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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ACAGGCAGCAATTCGGAGCAGTGGAGGCAGCAAAGCAGCTGTTTCCGAGAGTGTAGAGGCATCTGTCATTTATGTCCGCTTCAAGGCAGCAGCAAGTGAGgtaaccatttcctttctgccttcctgttgttttagacaaagttgtcatgttagtgggagatgactcaaaaaattgagcaaaattatcaagaggcactgtt...

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv11s0016g00350.t01
intron # 12
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv11s0016g00350.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 12
lower sequence: GLYMA17G04990.1 (Glycine max), 5'ss of exon 11
ACAGGCAGCAATTCGGAGCAGTGGAGGCAGCAAAGCAGCTGTTTCCGAGAGTGTAGAGGCATCTGTCATTTATGTCCGCTTCAAGGCAGCAGCAAGTGAGgtaaccatttcctttctgcct---tcctgttgttttagacaaagttgtcatgttagtgggagatgactcaaaaaattgagcaaaattatcaagag-gcactgtt-------------------------------------------
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CCAGGAAGCAATCCGTGGAAGTGGGGGTGGCAAAGCATCTATCTCTGAGGGAGTAGAGGCATCCGTGATATATGTTCGGTTCAAGGCAGCAGCAAGTGAGgtaagcctttccatttgacataaatctttggatttgaaggtttattgtggacagaaaagacagtggttagttttaatgaataagcttttctccagcatatctctacctctcctttgtgcaagctgattaagaatgtaagttttgcag
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
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ACAGGCAGCAATTCGGAGCAGTGGAGGCAGCAAAGCAGCTGTTTCCGAGAGTGTAGAGGCATCTGTCATTTATGTCCGCTTCAAGGCAGCAGCAAGTGAGgtaaccatttcctttctgccttcctgttgttttagacaaagttgtcatgttagtgggagatgactcaaaaaattgagcaaaattatcaagaggcactgtt

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