Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CCCAATGGGAGAATCAGCTGTGGACTGTTTACAGCTTTCTTCCATGCCTAATGTTTCCTTAACTATTGGTGGTAAAGTTTTTGATCTCTCAGCAAATGAGgtatgacattactcctgtttcttctaaattaagatatattatttagggttctaaagctaagcgagattaggtgggtgtaataggttactcagttacccaa...

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv10s0116g01210.t01
intron # 12
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv10s0116g01210.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 12
lower sequence: GLYMA09G00810.1 (Glycine max), 5'ss of exon 11
CCCAATGGGAGAATCAGCTGTGGACTGTTTACAGCTTTCTTCCATGCCTAATGTTTCCTTAACTATTGGTGGTAAAGTTTTTGATCTCTCAGCAAATGAGgtatgacattactcctgtttcttctaaattaagatatattatttag-ggttctaaagctaagcgagattaggtgggtgtaataggttactcagttacccaa---
|||||||||| ||||| | || ||||||  | |||| ||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||  |  | ||||||     | |  |||  ||  | ||| |   |||    |  | |  |  | |  |  |  | |  |  ||     | ||||  |  |   ||  |  |||   
CCCAATGGGACAATCATCGGTTGACTGTGAAAAGCTCTCTTCAATGCCTATTGTTTCCTTCACTATTGGTGGAAAAGTTTTTGATCTTTCCCCTCAGGAGgtacagtttcaaacctaattagt-taattctggatgggctgatcactgactatttaattttgtgtaaaaaga-atttataatgaggaaa--agaaattcaattg

upper sequence: Vv10s0116g01210.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 12
lower sequence: GLYMA15G11670.1 (Glycine max), 5'ss of exon 11
CCCAATGGGAGAATCAGCTGTGGACTGTTTACAGCTTTCTTCCATGCCTAATGTTTCCTTAACTATTGGTGGTAAAGTTTTTGATCTCTCAGCAAATGAGgtatgacattactcctgtttcttctaaattaagatatattatttagggttctaaagctaagcgagattaggtgggtgtaataggttactcagttacccaa---
||||||||||  |||| | || ||||||  | |||| ||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||||| || ||  |  | |||||||    | |  ||| |||  |     ||   |    | ||    |  | |  |  |  | |   | |   |  | ||  | |      ||  |  |||   
CCCAATGGGACCATCATCCGTTGACTGTGGAAAGCTCTCTTCAATGCCTATTGTTTCCTTTACTATTGGTGGAAAAGTTTTTGACCTTTCCCCTGAGGAGgtatagtttcaaacctatttagttacttttggaagggctgatcactgactatttaattttgtg---taaaacgaatttataacgaggaaaaggaattcaattg
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|77577410|gb|DV217422.1|DV217422
EST:     ATGTTTCCTTAACTATTGGTGGTAAAGTTTTTGATCTCTCAGCAAATGAG                         TACGTGCTGAAGGTGGGCGAGGGTGCTGCTGCACAGTGCATTAGTGGCTTT
genomic: ATGTTTCCTTAACTATTGGTGGTAAAGTTTTTGATCTCTCAGCAAATGAGgtatgacatt ... ggttgatcagTACGTGCTGAAGGTGGGCGAGGGTGCTGCTGCACAGTGCATTAGTGGCTTT
EST: gi|30300182|gb|CB976976.1|CB976976
EST:     ATGTTTCCTTAACTATTGGTGGTAAAGTTTTTGATCTCTCAGCAAATGAG                         TACGTGCTGAAGGTGGGCGAGGGTGCTGCTGCACAGTGCATTAGTGGCTTT
