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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GATGTCGTTTTGCCTAGAGTGCTGGATGAGGCTACAGTTGCAAATCTTAATTCCATAATTCATTCAAATAATGCCGTTgtaagattttcaaattcaaatttgcagccattttttaggtttctttgcttctaatcacattactttgttatag

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv05s0077g01200.t01
intron # 12
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv05s0077g01200.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 12
lower sequence: GLYMA15G15270.1 (Glycine max), 5'ss of exon 11
GATGTCGTTTTGCCTAGAGTGCTGGATGAGGCTACAGTTGCAAATCTTAATTCCATAATTCATTCAAATAATGCCGTTgtaagatttt----caaattcaaa------tttgcagccattttttaggtttctttgc-ttctaatcacattactttgttatag----
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GATGTTGTTTTGGCTAGAGTATTGGATGAGGCTACTGTTGCAAATCTTAACTCCATAATACATGCAAACAATGCCATTgtaagattttgatttgtatggaaagaaggcttaacatataatatagtgactgttatatattttgttttgactactctgttatttttag

upper sequence: Vv05s0077g01200.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 12
lower sequence: GLYMA07G37040.1 (Glycine max), 5'ss of exon 10
GATGTCGTTTTGCCTAGAGTGCTGGATGAGGCTACAGTTGCAAATCTTAATTCCATAATTCATTCAAATAATGCCGTTgtaagattt--tcaaattcaaatttgcagccattttttaggtt-----------tctttgcttctaatcacattactttgttatag
||||| ||| || | |||||  ||||||||| ||  | |||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||  ||||||||||  | ||     |||    |   ||  ||||  ||           || ||  |  |     |  | || | || |||
GATGTTGTTCTGGCGAGAGTCTTGGATGAGGGTATTGGTGCAAATCTTAACTCCATAATACATTCAAACAATGCCCATgtaagatttgattaacaaggaatgaagacatatcatttaatttagtaaatgttgtccttattgttgtctgctctgctattttttag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|32248391|gb|CD714210.1|CD714210
EST:     AGGCTACAGTTGCAAATCTTAATTCCATAATTCATTCAAATAATGCCGTT                         GTTGTTTCTTTATTAAAGGAAGACAGCACCTTTATTCAAGAACTGTTTGTG
genomic: AGGCTACAGTTGCAAATCTTAATTCCATAATTCATTCAAATAATGCCGTTgtaagatttt ... tttgttatagGTTGTTTCTTTATTAAAGGAAGACAGCACCTTTATTCAAGAACTGTTTGTG
EST: gi|32267561|gb|CD716524.1|CD716524
EST:     AGGCTACAGTTGCAAATCTTAATTCCATAATTCATTCAAATAATGCCGTT                         GTTGTTTCTTTATTAAAGGAAGACAGCACCTTTATTCAAGAACTGTTTGTG
genomic: AGGCTACAGTTGCAAATCTTAATTCCATAATTCATTCAAATAATGCCGTTgtaagatttt ... tttgttatagGTTGTTTCTTTATTAAAGGAAGACAGCACCTTTATTCAAGAACTGTTTGTG
EST: gi|30324963|gb|CD008225.1|CD008225
EST:     AGGCTACAGTTGCAAATCTTAATTCCATAATTCATTCAAATAATGCCGTT                         GTTGTTTCTTTATTAAAGGAAGACAGCACCTTTATTCAAGAACTGTTTGTG
genomic: AGGCTACAGTTGCAAATCTTAATTCCATAATTCATTCAAATAATGCCGTTgtaagatttt ... tttgttatagGTTGTTTCTTTATTAAAGGAAGACAGCACCTTTATTCAAGAACTGTTTGTG
EST: gi|110711495|gb|EE088040.1|EE088040
EST:     AGGCTACAGTTGCAAATCTTAATTCCATAATTCATTCAAATAATGCCGTT                         GTTGTTTCTTTATTAAAGGAAGACAGCACCTTTATTCAAGAACTGTTTGTG
genomic: AGGCTACAGTTGCAAATCTTAATTCCATAATTCATTCAAATAATGCCGTTgtaagatttt ... tttgttatagGTTGTTTCTTTATTAAAGGAAGACAGCACCTTTATTCAAGAACTGTTTGTG
EST: gi|161705859|gb|FC057136.1|FC057136
EST:     AGGCTACAGTTGCAAATCTTAATTCCATAATTCATTCAAATAATGCCGTT                         GTTGTTTCTTTATTAAAGGAAGACAGCACCTTTATTCAAGAACTGTTTGTG
