Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GCTCTACGTGGATGTGAATTAATGACACAAGCATGCTCTTCTCTTGGTGTCATTTTGGAAAATGTTGAATCTGGACTACTACATCATTTATTAACACCTGgtacagttggcttttatgttaaccaaattcaaaagtcctgtttggcttcttattttttaatcatttgtgcag

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv07s0005g01370.t01
intron # 12
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv07s0005g01370.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 12
lower sequence: GLYMA03G37750.1 (Glycine max), 5'ss of exon 11
GCTCTACGTGGATGTGAATTAATGACACAAGCATGCTCTTCTCTTGGTGTCATTTTGGAAAATGTTGAATCTGGACTACTACATCATTTATTAACACCTGgtacagttggct--tttatgttaaccaaatt----caaaagtcctgtttggcttcttattttttaatcatttgtgcag
      || || ||||||   ||| | |||||||||||||| |||||||||||||||    ||||  ||||| ||| ||| |||||| | |||||||| ||||| || | ||  || |  || |  |||||       |  | |||||||   | ||   |  |  ||| |||     
-----GCGAGGTTGTGAACAGATGGCTCAAGCATGCTCTTCACTTGGTGTCATTTTGAGTCATGTCAAATCTAGACAACTTCATCATCTGTTAACACCGGGTACGgtagtctcattaaatttcataaaattattctggagctgctgtttgatgtattgcatgctg-tcaattgcag--