genomic: ATGTTTCCTTAACTATTGGTGGTAAAGTTTTTGATCTCTCAGCAAATGAGgtatgacatt ... ggttgatcagTACGTGCTGAAGGTGGGCGAGGGTGCTGCTGCACAGTGCATTAGTGGCTTT
EST: gi|32247021|gb|CD712840.1|CD712840
EST:     ATGTTTCCTTAACTATTGGTGGTAAAGTTTTTGATCTCTCAGCAAATGAG                         TACGTGCTGAAGGTGGGCGAGGGTGCTGCTGCACAGTGCATTAGTGGCTTT
genomic: ATGTTTCCTTAACTATTGGTGGTAAAGTTTTTGATCTCTCAGCAAATGAGgtatgacatt ... ggttgatcagTACGTGCTGAAGGTGGGCGAGGGTGCTGCTGCACAGTGCATTAGTGGCTTT
EST: gi|30127472|gb|CB912811.1|CB912811
EST:     ATGTTTCCTTAACTATTGGTGGTAAAGTTTTTGATCTCTCAGCAAATGAG                         TACGTGCTGAAGGTGGGCGAGGGTGCTGCTGCACAGTGCATTAGTGGCTTT
genomic: ATGTTTCCTTAACTATTGGTGGTAAAGTTTTTGATCTCTCAGCAAATGAGgtatgacatt ... ggttgatcagTACGTGCTGAAGGTGGGCGAGGGTGCTGCTGCACAGTGCATTAGTGGCTTT
EST: gi|26266741|gb|CA817804.1|CA817804
EST:     ATGTTTCCTTAACTATTGGTGGTAAAGTTTTTGATCTCTCAGCAAATGAG                         TACGTGCTGAAGGTGGGCGAGGGTGCTGCTGCCCAGTGCATTAGTGGCTTT
genomic: ATGTTTCCTTAACTATTGGTGGTAAAGTTTTTGATCTCTCAGCAAATGAGgtatgacatt ... ggttgatcagTACGTGCTGAAGGTGGGCGAGGGTGCTGCTGCACAGTGCATTAGTGGCTTT
EST: gi|71881802|gb|DT030857.1|DT030857
EST:     ATGTTTCCTTAACTATTGGTGGTAAAGTTTTTGATCTCTCAGCAAATGAG                         TACGTGCTGAAGGTGGGCGAGGGTGCTGCTGCACAGTGCATTAGTGGCTTT
genomic: ATGTTTCCTTAACTATTGGTGGTAAAGTTTTTGATCTCTCAGCAAATGAGgtatgacatt ... ggttgatcagTACGTGCTGAAGGTGGGCGAGGGTGCTGCTGCACAGTGCATTAGTGGCTTT
EST: gi|34549550|gb|CF517782.1|CF517782
EST:     ATGTTTCCTTAACTATTGGTGGTAAAGTTTTTGATCTCTCAGCAAATGAG                         TACGTGCTGAAGGTGGGCGAGGGTGCTGCTGCACAGTGCATTAGTGGCTTT
genomic: ATGTTTCCTTAACTATTGGTGGTAAAGTTTTTGATCTCTCAGCAAATGAGgtatgacatt ... ggttgatcagTACGTGCTGAAGGTGGGCGAGGGTGCTGCTGCACAGTGCATTAGTGGCTTT
EST: gi|110395600|gb|EC961267.1|EC961267
EST:     ATGTTTCCTTAACTATTGGTGGTAAAGTTTTTGATCTCTCAGCAAATGAG                         TACGTGCTGAAGGTGGGCGAGGGTGCTGCTGCACAGTGCATTAGTGGCTTT
genomic: ATGTTTCCTTAACTATTGGTGGTAAAGTTTTTGATCTCTCAGCAAATGAGgtatgacatt ... ggttgatcagTACGTGCTGAAGGTGGGCGAGGGTGCTGCTGCACAGTGCATTAGTGGCTTT
EST: gi|110718432|gb|EE095257.1|EE095257
EST:     ATGTTTCCTTAACTATTGGTGGTAAAGTTTTTGATCTCTCAGCAAATGAA                         TACGTGCTGAAAGTGGGCGAGGGTGCTGCTGCACAGTGCATTAGTGGCTTT
genomic: ATGTTTCCTTAACTATTGGTGGTAAAGTTTTTGATCTCTCAGCAAATGAGgtatgacatt ... ggttgatcagTACGTGCTGAAGGTGGGCGAGGGTGCTGCTGCACAGTGCATTAGTGGCTTT
EST: gi|34549541|gb|CF517773.1|CF517773
EST:     ATGTTTCCTTAACTATTGGTGGTAAAGTTTTTGATCTCTCAGCAAATGAG                         TACGTGCTGAAGGTGGGCGAGGGTGCTGCTGCACAGTGCATTAGTGGCTTT