genomic: AGGCTACAGTTGCAAATCTTAATTCCATAATTCATTCAAATAATGCCGTTgtaagatttt ... tttgttatagGTTGTTTCTTTATTAAAGGAAGACAGCACCTTTATTCAAGAACTGTTTGTG
EST: gi|32272042|gb|CD721201.1|CD721201
EST:     AGGCTACAGTTGCAAATCTTAATTCCATAATTCATTCAAATAATGCCGTT                         GTTGTTTCTTTATTAAAGGAAGACAGCACCTTTATTCAAGAACTGTTTGTG
genomic: AGGCTACAGTTGCAAATCTTAATTCCATAATTCATTCAAATAATGCCGTTgtaagatttt ... tttgttatagGTTGTTTCTTTATTAAAGGAAGACAGCACCTTTATTCAAGAACTGTTTGTG
EST: gi|32270535|gb|CD719694.1|CD719694
EST:     AGGCTACAGTTGCAAATCTTAATTCCATAATTCATTCAAATAATGCCGTT                         GTTGTTTCTTTATTAAAGGAAGACAGCACCTTTATTCAAGAACTGTTTGTG
genomic: AGGCTACAGTTGCAAATCTTAATTCCATAATTCATTCAAATAATGCCGTTgtaagatttt ... tttgttatagGTTGTTTCTTTATTAAAGGAAGACAGCACCTTTATTCAAGAACTGTTTGTG
EST: gi|32269076|gb|CD718235.1|CD718235
EST:     AGGCTACAGTTGCAAATCTTAATTCCATAATTCATTCAAATAATGCCGTT                         GTTGTTTCTTTATTAAAGGAAGACAGCACCTTTATTCAAGAACTGTTTGTG
genomic: AGGCTACAGTTGCAAATCTTAATTCCATAATTCATTCAAATAATGCCGTTgtaagatttt ... tttgttatagGTTGTTTCTTTATTAAAGGAAGACAGCACCTTTATTCAAGAACTGTTTGTG
EST: gi|30326297|gb|CD009559.1|CD009559
EST:     AGGCTACAGTTGCAAATCTTAATTCCATAATTCATTCAAATAATGCCGTT                         GTTGTTTCTTTATTAAAGGAAGACAGCACCTTTATTCAAGAACTGTTTGTG
genomic: AGGCTACAGTTGCAAATCTTAATTCCATAATTCATTCAAATAATGCCGTTgtaagatttt ... tttgttatagGTTGTTTCTTTATTAAAGGAAGACAGCACCTTTATTCAAGAACTGTTTGTG
EST: gi|32270540|gb|CD719699.1|CD719699
EST:     AGGCTACAGTTGCAAATCTTAATTCCATAATTCATTCAAATAATGCCGTT                         GTTGTTTCTTTATTAAAGGAAGACAGCACCTTTATTCAAGAACTGTTTGTG
genomic: AGGCTACAGTTGCAAATCTTAATTCCATAATTCATTCAAATAATGCCGTTgtaagatttt ... tttgttatagGTTGTTTCTTTATTAAAGGAAGACAGCACCTTTATTCAAGAACTGTTTGTG
EST: gi|30325174|gb|CD008436.1|CD008436
EST:     AGGCTACAGTTGCAAATCTTAATTCCATAATTCATTCAAATAATGCCGTT                         GTTGTTTCTTTATTAAAGGAAGACAGCACCTTTATTCAAGAACTGTTTGTG
genomic: AGGCTACAGTTGCAAATCTTAATTCCATAATTCATTCAAATAATGCCGTTgtaagatttt ... tttgttatagGTTGTTTCTTTATTAAAGGAAGACAGCACCTTTATTCAAGAACTGTTTGTG
EST: gi|30324365|gb|CD007627.1|CD007627
EST:     AGGCTACAGTTGCAAATCTTAATTCCATAATTCATTCAAATAATGCCGTT                         GTTGTTTCTTTATTAAAGGAAGACAGCACCTTTATTCAAGAACTGTTTGTG
genomic: AGGCTACAGTTGCAAATCTTAATTCCATAATTCATTCAAATAATGCCGTTgtaagatttt ... tttgttatagGTTGTTTCTTTATTAAAGGAAGACAGCACCTTTATTCAAGAACTGTTTGTG
EST: gi|30325851|gb|CD009113.1|CD009113
EST:     AGGCTACAGTTGCAAATCTTAATTCCATAATTCATTCAAATAATGCCGTT                         GTTGTTTCTTTATTAAAGGAAGACAGCACCTTTATTCAAGAACTGTTTGTG
genomic: AGGCTACAGTTGCAAATCTTAATTCCATAATTCATTCAAATAATGCCGTTgtaagatttt ... tttgttatagGTTGTTTCTTTATTAAAGGAAGACAGCACCTTTATTCAAGAACTGTTTGTG
EST: gi|30327653|gb|CD010915.1|CD010915
EST:     AGGCTACAGTTGCAAATCTTAATTCCATAATTCATTCAAATAATGCCGTT                         GTTGTTTCTTTATTAAAGGAAGACAGCACCTTTATTCAAGAACTGTTTGTG
genomic: AGGCTACAGTTGCAAATCTTAATTCCATAATTCATTCAAATAATGCCGTTgtaagatttt ... tttgttatagGTTGTTTCTTTATTAAAGGAAGACAGCACCTTTATTCAAGAACTGTTTGTG