Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GAAAGTGGTCGAGCTGGAAGAGATGGACTCCCTTCTGAATGCCTGCTCTATTTTAGGCCTGGGGATGTACCTAGGCAGgtaaacctttctttggtattccatattttatatatacatatgtattttatatatatatgtatgtatgtatgtatgtatgtatatactcttactatttgatgagttctggatgaaactttttctgagcag

Basic information

species Vitis vinifera
transcript Vv02s0087g00070.t01
intron # 12
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: Vv02s0087g00070.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 12
lower sequence: GLYMA09G34860.1 (Glycine max), 5'ss of exon 12
GAAAGTGGTCGAGCTGGAAGAGATGGACTCCCTTCTGAATGCCTGCTCTATTTTAGGCCTGGGGATGTACCTAGGCAGgtaaacctttctttggtattccatattttatatatacatatgtat-tttatatatatatgtatgtatgtatgta-----tgtatgtatatactcttactatt----tgatgagttctg-gatgaaactttttctgagcag------
|||||||||||||||||  |||||||||| |||||||||||||| || || ||||| || || ||||  ||  | ||||| || ||||        || ||  ||   | | | | ||| | | | ||| |||   | | || |   |  |      ||   |     |  | || | ||    || ||| || || ||| |||  |  |   |          
GAAAGTGGTCGAGCTGGCCGAGATGGACTTCCTTCTGAATGCCTACTGTACTTTAGACCCGGTGATGCTCCACGTCAGgtgaagctttgcaacacttttcactttgagtttgtgcttatttctgtctatttatcattttctgcaaaaaaatggagcttgctggagatcaggcatattgttccattgctgaattatgtgatcaaatgtcataacaattttctcag