genomic: ATGTTTCCTTAACTATTGGTGGTAAAGTTTTTGATCTCTCAGCAAATGAGgtatgacatt ... ggttgatcagTACGTGCTGAAGGTGGGCGAGGGTGCTGCTGCACAGTGCATTAGTGGCTTT
EST: gi|33402264|gb|CF207891.1|CF207891
EST:     ATGTTTCCTTAACTATTGGTGGTAAAGTTTTTGATCTCTCAGCAAATGAG                         TACGTGCTGAAGGTGGGCGAGGGTGCTGCTGCACAGTGCATTAGTGGCTTT
genomic: ATGTTTCCTTAACTATTGGTGGTAAAGTTTTTGATCTCTCAGCAAATGAGgtatgacatt ... ggttgatcagTACGTGCTGAAGGTGGGCGAGGGTGCTGCTGCACAGTGCATTAGTGGCTTT
EST: gi|30326639|gb|CD009901.1|CD009901
EST:     ATGTTTCCTTAACTATTGGTGGTAAAGTTTTTGATCTCTCAGCAAATGAG                         TACGTGCTGAAGGTGGGCGAGGGTGCTGCTGCACAGTGCATTAGTGGCTTT
genomic: ATGTTTCCTTAACTATTGGTGGTAAAGTTTTTGATCTCTCAGCAAATGAGgtatgacatt ... ggttgatcagTACGTGCTGAAGGTGGGCGAGGGTGCTGCTGCACAGTGCATTAGTGGCTTT
EST: gi|110692890|gb|EE068644.1|EE068644
EST:     ATGTTTCCTTAACTATTGGTGGTAAAGTTTTTGATCTCTCAGCAAATGAG                         TACGTGCTGAAGGTGGGCGAGGGTGCTGCTGCACAGTGCATTAGTGGCTTT
genomic: ATGTTTCCTTAACTATTGGTGGTAAAGTTTTTGATCTCTCAGCAAATGAGgtatgacatt ... ggttgatcagTACGTGCTGAAGGTGGGCGAGGGTGCTGCTGCACAGTGCATTAGTGGCTTT
EST: gi|26264648|gb|CA815711.1|CA815711
EST:     ATGTTTCCTTAACTATTGGTGGTAAAGTTTTTGATCTCTCAGCAAATGAG                         TACGTGCTGAAGGTGGGCGAGGGCGCTGCTGCACAGTGCATTAATGGCTTT
genomic: ATGTTTCCTTAACTATTGGTGGTAAAGTTTTTGATCTCTCAGCAAATGAGgtatgacatt ... ggttgatcagTACGTGCTGAAGGTGGGCGAGGGTGCTGCTGCACAGTGCATTAGTGGCTTT
EST: gi|71890243|gb|DT039298.1|DT039298
EST:     ATGTTTCCTTAACTATTGGTGGTAAAGTTTTTGATCTCTCAGCAAATGAC                         TACGTGCTGAAGGTGGGCGAGGGTGCTGCTGCACAGTGCATTAGTGGCTTT
genomic: ATGTTTCCTTAACTATTGGTGGTAAAGTTTTTGATCTCTCAGCAAATGAGgtatgacatt ... ggttgatcagTACGTGCTGAAGGTGGGCGAGGGTGCTGCTGCACAGTGCATTAGTGGCTTT
EST: gi|34550114|gb|CF518332.1|CF518332
EST:     ATGTTTCCTTAACTATTGGTGGTAAAGTTTTTGATCTCTCAGCAAATGAG                         TACGTGCTGAAGGTGGGCGAGGGTGCTGCTGCACAGTGCATTAGTGGCTTT
genomic: ATGTTTCCTTAACTATTGGTGGTAAAGTTTTTGATCTCTCAGCAAATGAGgtatgacatt ... ggttgatcagTACGTGCTGAAGGTGGGCGAGGGTGCTGCTGCACAGTGCATTAGTGGCTTT
EST: gi|32269157|gb|CD718316.1|CD718316
EST:     ATGTTTCCTTAACTATTGGTGGTAAAGTTTTTGATCTCTCAGCAAATGAG                         TACGTGCTGAAGGTGGGCGAGGGTGCTGCTGCACAGTGCATTAGTGGCTTT
genomic: ATGTTTCCTTAACTATTGGTGGTAAAGTTTTTGATCTCTCAGCAAATGAGgtatgacatt ... ggttgatcagTACGTGCTGAAGGTGGGCGAGGGTGCTGCTGCACAGTGCATTAGTGGCTTT
EST: gi|34542385|gb|CF510617.1|CF510617
EST:     ATGTTTCCTTAACTATTGGTGGTAAAGTTTTTGATCTCTCAGCAAATGAG                         TACGTGCTGAAGGTGGGCGAGGGTGCTGCTGCACAGTGCATTAGTGGCTTT
