtaactttgtaagtatttcccag----------------------------------------------

upper sequence: Vv12s0034g02230.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 12
lower sequence: AT1G71220.2 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 11
ATCTTGATGCCAGTTTTCCCTGGCCAATTACGTTACATCCGCAAGAATTTGTTCCATGCAGTTTATGTTCTTGATCCTGCCTCAGTTTGTGGACTTGAGgtaagttcaatttgcttgctaattatttgatatccttgaaaatgtctttttatttgtattatttttgtttatgttgcagaatctaatcatgtaattttgttttgtgtgacatttccag
|| |||||||| |  |||||||| ||| ||||||||||||| |||||  | |||||||||||||| ||  ||||||| ||  | |  ||||| ||||||||||||   ||   | ||| | ||   ||  ||   |||   | || |    | |  |||| |   | |  | |||      ||| |  || |  |||                    
ATTTTGATGCCTGCCTTCCCTGGACAACTACGTTACATCCGAAAGAACCTATTCCATGCAGTTTACGTCATTGATCCAGCGACTGCCTGTGGTCTTGAGgtaagtcttat--acctgc-actttcctggcattgctgactct-tcgtcccttattcattagtacagatctt-ttgagctgactattgttggatctttacag----------------