genomic: ATGTTTCCTTAACTATTGGTGGTAAAGTTTTTGATCTCTCAGCAAATGAGgtatgacatt ... ggttgatcagTACGTGCTGAAGGTGGGCGAGGGTGCTGCTGCACAGTGCATTAGTGGCTTT
EST: gi|110387693|gb|EC952381.1|EC952381
EST:     ATGTTTCCTTAACTATTGGTGGTAAAGTTTTTGATCTCTCAGCAAATGAG                         TACGTGCTGAAGGTGGGCGAGGGTGCTGCTGCACAGTGCATTAGTGGCTTT
genomic: ATGTTTCCTTAACTATTGGTGGTAAAGTTTTTGATCTCTCAGCAAATGAGgtatgacatt ... ggttgatcagTACGTGCTGAAGGTGGGCGAGGGTGCTGCTGCACAGTGCATTAGTGGCTTT
EST: gi|46918171|gb|CN547500.1|CN547500
EST:     ATGTTTCCTTAACTATTGGTGGTAAAGTTTTTGATCTCTCAGCAAATGAG                         TACGTGCTGAAGGTGGGCGAGGGTGCTGCTGCACAGTGCATTAGTGGCTTT
genomic: ATGTTTCCTTAACTATTGGTGGTAAAGTTTTTGATCTCTCAGCAAATGAGgtatgacatt ... ggttgatcagTACGTGCTGAAGGTGGGCGAGGGTGCTGCTGCACAGTGCATTAGTGGCTTT
EST: gi|71889630|gb|DT038685.1|DT038685
EST:     ATGTTTCCTTAACTATTGGTGGTAAAGTTTTTGATCTCTCAGCAAATGAG                         TACGTGCTGAAGGTGGGCGAGGGTGCTGCTGCACAGTGCATTAGTGGCTTT
genomic: ATGTTTCCTTAACTATTGGTGGTAAAGTTTTTGATCTCTCAGCAAATGAGgtatgacatt ... ggttgatcagTACGTGCTGAAGGTGGGCGAGGGTGCTGCTGCACAGTGCATTAGTGGCTTT
EST: gi|26265277|gb|CA816340.1|CA816340
EST:     ATGTTTCCTTAACTATTGGTGGTAAAGTTTTTGATCTCTCAGCAAATGAG                         TACGTGCTGAAGGTGGGCGAGGGTGCTGCTGCACAGTGCATTAGTGGCTTT
genomic: ATGTTTCCTTAACTATTGGTGGTAAAGTTTTTGATCTCTCAGCAAATGAGgtatgacatt ... ggttgatcagTACGTGCTGAAGGTGGGCGAGGGTGCTGCTGCACAGTGCATTAGTGGCTTT
EST: gi|110716609|gb|EE091739.1|EE091739
EST:     ATGTTTCCTTAACTATTGGTGGTAAAGTTTTTGATCTCTCAGCAAATGAG                         TACGTGCTGAAGGTGGGCGAGGGTGCTGCTGCACAGTGCATTAGTGGCTTT
genomic: ATGTTTCCTTAACTATTGGTGGTAAAGTTTTTGATCTCTCAGCAAATGAGgtatgacatt ... ggttgatcagTACGTGCTGAAGGTGGGCGAGGGTGCTGCTGCACAGTGCATTAGTGGCTTT
EST: gi|34549014|gb|CF517246.1|CF517246
EST:     ATGTTTCCTTAACTATTGGTGGTAAAGTTTTTGATCTCTCAGCAAATGAG                         TACGTGCTGAAGGTGGGCGAGGGTGCTGCTGCACAGTGCATTAGTGGCTTT
genomic: ATGTTTCCTTAACTATTGGTGGTAAAGTTTTTGATCTCTCAGCAAATGAGgtatgacatt ... ggttgatcagTACGTGCTGAAGGTGGGCGAGGGTGCTGCTGCACAGTGCATTAGTGGCTTT
EST: gi|87584007|gb|DY473330.1|DY473330
EST:     ATGTTTCCTTAACTATTGGTGGTAAAGTTTTTGATCTCTCAGCAAATGAG                         TACGTGCTGAAGGTGGGCGAGGGTGCTGCTGCACAGTGCATTAGTGGCTTT
genomic: ATGTTTCCTTAACTATTGGTGGTAAAGTTTTTGATCTCTCAGCAAATGAGgtatgacatt ... ggttgatcagTACGTGCTGAAGGTGGGCGAGGGTGCTGCTGCACAGTGCATTAGTGGCTTT
EST: gi|27585499|gb|CB008194.1|CB008194
EST:     TGTTTCCTTAACTATTGGTGGTAAAGTTTTTGATCTCTCAGCAAATGNAG                         TACGTGCTGAAGGTGGGCGAGGGTGCTGCTGCACAGTGCATTAGTGGCTT
genomic: TGTTTCCTTAACTATTGGTGGTAAAGTTTTTGATCTCTCAGCAAATG-AGgtatgacatt ... ggttgatcagTACGTGCTGAAGGTGGGCGAGGGTGCTGCTGCACAGTGCATTAGTGGCTT
EST: gi|110394775|gb|EC960081.1|EC960081
EST:     ATGTTTCCTTAACTATTGGTGGTAAAGTTTTTGATCTCTCAGCAAATGAG                         TACGTGCTGAAGGTGGGCGAGGGTGCTGCTGCACAGTGCATTAGTGGCTTT
genomic: ATGTTTCCTTAACTATTGGTGGTAAAGTTTTTGATCTCTCAGCAAATGAGgtatgacatt ... ggttgatcagTACGTGCTGAAGGTGGGCGAGGGTGCTGCTGCACAGTGCATTAGTGGCTTT
EST: gi|28960026|gb|CB340014.1|CB340014
EST:     ATGTTTCCTTAACTATTGGTGGTAAAGTTTTTGATCTCTCAGCAAATGAG                         TACGTGCTGAAGGTGGGCGAGGGTGCTGCTGCACAGTGCATTAG
genomic: ATGTTTCCTTAACTATTGGTGGTAAAGTTTTTGATCTCTCAGCAAATGAGgtatgacatt ... ggttgatcagTACGTGCTGAAGGTGGGCGAGGGTGCTGCTGCACAGTGCATTAG
EST: gi|34549024|gb|CF517256.1|CF517256
EST:     ATGTTTCCTTAACTATTGGTGGTAAAGTTTTTGATCTCTCAGCAAATGAG                         TACGTGCTGAAGGTGGGCGAGGGTGCTGCTGCACAGTGCATTAGTGGCTTT
genomic: ATGTTTCCTTAACTATTGGTGGTAAAGTTTTTGATCTCTCAGCAAATGAGgtatgacatt ... ggttgatcagTACGTGCTGAAGGTGGGCGAGGGTGCTGCTGCACAGTGCATTAGTGGCTTT
EST: gi|110396003|gb|EC961677.1|EC961677
EST:     ATGTTTCCTTAACTATTGGTGGTAAAGTTTTTGATCTCTCAGCAAATGAG                         TACGTGCTGAAGGTGGGCGAGGGTGCTGCTGCACAGTGCATTAGTGGCTTT
genomic: ATGTTTCCTTAACTATTGGTGGTAAAGTTTTTGATCTCTCAGCAAATGAGgtatgacatt ... ggttgatcagTACGTGCTGAAGGTGGGCGAGGGTGCTGCTGCACAGTGCATTAGTGGCTTT
EST: gi|77589411|gb|DV223973.1|DV223973
EST:     ATGTTTCCTTAACTATTGGTGGTAAAGTTTTTGATCTCTCAGCAAATGAG                         TACGTGCTGAAGGTGGGCGAGGGTGCTGCTGCACAGTGCATTAGTGGCTTT
genomic: ATGTTTCCTTAACTATTGGTGGTAAAGTTTTTGATCTCTCAGCAAATGAGgtatgacatt ... ggttgatcagTACGTGCTGAAGGTGGGCGAGGGTGCTGCTGCACAGTGCATTAGTGGCTTT
EST: gi|30126510|gb|CB911849.1|CB911849
EST:     ATGTTTCCTTAACTATTGGTGGTAAAGTTTTTGATCTCTCAGCAAATGAG                         TACGTGCTGAAGGTGGGCGAGGGTGCTGCTGCACAGTGCATTAGTGGCTTT
genomic: ATGTTTCCTTAACTATTGGTGGTAAAGTTTTTGATCTCTCAGCAAATGAGgtatgacatt ... ggttgatcagTACGTGCTGAAGGTGGGCGAGGGTGCTGCTGCACAGTGCATTAGTGGCTTT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
CCCAATGGGAGAATCAGCTGTGGACTGTTTACAGCTTTCTTCCATGCCTAATGTTTCCTTAACTATTGGTGGTAAAGTTTTTGATCTCTCAGCAAATGAGgtatgacattactcctgtttcttctaaattaagatatattatttagggttctaaagctaagcgagattaggtgggtgtaataggttactcagttacccaa

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aaattaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aaagctaa